Evolutionary divergence between two closely related species: Drosophila madeirensis and D. subobscura : quantitative genetic differentiation, reproductive barriers and evolutionary potential

Tese de doutoramento em Biologia (Biologia Evolutiva), apresentada à Universidade de Lisboa através da Faculdade de Ciências, 2008Speciation and species differentiation are very important issues in Evolutionary Biology. This thesis focuses several aspects related with the differentiation between two closely related species, Drosophila madeirensis and Drosophila subosbcura, namely the contribution of additive and non-additive genetic effects to that differentiation, the contribution of assortative mating to their reproductive isolation, the analysis of hybrid developmental problems expressed as higher fluctuating asymmetry and their underlying causes (developmental noise), and the implications of species differentiation in terms of adaptation to a novel, common environment. The results indicate that negative dominance and epistasis are both involved in the genetic differentiation between these species. Both species present assortative mating, conspecific matings being more likely. Furthermore, the two reciprocal cross directions apparently present different reproductive barriers. In the cross involving D. madeirensis females the barrier is mostly prezygotic, with mating being hard to observe, however, this cross direction yields a high number of hybrids with an even sex-ratio. On the other hand, mating in the reciprocal cross is easy to observe but produces fewer hybrids with a male-biased sex ratio. The analysis comparing fluctuating asymmetry levels between hybrids and parental species indicates that, although hybridization disrupts developmental buffering, hybrid females presenting higher asymmetry, this disruption does not reflect higher developmental noise, as fluctuating asymmetry levels are similar to parental species. The results comparing species differences in life history traits and evolutionary dynamics indicate that these closely related species differ in the adaptation to new conditions (captivity). These findings have important implications for several fields, namely Evolutionary Biology, Speciation, Development and Conservation, which are discussed at the end of this thesis.FCT (PhD Fellowship: PRAXIS XXI/BD/21479/99

Pollen morphology of the endemic genera of the Madeira archipelago, Portugal

ABSTRACT: This study presents the first palynological characterisation of the five endemic plant genera of the Madeira archipelago: Chamaemeles Lindl, Melanoselinum Hoffm., Monizia Lowe, Musschia Dumort and Sinapidendron Lowe. Pollen grain morphology of ten endemic species was studied using light and scanning electron microscopy techniques. The size and shape of pollen grains, the polar axis, the equatorial diameter, and the exine ornamentation were measured and described. We found that the pollen grains of the five endemic genera are all medium-size monads. The close relative apiaceous Melanoselinum and Monizia differ in polar (P) and equatorial (E) diameter size and exine ornamentation while Sinapidendron species show differences in P, E, and P/E ratios. The pollen grains of the two Musschia species are very similar to each other, but differ in morphology and ornamentation from the Macaronesian endemic bellflowers Azorina vidalii and Canarina canariensis. This study unveiled differences between the endemic taxa and with their close related species, thus providing support to previous taxonomic findings.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Emotions and work: study about the influences of status and sex in the attribution of affects

O estudo explorou as atribuições de emoções a supervisores e empregados em interação de trabalho em três países distintos. A fundamentação teórica apoiou-se na abordagem interacional social das emoções de Kemper e nos estudos de Algoe, Buswell e Delamater. Participaram 238 pessoas: 100 da Espanha, 38 da Inglaterra e 100 do Brasil, sendo 73 homens e 158 mulheres (7 não identificaram o sexo). O objetivo foi investigar se informações de status (supervisor ou empregado) e sexo (homem ou mulher) dos atores influenciavam nas atribuições de emoções a supervisores e empregados e se variavam conforme país e experiência de trabalho. Foram utilizadas 4 condições experimentais, variando sexo e status. Estudos anteriores concluíram que o status exerce maior influência que o sexo nas atribuições de emoções em interações de trabalho. Os resultados do presente estudo sinalizam que a interação no trabalho é percebida nos três países como harmoniosa, embora as atribuições de emoções positivas aos supervisores tenham sido mais frequentes, o que revela a importância do status profissional. Mulheres atribuíram mais afetos negativos à interação no trabalho do que os homens. A expressão facial de tristeza foi a mais relacionada a supervisores e empregados, embora para supervisores estivesse associada à seriedade e ao distanciamento emocional.This study investigated the emotions attributed to supervisors and employees involved in a work interaction in three different countries This research is based on Kemper's social interactional theory of emotions and the Algoe, Buswell and DeLamaters' studies. 238 people participated in this study: 100 were from Spain, 38 from England and 100 were from Brazil. From the total, 73 were male and 158 female (7 did not respond). The goal was to investigate whether the emotions attributed to supervisors and employees are influenced by information of professional status (employee or supervisor) and actor's sex (male or female). Also, whether the emotions attributed varied according to country and work experience. Four experimental conditions were created, they varied in sex and professional status. Previous studies concluded that professional status has more impact than sex on the attribution of emotions in the work place. The results of this study indicate that interaction at work is perceived as harmonious by participants from all three countries. However, positive emotions were attributed to supervisors more frequently - that shows the importance of professional status. Women attributed more negative emotions than men. The facial expression of sadness was the most chosen for employees and supervisors, although in this last case it was interpreted as expression of seriousness and emotional detachment

Aspectos eco-etológicos de alimentação e oviposição em Drosophila subobscura collin, 1936

Dissertação de Mestrado em EtologiaInexistent

Livro Vermelho dos Invertebrados de Portugal Continental

info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Detecção parasitológica e molecular da Babesia canis vogeli em cães de Recife, Pernambuco e avaliação de fatores de risco associados

This work aims to detect the presence of Babesia canis vogeli in dogs from Recife, Pernambuco via molecular and parasitological detection methods, and to assess the risk factors associated with this parasite. A total of 146 dogs (male and female) of varying breeds and ages that presented clinical symptoms of babesiosis were assessed at a clinical care center in the Veterinary School Hospital. Blood was obtained via venopuncture for hemoparasite detection and polymerase chain reaction (PCR). Using a commercial kit, DNA was extracted from blood samples. For the PCR reaction, an approximately 590 base pair long genetic sequence was used to detect the presence of B. canis vogeli. The forward primer, denoted as BAB1 (5’-GTG AAC CTT ATC ACT TAA AGG-3’), was specific for a conserved region on the 18S rRNA gene of Babesia spp., and the antisense primer was denoted as BAB4 (5’-CAA CTC CTC CAC GCA ATC G-3’). PCR results suggested that the percentage of Babesia canis vogeli infection was 4.8%. Through descriptive statistical analysis of the data, we observed that there was higher frequency of parasite infection associated with male dogs above two years of age, with a defined breed, from the countryside, are domiciled, and also suffer from tick infestation. We conclude that regardless of the type of risk factor, babesiosis can be found throughout Recife, Pernambuco, and its prevalence does not vary in most regions of Brazil. Our results indicate that PCR is a sensitive test for the detection of blood parasites, and should be performed as a clinical routine. Objetivou-se determinar a ocorrência da Babesia canis vogeli através da detecção molecular e parasitológica em cães de Recife, Pernambuco e avaliar os fatores de risco associados. Foram atendidos 146 cães de ambos os sexos, variadas raças e idades que apresentaram sinais clínicos sugestivos de babesiose provenientes dos atendimentos clínicos de um Hospital Escola Veterinário. O sangue foi obtido através de venopunção para a realização da pesquisa de hemoparasitas e da reação em cadeia pela polimerase (PCR). O DNA foi extraído de cada amostra a partir de uma alíquota de 200?l de sangue com anticoagulante, utilizando-se o kit comercial. Para a reação da B. canis vogeli, foram utilizados oligonucleotídeos iniciadores que amplificam aproximadamente 590 pares de base. Os primers, BAB1 (5’-GTG AAC CTT ATC ACT TAA AGG-3’) são específicos para uma região conservada do gene 18S rRNA de Babesia spp., e o anti-senso BAB4 (5’-CAA CTC CTC CAC GCA ATC G-3’). O porcentual de infecção foi de 4,8% pela PCR. Na análise estatística descritiva dos dados verificou-se que houve uma maior frequência de cães positivos machos, acima de dois anos, com raça definida, provenientes de área rural, domiciliados e com a presença de carrapatos. Conclui-se que independente do tipo de fator de risco, a babesiose encontra-se disseminada em Recife, Pernambuco e sua prevalência não variou em relação à maioria das regiões do Brasil. A PCR demonstrou ser um exame sensível frente ao parasitológico sanguíneo, devendo ser introduzida na rotina clínica

Medicalização dos Modos de Ser e de Aprender

Este artigo analisa os modos de ser e aprender na escola, considerando a medicalização como dispositivo que transforma comportamentos da vida humana em patologias. Investe-se na dimensão histórico-conceitual, problematizando esse processo. Os acontecimentos escolares apresentados dão visibilidade à prática escolar de inventar diagnósticos que justifiquem o não-aprender. O presente artigo apoia-se no pensamento foucaultiano, sobretudo, em relação à estratégia constitutiva de subjetividades pelos discursos. A análise, ao problematizar as práticas escolares e os discursos patologizantes, investe na compreensão da condição humana considerada em permanente transformação

Development and validation of the MMCD score to predict kidney replacement therapy in COVID-19 patients

Abstract Background Acute kidney injury (AKI) is frequently associated with COVID-19, and the need for kidney replacement therapy (KRT) is considered an indicator of disease severity. This study aimed to develop a prognostic score for predicting the need for KRT in hospitalised COVID-19 patients, and to assess the incidence of AKI and KRT requirement. Methods This study is part of a multicentre cohort, the Brazilian COVID-19 Registry. A total of 5212 adult COVID-19 patients were included between March/2020 and September/2020. Variable selection was performed using generalised additive models (GAM), and least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) regression was used for score derivation. Accuracy was assessed using the area under the receiver operating characteristic curve (AUC-ROC). Results The median age of the model-derivation cohort was 59 (IQR 47–70) years, 54.5% were men, 34.3% required ICU admission, 20.9% evolved with AKI, 9.3% required KRT, and 15.1% died during hospitalisation. The temporal validation cohort had similar age, sex, ICU admission, AKI, required KRT distribution and in-hospital mortality. The geographic validation cohort had similar age and sex; however, this cohort had higher rates of ICU admission, AKI, need for KRT and in-hospital mortality. Four predictors of the need for KRT were identified using GAM: need for mechanical ventilation, male sex, higher creatinine at hospital presentation and diabetes. The MMCD score had excellent discrimination in derivation (AUROC 0.929, 95% CI 0.918–0.939) and validation (temporal AUROC 0.927, 95% CI 0.911–0.941; geographic AUROC 0.819, 95% CI 0.792–0.845) cohorts and good overall performance (Brier score: 0.057, 0.056 and 0.122, respectively). The score is implemented in a freely available online risk calculator ( https://www.mmcdscore.com/ ). Conclusions The use of the MMCD score to predict the need for KRT may assist healthcare workers in identifying hospitalised COVID-19 patients who may require more intensive monitoring, and can be useful for resource allocation

Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil

This work was supported by Decit, SCTIE, Brazilian Ministry of Health, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico - CNPq (440685/ 2016-8, 440856/2016-7 and 421598/2018-2), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES - (88887.130716/2016-00), European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement (734548), STARBIOS (709517), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (E-26/2002.930/2016), International Development Research Centre (IDRC) Canada (108411-001), European Union’s Horizon 2020 under grant agreements ZIKACTION (734857) and ZIKAPLAN (734548).Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Universidade Federal da Bahia. Vitória da Conquista, BA, Brazil.Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay.Fundação Oswaldo Cruz. Bio-Manguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay.Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, Ba, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal.University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Estadual de Feira de Santana. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Universidade de Brasília. Brasília, DF, Brazil.Universidade Salvador. Salvador, BA, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas Dr. Julio Maiztegui. Pergamino, Argentina.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Instituto de Salud Pública de Chile. Santiago, Chile.Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos Dr. Manuel Martínez Báez. Ciudad de México, México.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Buenos Aires, Argentina.Ministerio de Salud Pública de Uruguay. Montevideo, Uruguay.Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza em Nutrición y Salud. Tres Ríos, Costa Rica.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte. MG, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses

NEOTROPICAL XENARTHRANS: a data set of occurrence of xenarthran species in the Neotropics

Xenarthrans—anteaters, sloths, and armadillos—have essential functions for ecosystem maintenance, such as insect control and nutrient cycling, playing key roles as ecosystem engineers. Because of habitat loss and fragmentation, hunting pressure, and conflicts with domestic dogs, these species have been threatened locally, regionally, or even across their full distribution ranges. The Neotropics harbor 21 species of armadillos, 10 anteaters, and 6 sloths. Our data set includes the families Chlamyphoridae (13), Dasypodidae (7), Myrmecophagidae (3), Bradypodidae (4), and Megalonychidae (2). We have no occurrence data on Dasypus pilosus (Dasypodidae). Regarding Cyclopedidae, until recently, only one species was recognized, but new genetic studies have revealed that the group is represented by seven species. In this data paper, we compiled a total of 42,528 records of 31 species, represented by occurrence and quantitative data, totaling 24,847 unique georeferenced records. The geographic range is from the southern United States, Mexico, and Caribbean countries at the northern portion of the Neotropics, to the austral distribution in Argentina, Paraguay, Chile, and Uruguay. Regarding anteaters, Myrmecophaga tridactyla has the most records (n = 5,941), and Cyclopes sp. have the fewest (n = 240). The armadillo species with the most data is Dasypus novemcinctus (n = 11,588), and the fewest data are recorded for Calyptophractus retusus (n = 33). With regard to sloth species, Bradypus variegatus has the most records (n = 962), and Bradypus pygmaeus has the fewest (n = 12). Our main objective with Neotropical Xenarthrans is to make occurrence and quantitative data available to facilitate more ecological research, particularly if we integrate the xenarthran data with other data sets of Neotropical Series that will become available very soon (i.e., Neotropical Carnivores, Neotropical Invasive Mammals, and Neotropical Hunters and Dogs). Therefore, studies on trophic cascades, hunting pressure, habitat loss, fragmentation effects, species invasion, and climate change effects will be possible with the Neotropical Xenarthrans data set. Please cite this data paper when using its data in publications. We also request that researchers and teachers inform us of how they are using these data