Microarray analysis of RNA extracted from formalin-fixed, paraffin-embedded and matched fresh-frozen ovarian adenocarcinomas

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Gene expression profiling of formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples represents a valuable approach for advancing oncology diagnostics and enhancing retrospective clinical studies; however, at present, this methodology still requires optimization and thus has not been extensively used. Here, we utilized thorough quality control methods to assess RNA extracted from FFPE samples and then compared it to RNA extracted from matched fresh-frozen (FF) counterparts. We preformed genome-wide expression profiling of FF and FFPE ovarian serous adenocarcinoma sample pairs and compared their gene signatures to normal ovary samples.</p> <p>Methods</p> <p>RNA from FFPE samples was extracted using two different methods, Ambion and Agencourt, and its quality was determined by profiling starting total RNA on Bioanalyzer and by amplifying increasing size fragments of <it>beta actin </it>(<it>ACTB</it>) and <it>claudin 3 </it>(<it>CLDN3</it>) by reverse-transcriptase polymerase chain reaction. Five matched FF and FFPE ovarian serous adenocarcinoma samples, as well as a set of normal ovary samples, were profiled using whole genome Agilent microarrays. Reproducibility of the FF and FFPE replicates was measured using Pearson correlation, whereas comparison between the FF and FFPE samples was done using a Z-score analysis.</p> <p>Results</p> <p>Data analysis showed high reproducibility of expression within each FF and FFPE method, whereas matched FF and FFPE pairs demonstrated lower similarity, emphasizing an inherent difference between the two sample types. Z-score analysis of matched FF and FFPE samples revealed good concordance of top 100 differentially expressed genes with the highest correlation of 0.84. Genes characteristic of ovarian serous adenocarcinoma, including a well known marker <it>CLDN3</it>, as well as potentially some novel markers, were identified by comparing gene expression profiles of ovarian adenocarcinoma to those of normal ovary.</p> <p>Conclusion</p> <p>Conclusively, we showed that systematic assessment of FFPE samples at the RNA level is essential for obtaining good quality gene expression microarray data. We also demonstrated that profiling of not only FF but also of FFPE samples can be successfully used to identify differentially expressed genes characteristic of ovarian carcinoma.</p

Experiencia en el uso del CAQDAS* “NVIVO 12®” para la organización de información cualitativa en la caracterización del conocimiento profesional del profesor de biología sobre evolución.

This job is part of the investigative process of the degree work to opt for the title of magister in Education of the Universidad Distrital Francisco José de Caldas entitled “Characterization of the professional knowledge of the biology professor on evolution: two case studies”. This paper intends to socialize the experience of the use of software for the organization and analysis of qualitative data, evidencing the scope and advantages of this practice for research processes in education.La presente publicación hace parte del proceso metodológico del trabajo de grado para optar por el título de magister en Educación de la Universidad Distrital Francisco José de Caldas titulado Caracterización del conocimiento profesional del profesor de biología sobre evolución: un estudio de caso. Con esta ponencia se pretende socializar la experiencia del uso de software para la organización y análisis de datos cualitativos, evidenciando los alcances y ventajas de esta práctica para los procesos investigativos en educación

Evaluación para el financiamiento de vehículos en Colombia.

El siguiente documento inicia con la presentación del mercado automotriz a nivel mundial, las tendencias de los compradores y las marcas líderes, haciendo énfasis en las preferencias del mercado y el comportamiento de cada una de las marcas en el mismo, buscando enfocar al lector en los productos actuales con los cuales se cuenta para la adquisición de vehículos en el entorno colombiano. Por otra parte, se realiza una investigación detallada de las restricciones presentadas en el mercado para la adquisición de activos de este tipo. Con lo anterior, se presentan los diferentes mecanismos para la adquisición de vehículos que existen en la actualidad. Evaluando de una forma detallada las principales diferencias presentadas por cada uno de los métodos, incluyendo los costos adicionales de la manutención del activo y su impacto en el flujo de caja del comprador, los cuales serán denominados como los costos de manutención incurridos por el uso del activo o mejor conocidos como costos ocultos al momento de adquirir un vehículo. El objetivo principal de este trabajo, se enfoca en la identificación los instrumentos para la adquisición de vehículos evaluando y su eficiencia al incluir los costos de manutención dentro del financiamiento total.Resumen ; Introducción ; Planteamiento del problema ; Objetivo General ; Objetivos Específicos ; Estado del arte ; Marco teórico ; Metodología ; Conclusiones y Recomendaciones.Magíster en Administración de EmpresasMaestrí

O conhecimento profissional do professor de biologia sobre o ensino da evolução

The research is based on the proposal of Fonseca and Martínez (2020), in which the&nbsp;construction of the biology teacher’s professional knowledge is presented as the integration/&nbsp;transformation of five types of knowledge: disciplinary, didactic, of life history, of experience,&nbsp;and of context. The methodology is based on the analysis and interpretation of a case study&nbsp;of a practicing teacher at a declarative level. As a result of the research, it is evident that,since the teacher integrated and transformed her knowledge, three new and unique types&nbsp;of knowledge emerged: teaching evolution as a vehicle in the appropriation of a responsible&nbsp;human attitude towards the conservation of species; teaching and understanding biological&nbsp;evolution as a mechanism for mitigating attitudes associated with male chauvinism,&nbsp;xenophobia, and sexual discrimination; and teaching evolution and decision-making in theconstruction of critical citizenship.La investigación se desarrolla a partir de la propuesta de Fonseca y Martínez (2020), en la que se presenta la construcción del conocimiento profesional del profesor de biología como la integración/transformación de cinco conocimientos: disciplinar, didáctico, de la historia de vida, de la experiencia y del contexto. La metodología se basa en el análisis e interpretación en el nivel declarativo de un estudio de caso de una docente en ejercicio. Como resultado de la investigación, se evidencia que, producto de la integración/transformación de los conocimientos en la docente, emergen tres nuevos y singulares conocimientos: la enseñanza de la evolución como un vehículo en la apropiación de una actitud responsable del ser humano sobre la conservación de las especies; la enseñanza y la comprensión de la evolución biológica como mecanismo de mitigación de actitudes asociadas al machismo, la xenofobia y la discriminación sexual; y la enseñanza de la evolución y la toma de decisiones en la construcción de una ciudadanía crítica.A pesquisa é baseada na proposta de Fonseca e Martínez (2020), na qual a construção&nbsp;do conhecimento profissional do professor de biologia é apresentada como a integração/&nbsp;transformação de cinco tipos de conhecimento: disciplinar, didático, da história da vida,&nbsp;da experiência e do contexto. A metodologia é baseada na análise e na interpretação a&nbsp;nível declarativo de um estudo de caso de uma professora em exercício. Como resultado da&nbsp;pesquisa, é evidente que, desde que a professora integrou e transformou seu conhecimento,&nbsp;três novos e únicos conhecimentos emergem: o ensino da evolução como veículo na&nbsp;apropriação de uma atitude humana responsável em relação à conservação das espécies;&nbsp;o ensino e a compreensão da evolução biológica como mecanismo para mitigar atitudes&nbsp;associadas ao machismo, à xenofobia e à discriminação sexual; e o ensino da evolução e a&nbsp;tomada de decisões na construção de uma cidadania crítica

Uptake of HIV testing and outcomes within a Community-based Therapeutic Care (CTC) programme to treat Severe Acute Malnutrition in Malawi: a descriptive study

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>In Malawi and other high HIV prevalence countries, studies suggest that more than 30% of all severely malnourished children admitted to inpatient nutrition rehabilitation units are HIV-infected. However, clinical algorithms designed to diagnose paediatric HIV are neither sensitive nor specific in severely malnourished children. The present study was conducted to assess : i) whether HIV testing can be integrated into Community-based Therapeutic Care (CTC); ii) to determine if CTC can improve the identification of HIV infected children; and iii) to assess the impact of CTC programmes on the rehabilitation of HIV-infected children with Severe Acute Malnutrition (SAM).</p> <p>Methods</p> <p>This community-based cohort study was conducted in Dowa District, Central Malawi, a rural area 50 km from the capital, Lilongwe. Caregivers and children admitted in the Dowa CTC programme were prospectively (Prospective Cohort = PC) and retrospectively (Retrospective Cohort = RC) admitted into the study and offered HIV testing and counseling. Basic medical care and community nutrition rehabilitation was provided for children with SAM. The outcomes of interest were uptake of HIV testing, and recovery, relapse, and growth rates of HIV-positive and uninfected children in the CTC programme. Student's t-test and analysis of variance were used to compare means and Kruskall Wallis tests were used to compare medians. Dichotomous variables were compared using Chi²analyses and Fisher's exact test. Stepwise logistic regression with backward elimination was used to identify predictors of HIV infection (α = 0.05).</p> <p>Results</p> <p>1273 and 735 children were enrolled in the RC and PC. For the RC, the average age (SD) at CTC admission was 30.0 (17.2) months. For the PC, the average age at admission was 26.5 (13.7) months. Overall uptake of HIV testing was 60.7% for parents and 94% for children. HIV prevalence in severely malnourished children was 3%, much lower than anticipated. 59% of HIV-positive and 83% of HIV-negative children achieved discharge Weight-For-Height (WFH) ≥ 80% of the NCHS reference median (p = 0.003). Clinical algorithms for diagnosing HIV in SAM children had poor sensitivity and specificity.</p> <p>Conclusion</p> <p>CTC is a potentially valuable entry point for providing HIV testing and care in the community to HIV infected children with SAM.</p

Automatic segmentation of thermal images to support breast cancer diagnosis

Se presenta una propuesta de segmentación de imágenes termográficas que puede utilizarse como etapa de pre-procesamiento en el análisis asimétrico de cáncer de mama. Esta propuesta de segmentación parte de la detección de zonas con altos gradientes de temperatura, a partir de las cuales se definen regiones geométricas de interés [Región of Interest, ROI]. Las zonas calientes seleccionadas como referencia en el inicio de la identificación del ROI, correspondían a aquellas que se presentaban debajo de cada mama, luego, mediante un seguimiento de contornos en ambos lados del cuerpo, se buscaba definir las coordenadas de los vértices que daban forma a la región de interés. Los resultados muestran un éxito promedio del 67.5% en la segmentación de la región mamaria a partir de 40 termogramas, las cuales fueron captadas en pacientes con sus brazos alzados o sus manos en la cintura durante la captura de las imágenes y a  una distancia de 1 m de la cámara.A proposal for segmenting thermographic images that can be used as a pre-processing step in the asymmetric analysis of breast cancer. This proposed segmentation of detecting areas of high temperature gradients, from which geometric regions of interest [Region of Interest, ROI] are defined. Hot spots selected as a reference at the start of the identification of the ROI corresponded to those presented under each breast, then, using a contour following on both sides of the body, it was sought to define the coordinates of the vertices that shaped the region of interest. The results show an average success of 67.5% in the segmentation of the breast region from 40 thermograms, which were captured in patients with raised arms or hands on hips while capturing images at a distance of 1 m camera

Modelación del frijol en Latinoamérica: Estado del arte y base de datos para parametrización

Frijol común (Phaseolus vulgaris L.) es la leguminosa de grano para consumo humano de mayor producción en el mundo, y es nativo de las Américas, donde juega un papel importante en la dieta. Los ambientes donde se cultiva el frijol varían desde zonas tropicales hasta alta montaña, con diversos hábitos de crecimiento (arbustivo determinado, arbustivo indeterminado, y voluble), y en sistemas de producción desde los tradicionales hasta los altamente tecnificados. Los esfuerzos en modelaje, por tanto, deben empezar desde identificar el tipo de frijol y el sistema objetivo. El frijol es muy sensible al estrés abiótico, hecho que ha animado el modelaje de su posible respuesta bajo escenarios de cambio climático. Se llevó a cabo una revisión de literatura para identificar quince ejercicios de modelaje ejecutados en América Latina, abarcando estudios de crecimiento (tazas de producción de nudos y área foliar), fenología, y de rendimiento. Los modelos empleados en dichos estudios incluyen EcoCrop, CROPGRO-DRYBEAN (implementado en la plataforma DSSAT), y en un caso cada uno, Maxent y CLIMEX. Se describen cuatro estudios en detalle: en los dos países de mayor producción en el mundo (Brasil y México), y en Centroamérica como región altamente vulnerable al cambio climático. Estos estudios concuerdan que la productividad del frijol podría sufrir serios efectos negativos en el transcurso del Siglo XXI a raíz del cambio climático. Finalmente, se informa sobre un ejercicio reciente de recopilar datos históricos de ensayos de frijol en Latinoamérica para alimentar futuros esfuerzos de modelaje. Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is the grain legume of greatest volume of production for direct human consumption, and is native to the Americas where it plays an important role in the diet of consumers. Bean is cultivated in environments from lowland tropical areas to high mountainous zones; with growth habits ranging from determinate bush, to indeterminate bush, to climbing types; and in production systems varying from traditional low input agriculture to highly technified systems. As such, efforts at modelling should focus on a specific plant type and production system. Bean is very sensitive to abiotic stress, a fact that has motivated modelling of its response in light of the dangers of climate change. A review of literature was carried out revealing fifteen studies in Latin America considering different aspects of plant growth (rates of node and leaf area production), phenology, and yield. Models employed include EcoCrop, CROPGRO (a module within the DSSAT cropping system model), and in one instance each, Maxent and CLIMEX. Three studies in particular are detailed: in the two countries of greatest production in the world (Brazil and Mexico), and one study in Central America as a region under direct threat of climate change. These three studies confirm that bean productivity will likely suffer severe negative effects in the course of the 21st century, as a result of climate change. A recent effort has compiled data from historical yield trials in Latin America as a resource for future modelling efforts.JRC.D.5-Food Securit

Elementos esenciales de los sistemas de mercadeo

Nuestra investigación consiste en dar a conocer las teorías ya estudiadas y aplicadas en las organizaciones que cuentan con sistemas de mercadeos desarrollados para lograr el éxito empresarial, fundamentadas con ideas de grandes autores, será muy útil esta información y de gran relevancia para resolver casos o una base para desarrollar nuevos proyectos comerciales y de los cuales se puedan llevar a cabo cada uno de los elementos esenciales de mercadeo, así como sus subsistemas. Se busca conceptuar y reconocer la importancia de los sistemas de mercadeo, según su estructura organizacional y sus objetivos, que sea tomado como una herramienta con la cual se puedan tomar muy buenas decisiones y de esa manera optar por desarrollar sus elementos entre los cuales se puedan escalar a mejores resultados. Sabemos que en todo sistema comercial lo que se busca es desarrollar métodos, estrategias, objetivos o ya sean estos sistemas comerciales que estamos investigando, en nuestra investigación podrán encontrar teorías que facilitaran la toma de decisiones en una organización y les permita alcanzar lo que antes planteado. Realizamos una investigación teórica, con fuentes documentales y bibliográficas de buenos prestigios, esto para tener un mejor enfoque y que permita analizar cuáles son las condiciones con las que esperamos brindar información

From seafood waste to active seafood packaging: An emerging opportunity of the circular economy

Sustainable development is an overarching objective that requires an interdisciplinary approach in order to address the societal challenge concerning climate action, environment, resource efficiency and raw materials. In this context, valorization of abundant and available bio-wastes with high potential to manufacture value-added products is the first step to close the loop between waste and consumption in line with the main goal of the circular economy. In the last years, many research works have been published in the literature regarding novel food packaging. However, most of them are focused on packaging composition (scientific aspects) and some of them on the packaging manufacture (technological aspects), but very few studies are concerned about the influence of bringing novel food packaging systems into the market on environmental, social and economic issues. In this regard, this review intends to fill this gap, considering the potential of developing food packaging from food processing waste in order to create business for food industries, being aware of the food quality demanded by consumers and the environmental care demanded by institutions and society