Evolution, gene regulation and functional analysis of BMP2 in fish

Bone morphogenetic proteins (BMPs) are multifunctional growth factors belonging to the transforming growth factor β (TGFβ) superfamily with a central role in bone formation and mineralization. BMP2, a founding member of this family, has demonstrated remarkable osteogenic properties and is clinically used to promote bone repair and fracture healing. Lack of basic data on factors regulating BMP2 expression and activity have hampered a better understanding of its role in bone formation and bone-related diseases. The objective of this work was to collect new functional data and determine spatiotemporal expression patterns in a fish system aiming towards a better understanding of BMP2 function and regulation. Transcriptional and post-transcriptional regulation of gilthead seabream BMP2 gene was inferred from luciferase reporter systems. Several bone- and cartilage-related transcription factors (e.g. RUNX3, MEF2c, SOX9 and ETS1) were found to regulate BMP2 transcription, while microRNA 20a was shown to affect stability of the BMP2 transcript and thus the mineralogenic capacity of fish bone-derived host cells. The regulation of BMP2 activity through an interaction with the matrix Gla protein (MGP) was investigated in vitro using BMP responsive elements (BRE) coupled to luciferase reporter gene. Although we demonstrated the functionality of the experimental system in a fish cell line and the activation of BMP signaling pathway by seabream BMP2, no conclusive evidence could be collected on a possible interaction beween MGP and BMP2. The evolutionary relationship among the members of BMP2/4/16 subfamily was inferred from taxonomic and phylogenetic analyses. BMP16 diverged prior to BMP2 and BMP4 and should be the result of an ancient genome duplication that occurred early in vertebrate evolution. Structural and functional data suggested that all three proteins are effectors of the BMP signaling pathway, but expression data revealed different spatiotemporal patterns in teleost fish suggesting distinct mechanisms of regulation. In this work, through the collection of novel data, we provide additional insight into the regulation, the structure and the phylogenetic relationship of BMP2 and its closely related family members.O sistema esquelético confere suporte e proteção ao organismo, permite o armazenamento de minerais e desempenha funções hematopoiéticas. Um dos seus principais componentes é o osso, um tecido conectivo especializado e constituído por uma matriz extracelular extensamente mineralizada. O processo de mineralização envolve mecanismos extremamente complexos que estão sujeitos a um rigoroso controlo a nível molecular, no qual estão envolvidas várias proteínas responsáveis pela diferenciação celular e pela síntese de matriz extracelular. Dentro deste conjunto de proteínas, destacam-se alguns fatores de crescimento essenciais ao mecanismo de mineralização tecidular, como é o caso das proteínas morfogenéticas do osso (BMPs). As BMPs pertencem à superfamília de fatores de crescimento de transformação β (TGFβ) e estão envolvidas em vários processos durante a embriogénese, organogénese, proliferação e diferenciação celular e mecanismos de formação óssea. Atualmente estão descritos e caracterizados mais de vinte membros pertencentes a esta família, que foram divididos em várias subfamílias, de acordo com a semelhança da estrutura primária das suas proteínas. A subfamília BMP2/4/16 à qual pertence a BMP2 foi uma das primeiras a ser identificada e caracterizada. A BMP2 é uma das proteínas que possui uma maior capacidade osteogénica e é, desde há muito tempo, considerada um potencial agente terapêutico para o tratamento de doenças relacionadas com o osso, sendo mesmo utilizada em alguns casos clínicos de fraturas ósseas. O conhecimento dos processos de formação óssea, bem como os mecanismos de regulação da BMP2, são por isso de extrema importância para uma melhor compreensão dos processos subjacentes ao desenvolvimento e progressão de algumas doenças ósseas. Assim, a BMP2 tem sido alvo de vários estudos, quer a nível de conhecimento da sua função, quer a nível de mecanismos de ação e processamento. Sabe-se que a BMP2 é uma proteína secretada para a matriz extracelular onde, através de um mecanismo de sinalização molecular, é responsável pela regulação de vários processos. O mecanismo de sinalização inicia-se quando dímeros de BMP2 se ligam aos respetivos recetores, presentes na superfície da célula, ativando assim uma cascata de sinalização molecular. Através de diferentes intermediários intracelulares, envolvidos na cascata de sinalização, a BMP2 é responsável pela regulação transcricional de vários genes-alvo. No entanto, e apesar dos vários estudos que foram feitos nesta área, o conhecimento existente acerca deste assunto é ainda bastante escasso. Neste sentido, o objetivo principal deste trabalho foi a recolha de novos dados funcionais e estruturais, que permitam uma melhor compreensão da função da BMP2. Para tal, e de modo a complementar o conhecimento existente, utilizámos o peixe como modelo alternativo aos sistemas de mamíferos. O peixe é atualmente reconhecido como um modelo válido para estudos do esqueleto de vertebrados para o qual existem já várias ferramentas que permitem análises in silico, in vitro e in vivo. Este trabalho envolveu o estudo da regulação do gene da BMP2 de dourada, tanto a nível transcricional como a nível pós-transcricional. Numa primeira fase, foram identificados potenciais reguladores transcricionais da BMP2 de dourada, através da análise in silico da região reguladora do gene. Dentro dos potenciais reguladores transcricionais, foram identificados vários fatores de transcrição com funções descritas ao nível do osso e da cartilagem, nomeadamente o RUNX3, SOX9, MEF2C e ETS1, que foram posteriormente testados a nível funcional através de ensaios repórter de luciferase. Em paralelo, no decorrer da caracterização de reguladores pós-transcricionais da BMP2, através da análise da região 3’ não traduzida (3’UTR) do seu mRNA, foi possível identificar um local de ligação para o miR-20a, conservado ao longo da evolução. A fim de melhor compreender os mecanismos de ação da BMP2, neste trabalho investigámos também possíveis parceiros desta proteína. A caraterização da interação entre a BMP2 e a proteína Gla da matriz (MGP), um conhecido inibidor da calcificação, foi avaliada através do uso de um sistema de elementos de resposta às BMPs, acoplado a um gene repórter, a luciferase. Embora tenhamos demonstrado a funcionalidade do sistema através da ativação do mecanismo de sinalização celular pela BMP2 de dourada, não foram obtidos dados conclusivos no que diz respeito à interação entre a BMP2 e a MGP. Finalmente, abordamos o aspecto evolutivo dos membros da subfamília BMP2/4/16 através da análise da sua distribuição taxonómica entre vários organismos vertebrados, bem como as relações filogenéticas existentes entre os vários membros desta subfamília. Foi demonstrado que a BMP16 divergiu antes da BMP2 e BMP4 na linhagem dos vertebrados e foi, provavelmente, o resultado de uma duplicação genómica que terá ocorrido ancestralmente. Dados estruturais sugerem uma conservação funcional das três proteínas, facto que foi confirmado pela capacidade de ativação dos mecanismos de sinalização das BMPs. No entanto, e apesar da conservação ao nível da região codante dos genes das BMP2, BMP4 e BMP16, as regiões não traduzidas são substancialmente diferentes, apontando para uma regulação diferencial dos três genes, como é aliás sugerido pelos distintos padrões de expressão observados para a BMP2, BMP4 e BMP16, tanto em linguado como em peixe zebra. Ao longo deste trabalho foram recolhidos novos dados que permitem uma melhor compreensão da função e regulação da BMP2. Foram igualmente obtidas informações relevantes acerca da filogenia molecular dos membros da subfamília das BMP2/4/16 que contribuíram para uma melhor compreensão e interpretação da complexa história evolutiva desta subfamília. No seu conjunto, os resultados deste trabalho contribuem para uma validação do uso dos peixes como um modelo alternativo na investigação de mecanismos moleculares envolvidos no processo de mineralização tecidular.Universidade do Algarve, Departamento de Ciências Biomédica

Identification of regulatory polymorphisms associated with breast cancer risk

Dissertação de Mestrado, Ciências Biomédicas, Departamento de Ciências Biomédicas e Medicina, Universidade do Algarve, 2014O cancro da mama é uma das patologias oncológicas mais comuns, e causa de morte mais frequente entre as mulheres. Trata-se de uma doença complexa com fatores genéticos e não genéticos envolvidos na sua etiologia. Até ao momento, o conhecimento adquirido acerca do risco genético não explica mais do que dois terços dos casos de cancro familiares permanecendo ainda por explicar cerca de 65% a 70%. Com os recentes avanços na tecnologia de microarrays e nos estudos de associação realizados a nível de genoma inteiro (genome-wide association studies, GWAS), têm surgido evidências que sugerem que as variantes cis-reguladoras podem ser importantes para o risco de cancro da mama. Variantes cis-reguladoras são polimorfismos que regulam a expressão de genes. Podem-no fazer através da modificação de elementos reguladores como, por exemplo: afetando a ligação de fatores de transcrição em promotores e elementos intensificadores Essas variantes são frequentes na população e contribuem para a variabilidade intra e inter -espécies. Com base nestas evidências, a nossa hipótese consiste em que a maioria dos polimorfismos comuns e associados a risco ainda por identificar podem ser também cis-reguladores. Deste modo, a procura para a restante suscetibilidade genética do cancro da mama deve centrar-se nas variantes com maior potencial cis-regulador. As variantes cis-reguladoras podem ser identificadas de diferentes formas, como por exemplo através de loci de características quantitativas de expressão (expression quantitative trait loci, eQTL) e análises de expressão diferencial alélica (differential allelic expression, DAE) em indivíduos heterozigóticos. DAE é uma abordagem que compara os níveis relativos de expressão dos dois alelos do mesmo gene em indivíduos heterozigóticos, utilizando um SNP transcrito (tSNP). Esta técnica tem revelado ser bastante eficaz, uma vez que compara os níveis de transcritos dos alelos dentro do mesmo contexto celular e de haplótipos, pelo que a influência de efeitos trans é eliminada (por exemplo concentração de fatores de transcrição no núcleo). Este trabalho teve dois grandes objetivos: o primeiro, a validação da dos resultados de DAE nos polimorfismos cis-reguladores identificados num estudo anteriormente realizado pela Prof. Ana Teresa Maia; o segundo, a identificação de novos loci envolvidos no risco para o cancro da mama. No estudo para validação da DAE, foi medida a quantidade relativa da expressão dos dois alelos de 10 SNPs, previamente identificados como apresentando DAE (rs2526935; rs10503416; rs10513376; rs7600326; rs6494466; rs10016; rs13265801; rs9250; rs8097892; rs1384) e de 4 SNPs sem DAE (rs2834653; rs710945; rs1477017 e rs10521). Foram utilizadas 18 amostras de tecido mamário de indivíduos saudáveis e os níveis da DAE foram determinados utilizando a técnica de PCR em tempo real específica alélica. As distribuições de DAE foram comparadas aplicando um Teste t de Student (t-test), o qual compara as médias da distribuição de rácios de DAE. No total dos 10 SNPs com DAE validámos 6 SNPs que eram consistentes com os resultados observados anteriormente. Apenas um de quatro SNPs sem evidências da DAE mostrou consistência com os resultados anteriores. Para o estudo de identificação de novos loci foi aplicada uma abordagem inovadora, a qual consiste no cruzamento de dados para cancro da mama publicados nos GWAS com os nossos dados de DAE. Esse cruzamento de dados é feito de acordo com a localização cromossómica, distância física (janelas de ±250kb a partir da variante com DAE) e padrões de desequilíbrio de ligação (linkage disequilibrium, LD). Com este exercício pretendemos testar se esta abordagem pode ajuda a priorizar os loci candidatos de GWAS para validação e posteriores análises funcionais. Este cruzamento de dados permitiu identificar vários loci que contêm SNPs associados com risco para cancro da mama e SNPs com DAE. Para uma análise inicial selecionaram-se dois loci: 17q22 (TOM1L1/COX11/STXBP4) e 12q24 (AACS), com base nos cenários de DAE, LD entre o tSNP de DAE e o SNP do GWAS. Esses dois loci foram inicialmente analisados para potenciais elementos reguladores e evidência funcional (promotores, intensificadores e ligação de fatores de transcrição) nos locais onde se encontram os candidatos a variantes cis-reguladoras. Para essa análise foram utilizadas uma base de dados, RegulomeDB, e um navegador de informação genómica, Genome Browser, que contêm informações sobre hipersensibilidade à desoxirribonuclease (DNAse), TFBS, e regiões promotoras, evidências obtidas em estudos in silico e/ou in vitro para variantes codificadoras e não codificadoras. No locus 17q22, foram encontrados 12 SNPs em sobreposição com regiões que contêm marcadores para elementos funcionais, tais como promotores e intensificadores. Sugerindo que esses podem possivelmente ter um efeito funcional através da regulação da expressão do gene. Posteriormente, analisaram-se os SNPs para a estrutura de LD nessa região e para identificação dos haplótipos na população os quais podem ser responsáveis pelo aumento ou diminuição na expressão dos genes. Foram identificados quatro haplótipos comuns associados com diferenças nos níveis de expressão. No locus 12q24, o tipo de análises realizadas foram as mesmas descritas para o outro locus. Para o locus 12q24 foram encontrados 13 SNPs em sobreposição com regiões contendo elementos reguladores o que sugere um possível efeito funcional na regulação da expressão dos genes. Todos SNPs foram também analisados para a estrutura de LD e identificação de haplótipos. Com base nessa análise, foram identificados quatro haplótipos comuns associados com as diferenças nos níveis de expressão. Essas variantes candidatas a serem cis-reguladoras foram selecionadas com base em análises in silico, utilizando ferramentas para a previsão de potenciais locais de ligação de fatores de transcrição. Posteriormente, 3 SNPs foram analisadas funcionalmente in vitro, numa linha celular de cancro da mama (HCC1954). Como os genes presentes em cada um dos loci mostraram evidências para a presença de variantes cis-reguladoras, decidiu-se validar os níveis de DAE em tecido de mama normal e compará-las com os níveis de DAE no sangue. Para essa análise usou-se um tSNP para cada gene (rs17817901 no COX11 e rs7138557 no AACS). Validaram-se os resultados da DAE, no tecido da mama, e para o AACS e observou-se que esses não são comparáveis com os níveis da DAE no sangue. Os nossos resultados não suportam, portanto, o uso de sangue em estudos de DAE em substituição para o tecido da mama, na aplicação futura em estudos de predisposição ao cancro da mama. Para averiguar se a DAE em ambos os loci está realmente associada com o risco de cancro de mama, foi realizado um estudo de caso-controlo. Foi encontrada uma associação significativa neste estudo, o que sugere que DAE em ambos os loci deve ser futuramente explorado como instrumento de previsão de risco para cancro da mama. Futuramente, uma análise mais aprofundada da regulação destes genes poderá levar também à compreensão da biologia de predisposição ao tumor e contribuir para o desenvolvimento de terapias futuras, especialmente na área da medicina personalizada

Previsão de consumos de energia elétrica em Portugal

Trabalho de projecto de mestrado, Matemática Aplicada à Economia e Gestão, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2016Atualmente vivemos num planeta onde a energia eléctrica é imprescindível. Diariamente, algumas das nossas rotinas Passam por acender luzes, ver televisão, andar de metro/comboio, carregar o telemóvel, entre outras. Mas o que acontece quando se carrega no interruptor e a lâmpada acende? Esta Simples tarefa só é possível depois de se ter produzido a energia necessária para esta acção. Neste projeto começa-se por enquadrar a origem da electricidade no Mundo e a sua evolução até aos dias de hoje. É também definida a cadeia de valor do sector eléctrico em Portugal e os vários consumos de energia eléctrica a nível nacional. Só é possível consumir energia eléctrica depois desta ter sido produzida. Uma vez que não existe informação de consumo de cada cliente, surge assim a necessidade de prever o volume de energia para que este possa ser comprado em mercado e, posteriormente produzido. Este projecto estuda modelos de regressão linear múltiplos que descrevem o consumo de energia eléctrica em Portugal através de variáveis históricas de consumos de energia, temperaturas diárias e velocidade média diária do vento. É de salientar as variáveis referentes a consumos históricos de energia elétrica têm uma especial atenção uma vez que seguem determinados pressupostos, ao contrário das restantes. Para ser possível compreender este estudo, alguns métodos estatísticos são descritos e explicados, bem como vários pressupostos assumidos. Após a definição das variáveis a serem utilizadas em estudo, é feita uma análise preliminar, bem com o estudo de multicolinearidade de cada uma delas. São Também utilizados diferentes métodos de selecção de variáveis na criação de modelos de regressão linear múltipla para garantir que sejam obtidos os modelos com melhores resultados. De modo a ser mais perceptível o modelo que fornece melhores resultados, é realizado um teste a cada um dos modelos com dados que não fazem parte do histórico considerado.Currently we live in a planet where the electric power is essential. Daily, some of our routines pass for lighting light, too see television, floor of underground/train, to load cell phone, among others. But what happens when it loads an interruptor and the light bulb lights? This simple task is possible after if having produced the necessary energy for this action. In this project it is started with the origin and the evolution of the electricity in the world until today. It is also deined the chain of value of the electric sector in Portugal and some consumptions of electric power considered the national level. It is only possible consume electric power after this having been produced. A time that does not exist information of consumptions of each customer, arises the necessity to predict the volume of energy so that this can be bought in market and, later produced. This project studies multiple models of regression linear that describe the consumption of the electric power in Portugal trough historical variables of the consumptions of power, daily average speed of the wind. It is important referring those variables dependents of consumption has a special treatment, because of their suppositions, in contrast of remains. To be possible to understand this study, some statiscal methods described and are explained, as well as the several estimated assumed. After the definition of variable to be used in study, it is made a preliminary analysis, well with the study of multicollinearity of each one of them. Also different methods of election of variable in the creation of models of multiple linear regression are used to guarantee that of election of variable in the creation of models of multiple linear regression are used to guarantee that the resulted models with better are gotten. In order to be perceptible the model that it supplies better resulted, it is carried through a test to each one of models with dates that are not part of historical

Monitorização da radiação ionizante em diagnóstico clínico: desenvolvimento de modelos adaptativos

Tese de mestrado integrado em Engenharia Biomédica e Biofísica (Engenharia Clínica e Instrumentação Médica), apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2012O presente trabalho resulta de uma parceria entre a Siemens S.A. Healthcare Sector e a Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa e foi desenvolvido durante um período de 9 meses. Neste projecto pretendeu-se desenvolver um modelo que permita monitorizar a utilização da Radiação Ionizante em Diagnóstico Clínico. A crescente utilização da Radiação Ionizante em técnicas de diagnóstico advém directamente do aumento do número de exames de Tomografia Computorizada, Mamografia e Radiografia Convencional realizados em meio hospitalar. Apesar das vantagens inegáveis que estas técnicas trouxeram ao campo do diagnóstico clínico, têm sido levantadas questões relativas à segurança dos utentes quando expostos a determinados nível deste tipo de radiação. Surge assim a necessidade de se desenvolverem metodologias que permitam quantificar e monitorizar a radiação ionizante utilizada nas modalidades referidas. Com este projecto foram definidos, implementados e testados dois modelos que permitem calcular a Dose Efectiva para os exames de Tomografia Computorizada e Mamografia. Para implementar os modelos definidos recorreu-se à linguagem de programação Python que permitiu definir funções que procuram informação relacionada com o doente e com o Estudo e que, posteriormente, integram a informação encontrada no processo de cálculo da dose, permitindo obter um mecanismo que estima este parâmetro de forma automática, customizada e adaptativa. Para todos os estudos de imagiologia avaliados com os modelos foi determinado o valor de Dose Efectiva com sucesso e conseguiu demonstrar-se a consistência dos resultados obtidos assim como a eficiência do algoritmo desenvolvido. A aplicação destes modelos permite o cálculo individual e automático da Dose, monitorizando assim a utilização da radiação em Diagnóstico médico.The present work results from a partnership between Siemens S.A. Healthcare Sector and Faculty of Sciences of the University of Lisbon and was developed during a 9 months period. The main purpose of this project was to develop and improve an adaptative model that can be used to evaluate the impact of Ionizing Radiation in Clinical Practice. During the last few years the percentage of background radiation attributed to medical sources has increased as a direct consequence of the increasing number of medical exams, such as Computed Tomography (CT), Conventional Radiography and Mammography (MG). Despite all the benefits of these techniques in medical field, there is a growing awareness of the the potential hazard associated with the use of ionizing radiation in these exams. All these reasons raise the need for new strategies to quantify the use of this radiation in the refered modalities. Two algorithms were developed, implemented and tested during this project to estimate the Effective Dose in CT and MG exams. Python program language was used to define functions that look for Demographic and Clinical information and then use that data to performe and automatic and adaptative calculation of the Effective Dose. For all the medical studies evaluate with these models the Effective Dose was successfully determined. The conformity of the results and the efficacy of the models were demonstrated at the end of this work. These models allow an automatic and individual Dose calculation and could be implemented as a new mechanism to improve radiological protection

A realidade da anorexia e bulimia nos alunos do 9º ano de escolaridade de duas escolas do Concelho de Almada

O presente relatório constitui um processo de aprendizagem onde se pretende descrever as atividades desenvolvidas durante o estágio que decorreu na Unidade de Cuidados na Comunidade de Almada do ACES da Península de Setúbal I - Almada, no âmbito do Programa Nacional de Saúde Escolar, desde abril 2011 até janeiro 2012. A sua organização alicerça-se no desenho do planeamento em saúde, sendo um dos pontos importantes a realização de umdiagnóstico de saúde. Deste modo, ao refletir sobre as necessidades de intervenção em enfermagem numa comunidade específica, identificámos, no primeiro módulo, a necessidade de abordar a temática dos distúrbios do comportamento alimentar (DCA) na população escolar. Pois sendo a escola o espaço físico onde os adolescentes passam a maior parte do tempo e sabendo ainda que os DCA afetam mais os adolescentes, pela sua vulnerabilidade, representando 5%das mortes dentro das doenças do foro psiquiátrico, fez todo o sentido abordar esta temática. Este aspeto traduz um dos objetivos da Enfermagem de Saúde Pública que é diagnosticar e investigar problemas de saúde e riscos de saúde na comunidade. No segundo módulo de estágio foram desenvolvidas várias atividades em que através da avaliação do índice de massa corporal (IMC) dos alunos e a análise aos questionários aplicados, obtivemos alguns resultados relevantes (na sua maioria alunos obesos), que nos motivou a agir enquanto Enfermeiros na comunidade. Perante uma amostra de 181 alunos, verificámos que 22 tinham necessidade de serem referenciados às Unidades de Saúde e até ao final do estágio conseguiu-se efetuar 4 encaminhamentos. Assim, conseguiu-se levar a cabo intervenções específicas de enfermagem, não só para o adequado encaminhamento das situações identificadas, como também para a promoção, a proteção da saúde e a prevenção da doença na comunidade, com a finalidade de se atingir o grau de excelência na qualidade de vida e obter ganhos em saúde. Desta forma, para além do desígnio da prevenção primária, este projeto acabou por corresponder à prevenção secundária, pois identificou problemas de saúde, intervindo na sua possível resolução, ao ter promovido o seguimento de jovens pelo seu médico de família e enfermeira de saúde infantil/juvenil, no combate ao DCA.This report is a learning process which aims to describe the activities developed during the stage at the Community Care Unit of the ACES Almada Península de Setúbal I, under the National School Health Programme since april 2011 until january 2012. Its organization is founded on the design of health planning, one of the important points to make a diagnosis of health. Thus, when reflecting on the needs of nursing intervention in a specific community, we have identified, in the first module, the need to address the issue of eating disorders in the school population. Because the school is the physical space where adolescents spend most of the time, and knowing also that the eating disorders affect more teenagers for their vulnerability, representing 5% of deaths within the psychiatric illnesses, it made perfect sense to address this problem. This reflects an aspect of the goals of Public Health Nursing that is to diagnose and investigate health problems and health risks in the community. In the second stage module we developed various activities in which through the assessment of body mass index (BMI) of the students and through the analysis of the questionnaires applied, we have obtained some important results, which motivated us to act as community nurses. Before a sample of 181 students, 22 needed to be referred to the Health Units, and by the end of stage we managed 4 referrals. In this way, we managed to carry out specific nursing interventions, not only for the appropriate referral of the identified cases, but also for the promotion, health protection and the disease prevention in the community, in order to achieve the degree of excellence in the quality of life and health gains. Thus, in addition to the design of primary prevention, this project turned out to correspond to secondary prevention, as it has identified health problems, intervening in its possible resolution, promoting the monitoring of the young by his family doctor and nurse, to combat disorder feeding behavior

A organização do espaço, do tempo, dos materiais e do brincar na creche e no jardim – de – infância

Relatório de Projeto de Investigação Mestrado em Educação Pré-EscolarO presente projeto de investigação tem como temática central a organização do espaço, dos materiais e do tempo na Creche e no Jardim – de – Infância. A presente investigação teve como ponto de partida as vivências experienciadas, em quatro momentos, em duas instituições distintas em contexto de Creche e Jardim – de – Infância, onde tive oportunidade de estagiar no âmbito do Mestrado em Educação Pré-Escolar. Este estudo teve como objetivo compreender como otimizar a organização do espaço, dos materiais e do tempo educativo, compreender e interpretar as conceções e o sentido pedagógico que as equipas atribuem à organização do espaço, dos materiais e do tempo, enquanto recursos educativos. Ao mesmo tempo, este estudo teve também como intencionalidade, intervir de modo a melhorar os espaços das instituições onde estagiei, de forma a criar novos desafios e experiências que contribuíssem para a aprendizagem e desenvolvimento das crianças. O projeto desenvolvido adota o paradigma interpretativo da investigação qualitativa, particularizando-se na abordagem da investigação – ação.This research project has as its central theme the Organization of space, materials and time in the nursery and kindergarten. The investigation took as its starting point the experiences experienced in four times, in two distinct institutions in context of Nursery and kindergarten, where I had the opportunity to intern for master degree in pre-school education – schools. This study aimed to understand how to optimize the Organization of space, materials and educational time, understand and interpret the concessions and the pedagogical sense that teams attach to the Organization of space, time and materials, while educational resources. At the same time, this study had also as intentionality, intervene in order to improve the spaces of the institutions where I worked, in order to create new challenges and experiences that contribute to the learning and development of children. The project developed adopts interpretive paradigm of qualitative research, more specifically on research-action approach

Prevalência de parasitas gastrointestinais em aves de falcoaria e psitacídeos no distrito de Lisboa

Orientação : Ana Munhoz ; co-orientação : Rui Filipe Galinho PatrícioAs aves podem ser acometidas por vários parasitas gastrointestinais tais como os helmintes e os protozoários. Estes têm vindo a destacar-se relativamente à frequência e aos numerosos problemas sanitários que provocam nas aves, selvagens e exóticas, mantidas em cativeiro. Vários estudos têm sido efetuados nos últimos anos, acerca da prevalência de parasitas gastrointestinais em aves de rapina e psitacídeos selvagens mas poucos têm sido efetuados nestas aves mantidas em cativeiro. Este trabalho pretende avaliar a prevalência dos parasitas gastrointestinais das aves de falcoaria e dos psitacídeos mantidos em cativeiro e a eventual necessidade de efetuar uma terapêutica preventiva e/ou curativa das parasitoses. Para tal foram realizados exames coprológicos através do método direto, método de flutuação e método de sedimentação em 121 aves, das quais 74 psitacídeos e 47 aves de falcoaria de varias espécies, idades e sexos, presentes em consultas na clínica vetolaias, oriundas de lojas, criadores e colecionadores. A presença de parasitas gastrointestinais foi observada em 4,1% dos psitacídeos e 14,9% nas aves de falcoaria. Este estudo demonstrou que, embora a prevalência observada não tenha sido tão elevada como descrita noutros estudos realizados, as aves em cativeiro também estão predispostas às parasitoses gastrointestinais, sendo aconselhável a adoção de medidas de prevenção.Birds can be affected by various gastrointestinal parasites such as protozoa and helminths. These have come to stand out in relation to the frequency and the many health problems that affect wild and exotic birds kept in captivity. Several studies have been made in recent years on the prevalence of gastrointestinal parasites in birds of prey and psittacine birds but few have been performade in these animals kept in captivity. This work intends to evaluate the situation of gastrointestinal parasites of falconry birds and psittacines in captivity and the possible need to make a preventive therapy and / or treatment of parasitic diseases. For this purpose stool tests were conducted through direct method, flotation method and sedimentation method in 121 birds, of which 74 were psittacines and 47 falconry birds of various species, ages and genders, present in consultations at the clinic vetolaias, coming from petshops, breeders and private collectors. The presence of gastrointestinal was observed parasites in 4.1% of the psittacines and 14.9% in the falconry birds. This study showed that, although the prevalence observed was not as high as described in other studies, the captive birds are also prone to gastrointestinal parasites, it is advisable to adopt preventive measures

phyloDB: A framework for large-scale phylogenetic analysis

phyloDB is a modular and extensible framework for large-scale phylogenetic analyses, which are essential for understanding epidemics evolution. It relies on the Neo4j graph database for data storage and processing, providing a schema and an API for representing and querying phylogenetic data. Custom algorithms are also supported, allowing to perform heavy computations directly over the data, and to store results in the database. Multiple computation results are stored as multilayer networks, promoting and facilitating comparative analyses, as well as avoiding unnecessary ab initio computations. The experimental evaluation results showcase that phyloDB is efficient and scalable with respect to both API operations and algorithms execution.Comment: arXiv admin note: text overlap with arXiv:2012.1336

Neurometabolic and Electrophysiological Changes During Cortical Spreading Depolarization: Multimodal Approach Based on a Lactate-Glucose Dual Microbiosensor Arrays

Spreading depolarization (SD) is a slow propagating wave of strong depolarization of neural cells, implicated in several neuropathological conditions. The breakdown of brain homeostasis promotes significant hemodynamic and metabolic alterations, which impacts on neuronal function. In this work we aimed to develop an innovative multimodal approach, encompassing metabolic, electric and hemodynamic measurements, tailored but not limited to study SD. This was based on a novel dual-biosensor based on microelectrode arrays designed to simultaneously monitor lactate and glucose fluctuations and ongoing neuronal activity with high spatial and temporal resolution. In vitroevaluation of dual lactate-glucose microbiosensor revealed an extended linear range, high sensitivity and selectivity, fast response time and low oxygen-, temperature- and pH- dependencies. In anesthetized rats, we measured with the same array a significant drop in glucose concentration matched to a rise in lactate and concurrently with pronounced changes in the spectral profile of LFP-related currents during episodes of mechanically-evoked SD. This occurred along with the stereotypical hemodynamic response of the SD wave. Overall, this multimodal approach successfully demonstrates the capability to monitor metabolic alterations and ongoing electrical activity, thus contributing to a better understanding of the metabolic changes occurring in the brain following SD

Effect of Dietary Incorporation of Yellow Mealworm as a Partial Fishmeal Replacer on Growth, Metabolism, and Intestinal Histomorphology in Juvenile Meagre (Argyrosomus regius)

Publisher Copyright: © 2023 Margarida Saavedra et al. This study was supported by the National Project DIVERSIAQUA II (MAR-02.01.01 FEAMP-0175) and by the project ATLAZUL–Impulsionar a Aliança Litoral Atlântica para o Crescimento Azul (0755_ATLAZUL_6_E) from Spain-Portugal Interreg (POCTEP).Efforts have been made to find alternatives to fish meal (FM), as the sustainability of aquaculture depends on it. Insect meal (IM) is a potential candidate to partially replace FM, being more sustainable and economically viable. In this experimental trial, three diets were tested with different yellow mealworm incorporation: a control diet with no IM, a diet with an inclusion of 10% IM (Ins10), and a diet with an incorporation of 20% IM (Ins20). The diets were tested on 10.5 g meagre for 47 days. The results showed that an IM inclusion higher than 10% affected both growth (2.6 vs. 2.2) and FCR (1.5 vs. 1.9) of meagre juveniles. However, this reduction in growth did not result from lower protein retention or changes in muscle fibre area or density. Little differences were observed in the activity of pancreatic and intestinal enzymes except for aminopeptidase total activity which was higher in the control and Ins10 compared to Ins20 (3847 vs. 3540 mU/mg protein), suggesting no limitations in protein synthesis. Also, the alkaline phosphatase intestinal maturation index was higher in the control group compared to the IM groups (437 vs. 296). On the contrary, several differences were also found in the proteolytic activity in the hepatic and muscle tissues of meagre juveniles fed the Ins10 diet. The inclusion of IM had no impact on intestine histomorphology but changes were detected in the enterocytes of fish from control and Ins10 which showed hypervacuolization and nucleus misplacement compared to the Ins20 treatment. Nevertheless, a higher percentage of Vibrionaceae was recorded for meagre fed on the Ins20 diet. Since no signs of inflammation were observed in the distal intestine, this suggests IM incorporation could have had an important impact on intestinal health due to its antimicrobial properties. This is supported by an increase in the haematocrit in the treatments where IM was added (20 to 25%). In conclusion, incorporations of IM at percentages up to 10% do not seem to have a negative impact on meagre performance at this age but can enhance the fish immune system and protection against intestinal inflammation.publishersversionpublishe