Segmentación automática de estudios PET cardíacos con ¹³NH_3 basada en correlación iterativa

Actas de: XXVIII Congreso Anual de la Sociedad Española de Ingeniería Biomédica (CASEIB 2010). Madrid, 24-26 de noviembre de 2010.La obtención de la función de entrada en estudios dinámicos de corazón a partir de la imagen PET se realiza habitualmente mediante la selección previa de una región de interés (ROI) o utilizando procedimientos de análisis factorial para encontrar aquellas curvas actividad/tiempo que mejor se adaptan a la función de entrada. En este trabajo se presenta un método novedoso de segmentación automática y obtención de la función de entrada que utiliza mapas de correlación calculados sobre estudios dinámicos que emplean ¹³NH_3 como trazador. Partiendo de un modelo analítico inicial, se buscan las curvas temporales más parecidas en el estudio real empleando la correlación. Tomando como datos estas curvas se calculan nuevos modelos con los que realizar sucesivas iteraciones. El resultado final es tanto una segmentación automática como la curva de actividad/tiempo de cada región segmentada.Ministerio de Ciencia e Innovación, TEC2007-64731, TEC 2008-06715-C02-1, la RETIC-RECAVA del Ministerio de Sanidad y Consumo, y el programa ARTEMIS S2009/DPI-1802 de la Comunidad de Madrid.Publicad

Iterative Automatic Segmentation in cardiac PET based on TAC correlation: preliminary results

Proceeding of: 2010 IEEE Nuclear Science Symposium, Medical Imaging Conference and 17th Room Temperature Semiconductor Detector Workshop (IEEE), Knoxville, Tennessee, USA, October 30 - November 6, 2010Conventional kinetic parameter estimation based on compartmental models requires an accurate estimation of arterial blood input function. To avoid invasive blood sampling, an image-derived input function can be obtained by manually defining a Region of Interest. Here we propose a new and simple, iterative method for automatic segmentation and input function calculation of PET cardiac studies using correlation as a distance metric between a priori information regarding the approximate shape of the final time-activity curve (TAC) and the actual TAC extracted from the image temporal series.This work was supported in part by the CENIT-AMIT Ingenio 2010, Ministerio de Ciencia e Innovación, TEC2007-64731, TEC 2008-06715-C02-1, RETIC-RECAVA, Ministerio de Sanidad y Consumo, and the ARTEMIS de la Comunidad de Madrid (S2009/DPI-1802) programsPublicad

Cuantificación del infarto de miocardio en imágenes PET mediante mapas polares

Actas de: XXVIII Congreso Anual de la Sociedad Española de Ingeniería Biomédica (CASEIB 2010). Madrid, 24-26 de noviembre de 2010.El análisis de la imagen de miocardio en cardiología nuclear es una herramienta muy importante para la valoración de la enfermedad coronaria, dado que permite la cuantificación objetiva de la extensión y de la intensidad del infarto de miocardio. En este trabajo se presenta una herramienta que permite realizar dicha cuantificación mediante el uso de mapas polares tanto estáticos como dinámicos, resultantes del análisis de la imagen PET que se viene realizando en los pacientes. Esta aproximación es una alternativa que permite la visualización integral del infarto en vez de requerir una segmentación (manual o asistida) de todas las rodajas tomográficas que componen el estudio.Este trabajo ha sido financiado por los proyectos del Ministerio de Ciencia e Innovación, TEC2007-64731, TEC 2008-06715-C02-1, la RETIC-RECAVA del Ministerio de Sanidad y Consumo, y el programa ARTEMIS S2009/DPI-1802 de la Comunidad de Madrid.Publicad

jClustering, an open framework for the development of 4D clustering algorithms

We present jClustering, an open framework for the design of clustering algorithms in dynamic medical imaging. We developed this tool because of the difficulty involved in manually segmenting dynamic PET images and the lack of availability of source code for published segmentation algorithms. Providing an easily extensible open tool encourages publication of source code to facilitate the process of comparing algorithms and provide interested third parties with the opportunity to review code. The internal structure of the framework allows an external developer to implement new algorithms easily and quickly, focusing only on the particulars of the method being implemented and not on image data handling and preprocessing. This tool has been coded in Java and is presented as an ImageJ plugin in order to take advantage of all the functionalities offered by this imaging analysis platform. Both binary packages and source code have been published, the latter under a free software license (GNU General Public License) to allow modification if necessary.Funded by TEC2011-28972-C02-01, Ministerio de Ciencia e Innovación, CEN-20101014; Programa CENIT-CDTI, Ministerio de Ciencia e Innovación; S2009/DPI-1802 (ARTEMIS), Comunidad de Madrid. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.Publicad

Automatic TAC extraction from dynamic cardiac PET imaging using iterative correlation from a population template

This work describes a new iterative method for extracting time-activity curves (TAC) from dynamic imaging studies using a priori information from generic models obtained from TAC templates. Analytical expressions of the TAC templates were derived from TACs obtained by manual segmentation of three 13NH3 pig studies (gold standard). An iterative method for extracting both ventricular and myocardial TACs using models of the curves obtained as an initial template was then implemented and tested. These TACs were extracted from masked and unmasked images; masking was applied to remove the lungs and surrounding non-relevant structures. The resulting TACs were then compared with TACs obtained manually; the results of kinetic analysis were also compared. Extraction of TACs for each region was sensitive to the presence of other organs (e.g., lungs) in the image. Masking the volume of interest noticeably reduces error. The proposed method yields good results in terms of TAC definition and kinetic parameter estimation, even when the initial TAC templates do not accurately match specific tracer kinetics.This work is supported by the following grants: RD07/0014/2009, Subprograma RETICS, Ministerio de Ciencia e Innovación. S2009/DPI-1802 (ARTEMIS), Comunidad de Madrid. CEN-20101014, Programa CENIT, CDTI, Ministerio de Ciencia e Innovación. European Commission, EFPIA, INNOVATIVE MEDICINE INITIATIVE (PredDICT-TB project, 115337-1)Publicad

Sustainable development education in the university context: a bibliometric analysis

El objetivo de esta investigación es analizar la productividad científica sobre la educación para el desarrollo sostenible en la educación superior. Los conflictos ecológicos constituyen uno de los fenómenos de mayor trascendencia para la humanidad. Todo ello repercute en los espacios educativos, reclamándose una educación comprometida con el respeto al planeta en todos los niveles formativos, incluido el universitario. Se emprende un estudio bibliométrico a partir de la revisión de 322 artículos científicos publicados desde el año 1970 al año 2019. Los resultados revelan una productividad creciente de investigaciones en los últimos años, lo que permite entrever la relevancia concedida a estas cuestiones en la comunidad científica. Se concluye que a pesar de que los índices de productividad de la educación para el desarrollo sostenible en el espacio universitario datan de varios años, la presencia de esta línea de investigación ha ganado relevancia en los últimos tiempos.The objective of this study is to analyze scientific productivity on the topic of sustainable development education in higher education. Ecological conflicts are among the most important phenomena for humanity. They have repercussions in educational spaces, demanding an education committed to teaching respect for the planet at all education levels, including at the university level. A bibliometric assessment is conducted based on the review of 322 scientific articles published from the years 1970 until 2019. The results reveal growing research productivity on sustainable development education in recent years, showing the relevance acquired by this topic in the scientific community. It is concluded that even though there is evidence of scientific productivity on sustainable development education for some time, research on this line of investigation gained relevance only recently

Pathogenic Variants Associated with Epigenetic Control and the NOTCH Pathway Are Frequent in Classic Hodgkin Lymphoma

Classic Hodgkin lymphoma (cHL) constitutes a B-cell neoplasm derived from germinal center lymphocytes. Despite high cure rates (80–90%) obtained with the current multiagent protocols, a significant proportion of cHL patients experience recurrences, characterized by a lower sensitivity to second-line treatments. The genomic background of chemorefractory cHL is still poorly understood, limiting personalized treatment strategies based on molecular features. In this study, using a targeted next-generation sequencing (NGS) panel specifically designed for cHL research, we compared chemosensitive and chemorefractory diagnostic tissue samples of cHL patients. Furthermore, we longitudinally examined paired diagnosis–relapsesamples of chemorefractory cHL in order to define patterns of dynamic evolution and clonal selection. Pathogenic variants in NOTCH1 and NOTCH2 genes frequently arise in cHL. Mutations in genes associated with epigenetic regulation (CREBBP and EP300) are particularly frequent in relapsed/refractory cHL. The appearance of novel clones characterized by mutations previously not identified at diagnosis is a common feature in cHL cases showing chemoresistance to frontline treatments. Our results expand current molecular and pathogenic knowledge of cHL and support the performance of molecular studies in cHL prior to the initiation of first-line therapies

A relevant IgE-reactive 28 kDa protein identified from Salsola kali pollen extract by proteomics is a natural degradation product of an integral 47 kDa polygalaturonase

[EN] A highly prevalent IgE-binding protein band of 28 kDa is observed when Salsola kali pollen extract is incubated with individual sera from Amaranthaceae pollen sensitized patients. By an immunoproteomic analysis of S. kali pollen extract, we identified this protein band as an allergenic polygalacturonase enzyme. The allergen, named Sal k 6, exhibits a pI of 7.14 and a molecular mass of 39,554.2 Da. It presents similarities to Platanaceae, Poaceae, and Cupressaceae allergenic polygalacturonases. cDNA-encoding sequence was subcloned into the pET41b vector and produced in bacteria as a His-tag fusion recombinant protein. The far-UV CD spectrum determined that rSal k 6 was folded. Immunostaining of the S. kali pollen protein extract with a rSal k 6-specific pAb and LC-MS/MS proteomic analyses confirmed the co-existence of the 28 kDa band together with an allergenic band of about 47 kDa in the pollen extract. Therefore, the 28 kDa was assigned as a natural degradation product of the 47 kDa integral polygalacturonase. The IgE-binding inhibition to S. kali pollen extract using rSal k 6 as inhibitor showed that signals directed to both protein bands of 28 and 47 kDa were completely abrogated. The average prevalence of rSal k 6 among the three populations analyzed was 30%, with values correlating well with the levels of grains/m(3) of Amaranthaceae pollen. Sal k 6 shares IgE epitopes with Oleaceae members (Fraxinus excelsior, Olea europaea and Syringa vulgaris), with IgE-inhibition values ranging from 20% to 60%, respectively. No IgE-inhibition was observed with plant-derived food extracts.This work was supported by grants SAF2011-26716 and SAF2014-53209-R from the Ministerio de Economia y Competitividad and RIRAAF Network RD12/0013/0015 from the ISCIII. R.B. was a fellow of the Ramon y Cajal program of the Ministerio de Economia y Competitividad (Spain). C.O-S. is supported by a contract of the Programa Operativo de Empleo Juvenil y la Iniciativa de Empleo Juvenil (YEI) with the participation of the Consejeria de Education, Juventud y Deporte de la Comunidad de Madrid y del Fondo Social Europeo.Mas-García, S.; Oeo-Santos, C.; Cuesta-Herranz, J.; Díaz-Perales, A.; Colás, C.; Fernández, J.; Barber, D.... (2017). A relevant IgE-reactive 28 kDa protein identified from Salsola kali pollen extract by proteomics is a natural degradation product of an integral 47 kDa polygalaturonase. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics. 1865(8):1067-1076. https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2017.05.007S106710761865

Metodología para el trabajo con géneros discursivos académicos

Este libro está destinado en primer lugar, a profesores, para que puedan aplicar las guías expuestas o elaborar otras similares con el mismo propósito; también a investigadores, en virtud de la «doble naturaleza» del discurso académico, por cuanto concierne a textos que responden a una situación comunicativa específica cuyos rasgos son, precisamente, el reflejo de los recursos expresivos que se pretenden enseñar mediante la práctica universitaria (Jiménez Calderón, 2015); y por último, a los estudiantes universitarios, que encontrarán en las guías expuestas una orientación muy específica para la elaboración de los géneros discursivos académicos a los que se refieren. INDICE: • Introducción: metodología para el trabajo con géneros discursivos académicos • Guía para la elaboración de abstracts • Guía para desenmarañar el comentario de textos lingüísticos • Pautas para el uso del aprendizaje colaborativo en una asignatura de lingüística • El comentario filológico de textos históricos • Elaboración de trabajos monográficos de primer curso • Guía para la elaboración de reseñas • Guía ortotipográfica para la presentación de trabajos de géneros académicos redactados en lengua francesa • Guía para la elaboración de trabajos académicos en el ámbito de la filología clásica • Guía para la elaboración de comentarios de textos poéticos en el área de literatura española • Guía para la elaboración de comentarios de textos narrativos en el área de literatura española • Guía para la elaboración de comentarios de textos literarios (dramática) • Guía para la elaboración de comentarios de textos literarios (ensayística) • El delicado asunto de las exposiciones orales… consejos de un neófito en la materia a un aprendiz de orador • Guía para la elaboración de comentarios de obras de historia del arte • Guía para la elaboración de trabajos monográficos en el área de historia del arte (nivel de grado) • Guía para la elaboración de trabajos prácticos en la fase inicial del grado en geografía y ordenación del territorio: «técnicas geográficas para el análisis territorial»This book is primarily intended for teachers, so that they can apply the guidelines or develop similar ones for the same purpose; Also to researchers, by virtue of the "double nature" of academic discourse, insofar as it concerns texts that respond to a specific communicative situation whose features are precisely the reflection of the expressive resources that are intended to be taught through university practice (Jiménez Calderón, 2015); And finally, to the university students, who will find in the guides exposed a very specific orientation for the elaboration of the academic discursive genres to which they refer

Group intervention to promote healthy habits in the workplace: IPHASAL Program

Artículo original[ES] Introducción: Las enfermedades cardiovasculares constituyen un grave problema de salud pública. El ámbito la boral es óptimo para intervenir sobre los factores de riesgo cardiovascular. El objetivo es evaluar una intervención grupal de promoción de hábitos saludables (programa IPHASAL) mediante apoyo entre iguales en el ámbito laboral. Método: En el programa participaron 325 trabajadores de 13 empresas con factores de riesgo cardiovascular (hiper tensión, tabaquismo, exceso de peso, inactividad física). Antes y después del programa se midió peso y altura, ten sión arterial y se pasó un cuestionario sobre hábitos de salud. El programa consistía en asistir a talleres formativos y sesiones grupales en las que los participantes compartían experiencias, conocimientos y progresos sobre hábitos saludables. El resultado se midió con el Índice Fuster BEWAT (IFB), calculado con la puntuación de 5 variables: ten sión arterial, ejercicio, peso, alimentación y tabaco.Resultados: Los participantes sin criterios de exclusión en el proyecto fueron 273. El 79% asistió a 3 o más talleres y el 73,9% acudió a 3 o más sesiones. Todos los parámetros del IFB mejoraron significativamente tras el programa, siendo el mayor incremento en la actividad física y el menor en el tabaquismo. El IFB total aumentó un 17,4% (1,5 puntos), siendo superior el aumento en mujeres (19,6%) que en hombres (14,0%) y en el grupo más joven (21,6%). Conclusiones: La intervención grupal IPHASAL es aplicable al ámbito laboral y contribuye a mejorar el perfil de riesgo cardiovascular, ayudando a los trabajadores a potenciar el cambio hacia estilos de vida.[EN] Introduction: Cardiovascular disease is a major public health problem. The workplace is an optimal setting to intervene on cardiovascular risk factors. The aim is to evaluate a group intervention to promote healthy habits (IPHASAL program) through peer support in the workplace.Method: The program involved 325 workers in 13 companies with cardiovascular risk factors (hypertension, smoking, overweight, physical inactivity). Before and after the program, weight and height, blood pressure were measured and a questionnaire on health habits was administered. The program consisted of training workshops and group sessions in which participants shared experiences, knowledge and progress on healthy habits. The outcome was measured with the Fuster BEWAT Index (FBI), calculated with the score of 5 variables under study: blood pressure, exercise, weight, diet and smoking. Results: Participants without exclusion criteria in the project were 273. 79% attended 3 or more workshops and 73.9% attended 3 or more sessions. All FBI parameters improved significantly after the program, with the largest increase in physical activity and the smallest increase in smoking. Total FBI increased by 17.4% (1.5 points), with a higher increase in women (19.6%) than in men (14.0%) and in the youngest group (21.6%). Conclusions: The IPHASAL group program is applicable to the workplace and contributes to improving the cardiovascular risk profile, helping workers to promote change towards healthy lifestyles.N