Experimental Demonstration of Real Time Receiver for FDMA PON

International audienceFDMA PON provides high aggregate capacity (20-40Gbps) without requiring the user modules to operate at such high data rate. In this paper, we present for the first time a real time implementation of a FDM receiver in FPGA 1Gbitps in transceiver modules for an ONU and OLT

Br J Haematol

Acquired haemophilia A (AHA) is a rare haemorrhagic disease characterised by new-onset haemorrhagic symptoms associated with a dramatic decrease in factor VIII levels and an anti-factor VIII neutralising autoantibody concentration >0.6 Bethesda units. Elderly people are often affected, whereas children are rarely affected; the paediatric incidence reported in the literature is about 0.045 case/million/year. For some time, the paediatric standard of care has been that for adults, but clinicians have often reported poor outcomes. Here, we describe the largest retrospective paediatric AHA cohort assembled to date, including eight patients diagnosed in France from 2000 to 2020

Ancient DNA reveals interstadials as a driver of common vole population dynamics during the last glacial period

Aim Many species experienced population turnover and local extinction during the Late Pleistocene. In the case of megafauna, it remains challenging to disentangle climate change and the activities of Palaeolithic hunter-gatherers as the main cause. In contrast, the impact of humans on rodent populations is likely to be negligible. This study investigated which climatic and/or environmental factors affect the population dynamics of the common vole. This temperate rodent is widespread across Europe and was one of the most abundant small mammal species throughout the Late Pleistocene. Location Europe. Taxon Common vole (Microtus arvalis). Methods We generated a dataset comprised of 4.2 kb long fragment of mitochondrial DNA (mtDNA) from 148 ancient and 51 modern specimens sampled from multiple localities across Europe and covering the last 60 thousand years (ka). We used Bayesian inference to reconstruct their phylogenetic relationships and to estimate the age of the specimens that were not directly dated. Results We estimated the time to the most recent common ancestor of all last glacial and extant common vole lineages to be 90 ka ago and the divergence of the main mtDNA lineages present in extant populations to between 55 and 40 ka ago, which is earlier than most previous estimates. We detected several lineage turnovers in Europe during the period of high climate variability at the end of Marine Isotope Stage 3 (MIS 3; 57-29 ka ago) in addition to those found previously around the Pleistocene/Holocene transition. In contrast, data from the Western Carpathians suggest continuity throughout the Last Glacial Maximum (LGM) even at high latitudes. Main Conclusions The main factor affecting the common vole populations during the last glacial period was the decrease in open habitat during the interstadials, whereas climate deterioration during the LGM had little impact on population dynamics. This suggests that the rapid environmental change rather than other factors was the major force shaping the histories of the Late Pleistocene faunas.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Extracorporeal Membrane Oxygenation for Severe Acute Respiratory Distress Syndrome associated with COVID-19: An Emulated Target Trial Analysis.

RATIONALE: Whether COVID patients may benefit from extracorporeal membrane oxygenation (ECMO) compared with conventional invasive mechanical ventilation (IMV) remains unknown. OBJECTIVES: To estimate the effect of ECMO on 90-Day mortality vs IMV only Methods: Among 4,244 critically ill adult patients with COVID-19 included in a multicenter cohort study, we emulated a target trial comparing the treatment strategies of initiating ECMO vs. no ECMO within 7 days of IMV in patients with severe acute respiratory distress syndrome (PaO2/FiO2 <80 or PaCO2 ≥60 mmHg). We controlled for confounding using a multivariable Cox model based on predefined variables. MAIN RESULTS: 1,235 patients met the full eligibility criteria for the emulated trial, among whom 164 patients initiated ECMO. The ECMO strategy had a higher survival probability at Day-7 from the onset of eligibility criteria (87% vs 83%, risk difference: 4%, 95% CI 0;9%) which decreased during follow-up (survival at Day-90: 63% vs 65%, risk difference: -2%, 95% CI -10;5%). However, ECMO was associated with higher survival when performed in high-volume ECMO centers or in regions where a specific ECMO network organization was set up to handle high demand, and when initiated within the first 4 days of MV and in profoundly hypoxemic patients. CONCLUSIONS: In an emulated trial based on a nationwide COVID-19 cohort, we found differential survival over time of an ECMO compared with a no-ECMO strategy. However, ECMO was consistently associated with better outcomes when performed in high-volume centers and in regions with ECMO capacities specifically organized to handle high demand. This article is open access and distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial No Derivatives License 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)

A Solve-RD ClinVar-based reanalysis of 1522 index cases from ERN-ITHACA reveals common pitfalls and misinterpretations in exome sequencing

Purpose Within the Solve-RD project (https://solve-rd.eu/), the European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies aimed to investigate whether a reanalysis of exomes from unsolved cases based on ClinVar annotations could establish additional diagnoses. We present the results of the “ClinVar low-hanging fruit” reanalysis, reasons for the failure of previous analyses, and lessons learned. Methods Data from the first 3576 exomes (1522 probands and 2054 relatives) collected from European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies was reanalyzed by the Solve-RD consortium by evaluating for the presence of single-nucleotide variant, and small insertions and deletions already reported as (likely) pathogenic in ClinVar. Variants were filtered according to frequency, genotype, and mode of inheritance and reinterpreted. Results We identified causal variants in 59 cases (3.9%), 50 of them also raised by other approaches and 9 leading to new diagnoses, highlighting interpretation challenges: variants in genes not known to be involved in human disease at the time of the first analysis, misleading genotypes, or variants undetected by local pipelines (variants in off-target regions, low quality filters, low allelic balance, or high frequency). Conclusion The “ClinVar low-hanging fruit” analysis represents an effective, fast, and easy approach to recover causal variants from exome sequencing data, herewith contributing to the reduction of the diagnostic deadlock

Epitope specificity of non-neutralising and neutralising humoral immune response in haemophilia A patients

L'hémophilie A (HA) est une maladie hémorragique héréditaire due au déficit en facteur FVIII (FVIII) de la coagulation. Le traitement préventif de l'HA est basé sur des injections répétées de FVIII. Une réponse immunitaire anti-FVIII peut se développer secondairement au traitement, mettant en jeu des anticorps (Ac) inhibiteurs (neutralisant l'activité procoagulante du FVIII) et/ou des anticorps non-neutralisants (ANN). La cartographie épitopique fine des Ac anti-FVIII permet de mieux connaître les mécanismes physiopathologiques de cette réponse immunitaire. Les travaux de cette thèse comportent deux axes principaux : un premier axe a pour objectif d'identifier des épitopes discontinus au sein des domaines C2 et A2 du FVIII, à l'aide de peptides synthétiques prédits par un algorithme informatique, utilisés ensuite dans des tests d'inhibition basés sur la technologie Luminex. Ces travaux nous ont permis d'identifier 8 peptides mimant des épitopes discontinus répartis à la surface du domaine C2 et 2 peptides correspondant à des épitopes voisins, à la surface du domaine A2. Ces études ont permis de démontrer que la combinaison de la bioinformatique et d'un outil expérimental adapté à la réponse immunitaire anti-FVIII est fructueuse. Le second axe a pour objectif d'étudier la prévalence et la spécificité épitopique des ANN à l'aide d'un test Luminex multiplexé. Cette étude a permis de mettre en évidence une prévalence d'ANN de 18,1% chez 210 hémophiles A sans inhibiteurs provenant d'une cohorte multicentrique rétrospective française. Une forte spécificité épitopique de la réponse immune pour la chaîne lourde du FVIII est observée. Les nouveaux outils que nous avons mis en place permettront d'affiner la cartographie épitopique et le suivi de son évolution chez l'hémophile A avec anticorps anti-FVIIIHaemophilia A (HA) is an inherited bleeding disorder due to factor VIII (FVIII) deficiency. The preventive treatment of HA is based on regular infusions of FVIII. Secondary to the treatment, an immune response often occurs, composed by inhibitory antibodies and by non-neutralising antibodies (NNA). Fine epitope mapping of anti-FVIII antibodies may help for a better understanding of the physiopathology of this immune response. There was two axes in this PhD thesis: the first part is dedicated to the identification of discontinuous epitopes on FVIII C2 and A2 domains, by using synthetic peptides predicted by a bioinformatic tool in inhibition tests based on Luminex technology. Results allowed us to identify 8 peptides mimicking discontinuous epitopes around the C2 domain and 2 peptides mimicking close epitopes on the A2 domain surface. These studies demonstrate that our approach combining bioinformatics with an assay adapted for the anti-FVIII immune response study is fruitful. The second part was dedicated to the evaluation of the prevalence and epitope specificity of NNA, using a multiplexed Luminex assay. A prevalence of 18.1% of NNA was thus found in 210 HA patients without inhibitors from a french multicentric retrospective cohort. An marked epitope specificity againt the heavy chain was noticed. The new tools that we developped will be helpful for refining epitope mapping and for the follow-up of the epitope specificity in HA patients with anti-FVIII Abs

Spécificité épitopique de la réponse immunitaire humorale non-neutralisante et neutralisante chez l'hémophile A

L'hémophilie A (HA) est une maladie hémorragique héréditaire due au déficit en facteur FVIII (FVIII) de la coagulation. Le traitement préventif de l'HA est basé sur des injections répétées de FVIII. Une réponse immunitaire anti-FVIII peut se développer secondairement au traitement, mettant en jeu des anticorps (Ac) inhibiteurs (neutralisant l'activité procoagulante du FVIII) et/ou des anticorps non-neutralisants (ANN). La cartographie épitopique fine des Ac anti-FVIII permet de mieux connaître les mécanismes physiopathologiques de cette réponse immunitaire. Les travaux de cette thèse comportent deux axes principaux : un premier axe a pour objectif d'identifier des épitopes discontinus au sein des domaines C2 et A2 du FVIII, à l'aide de peptides synthétiques prédits par un algorithme informatique, utilisés ensuite dans des tests d'inhibition basés sur la technologie Luminex. Ces travaux nous ont permis d'identifier 8 peptides mimant des épitopes discontinus répartis à la surface du domaine C2 et 2 peptides correspondant à des épitopes voisins, à la surface du domaine A2. Ces études ont permis de démontrer que la combinaison de la bioinformatique et d'un outil expérimental adapté à la réponse immunitaire anti-FVIII est fructueuse. Le second axe a pour objectif d'étudier la prévalence et la spécificité épitopique des ANN à l'aide d'un test Luminex multiplexé. Cette étude a permis de mettre en évidence une prévalence d'ANN de 18,1% chez 210 hémophiles A sans inhibiteurs provenant d'une cohorte multicentrique rétrospective française. Une forte spécificité épitopique de la réponse immune pour la chaîne lourde du FVIII est observée. Les nouveaux outils que nous avons mis en place permettront d'affiner la cartographie épitopique et le suivi de son évolution chez l'hémophile A avec anticorps anti-FVIIIHaemophilia A (HA) is an inherited bleeding disorder due to factor VIII (FVIII) deficiency. The preventive treatment of HA is based on regular infusions of FVIII. Secondary to the treatment, an immune response often occurs, composed by inhibitory antibodies and by non-neutralising antibodies (NNA). Fine epitope mapping of anti-FVIII antibodies may help for a better understanding of the physiopathology of this immune response. There was two axes in this PhD thesis: the first part is dedicated to the identification of discontinuous epitopes on FVIII C2 and A2 domains, by using synthetic peptides predicted by a bioinformatic tool in inhibition tests based on Luminex technology. Results allowed us to identify 8 peptides mimicking discontinuous epitopes around the C2 domain and 2 peptides mimicking close epitopes on the A2 domain surface. These studies demonstrate that our approach combining bioinformatics with an assay adapted for the anti-FVIII immune response study is fruitful. The second part was dedicated to the evaluation of the prevalence and epitope specificity of NNA, using a multiplexed Luminex assay. A prevalence of 18.1% of NNA was thus found in 210 HA patients without inhibitors from a french multicentric retrospective cohort. An marked epitope specificity againt the heavy chain was noticed. The new tools that we developped will be helpful for refining epitope mapping and for the follow-up of the epitope specificity in HA patients with anti-FVIII Abs.MONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF

Mise en place d'une technique de thrombinographie (application à une population témoin et cirrhotique)

La cirrhose s'accompagne d'une baisse de la majorité des facteurs de la coagulation qu'ils soient procoagulants ou anticoagulants. L'allongement des tests classiques de la coagulation tels que le Temps de Quick ou le Temps de Céphaline Activé a longtemps fait considérer les patients cirrhotiques comme naturellement 'anticoagulé" et donc potentiellement à risque hémorragique. Cependant ces tests ne sont pas adaptés pour l'exploration des déficits en molécules anticoagulantes comme l'antithrombine, la protéine C ou la protéine S et ne peuvent donc pas donner une vue globale de la coagulation d'un patient. Dans ce contexte, la thrombinographie est un test potentiellement intéressant pour explorer les variations combinées des facteurs procagulants et anticoagulant. Notre étude a consisté à adapter cette technique au sein du laboratoire, à l'évaluer puis à l'optimiser pour qu'elle reflète au mieux les phénomènes de la coagulation in vivo. Pour cela nous avons entrepris d'adjoindre à la thrombinographie un activateur du système de la protéine C / protéine S, la thrombomoduline ou la Protéine C activée. Différentes manipulations ont permis de déterminer une concentration optimale de 3.6 nmol/L de TM et 1 nmol/L de PCa. Dans ses conditions, la thrombinographie devenait capable d'explorer les variations des facteurs procoagulants comme anticoagulants et notamment l'action de la PCa. Nous avons également mené une étude descriptive de la thrombinographie chez 9 patients cirrhotiques et 15 témoins sains. Nous avons notamment mesuré le potentiel endogène de thrombine. Nous avons mis en évidence des ETP augmentés chez les patients cirrhotiques par rapport aux témoins, notamment dans la configuration incluant de la TM. Ces résultats étaient confirmés par un ratio d'inhibition fortement en faveur d'une hypercoagulabilité. Une étude au cours du temps (3 mois) a confirmé la stabilité des principaux paramètres de la thrombinographie chez les témoins comme chez les patients cirrhotiques. Au final, en accord avec les données épidémiologiques qui mettent en évidence un risque de thrombose important, ces résultats remettent en question l'état d'hypocoagulabilité des patients cirrhotiques. Bien qu'ayant besoin d'être confirmé sur de plus larges cohortes, ces résultats pourraient avoir des conséquences sur la prise en charge prophylactique et curative chez ces patients.CLERMONT FD-BCIU-Santé (631132104) / SudocLYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF