Identificación y caracterización de nuevos genes de predisposición al cáncer colorrectal familiar

[spa] INTRODUCCIÓN El cáncer colorrectal (CCR) representa una de las neoplasias más frecuentes a nivel mundial. Los casos de CCR se pueden clasificar en formas esporádicas, hereditarias y familiares en base a la agregación familiar. Las formas hereditarias están causadas por mutaciones germinales de alta penetrancia en genes conocidos que se transmiten en la familia, provocando una fuerte agregación y aparición temprana de la enfermedad. El CCR familiar se caracteriza por la presencia de cierta agregación y causas genéticas de predisposición desconocidas, siendo en algunos casos la agregación familiar tan fuerte como en las formas hereditarias. Estos casos son sugestivos de estar causados por variantes de alta penetrancia en genes aún por identificar. Para detectar la causa germinal de predisposición en las familias con agregación para CCR existen distintas estrategias, siendo la secuenciación de nueva generación una manera de analizar grandes cantidades de datos de forma rápida y económica. La secuenciación del exoma, consistente en secuenciar toda la región codificante del genoma, es una aproximación útil para detectar variantes de alta penetrancia causantes de enfermedades con herencia mendeliana. OBJETIVOS 1) Identificación de nuevos genes candidatos implicados en cáncer colorrectal familiar mediante secuenciación completa del exoma. 2) Implementación de una metodología automática de filtrado y priorización de variantes genéticas a partir de los datos de secuenciación del exoma. 3) Búsqueda de nuevas vías de señalización relacionadas con la aparición de cáncer colorrectal familiar. 4) Cribado de los genes POLE y POLD1 en pacientes con múltiples pólipos o CCR de aparición temprana. ARTÍCULOS (METODOLOGÍA Y RESULTADOS) La metodología y resultados de esta tesis se recogen en tres artículos, siendo los dos primeros estudios de secuenciación del exoma en familias con fuerte agregación para CCR y sin alteraciones germinales en los genes hereditarios APC, MUTYH o los genes de Lynch (Whole-exome sequencing identifies rare pathogenic variants in new predisposition genes for familial colorectal cancer. Genetics in Medicine 2015;17:131-42; The Fanconi anemia DNA damage repair pathway in the spotlight for germline predisposition to colorectal cancer). European Journal of Human Genetics 2016 May 11 doi: 10.1038/ejhg.2016.44). Por otro lado, el tercer estudio se basa en la búsqueda de mutaciones en el dominio exonucleasa de los nuevos genes hereditarios POLE y POLD1 en 155 casos con múltiples pólipos o CCR de aparición temprana mediante secuenciación convencional Sanger (POLE and POLD1 screening in 155 patients with multiple polyps and early-onset colorectal cancer. Scientific reports, en revisión). DISCUSIÓN Los dos primeros estudios, al tener una metodología similar debido a que las técnicas realizadas son las mismas con pequeñas modificaciones en el análisis de datos, se comentan juntos. Se argumenta la adecuación de la tecnología utilizada, la selección de pacientes, la implementación de la metodología de anotación y filtrado de variantes, los genes candidatos de predisposición identificados mediante estos estudios y por último qué estudios adicionales se podrían realizar para reforzar la evidencia de estos descubrimientos. La discusión del tercer artículo incluye la tecnología utilizada, las características de los pacientes secuenciados y las variantes detectadas en nuestro estudio (incluyendo una variante de cambio aminoacídico para la cual se realizan múltiples experimentos para comprobar su patogenicidad).[eng] Colorectal cancer (CRC) is one of the most common tumours and an important cause of mortality in the developed world. It is caused by environmental and genetic factors, with 35% of the variation in CRC susceptibility probably explained by inherited causes. The best known examples of inherited CRC predisposition are Mendelian forms such as Lynch syndrome and familial adenomatous polyposis. They account for ~5% of all cases, and are due to germline mutations in APC, MUTYH and the mismatch repair (MMR) genes, which confer a high risk of developing this disease. However, there is still a considerable number of cases with strong familial CRC aggregation and early disease onset with an unknown inherited genetic basis. Next generation sequencing is a good strategy to identify the germline predisposition cause in these cases, being exome sequencing a cost-efective approximation, useful for detecting high penetrance variants. This thesis is focused on the identification of new CRC predisposition genes through whole-exome sequencing in families with a strong aggregation for CRC and no alterations in the genes responsible for the classical hereditary forms. This strategy led to the publication of two papers: * Whole-exome sequencing identifies rare pathogenic variants in new predisposition genes for familial colorectal cáncer. Genetics in Medicine 2015;17:131-42 * The Fanconi anemia DNA damage repair pathway in the spotlight for germline predisposition to colorectal cancer. European Journal of Human Genetics 2016 May 11 doi: 10.1038/ejhg.2016.44 On the other hand, another study was conducted with the aim to find pathogenic variants in the exonuclease domain of the recently discovered hereditary genes POLE and POLD1, in a cohort of 155 Spanish patients, using conventional Sanger sequencing. A paper including the results of this study has been submitted * POLE and POLD1 screening in 155 patients with multiple polyps and early-onset colorectal cáncer. Scientific Reports (under revision

Tipo de lonchera y nivel de hemoglobina en niños de 2 a 5 años, Centro social aldeas infantiles, Huáscar, 2017

La lonchera preescolar se fundamenta en que es una entrecomida de las principales y que aporta entre el 10 al 15% energético total del día. Teniendo en cuenta este aporte y que además la población estudiada asistía al Centro Social Aldeas Infantiles sin desayunar representando entre el 15 a 20% del aporte energético total se pensó que podría existir una relación significativa entre el tipo de lonchera y el nivel de hemoglobina. El objetivo del estudio fue determinar la relación que existe entre el tipo de lonchera y el nivel de hemoglobina en niños de 2 a 5 años, Centro Social Aldeas Infantiles, Huáscar, 2017. El estudio fue correlacional de diseño no experimental correlacional de tipo cuantitativa no experimental de nivel básico descriptivo. La población estuvo conformada por 150 niños de los cuales se seleccionó una muestra de 108 niños. Según los resultados la composición, practicidad, variedad, idoneidad de la lonchera preescolar en el estudio resultaron ser adecuadas en un 74.1%, 99.1%, 98.1%,76.9%, 79.6% respectivamente. El nivel de hemoglobina en el estudio determinó que el 24% de los niños de edad preescolar de entre 2 a 5 años tienen anemia ferropénica, 23 con anemia leve y 3 con anemia moderada. Sin embargo, no se halló una asociación significativa entre ambas variables (p>0,05). Se concluye en que la mayoría de niños de edad preescolar tiene un tipo de lonchera preescolar adecuada y un valor de hemoglobina normal, pero no hay una asociación significativa entre ellas

Rescate de niños, niñas y adolescentes en condición de riesgo que viven al interior del Centro de Rehabilitación Social Femenino de la ciudad de Quito

La siguiente investigación trata de establecer una propuesta que sirva como referente en la ayuda a los menores hijos de personas privadas de la libertad que viven al interior del Centro de Rehabilitación Social Femenino de la ciudad de Quito. Se trata de enfocar la importancia de los niños, niñas y adolescentes como un grupo social prioritario que debe ser atendido y guiado, de acuerdo a sus necesidades y enfocando los paradigmas de la Gestión Social, pero sobre todo haciendo énfasis en el valor del Desarrollo Humano como eje principal en el desarrollo de la sociedad y como este se encuentra vinculado estrechamente con los derechos humanos para su mejor interpretación y aplicación

Machine learning-driven hybrid optimization based on decision diagrams

RÉSUMÉ: Les problèmes d’optimisation combinatoire se posent dans de nombreux domaines des mathématiques et de l’informatique, ainsi que dans des applications telles que l’ordonnancement et la planification. Malgré des décennies de développement des différentes technologies d’optimisation, certains problèmes combinatoires restent encore difficiles à résoudre. Le développement d’outils d’optimisation génériques pour résoudre ces problèmes difficiles est donc un domaine de recherche actif et continu. Dans cette thèse, nous proposons de nouveaux mécanismes d’optimisation hybrides qui exploitent les avantages complémentaires de différents paradigmes, à savoir, (i) l’optimisation basée sur les diagrammes de décision (ODD), (ii) la programmation en nombres entiers (PNE), et (iii) l’apprentissage automatique (AA) pour améliorer les méthodes d’optimisation. Dans une première contribution, nous explorons l’utilisation de l’AA pour discriminer la difficulté des instances uniquement en fonction de caractéristiques spécifiques du problème. Nous montrons que l’AA peut effectivement révéler des patrons cachés sur le problème qui rendent sa résolution facile ou difficile par un solveur de PNE. De plus, les fonctions apprises (classificateurs) se révèlent utiles pour fournir des informations au solveur de PNE afin d’ajuster sa configuration et d’augmenter sa performance. Deuxièmement, nous proposons une approche d’optimisation hybride en combinant l’ODD et la PNE. Nous nous appuyons sur le rôle que les diagrammes de décision (DD) de taille limitée peuvent jouer en tant qu’arbre de recherche. De plus, nous exploitons la machinerie très developpée des solveurs PNE pour concevoir de nouveaux mécanismes permettant d’explorer, de manière collaborative, l’espace de solution. En outre, l’AA est utilisé pour améliorer les performances du solveur hybride en fournissant des informations utiles lors de l’exploration. Les expériences de calcul montrent que si une structure appropriée est révélée, l’approche intégrée est supérieure aux solveurs basées soit uniquement sur les DD, soit sur la PNE. Enfin, dans une troisième contribution, une nouvelle représentation du problème basée sur les DD est proposée pour le problème quadratique du stable maximum, une version plus difficile et non linéaire du problème du stable maximum. De plus, un algorithme hybride ODD-PNE est étendu en considérant les fonctionnalités de programmation quadratique d’un solveur PNE et une intégration plus étroite de l’AA pour guider l’exploration de l’espace de solution. L’algorithme proposé est plus performant qu’un solveur basé sur la programmation semi-définie et deux solveurs PNE commerciaux majeurs.----------ABSTRACT: The discrete and finite nature of combinatorial optimization problems arises in many areas of mathematics and computer science as well as in applications such as scheduling and planning.Despite decades of development and remarkable speedups in general-purpose solvers, some combinatorial problems are still difficult to be solved. The design of generic optimization solvers to tackle such challenging problems is a continuous and active research area. In this dissertation, we propose novel hybrid optimization mechanisms that exploit complementary strengths from different paradigms. The integrated mechanisms leverage (i) the decision diagram-based optimization (DDO) solving approach, (ii) a more mature technology such as mixed-integer programming (MIP), and, finally, (iii) the use of machine learning (ML) to enhance optimization methods. In a first contribution, we explore the use of ML for combinatorial optimization. We employ a learning framework to discriminate instance hardness as a function of problem-specific features. We show that ML can effectively reveal hidden patterns that make the problem either easy or difficult to be solved through a MIP solver. Moreover, the trained classifiers prove useful to adjust the MIP solver configuration and boost the performance. Second, we propose a hybrid optimization approach combining DDO and MIP. We rely on the role that limited-size DDs play as a search tree. We then exploit the mature machinery of MIP solvers and design novel mechanisms to explore, in a collaborative way, the solution space. In addition, ML is employed to enhance the hybrid solver performance by providing useful information during search. Computational experiments show that if suitable structure is revealed, the integrated approach outperforms both stand-alone DD and MIP solvers. Finally, in a third contribution, a novel problem representation based on DDs is proposed for the quadratic stable set problem, a more difficult and nonlinear version of the maximum independent set problem. Furthermore, a hybrid DD-MIP algorithm is extended by considering the quadratic programming capabilities of a MIP solver and a more tightly integration of ML to guide the exploration of the solution space. The proposed algorithm provides state-of-theart results when compared with a semidefinite programming-based solver and two leading commercial MIP solvers

La importancia de la familia en el aprendizaje de los niños

This scientific paper aims to disclose, from a constructivist perspective, the importance of family as an educational agent within teaching and learning processes; its role in their actions, in the manifestation of the values, attitudes and skills that children acquire, and in their functioning within educational institutions. The goal is for the reader to know, from another perspective, how family plays a role in children’s integral and autonomous development, with the purpose of ensuring that each action meaningfully influences their development and is reflected on their daily life.Este artículo científico tiene como finalidad dar a conocer, desde una visión constructiva, la importancia de la familia como agente educador en los procesos de enseñanza y aprendizaje; su rol en el actuar, en la puesta en escena de los valores, actitudes y habilidades que los niños adquieren y en su desenvolvimiento en las instituciones educativas. Se busca que el lector conozca, desde otra perspectiva, cómo la influencia de la familia hace parte del desarrollo integral y autónomo de los niños y las niñas, en aras de garantizar que cada acción influya significativamente en su desarrollo y se vea reflejado en su diario vivir

Viabilidad económica de implementar Fuentes No Convencionales de Energía en el municipio de Acandí, Chocó

Las decisiones que toman los individuos y las corporaciones, por lo general son el resultado de elegir una alternativa de inversión sobre otra. A menudo dichas decisiones reflejan la elección fundamentada de una persona o empresa sobre cómo invertir mejor sus fondos. El presente trabajo define las tecnologías de generación de energía eléctrica (Sistemas Fotovoltaicos, Sistemas Eólicos, Pequeñas Centrales Hidroeléctricas, Energía de Biomasa y Grupos Electrógenos) y su potencial para ser implementadas en las Zonas No Interconectadas de Colombia (ZNI). Posteriormente se realizó una breve descripción del municipio de Acandí-Choco, el cual se escogió como caso de estudio por hacer parte de las ZNI de Colombia. Seguidamente se determinó el potencial teórico energético para cada una de las tecnologías estudiadas, concluyendo que de las Fuentes No Convencionales de Energía (FNCE) solo los Sistemas Fotovoltaicos y Eólicos poseen el potencial para ser implementados. Más adelante se calculan los parámetros técnicos asociados a la generación de energía: Demanda de Energía, Demanda de Potencia, Factor de Carga y Factor de Disponibilidad. Acto seguido calculamos los costos asociados a la implementación de las tecnologías: Costos de Inversión y Costos de Operación y Mantenimiento Fijos y Variable. Por último, se evaluará la viabilidad económica de implementar cada una de las tecnologías teniendo en cuenta su Costo Anual Presente Equivalente, Tasa Interna de Retorno, Razón Costo Beneficio y Período de Recuperación de la Inversión.The choices made by individuals and corporations are usually the result of choosing an investment alternative over another. Often such decisions reflect the informed choice of a person or company on how to best invest their funds. The present work defines the technologies of electric power generation (Photovoltaic Systems, Wind Systems, Small Hydropower Plants, Biomass Energy and Generating Groups) and their potential to be implemented in the Non-Interconnected Zones of Colombia (ZNI, in Spanish). A short description was then made of the municipality of Acandí-Choco, which was chosen as a case study for being part of the ZNI of Colombia. Then the theoretical energy potential for each of the technologies studied was determined, concluding that of the Non-Conventional Energy Sources (FNCE, in Spanish) only the Photovoltaic and Wind Energy Systems have the potential to be implemented. The technical parameters associated with power generation are calculated below: Power Demand, Power Demand, Load Factor and Availability Factor. We then calculate the costs associated with the implementation of the technologies: Investment Costs and Costs of Operation and Maintenance Fixed and Variable. Finally, the economic feasibility of implementing each of the technologies will be evaluated taking into account their Present Annual Equivalent Cost, Internal Rate of Return, Cost Benefit Ratio and Investment Recovery Period

Effect of the temperature in adsorption phenomena of water onto Sub-Bituminous coal

The presence of water in coal presents a technological challenge for its industrial use in energetic processes. Therefore, this study aims to study the temperature effect on the water adsorption onto coals at 21, 30, 40 and 50°C. A Colombian bituminous coal was used as sample. The coal was characterized by nitrogen adsorption at 77 K (SBET), Scanning electron microscopy (SEM), Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy, elemental analysis (C-H-N elemental). The results showed that the water uptake increased as the vapor pressure increased. The Talu and Meunier model [1] was used to fit the adsorption isotherms, and the mean square root error (MSRE%) was lower than 10%. Additionally, the Gibbs free energy was found to have negative values, which corroborates the spontaneous adsorption process

Registres ornitològics

Abstract not availabl

Hysteroscopic findings and intrauterine pathology treatment in Mexican infertile women

Background: Hysteroscopy is a minimally invasive approach in gynecologic surgery and one of the main procedures performed on women undergoing fertility treatments. Intrauterine pathology negatively affects fertility by decreasing endometrial receptivity and embryo implantation success, and its prevalence has been reported between 19% and 62%. The aim of our study was to describe the hysteroscopic findings, prevalence of intrauterine pathology, the instruments used for the treatment of structural lesions in Mexican infertile women; and to compare the relationship of positive findings with the type of infertility. Methods: This was a descriptive, cross-sectional study conducted at fertility clinic at a private hospital. Results: We evaluated 191 hysteroscopies; the mean age of women was 35.5+3.2 years and the mean time of infertility 5.7+3.2 years. Primary infertility was the most prevalent (79.1%). In 118 cases (61.8%), uterine cavity abnormalities were diagnosed, the most frequent findings were: polyps (n=51, 26.7%), endometritis (n=30, 15.7%), fibroids (n=15, 7.6 %), synechiae (n=12, 6.5%), and müllerian anomalies (n=10, 5.3%). For structural pathology treatment, cold scissors and bipolar energy were used in 65.5% and 34.5%, respectively. Conclusions: Overall intrauterine pathology prevalence in our study population was 61.8%. Cold scissors and bipolar energy were used for structural lesions treatment. When comparing the relationship of hysteroscopic findings, no statistically significant difference was found in the presence of positive findings, with the type of infertility.