Undersøkelse av mulige hekkelokaliteter for hubro i forbindelse med konsekvensutredning for ny E6 Åsen-Mære i Nord-Trøndelag

Statens vegvesen utarbeider kommunedelplaner med konsekvensutredninger (KU) for ulike tema for ny E6 på strekningen Åsen - Mære i Nord-Trøndelag. Det er fastsatt eget planprogram (StatensVegvesen 2016) og det er utarbeidet en egen optimaliseringsrapport (StatensVegvesen 2017) for dette prosjektet. I det aktuelle området som skal undersøkes i dette arbeidet, er det i tillegg til 0-alternativet utredet fire alternative vegløsninger, hver med fire felt. Tema naturmangfold for disse fire alternativene utredes av Asplan Viak AS, ved Per Gerhard Ihlen. I forbindelse med dette arbeidet kom det frem et det var nødvendig å undersøke en mulig forekomst av hubro i området ved Bjørga i Verdal. Asplan Viak AS har engasjert Nord universitet til å gjennomføre undersøkelser i det aktuelle området

Fosen vindkraft 2 : status for hubro i potensielle lokaliteter i Roan, Åfjord og Bjugn i 2017

I forbindelse med vindkraftutbygging på Fosen ble det satt ut åtte lyttebokser i tre ulike områder i 2017. Hubro ble ikke registrert på noen av lokalitetene

Undersøkelse av to hubrolokaliteter i Snåsa 2017

I forbindelse med at NTE skal bygge en 66 kV kraftlinje fra Vegset trafo til nye Storåselva kraftverk, ønskes informasjon om hubro bruker områder som blir berørt. Multiconsult AS har derfor engasjert Nord universitet til å gjennomføre undersøkelser i to potensielle hubrolokaliteter. Rapporten gir ingen detaljert informasjon om plassering av de undersøkte lokalitetene, fordi hubro er sårbar for forstyrrelser i hekketida. Detaljert stedsinformasjon kan føre til økte forstyrrelser. Koordinater for utplasserte lyttebokser er levert Multiconsult AS ved kontaktperson Ørjan W. Jenssen. Lokalbefolkningen ved enkelte lokaliteter har gitt verdifull informasjon, men kan ikke nevnes fordi det kan avsløre stedet. De takkes for sine bidrag

Rypetoppen Adventurepark : effekter på utvalgte fuglearter

Rypetoppen Adventurepark er underlagt restriksjoner i når ulike deler av klatreparken kan brukes. Det er Fylkesmannen i Nord-Trøndelag som har bestemt at det skal være restriksjoner, på grunn av at sårbare fuglearter har tilhold nært anlegget. Restriksjonen gjelder to zip-liner som ligger lengst øst i området som kan ikke tas i bruk før etter 1. juli. Disse zip-linene er attraktive for publikum, og Rypetoppen ønsket en undersøkelse om status for de sårbare fugleartene som er årsaken til begrensningen, og en vurdering av hvordan en åpning av zip-linene tidligere på våren vil påvirke artene. Nord universitet ved Magne Husby fikk dette oppdraget, i samarbeid med Tom Roger Østerås.Fylkesmannen i Nord-Trøndela

De novo finished 2.8 Mbp Staphylococcus aureus genome assembly from 100 bp short and long range paired-end reads

Motivation: Paired-end sequencing allows circumventing the shortness of the reads produced by second generation sequencers and is essential for de novo assembly of genomes. However, obtaining a finished genome from short reads is still an open challenge. We present an algorithm that exploits the pairing information issued from inserts of potentially any length. The method determines paths through an overlaps graph by using a constrained search tree. We also present a method that automatically determines suited overlaps cutoffs according to the contextual coverage, reducing thus the need for manual parameterization. Finally, we introduce an interactive mode that allows querying an assembly at targeted regions. Results: We assess our methods by assembling two Staphylococcus aureus strains that were sequenced on the Illumina platform. Using 100 bp paired-end reads and minimal manual curation, we produce a finished genome sequence for the previously undescribed isolate SGH-10-168. Availability and implementation: The presented algorithms are implemented in the standalone Edena software, freely available under the General Public License (GPLv3) at www.genomic.ch/edena.php. Contact: [email protected] Supplementary Information: Supplementary data are available at Bioinformatics onlin

Analysis of the salivary microbiome using culture-independent techniques

The salivary microbiota is a potential diagnostic indicator of several diseases. Culture-independent techniques are required to study the salivary microbial community since many of its members have not been cultivated

Analysis of the salivary microbiome using culture-independent techniques

The salivary microbiota is a potential diagnostic indicator of several diseases. Culture-independent techniques are required to study the salivary microbial community since many of its members have not been cultivated

Vindkraftutbygging i området Overhalla/Flatanger til Surna. Rapport nr. 14: Etterundersøkelser av fugl i områdene Sørmarkfjellet, Harbaksfjellet, Kvenndalsfjellet, Geitfjellet og kraftlinjer nært Åsnes i 2022

Vindkraftanleggene på Sørmarkfjellet, Kvenndalsfjellet, Harbaksfjellet, Geitfjellet og deler av kraftlinjetraseen Sørmarkfjellet-Hofstad-Årnes med nærliggende områder ble ferdigstilt i 2021. Disse områdene ble undersøkt for forekomsten av svartand, storlom, smålom, hønsehauk og hubro i 2022. De samme områdene og ble undersøkt med samme metodikk som ved tilsvarende forundersøkelser, hovedsakelig fra 2014-2015. Det ble ikke registrert svartand i de undersøkte områdene verken i 2014-2015 eller i 2022. Storlom ble påvist på til sammen åtte lokaliteter på våren og det ble påvist tre hekkeforsøk både i forundersøkelsene og i 2022. Mot slutten av hekkesesongen ble det til sammen registrert en unge i forundersøkelsene og tre unger i 2022. Det ble til sammen registrert ni smålom i seks vann/tjern våren 2022. På en av disse lokalitetene ble det påvist to unger. I forundersøkelsene ble det på våren observert til sammen 11 smålom i sju vann, og det ble til sammen påvist hekking på to lokaliteter og ingen unger. Det var ingen hønsehauklokaliteter som i henhold til programmet skulle undersøkes i 2022. Det ble likevel undersøkt fem lokaliteter der hønsehauk ble registrert i forundersøkelsene men hvor reir i bruk ikke ble påvist i etterundersøkelser i 2019-2021. Lydopptakere og/eller reirsøk i de fem lokalitetene i 2022 førte ikke til funn av reir i bruk eller at hønsehauk ble påvist på lokalitetene. Det ble påvist hubro på to av de fire lokalitetene innenfor influensområdet som ble undersøkt i 2022, hvorav det ble hørt kun en tiggende unge på den ene lokaliteten. Til sammenligning ble hubro påvist på tre av de fire lokalitetene i forundersøkelsene. Resultatene fra alle undersøkte vann og tjern er inkludert i rapporten, mens resultatene fra referanseområdene for hønsehauk og hubro ikke er presentert. Dette er en delrapport av en større undersøkelse og danner ikke tilstrekkelig grunnlag til å vurdere effekter av vindkraftutbygging på de fem aktuelle fugleartene. Det vil imidlertid bli mulig etter at alle undersøkelser er ferdig i løpet av 2026

Fosen vindkraft 1: status for svartand, storlom, smålom, hønsehauk og hubro før bygging av vindkraftverk og kraftledninger

Det er gitt konsesjon til fem ulike vindkraftanlegg med nettilknytninger på Fosen fra 2015. I tillegg er det gitt konsesjoner for nytt stamnett og forsterkninger i regionalnettet på Fosen (OED 2013d; OED 2013a). Blant vilkårene skal det så langt mulig måles effekter av anleggene på storlom, smålom, hønsehauk og hubro. Det skal også undersøkes hvordan svartand reagerer på anleggene hvis det blir funnet hekkelokaliteter for arten.Sarepta Energi AS, Fosen Vind AS og Statnet

Profile of small interfering RNAs from cotton plants infected with the polerovirus Cotton leafroll dwarf virus

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>In response to infection, viral genomes are processed by Dicer-like (DCL) ribonuclease proteins into viral small RNAs (vsRNAs) of discrete sizes. vsRNAs are then used as guides for silencing the viral genome. The profile of vsRNAs produced during the infection process has been extensively studied for some groups of viruses. However, nothing is known about the vsRNAs produced during infections of members of the economically important family <it>Luteoviridae</it>, a group of phloem-restricted viruses. Here, we report the characterization of a population of vsRNAs from cotton plants infected with Cotton leafroll dwarf virus (CLRDV), a member of the genus <it>Polerovirus</it>, family <it>Luteoviridae</it>.</p> <p>Results</p> <p>Deep sequencing of small RNAs (sRNAs) from leaves of CLRDV-infected cotton plants revealed that the vsRNAs were 21- to 24-nucleotides (nt) long and that their sequences matched the viral genome, with higher frequencies of matches in the 3- region. There were equivalent amounts of sense and antisense vsRNAs, and the 22-nt class of small RNAs was predominant. During infection, cotton <it>Dcl </it>transcripts appeared to be up-regulated, while Dcl2 appeared to be down-regulated.</p> <p>Conclusions</p> <p>This is the first report on the profile of sRNAs in a plant infected with a virus from the family <it>Luteoviridae</it>. Our sequence data strongly suggest that virus-derived double-stranded RNA functions as one of the main precursors of vsRNAs. Judging by the profiled size classes, all cotton DCLs might be working to silence the virus. The possible causes for the unexpectedly high accumulation of 22-nt vsRNAs are discussed. CLRDV is the causal agent of Cotton blue disease, which occurs worldwide. Our results are an important contribution for understanding the molecular mechanisms involved in this and related diseases.</p