Evolutionary dynamics of Chlamydia trachomatis genome and identification of molecular patterns of hypothetical protein coding genes

The obligate intracellular bacterium Chlamydia trachomatis is a human pathogen of major public health significance. Strains can be classified into 15 main serovars (A to L3) that preferentially cause ocular infections (A-C), genital infections (D-K) or lymphogranuloma venereum (LGV) (L1-L3), but the molecular basis behind their distinct tropism, ecological success and pathogenicity is not welldefined. Most chlamydial research demands culture in eukaryotic cell lines, but it is not known if stains become laboratory adapted. By essentially using genomics and transcriptomics, we aimed to investigate the evolutionary patterns underlying the adaptation of C. trachomatis to the different human tissues, given emphasis to the identification of molecular patterns of genes encoding hypothetical proteins, and to understand the adaptive process behind the C. trachomatis in vivo to in vitro transition. Our results highlight a positive selection-driven evolution of C. trachomatis towards nichespecific adaptation, essentially targeting host-interacting proteins, namely effectors and inclusion membrane proteins, where some of them also displayed niche-specific expression patterns. We also identified potential "ocular-specific" pseudogenes, and pointed out the major gene targets of adaptive mutations associated with LGV infections. We further observed that the in vivo-derived genetic makeup of C. trachomatis is not significantly compromised by its long-term laboratory propagation. In opposition, its introduction in vitro has the potential to affect the phenotype, likely yielding virulence attenuation. In fact, we observed a "genital-specific" rampant inactivation of the virulence gene CT135, which may impact the interpretation of data derived from studies requiring culture. Globally, the findings presented in this Ph.D. thesis contribute for the understanding of C.trachomatis adaptive evolution and provides new insights into the biological role of C. trachomatishypothetical proteins. They also launch research questions for future functional studies aiming toclarify the determinants of tissue tropism, virulence or pathogenic dissimilarities among C. trachomatisstrains

Investigations on surface damage by rolling contact fatigue in elastohydrodynamic contacts using artificial dents : the influence of grease composition

Tese de mestrado. Manutenção industrial. 2005. Faculdade de Engenharia. Universidade do Port

O RI 14 nas Campanhas do Sul de Angola da I GM

O presente trabalho de investigação pretende caraterizar a participação do 3.º Batalhão Expedicionário do Regimento de Infantaria 14, que participou nas Campanhas do Sul de Angola da I Guerra Mundial, em 1914 e 1915. Esta participação enquadra-se no envolvimento de Portugal no conflito, em três teatros de operações terrestres distintos: Angola, Moçambique e França. Em particular, a colónia de Angola estava ameaçada a Sul pelos colonos bóeres e alemães que tentavam revoltar as populações locais contra o domínio português e por forças militares junto à fronteira. Neste cenário, debaixo do comando do Tenente Coronel Alves Roçadas é formada uma expedição, com destino ao Sul de Angola, constituída por subunidades de combate de Infantaria, Metralhadoras, Artilharia de Montanha e Cavalaria. Começamos por apresentar o estado da arte, abordando as obras que foram escritas sobre a história do RI 14, bem como sobre as suas campanhas. O RI 14 criado em 1806, fruto da reorganização do Exército Português de então, veio, em 1914, a mobilizar o 3.º Batalhão Expedicionário, unidade estudada, e que integrou a expedição comandada inicialmente por Alves Roçadas. Segue-se o procedimento metodológico, definindo o modelo de análise, passando à apresentação da análise da campanha de per se. Como síntese, conclui-se do estudo, que o Batalhão partiu para África sem qualquer doutrina enquadrante, que definisse o seu emprego, tipologia de operações a executar e como se proceder à preparação para o terreno e inimigo que se iria encontrar. A organização do Batalhão era a normal na época e não teve influência negativa direta nos empenhamentos táticos e desfecho da campanha. O Batalhão praticamente não se preparou para a missão, que resultou no fraco entrosamento e grande heterogeneidade dos militares, tornado evidente no desempenho em combate demonstrado em Naulila. Inicialmente não se verificaram limitações de material mas, a partir de finais de dezembro de 1914, toda a ação foi fortemente influenciada pelas grandes dificuldades de material. A liderança superior do Batalhão consistia em oficiais veteranos das campanhas africanas em Angola, Moçambique e em comandantes de pelotão, com apenas duas exceções, que exerceram a sua ação de comando de forma eficaz e reconhecida. Não preparados para operar na dureza do clima africano, a participação do Batalhão foi marcada por pesadas baixas e grandes dificuldades. As condições de vida dos militares eram precárias e a diminuta organização do terreno teve grandes implicações no desenrolar da campanha. Abstract: This research paper aims to characterize the employment of the 3rd Expeditionary Battalion of the 14th Infantry Regiment that participated in the campaigns of southern Angola in World War I, in 1914 and 1915. The Portuguese contribution in the three Theatres of War, Flanders, Angola and Mozambique, frames this expedition. Angola was threatened in its southern border by the Boers colons, as well as by the Germans, who were uprising the indigenous population against the Portuguese rule. The regular German forces in the region also presented a serious challenge. In this scenario, under the command of Lieutenant Colonel Alves Roçadas, an expeditionary force is mobilized, composed of Infantry, Machine-guns, Mountain Artillery and Cavalry units. The paper starts presenting the state of the art, addressing the different studies published about the 14th Infantry Regiment history, as well as about its campaigns. The Regiment, founded in 1806, product of the undergoing army’s reorganization, mobilized, in 1914, the 3rd Battalion Expeditionary. This Battalion joined the expedition initially commanded by Lieutenant Colonel Alves Roçadas. It follows the methodological procedure, defining the analysis model, followed by the presentation of the campaign analysis. As a summary, the study concludes that the Battalion left for Africa without any framing doctrine, to define their employment, type of operations to be performed and how to prepare for the terrain and enemy encountered. The organization of the Battalion was normal at the time and had no negative influence on tactical commitments and outcome of the campaign. The Battalion hardly prepared for the mission, which resulted in poor rapport and great heterogeneity of the force, become evident in the combat performance demonstrated in Naulila. Initially there were no limitations of material but from the end of December 1914, all the action was strongly influenced by the great difficulty of material. The top leadership of the Battalion consisted of veteran officers of the African campaigns in Angola and Mozambique. The platoon leaders, with only two exceptions, exercised their command action effectively. Not prepared to operate in the hardness of African climate, the Battalion was marked by heavy casualties and great difficulties. Living conditions were harsh and the poor terrain preparation had major implications in the conduct of the campaign

Política Participativa: O caso dos orçamentos participativos digitais

Os media participativos têm tido um impacto importante não só por melhorarem os mecanismos participativos previamente existentes, mas principalmente por criarem novas e, por vezes, inovadoras vias de participação para o cidadão. O presente artigo tem como objetivo analisar o impacto dos media participativos numa destas vias de participação do cidadão, o Orçamento Participativo (OP). Na primeira parte é feito o estudo de implementações de OP, recorrendo a quatro estudos de caso, dois portugueses, Lisboa e Braga e dois internacionais, Belo Horizonte do Brasil e Miraflores do Perú. Na segunda parte é analisada a perspetiva tecnológica associada ao contexto dos OP, para de seguida, numa terceira parte se fazer uma breve discussão crítica. Por último são apresentadas as conclusões

A avaliação de sistemas e tecnologias de informação : estudo de implementação de um ERP no sector público

Mestrado em Contabilidade, Fiscalidade e Finanças EmpresariaisUm efeito aliado à tendência da implementação massiva de SI/TI nas organizações será o desenvolvimento de métodos que procuram avaliar os investimentos neste campo, numa tentativa de ajudar a identificar o valor transferido, bem como servir de meio para a justificação de se continuar a investir em projectos desta natureza. No entanto, a dificuldade em aplicar métodos económico-financeiros na determinação dos benefícios, especialmente dos benefícios intangíveis, impossibilita quantificar, mensurar ou até mesmo identificar os eventuais benefícios resultantes do desenvolvimento de projectos de SI/TI. Neste sentido surgiram, nas últimas décadas, métodos que procuram auxiliar os gestores na tarefa de garantir que os benefícios associados aos investimentos em SI/TI são de facto alcançados. Após a adopção em massa, pelas organizações do sector privado, de sistemas de informação empresariais, as organizações do sector público também começaram a adoptar estes tipos de SI, como é o exemplo dos sistemas ERP. Apesar da garantia de sucesso e vantagens da aplicabilidade destes pacotes de sistemas empresariais, muitas organizações, quer do sector público, quer do sector privado, depararam-se com enormes problemas e dificuldades com a sua implementação. Assim, no sentido de evitar os condicionalismos referidos com a implementação de SI/TI, como é o caso dos sistemas ERP, é sugerido um método de avaliação de SI/TI, nomeadamente o de gestão de benefícios, a uma organização do sector público, com o intuito de reflectir sobre uma eventual aplicação deste processo.Due to the massive implementation of IS/IT in organizations, methods that seek to evaluate the investments in this area have been developed, in an attempt to identify the benefits, as well as to justify the follow-up in investing in projects of this nature. However, applying economic and financial methods in benefits assessment has been hard, especially with intangible ones, which seem hard to quantify, to measure or even to identify. Thus, in recent decades approaches have emerged in an attempt to assist managers in ensuring that the benefits, associated with investments in IS/IT, are actually realized. After the mass adoption of enterprise systems by private sector organizations, the public sector has also begun implementing these types of IS, like ERP systems. Despite the promise of success, advantages and the applicability of these enterprise systems solutions, many organizations, whether from the public or private sector, have faced enormous problems and difficulties with its implementation. Therefore, in order to avoid the problems with IS/IT implementation, a method of evaluation and managing benefits has been suggested to a specific public sector organization, in order to stress the possible application of this process

Síndrome do biberão

Contém um relatório de estágio realizado no Faculdade de Medicina Dentária da Universidade do Porto, no âmbito da licenciatura em Ciências da Nutrição pela Faculdade de Ciências da Nutrição e Alimentação da Universidade do Porto. O exemplar do relatório de estágio existe apenas em formato papel e está disponível para consulta na Biblioteca da FCNAUPTese de licenciatura em Ciências da Nutrição apresentada à Faculdade de Ciências da Nutrição e Alimentação da Universidade do PortoResumo da tese: O síndrome do biberão foi observado pela primeira vez em 1862 (Jacobi - Dentitition and its derangements. New York Medical College: Baillere Brothers, 19, 1862). A doença resulta de hábitos impróprios de aleitamento, tanto ao nível do biberão como do peito. O uso regular de biberões contendo líquidos açucarados, como o leite ou sumos de frutos, ao deitar ou durante o dia, causa uma rápida destruição da dentição temporária. Outros factores, para além do biberão, foram apontados: adormecer a crianças com a chupeta coberta com mel ou outro doce, um prolongamento do tempo de aleitamento pelo peito para além da idade normal; ou o uso regulal de xaropes, devido a razões terapêuticas durante doenças crónicas ou passageiras. Em qualquer destes casos resultam cáries que são responsáveis por repercussões ao nível médico, emocional e financeiro e que seriam facilmente evitados se fossem tomadas certas medidas (1). O síndrome do biberão tem sido descrito como o aparecimento de cáries muito extensas e de evolução rápida em dentes decíduos de crianças na primeira infância, começando pelos incisivos superiores e estendendo-se, posteriormente, aos molares superiores decíduos (2,3). Apesar do declínio das cáries dentárias nos últimos vinte anos e de avanços consideráveis na prevenção da cárie dentária, o síndrome do biberão continua com elevada prevalência, especialmente em algumas culturas (4). Em Portugal este síndrome ainda não se encontra quantificado, embora se saiba que constitui um grave problema de saúde pública que afecta um segmento particular da população

Capacidade de nitrificação e desnitrificação da ETAR Norte-SIMRIA

Mestrado em Engenharia do AmbienteA análise do funcionamento de uma Estação de Tratamento de Águas Residuais (ETAR) é muito importante para conhecer a interação e gestão de todas as fases do processo de tratamento existentes nas ETAR e para perceber qual o tipo de gestão adequada. O estágio na ETAR Norte da SIMRIA ocorreu entre Março e Julho de 2013. O conhecimento dos principais órgãos da instalação e o modo como operam constituiu o primeiro objetivo do estágio, essencial para efetuar uma caraterização pormenorizada da ETAR ao qual se seguiu uma avaliação pormenorizada das condições em que a ETAR opera atualmente, através da compilação e análise dos dados respeitantes à operação no ano 2012. Através da comparação destes para o ano 2012 e 2013 foi possível compreender que a gestão de uma ETAR não se resume à manutenção de determinados parâmetros dentro de intervalos ideais sendo, por vezes e durante determinado período de tempo, impossível esta manutenção uma vez que o processo depende fortemente da qualidade do afluente. O desempenho da ETAR foi avaliado relativamente aos parâmetros constantes da Licença de Utilização dos Recursos Hídricos para a Rejeição de Águas Residuais e o funcionamento geral analisado face aos valores previstos no respetivo projeto de execução e face a gamas ideais presentes na bibliografia consultada. Para o dimensionamento do sistema para Nitrificação e Desnitrificação, o primeiro passo consistiu em validar um conjunto de frações de Matéria Orgânica e constantes cinéticas de forma a atingir um volume dimensionado igual, ou muito próximo, ao existente, no cenário atual de apenas remoção de Matéria Orgânica, para a partir daí realizar o dimensionamento do sistema para Nitrificação e Desnitrificação, de forma mais exata possível.The analysis of the operation of a Wastewater Treatment Plant (WWTP) is very important to understand the interaction and management of all phases of the treatment process existent in the WWTP and to realize what kind of management are indicated. The internship in ETAR Norte of SIMRIA occurred between March and July 2013. The knowledge of the principal organs of the ETAR Norte and how they work constituted the first major goal of the internship and it is essential to perform a detailed characterization of the WWTP. The avaluation of the conditions under which it currently operates, through the compilation and analysis of the operative data of the year 2012 was the first step in the design of the treatment system for Nitrification and Denitrification. With the analysis of the operative data of 2012 and 2013 it was possible to understand that the management of a wastewater treatment plant is not just keep the values in the ideal ranges. Sometimes, in a period of time, is impossible to maintain the values in the wanted range because the process depends heavily on the quality of the influent. The performance of the WWTP was evaluated for the parameters listed in Reject Wastwatwe License and general functioning analyzed against the predicted values on the appropriate project execution and face to parameters considered ideal in the bibliography. For the sizing system for Nitrification and Denitrification the first step was to validate a set of fractions of organic matter and kinetic constants in order to achieve an equal sized volume, or very close to, existing in the current scenario only organic matter removal, to thereafter perform the sizing system for Nitrification and Denitrification, most accurate way possible

Global survey of mRNA levels and decay rates of Chlamydia trachomatis trachoma and lymphogranuloma venereum biovars

Interpreting the intricate bacterial transcriptomics implies understanding the dynamic relationship established between de novo transcription and the degradation of transcripts. Here, we performed a comparative overview of gene expression levels and mRNA decay rates for different-biovar (trachoma and lymphogranuloma venereum) strains of the obligate intracellular bacterium Chlamydia trachomatis. By using RNA-sequencing to measure gene expression levels at mid developmental stage and mRNA decay rates upon rifampicin-based transcription blockage, we observed that: i) 60-70% of the top-50 expressed genes encode proteins with unknown function and proteins involved in "Translation, ribosomal structure and biogenesis" for all strains; ii) the expression ranking by genes' functional categories was in general concordant among different-biovar strains; iii) the median of the half-life time (t1/2) values of transcripts were 15-17 min, indicating that the degree of transcripts' stability seems to correlate with the bacterial intracellular life-style, as these values are considerably higher than the ones observed in other studies for facultative intracellular and free-living bacteria; iv) transcript decay rates were highly heterogeneous within each C. trachomatis strain and did not correlate with steady-state expression levels; v) only at very few instances (essentially at gene functional category level) was possible to unveil dissimilarities potentially underlying phenotypic differences between biovars. In summary, the unveiled transcriptomic scenario, marked by a general lack of correlation between transcript production and degradation and a huge inter-transcript heterogeneity in decay rates, likely reflects the challenges underlying the unique biphasic developmental cycle of C. trachomatis and its intricate interactions with the human host, which probably exacerbate the complexity of the bacterial transcription regulation.Rita Ferreira was supported by a Ph.D. fellowship (SFRH/BD/68532/2010) from the Fundação para a Ciência e Tecnologia, Portugal.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Análise e dimensionamento de ligações metálicas segundo o Eurocódigo 3 : vantagens no uso de liagações semi-rígidas

Tese de mestrado integrado. Engenharia Civil (Especialização em Estruturas). Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 200

INSaFLU — an online bioinformatics platform for genome-scale analysis of influenza virus: an innovative contribution for the worldwide flu surveillance

A vigilância laboratorial da gripe entrou numa nova era marcada pela análise e caracterização do vírus da gripe à escala do seu genoma completo. Este ar tigo resume o contexto inerente ao desenvolvimento e à aplicação da plataforma bioinformática online INSaFLU (“INSide the FLU”) (https://insaflu.insa.pt/), a qual consiste na primeira ferramenta bioinformática online gratuita especificamente criada para permitir que qualquer laboratório do mundo possa integrar facilmente a análise genoma do vírus na vigilância e investigação da gripe. Este avanço científico constitui um importante alicerce para a operacionalização de uma vigilância à escala global harmonizada pelo uso da sequência do genoma total do vírus da gripe.A new era of laboratory flu surveillance has already started based on the genome-scale analysis and characterization of the causative agent, the influenza virus. This article summarizes the context behind the development and application of “INSaFLU” (“INSide the FLU”) (https://insaflu.insa.pt/), which is the first influenza-oriented bioinformatics platform that allows any laboratory in the world to analyze the genome of the influenza virus in a user-friendly manner towards the generation core “genetic requests” for an effective and timely flu laboratory surveillance. INSaFLU supplies public health laboratories and influenza researchers with an open “one size fits all” framework, potentiating the operationalization of a harmonized multicountry WGS-based surveillance for influenza virus.info:eu-repo/semantics/publishedVersio