MyKey: a server-side software to create customized decision trees

To facilitate the identification of specimens, biodiversity informatics has developed numerous new computer-aided tools which compete with the old, printed single access keys. Free access keys are accessible for many different taxonomic groups, but key-generating software are also helpful to construct single access keys. This paper presents a midfield solution to create customized decision trees (single access keys) through an interactive webbased interface. This solution offers an online service to create keys according to the parameters and context chosen by the final users themselves. It is also useful for the administrator of this online system, because of low-maintenance needs, limited to configuration files when new knowledge bases are added on the server side. Presently, the software is available with a French interface at the following URL: http://baron.snv.jussieu.fr/cgi-bin/david/MyKey.cgi

Detecting information flow direction in multivariate linear and nonlinear models

International audienceIn this paper we present an approach to analyze the direction of information flow between time series involving bidirectional relations. The intuitive idea comes from a first study dedicated to the so-called phase slope index, which is a measure originally developed to detect unidirectional relations and is based on the complex coherence function. In order to detect bidirectional flows, we propose two new causality indices supplying the previous index with two other functions, the directed coherence function and the directed transfer function. Moreover, to cope with the inability of the approaches based on coherence (ordinary or directed) or on directed transfer function to distinguish between direct and indirect relations, we propose another causality index based on the partial directed coherence to identify only direct relations. Experimental results show that some challenges have promising solutions through the use of this new indicator dealing with both linear and nonlinear multivariate models

Optimisation d'un filtre d'annulation d'écho sous contrôle d'un détecteur de parole locale

Ce travail s'inscrit dans le cadre de l'annulation d'écho acoustique pour les télécommunications mains-libres et a pour objectif de prendre en compte le phénomène de double parole pour maintenir les performances de l'annuleur d'écho à un niveau comparable à celui obtenu en présence d'écho seul. Un détecteur basé sur la cohérence partielle permet de décider de la présence du signal désiré et par là-même de bloquer l'adaptation des coefficients du filtre sur ce type de séquence. Une mise en mémoire de ces coefficients permet de prendre en compte le retard à la détection et donne lieu à deux approches voisines. Celles-ci conduisent à un écho résiduel de puissance très inférieure à celle obtenue en entretenant l'adaptation. La perturbation apportée par le signal provenant du locuteur local est annihilée

On the evaluation of the conversational speech quality in telecommunications

International audienceIn this paper we propose an objective method to assess speech quality in the conversational context by taking into account the talking and listening speech qualities and the impact of delay. This approach is applied to the results of four subjective tests on the effects of echo, delay, packet loss and noise. The dataset is divided into training and validation sets. For the training set, a multiple linear regression is applied to determine a relationship between conversational, talking and listening speech qualities and the delay value. The multiple linear regression leads to an accurate estimation of the conversational scores with high correlation and low error between subjective and estimated scores, both on the training and validation sets. In addition, a validation is performed on the data of a subjective test found in the literature which confirms the reliability of the regression. The relationship is then applied to an objective level by replacing talking and listening subjective scores with talking and listening objective scores provided by existing objective models, fed by speech signals recorded during the subjective tests. The conversational model achieves high perfor- mance as revealed by comparison with the test results and with the existing standard methodology “E-model”, presented in the ITU-T (International Telecommunication Union) Recommendation G.107

Convergence locale de filtres en cascade. Application à l'annulation d'écho non linéaire

Cet article décrit un algorithme d'annulation d'écho acoustique non linéaire traitant plus particulièrement des distorsions dues au haut-parleur. La structure proposée est composée de deux modules adaptatifs organisés en cascade. L'étude théorique de la convergence de systèmes en cascade est réalisée à l'aide de filtres de Wiener et met en évidence le phénomène de convergence locale. Une stratégie d'adaptation est proposée permettant de stabiliser le système : des résultats sur signaux réels sont donnés qui montrent la stabilité de l'algorithme et sa supériorité comparé à un filtrage adaptatif linéaire

Etude théorique d'un estimateur de cohérence entre signaux périodiques bruités

Ce papier traite de l'analyse d'un outil de cohérence pour l'étude de relations entre voies dans le contexte de potentiels évoqués auditifs et plus particulièrement de l'étude statistique d'un estimateur de cohérence appliqué à des signaux présentant un caractère périodique. Un certain nombre de réponses individuelles sont disponibles, suite à l'émission d'un stimulus sonore envoyé périodiquement. Pour un nombre suffisant de ces réponses, on peut définir un estimateur de la cohérence. Sous certaines hypothèses, on établit une expression simplifiée de cette quantité et on étudie sa distribution et sa valeur moyenne. Les résultats montrent une adéquation entre l'étude théorique et les données obtenues par simulation

Routine molecular profiling of cancer: results of a one-year nationwide program of the French Cooperative Thoracic Intergroup (IFCT) for advanced non-small cell lung cancer (NSCLC) patients.

International audienceBackground: The molecular profiling of patients with advanced non-small-cell lung cancer (NSCLC) for known oncogenic drivers is recommended during routine care. Nationally, however, the feasibility and effects on outcomes of this policy are unknown. We aimed to assess the characteristics, molecular profiles, and clinical outcomes of patients who were screened during a 1-year period by a nationwide programme funded by the French National Cancer Institute. Methods This study included patients with advanced NSCLC, who were routinely screened for EGFR mutations, ALK rearrangements, as well as HER2 (ERBB2), KRAS, BRAF, and PIK3CA mutations by 28 certified regional genetics centres in France. Patients were assessed consecutively during a 1-year period from April, 2012, to April, 2013. We measured the frequency of molecular alterations in the six routinely screened genes, the turnaround time in obtaining molecular results, and patients' clinical outcomes. This study is registered with ClinicalTrials.gov, number NCT01700582. Findings 18 679 molecular analyses of 17 664 patients with NSCLC were done (of patients with known data, median age was 64·5 years [range 18–98], 65% were men, 81% were smokers or former smokers, and 76% had adenocarcinoma). The median interval between the initiation of analysis and provision of the written report was 11 days (IQR 7–16). A genetic alteration was recorded in about 50% of the analyses; EGFR mutations were reported in 1947 (11%) of 17 706 analyses for which data were available, HER2 mutations in 98 (1%) of 11 723, KRAS mutations in 4894 (29%) of 17 001, BRAF mutations in 262 (2%) of 13 906, and PIK3CA mutations in 252 (2%) of 10 678; ALK rearrangements were reported in 388 (5%) of 8134 analyses. The median duration of follow-up at the time of analysis was 24·9 months (95% CI 24·8–25·0). The presence of a genetic alteration affected first-line treatment for 4176 (51%) of 8147 patients and was associated with a significant improvement in the proportion of patients achieving an overall response in first-line treatment (37% [95% CI 34·7–38·2] for presence of a genetic alteration vs 33% [29·5–35·6] for absence of a genetic alteration; p=0·03) and in second-line treatment (17% [15·0–18·8] vs 9% [6·7–11·9]; p<0·0001). Presence of a genetic alteration was also associated with improved first-line progression-free survival (10·0 months [95% CI 9·2–10·7] vs 7·1 months [6·1–7·9]; p<0·0001) and overall survival (16·5 months [15·0–18·3] vs 11·8 months [10·1–13·5]; p<0·0001) compared with absence of a genetic alteration. Interpretation Routine nationwide molecular profiling of patients with advanced NSCLC is feasible. The frequency of genetic alterations, acceptable turnaround times in obtaining analysis results, and the clinical advantage provided by detection of a genetic alteration suggest that this policy provides a clinical benefit

White-to-brown metabolic conversion of human adipocytes by JAK inhibition

The rising incidence of obesity and related disorders such as diabetes and heart disease has focused considerable attention on the discovery of novel therapeutics. One promising approach has been to increase the number or activity of brown-like adipocytes in white adipose depots, as this has been shown to prevent diet-induced obesity and reduce the incidence and severity of type 2 diabetes. Thus, the conversion of fat-storing cells into metabolically active thermogenic cells has become an appealing therapeutic strategy to combat obesity. Here, we report a screening platform for the identification of small molecules capable of promoting a white-to-brown metabolic conversion in human adipocytes. We identified two inhibitors of Janus Kinase (JAK) activity with no precedent in adipose tissue biology that stably confer brown-like metabolic activity to white adipocytes. Importantly, these metabolically converted adipocytes exhibit elevated UCP1 expression and increased mitochondrial activity. We further found that repression of interferon signalling and activation of hedgehog signalling in JAK-inactivated adipocytes contributes to the metabolic conversion observed in these cells. Our findings highlight a novel role for the JAK/STAT pathway in the control of adipocyte function and establish a platform to identify compounds for the treatment of obesity

Varia

Pour son dixième anniversaire, le Courrier du CIBP paraît en avance, et sous une couverture nouvelle, sur laquelle nos lecteurs reconnaîtront l’œuvre de Philippe Durin qui assure notre publicité depuis 1987. Plutôt que de présenter dans ce numéro d’anniversaire le bilan d’une activité que nos correspondants connaissent bien, nous avons tenté d’y manifester la double vocation du CIBP, locale et internationale, en une année 1988 qui fut féconde. De cet enracinement régional témoigne aujourd’hui notre article principal : depuis plusieurs années, afin de faire du Courrier du CIBP un outil indispensable aux chercheurs pascaliens, nous publions des documents inconnus révélés par les recherches de nos correspondants : après la quittance signée Pascal éditée par Jean Mesnard, après l’Usage de la Machine (Courrier n° 8) et La Folie du Vide (Courrier n° 9), nous proposons à nos lecteurs le travail d’un chercheur clermontois : Madame Régine Pouzet a depuis plusieurs années dépouillé sous la direction de Mademoiselle Leclercq, Conservateur des Archives départementales du Puy-de-Dôme, les actes qui révèlent l’histoire du patrimoine familial Périer-Pascal. Je tiens pour symbolique que cette recherche n’ait pas seulement enrichi notre connaissance historique, mais qu’elle ait aussi pu accroître notre familiarité quotidienne avec Pascal, puisqu’elle a permis à Madame Pouzet de retrouver à Clermont-Ferrand une maison pascalienne oubliée depuis longtemps, comme on le verra dans nos « Nouvelles ». Cependant notre audience internationale se manifestait à l’autre bout du monde, avec le colloque « Pascal, Port-Royal, Orient, Occident » (septembre 1988) qui se tenait au Japon. La réussite de ce colloque et du voyage culturel qui y fut associé répond pleinement à la vocation du CIBP. Les enregistrements des conférences nous ont d’ores et déjà été adressés par nos amis japonais : ils donnent une haute idée de ce que sera la publication qui se dessine. Gérard Ferreyrolles donne dans le présent Courrier un bref compte­ rendu des discussions ; quelques correspondants ont bien voulu nous fournir des clichés qui rappelleront aux voyageurs de bons souvenirs et feront rêver les autres

Influence de non-linéarités d'ordre 2 de Volterra sur l'algorithme LMS

Cet article décrit de manière théorique l'Annulation d'Écho Acoustique réalisée par un algorithme LMS en présence de non-linéarités avec mémoire dans le canal à identifier. Les non-linéarités, modélisées par un filtre polynomial de Volterra d'ordre 2, sont appliquées en amont du canal acoustique linéaire. Le comportement du filtre adaptatif et de l'Erreur Quadratique Moyenne en sa sortie sont dérivées en présence de données gaussiennes. Des simulations de Monte-Carlo valident les calculs théoriques