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Ătude et dĂ©contamination du transcriptome de novo du nĂ©matode dorĂ© Globodera rostochiensis
Le nĂ©matode dorĂ©, Globodera rostochiensis, est un nĂ©matode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et lâaubergine. En raison des pertes de rendement considĂ©rables associĂ©es Ă cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nĂ©matode dorĂ© protĂšgent les Ćufs quâils contiennent, leur permettant de survivre (en Ă©tat de dormance) jusquâĂ 20 ans dans le sol. LâĂ©closion des Ćufs nâaura lieu quâen prĂ©sence dâexsudats racinaires dâune plante hĂŽte compatible Ă proximitĂ©. Malheureusement, trĂšs peu de connaissances sont disponibles sur les mĂ©canismes molĂ©culaires liĂ©s Ă cette Ă©tape-clĂ© du cycle vital du nĂ©matode dorĂ©.
Dans cet ouvrage, nous avons utilisĂ© la technique RNA-seq pour sĂ©quencer tous les ARNm dâun Ă©chantillon de kystes du nĂ©matode dorĂ© afin dâassembler un transcriptome de novo (sans rĂ©fĂ©rence) et dâidentifier des gĂšnes jouant un rĂŽle dans les mĂ©canismes de survie et dâĂ©closion. Cette mĂ©thode nous a permis de constater que les processus dâĂ©closion et de parasitisme sont Ă©troitement reliĂ©s. Plusieurs effecteurs impliquĂ©s dans le mouvement vers la plante hĂŽte et la pĂ©nĂ©tration de la racine sont induits dĂšs que le kyste est hydratĂ© (avant mĂȘme le dĂ©clenchement de lâĂ©closion).
Avec lâaide du gĂ©nome de rĂ©fĂ©rence du nĂ©matode dorĂ©, nous avons pu constater que la majoritĂ© des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nĂ©matode dorĂ©. En effet, les kystes Ă©chantillonnĂ©s au champ peuvent contenir des contaminants (bactĂ©ries, champignons, etc.) sur leur paroi et mĂȘme Ă lâintĂ©rieur du kyste. Ces contaminants seront donc sĂ©quencĂ©s et assemblĂ©s avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les mĂ©thodes de dĂ©contamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de donnĂ©es dâorganismes connus pour identifier ces sĂ©quences provenant de contaminants. Ces mĂ©thodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possĂšde un gĂ©nome de rĂ©fĂ©rence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces mĂ©thodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome dĂ©contaminĂ© de qualitĂ©.
Nous avons donc conçu une mĂ©thode qui utilise un algorithme de regroupement hiĂ©rarchique des sĂ©quences. Cette mĂ©thode produit, de façon rĂ©cursive, des sous-groupes de sĂ©quences homogĂšnes en fonction des patrons frĂ©quents prĂ©sents dans les sĂ©quences. Une fois les groupes crĂ©Ă©s, ils sont Ă©tiquetĂ©s comme contaminants ou non en fonction des rĂ©sultats dâalignements du sous-groupe. Les sĂ©quences ambiguĂ«s ayant aucun ou plusieurs alignements diffĂ©rents sont donc facilement classĂ©es en fonction de lâĂ©tiquette de leur groupe. Notre mĂ©thode a Ă©tĂ© efficace pour dĂ©contaminer le transcriptome du nĂ©matode dorĂ© ainsi que dâautres cas de contamination. Cette mĂ©thode fonctionne pour dĂ©contaminer un transcriptome, mais nous avons aussi dĂ©montrĂ© quâelle a le potentiel de dĂ©contaminer de courtes sĂ©quences brutes. DĂ©contaminer directement les sĂ©quences brutes serait la mĂ©thode de dĂ©contamination optimale, car elle minimiserait les erreurs dâassemblage
Npas4: Linking Neuronal Activity to Memory
Immediate-early genes (IEGs) are rapidly activated after sensory and behavioral experience and are believed to be crucial for converting experience into long-term memory. Neuronal PAS domain protein 4 (Npas4), a recently discovered IEG, has several characteristics that make it likely to be a particularly important molecular link between neuronal activity and memory: it is among the most rapidly induced IEGs, is expressed only in neurons, and is selectively induced by neuronal activity. By orchestrating distinct activity-dependent gene programs in different neuronal populations, Npas4 affects synaptic connections in excitatory and inhibitory neurons, neural circuit plasticity, and memory formation. It may also be involved in circuit homeostasis through negative feedback and psychiatric disorders. We summarize these findings and discuss their implications.National Institutes of Health (U.S.) (Grant MH091220-01
The genome of the yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, reveals insights into the basis of parasitism and virulence
BACKGROUND: The yellow potato cyst nematode, Globodera rostochiensis, is a devastating plant pathogen of global economic importance. This biotrophic parasite secretes effectors from pharyngeal glands, some of which were acquired by horizontal gene transfer, to manipulate host processes and promote parasitism. G. rostochiensis is classified into pathotypes with different plant resistance-breaking phenotypes. RESULTS: We generate a high quality genome assembly for G. rostochiensis pathotype Ro1, identify putative effectors and horizontal gene transfer events, map gene expression through the life cycle focusing on key parasitic transitions and sequence the genomes of eight populations including four additional pathotypes to identify variation. Horizontal gene transfer contributes 3.5 % of the predicted genes, of which approximately 8.5 % are deployed as effectors. Over one-third of all effector genes are clustered in 21 putative âeffector islandsâ in the genome. We identify a dorsal gland promoter element motif (termed DOG Box) present upstream in representatives from 26 out of 28 dorsal gland effector families, and predict a putative effector superset associated with this motif. We validate gland cell expression in two novel genes by in situ hybridisation and catalogue dorsal gland promoter element-containing effectors from available cyst nematode genomes. Comparison of effector diversity between pathotypes highlights correlation with plant resistance-breaking. CONCLUSIONS: These G. rostochiensis genome resources will facilitate major advances in understanding nematode plant-parasitism. Dorsal gland promoter element-containing effectors are at the front line of the evolutionary arms race between plant and parasite and the ability to predict gland cell expression a priori promises rapid advances in understanding their roles and mechanisms of action.SE-vdA is supported by BBSRC grant BB/M014207/1. Sequencing was funded by BBSRC grant BB/F000642/1 to the University of Leeds and grant BB/F00334X/1 to the Wellcome Trust Sanger Institute). DRL was supported by a fellowship from The James Hutton Institute and the School of Biological Sciences, University of Edinburgh. GK was supported by a BBSRC PhD studentship. The James Hutton Institute receives funding from the Scottish Government. JAC and NEH are supported by the Wellcome Trust through its core funding of the Wellcome Trust Sanger Institute (grant 098051). This work was also supported by funding from the Canadian Safety and Security Program, project number CRTI09_462RD
Ătude et dĂ©contamination du transcriptome de novo du nĂ©matode dorĂ© Globodera rostochiensis
Le nĂ©matode dorĂ©, Globodera rostochiensis, est un nĂ©matode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et lâaubergine. En raison des pertes de rendement considĂ©rables associĂ©es Ă cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nĂ©matode dorĂ© protĂšgent les Ćufs quâils contiennent, leur permettant de survivre (en Ă©tat de dormance) jusquâĂ 20 ans dans le sol. LâĂ©closion des Ćufs nâaura lieu quâen prĂ©sence dâexsudats racinaires dâune plante hĂŽte compatible Ă proximitĂ©. Malheureusement, trĂšs peu de connaissances sont disponibles sur les mĂ©canismes molĂ©culaires liĂ©s Ă cette Ă©tape-clĂ© du cycle vital du nĂ©matode dorĂ©.
Dans cet ouvrage, nous avons utilisĂ© la technique RNA-seq pour sĂ©quencer tous les ARNm dâun Ă©chantillon de kystes du nĂ©matode dorĂ© afin dâassembler un transcriptome de novo (sans rĂ©fĂ©rence) et dâidentifier des gĂšnes jouant un rĂŽle dans les mĂ©canismes de survie et dâĂ©closion. Cette mĂ©thode nous a permis de constater que les processus dâĂ©closion et de parasitisme sont Ă©troitement reliĂ©s. Plusieurs effecteurs impliquĂ©s dans le mouvement vers la plante hĂŽte et la pĂ©nĂ©tration de la racine sont induits dĂšs que le kyste est hydratĂ© (avant mĂȘme le dĂ©clenchement de lâĂ©closion).
Avec lâaide du gĂ©nome de rĂ©fĂ©rence du nĂ©matode dorĂ©, nous avons pu constater que la majoritĂ© des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nĂ©matode dorĂ©. En effet, les kystes Ă©chantillonnĂ©s au champ peuvent contenir des contaminants (bactĂ©ries, champignons, etc.) sur leur paroi et mĂȘme Ă lâintĂ©rieur du kyste. Ces contaminants seront donc sĂ©quencĂ©s et assemblĂ©s avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les mĂ©thodes de dĂ©contamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de donnĂ©es dâorganismes connus pour identifier ces sĂ©quences provenant de contaminants. Ces mĂ©thodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possĂšde un gĂ©nome de rĂ©fĂ©rence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces mĂ©thodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome dĂ©contaminĂ© de qualitĂ©.
Nous avons donc conçu une mĂ©thode qui utilise un algorithme de regroupement hiĂ©rarchique des sĂ©quences. Cette mĂ©thode produit, de façon rĂ©cursive, des sous-groupes de sĂ©quences homogĂšnes en fonction des patrons frĂ©quents prĂ©sents dans les sĂ©quences. Une fois les groupes crĂ©Ă©s, ils sont Ă©tiquetĂ©s comme contaminants ou non en fonction des rĂ©sultats dâalignements du sous-groupe. Les sĂ©quences ambiguĂ«s ayant aucun ou plusieurs alignements diffĂ©rents sont donc facilement classĂ©es en fonction de lâĂ©tiquette de leur groupe. Notre mĂ©thode a Ă©tĂ© efficace pour dĂ©contaminer le transcriptome du nĂ©matode dorĂ© ainsi que dâautres cas de contamination. Cette mĂ©thode fonctionne pour dĂ©contaminer un transcriptome, mais nous avons aussi dĂ©montrĂ© quâelle a le potentiel de dĂ©contaminer de courtes sĂ©quences brutes. DĂ©contaminer directement les sĂ©quences brutes serait la mĂ©thode de dĂ©contamination optimale, car elle minimiserait les erreurs dâassemblage
Data from: A new method for studying population genetics of cyst nematodes based on Pool-Seq and genome-wide allele frequency analysis
Cyst nematodes are important agricultural pests responsible for billions of dollars of losses each year. Plant resistance is the most effective management tool, but it requires a close monitoring of population genetics. Current technologies for pathotyping and genotyping cyst nematodes are time-consuming, expensive and imprecise. In this study, we capitalized on the reproduction mode of cyst nematodes to develop a simple population genetic analysis pipeline based on genotyping-by-sequencing and Pool-Seq. This method yielded thousands of SNPs and allowed us to study the relationships between populations of different origins or pathotypes. Validation of the method on well-characterized populations also demonstrated that it was a powerful and accurate tool for population genetics. The genomewide allele frequencies of 23 populations of golden nematode, from nine countries and representing the five known pathotypes, were compared. A clear separation of the pathotypes and fine genetic relationships between and among global populations were obtained using this method. In addition to being powerful, this tool has proven to be very time- and cost-efficient and could be applied to other cyst nematode species
Custom scripts and softwares
A link where all the custom scripts and softwares used in this paper can be found
Supplemental Table 1
Population differentiation (Fst) of 23 worldwide populations of Globodera rostochiensis estimated from genome-wide allele frequencies at 604 loci
Input file for PHYLIP - 23 worldwide populations
Allele frequencies calculated from UNEAK exact counts (mnC=1, minCov=20 and MAF=0.01) and used for phylogenetic tree analysis of the 23 Globodera rostochiensis worldwide populations