Study of ligand-based virtual screening tools in computer-aided drug design

Virtual screening is a central technique in drug discovery today. Millions of molecules can be tested in silico with the aim to only select the most promising and test them experimentally. The topic of this thesis is ligand-based virtual screening tools which take existing active molecules as starting point for finding new drug candidates. One goal of this thesis was to build a model that gives the probability that two molecules are biologically similar as function of one or more chemical similarity scores. Another important goal was to evaluate how well different ligand-based virtual screening tools are able to distinguish active molecules from inactives. One more criterion set for the virtual screening tools was their applicability in scaffold-hopping, i.e. finding new active chemotypes. In the first part of the work, a link was defined between the abstract chemical similarity score given by a screening tool and the probability that the two molecules are biologically similar. These results help to decide objectively which virtual screening hits to test experimentally. The work also resulted in a new type of data fusion method when using two or more tools. In the second part, five ligand-based virtual screening tools were evaluated and their performance was found to be generally poor. Three reasons for this were proposed: false negatives in the benchmark sets, active molecules that do not share the binding mode, and activity cliffs. In the third part of the study, a novel visualization and quantification method is presented for evaluation of the scaffold-hopping ability of virtual screening tools.Siirretty Doriast

Automated functional coverage driven verification with Universal Verification Methodology

Abstract. In this Master’s thesis, the validity of Universal Verification Methodology in digital design verification is studied. A brief look into the methodology’s history is taken, and its unique properties and object-oriented features are presented. Important coverage topics in project planning are discussed, and the two main types of coverage, code and functional coverage, are explained and the methods how they are captured are presented. The practical section of this thesis shows the implementation of a monitoring environment and an Universal Verification Methodology environment. The monitoring environment includes class-based components that are used to collect functional coverage from an existing SystemVerilog test bench. The Universal Verification Methodology environment uses the same monitoring system, but a different driving setup to stress the design under test. Coverage and simulation performance values are extracted and from all test benches and the data is compared. The results indicate that the Universal Verification Methodology environment incorporating constrained random stimulus is capable of faster simulation run times and better code coverage values. The simulation time measured was up to 26 % faster compared to a module-based environment.Automaattinen toiminnallisen kattavuuden ohjaama verifiointi universaalilla varmennusmenetelmällä. Tiivistelmä. Tässä diplomityössä tutkitaan universaalin varmennusmenetelmän (Universal Verification Methodology) soveltuvuutta digitaalisten laitteiden verifiointiin. Työssä tehdään lyhyt katsaus menetelmän historiaan. Lisäksi menetelmän omia ainutlaatuisia ja olio-pohjaisia ominaisuuksia käydään läpi. Kattavuuteen liittyviä käsitteitä esitetään projektihallinnan näkökulmasta. Kattavuudesta käsitellään toiminnallinen ja koodikattavuus, ja tavat, miten näitä molempia kerätään simulaatioista. Työn käytännön osuudessa esitetään monitorointiympäristön ja universaalin varmennusmenetelmän pohjalta tehdyn ympäristön toteutus. Monitorointi-ympäristössä on luokkapohjaisia komponentteja, joiden avulla kerätään toiminnallista kattavuutta jo olemassa olevasta testipenkistä. Universaalin varmennusmenetelmän pohjalta tehdyssä ympäristössä on samojen monitorointikomponenttien lisäksi testattavan kohteen ohjaamiseen vaadittavia komponentteja. Eri testipenkeistä kerätään kattavuuteen ja suorituskykyyn liittyvää dataa vertaamista varten. Tulokset viittaavat siihen, että rajoitettua satunnaista herätettä hyödykseen käyttävät universaalit varmennusmenetelmäympäristöt pääsevät nopeampiin suoritusaikoihin ja parempiin koodikattavuuslukuihin. Simulaation suoritusaikaan saatiin parhaassa tapauksessa jopa 26 % parannus

Elämysten kautta osallisuuteen : 3—5 -vuotiaiden lasten osallisuuden tukeminen elämyspedagogisin menetelmin erityisryhmässä

Elämysten kautta osallisuuteen on toiminnallinen opinnäytetyö, joka toteutettiin yhteistyössä päiväkoti Pilvi-linnan kanssa päiväkodin erityisryhmässä. Opinnäytetyön tavoitteena oli tukea lasten osallisuutta elämyspe-dagogisin keinoin ja käyttää osallisuutta tukevia ohjausmenetelmiä. Opinnäytetyössä toteutettiin kolme toimintapäivää, jotka tukivat lapsen osallisuuden toteutumista. Toiminta-päivät pidettiin Päiväkoti Pilvilinnan erityisryhmässä. Jokaisella toimintapäivällä oli eri elämyspegagoginen teemansa. Toimintapäivien aikana lapsia havainnoitiin systemaattisesti. Havainnoinnin tueksi laadittiin ha-vainnointilomake. Havainnoinnin tarkoituksena oli kerätä tietoa lasten osallisuuden toteutumisesta. Havain-noista koottiin yhteenveto, jonka avulla laadittiin kuvio osallisuutta tukevista ja heikentävistä tekijöistä. Toi-minnan jälkeen havainnointilomake korjattiin toimeksiantajan ja muiden päiväkodeissa työskentelevien käyt-töön. Korjatun havainnointilomakkeen avulla on mahdollista kerätä tietoa lapsen osallisuuden kehittymisestä pitkälläkin aikavälillä. Vuorovaikutuksella sekä aikuisen tuella havaittiin olevan suuri vaikutus osallisuuden toteutumiseen. Elämys-pedagogisten menetelmien käyttö osallisuutta tukevana menetelmänä oli toimiva.Participation through experiences is a functional thesis which was carried out in co-operation with early childhood special education group in Pilvilinna Day Care Center. The purpose of the thesis was to support childrens participation by using experiential pedagogy methods. Instruction methods that support childrens participation were also used. Three activity days which supported children’s participation were organized. Each activity day had a different experiental pedagogy theme. During the activity days children were observed systematically.The purpose of the observation was to collect information about how childrens participation shows. Out of the gathered information a summary was made, which helped to create a chart about things that support or weaken children’s participation. An observation form was created which supports children’s observation. After the activity, revi-sion of the form made and the client organization and others who work in the day care center can use it freely. With the help of the corrected observation form it is possible to gather infor-mation about children’s development in participation in the long run

Vaikuttavuuden ekosysteemiä rakentamassa : systeemiteoreettinen tutkielma vaikuttavuusinvestoimisesta & Sitrasta sen suomalaisena edistäjänä

Tässä tutkielmassa tarkastelen yhtä vastuullisen liiketoiminnan globaalisti nopeimmin yleistyvää ilmentymää, vaikuttavuusinvestoimista (engl. impact investing), systeemiteoreettisesta näkökulmasta. Vastuullista liiketoimintaa tarkastelleen performatiivisuuden tutkimusohjelman ja arvottamistutkimuksen jalanjäljissä tutkin sitä, miten talous ja yhteiskunnallinen kehitys risteävät vaikuttavuusinvestoimisessa sen julkilausuttuna kaksoisimperatiivinaan, jota tavoitellaan erityisesti myös yhteiskunnallista vaikuttavuutta mahdollisimman tarkasti mallintaen ja mitaten sekä yhteiskunnallisten sektoreiden välisiä rajoja ylittämään pyrkien. Tutkielman empiirinen osa keskittyy sen jäsentämiseen, miten Suomen itsenäisyyden juhlarahasto Sitra on edistänyt vaikuttavuusinvestoimista ja rakentanut Suomeen niin kutsuttua ''vaikuttavuuden ekosysteemiä''. Tarkastelussani keskityn siihen, miten 1. Sitran vaikuttavuusinvestoimisen tiimi ja 2. sitralaisista, yrityksistä, julkisen sektorin edustajista, sijoittajista sekä järjestöistä koostuva ekosysteemi kommunikoi kokouksissa ja tapahtumissa, joiden tarkoitus oli rakentaa vaikuttavuusinvestoimisen ekosysteemiä. Metodologisesti lähestyin asiaa eritoten havainnoimalla Sitran järjestämiä kokouksia ja tapahtumia systeemiteoreettisesti virittyneesti, mutta myös analysoimalla Sitran julkaisemia selvityksiä ja oppaita sekä haastattelemalla Sitran vaikuttavuusinvestoimistiimin henkilöstöä. Tutkimuksen pääsaavutukset koostuvat lisäymmärryksen tuottamisesta kysymyksiin organisatoristen rakenteiden roolista merkittävänä osana sitä, miten ja miksi erilaiset arvottamisen muodot ja sosiaaliset systeemit muodostuvat vastuullisessa liiketoiminnassa ja eritoten vaikuttavuusinvestoimisessa merkityksellisiksi. Lisäksi, kontrastoiden osaa aiempia aihetta koskevia tutkimustuloksia, esitän miten eri yhteiskunnallisilla systeemeillä on vaikuttavuusinvestoimisessa epäsymmetrisiä merkityksiä, vaikka ne saattaisivatkin sijoittajille tai muille ekosysteemin jäsenille näyttäytyä harmonisina. Epäsymmetrisyyksien osoittaminen on nähdäkseni erityisen tärkeää paitsi vaikuttavuusinvestoimisen ymmärtämisen kannalta yleisesti, myös sen yhteiskuntapoliittista soveltuvuutta arvioidessa. Täten esitänkin, että vaikuttavuusinvestoimista tai sitä laajempaa ’’vaikuttavuusajattelua’’ on hedelmällistä tulkita sinänsä mielekkäinä tapoina lähestyä yhteiskuntapolitiikkaa, mutta tärkeää on silti huomioida, että ne eivät kuitenkaan ole täysin ongelmattomia tai varsinkaan automaattisia ’’win-win-ratkaisuja’’ maailman kompleksisia yhteiskunnallisia ja ekologisia ongelmia jäsentäessä

Environmental impact bonds as a transformative policy innovation: : frames and frictions in the construction process of the Nutrient-EIB

Impact bonds have emerged as a policy innovation with the potential to change public policies towards being more outcome-based and pre-emptive – and more effective in answering sustainability challenges. This financial instrument has been used for social problems and only recently for environmental issues. One example is the Nutrient-EIB (environmental impact bond) which is in preparation to be implemented in Southwest Finland. We study involved stakeholders’ framings of the Nutrient-EIB's potential for solving problems of eutrophication of the Baltic Sea and the lock-in situation of recycled fertiliser development. Based on stakeholder interviews, we identify three interpretative frames: applying the impact investing logic, challenging agri-environmental policy, and extending experimental policy-making. We recognise frictions between the frames regarding the required knowledge base and scale. We discuss how visions of transformative outcomes may challenge each other and what kinds of barriers transformative policy innovations may face.Impact bonds have emerged as a policy innovation with the potential to change public policies towards being more outcome-based and pre-emptive – and more effective in answering sustainability challenges. This financial instrument has been used for social problems and only recently for environmental issues. One example is the Nutrient-EIB (environmental impact bond) which is in preparation to be implemented in Southwest Finland. We study involved stakeholders’ framings of the Nutrient-EIB's potential for solving problems of eutrophication of the Baltic Sea and the lock-in situation of recycled fertiliser development. Based on stakeholder interviews, we identify three interpretative frames: applying the impact investing logic, challenging agri-environmental policy, and extending experimental policy-making. We recognise frictions between the frames regarding the required knowledge base and scale. We discuss how visions of transformative outcomes may challenge each other and what kinds of barriers transformative policy innovations may face.Peer reviewe

”En voisi tehdä työtä, joka ei motivoi”:päiväkodin johtajien kokemuksia työssään motivoivista tekijöistä ja työmotivaation merkityksestä

Tiivistelmä. Tutkimukseni tavoitteena oli tutkia päiväkodin johtajien kokemuksia työssään motivoivista tekijöistä ja työmotivaation merkityksestä. Kiinnostukseni tähän aiheeseen heräsi näkemästäni päiväkodin johtajien työhön liittyvästä kielteisestä uutisoinnista, mutta myös oman johtajuusosaamiseni kiinnostuksen kautta. En myöskään löytänyt aikaisempaa tutkimusta päiväkodin johtajien työmotivaatiosta, joten näin aiheeni tärkeäksi. Tutkimukseni tavoitteen kautta muodostin kaksi tutkimuskysymystä. Ensimmäinen tutkimuskysymykseni käsitteli tekijöitä, jotka motivoivat päiväkodin johtajia työssään, ja toinen sitä, millainen merkitys päiväkodin johtajien työmotivaatiolla on heidän työssään. Tutkimuksessani hyödynsin yleistä laadullista tutkimusmenetelmää, jossa sovellettiin sisällönanalyysiä. Tutkimukseni aineiston keräsin sähköisellä kyselyllä Webropol-palvelun kautta. Valitsin kohdejoukoksi erään Suomen paikkakunnan päiväkodin johtajat ja 14 johtajaa vastasi kyselyyni. Vaikka vastaajamäärä jäi suhteellisen pieneksi, sain niiden kautta muodostettua rikasta tietoa tutkimukseni aiheesta, sillä saadut vastaukset olivat kattavia. Keskeisimmiksi työssä motivoiviksi tekijöiksi osoittautui kehittämistyö ja vaikuttamisen mahdollisuudet, kollegat, osaava ja innostunut henkilöstö, oma osaaminen, keskustelut henkilöstön kanssa ja ihmisten kohtaaminen. Kaiken kaikkiaan työssä motivoivia tekijöitä kuvattiin runsaasti, mutta edellä mainitut osoittautuivat motivoivimmiksi. Työmotivaation merkityksen keskeisimmät tulokset pitivät sisällään puolestaan tehokkuuden, innostuksen ja jaksamisen, sekä töiden sujumattomuuden ja kuormittuneisuuden. Myönteisiä merkityksiä, eli tehokkuutta ja innostusta ja jaksamista kuvattiin kuitenkin laajemmin. Johtopäätöksinä tuloksistani voidaan sanoa, että päiväkodin johtajilla on halua tehdä työnsä mahdollisimman hyvin ja kehittää omaa osaamistaan. Kehittämistyö ylipäänsä oli erityisen tärkeää ja motivoivaa. Tuloksistani oli tulkittavissa myös päiväkodin johtajien tarve sosiaalisuuteen, sillä iso osa työn motivoivista tekijöitä oli yhteydessä muiden henkilöiden kanssa työskentelyyn. Työmotivaation merkitykseen liittyen voidaan todeta, että työmotivaatio on merkittävässä roolissa myös päiväkodin johtajien työssä. Päiväkodin johtajilla näytti olevan myös suhteellisen hyvä työmotivaatio, sillä työstä tunnistettiin työmotivaation myönteisiä merkityksiä enemmän. Tulokseni eivät kuitenkaan ole yleistettäviä, mutta ne tuottivat uutta tietoa tutkimukseni aiheesta

”Lapseton Suomi marssii kohti häviämistään”:syntyvyyden kehykset Helsingin Sanomissa vuonna 2020

Tiivistelmä. Tämän pro gradu -tutkielman tavoitteena oli selvittää, millä tavalla syntyvyyttä kehystetään Helsingin Sanomien verkkojulkaisuissa vuonna 2020, ja onko jokin kehys hallitseva. Lisäksi tutkimuksessa tarkasteltiin julkaisuissa esiintyviä kielellisiä kehystämisen keinoja. Tutkimuksen aineisto kerättiin Helsingin Sanomien digitaalisesta arkistosta. Tutkimusaineisto koostui 50 syntyvyyttä käsittelevästä jutusta, jotka oli julkaistu Helsingin Sanomien eri osioissa. Aineistoon sisältyi myös 13 mielipidekirjoitusta. Tutkimus oli luonteeltaan laadullinen, ja aineiston analysoinnissa sovellettiin median kehysanalyysia. Kehykset muodostettiin tutkimuksessa aineistolähtöisesti. Tulokset osoittivat, että vuonna 2020 Helsingin Sanomien syntyvyyskeskustelu jäsentyi kuuden kehyksen kautta. Nämä olivat arvostelun kehys, kulttuurin muutoksen kehys, toivon kehys, epävarmuuden kehys, rauhoittelun kehys sekä uhkan kehys. Kukin kehys sisälsi omanlaisensa näkökulman, ongelmanmäärittelyn sekä kehykselle tyypilliset kielellisen kehystämisen keinot. Hallitsevin kehys oli arvostelun kehys, jossa syntyvyyden laskusta syytettiin vääriä yhteiskuntapoliittisia toimia tai toimien puutetta. Syntyvyyskeskustelua väritti vuonna 2020 myös koronapandemia, jonka merkitys syntyvyydelle korostui toivon ja epävarmuuden kehyksissä. Tutkimuksen perusteella valtamedia toi vuonna 2020 esille monipuolisesti erilaisia näkökulmia syntyvyysaiheeseen liittyen. Näkökulmista korostuivat syntyvyyteen liittyvien yhteiskunnallisten toimien arvostelu sekä parisuhdekulttuurissa tapahtuneet muutokset syntyvyyslukujen taustalla. Tutkimus antoi tietoa median tavasta uutisoida syntyvyydestä — aiheesta, jota ei ole juurikaan tutkittu aikaisemmin. Lisäarvoa tutkimukselle toi syntyvyysaiheisen keskustelun analysointi poikkeuksellisena pandemia-aikana

Sosiaalisen toimintakyvyn arviointi ja mittaaminen väestötutkimuksessa

TOIMIA-suositu

PTH – Programa AEQ (2007-2012)

O Programa Nacional de Avaliação Externa da Qualidade (PNAEQ) está inserido no Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA, IP), a quem compete por legislação promover, organizar e coordenar os programas de Avaliação Externa da Qualidade laboratorial. O PNAEQ tem vindo a colaborar com a sua congénere Finlandesa desde 2000. Foi assinado recentemente um consórcio entre as duas entidades visando um trabalho de investigação e desenvolvimento na área de avaliação externa da qualidade. A participação de laboratórios em ensaios interlaboratoriais permite o diagnóstico, monitorização terapêutica, avaliação e orientação, ajudando a melhorar o desempenho e aumentar o nível de qualidade, beneficiando diretamente o doente. A hormona paratiroide (PTH) tem um papel importante no metabolismo do cálcio e, portanto, implicada na osteoporose. A PTH foi o 1º parâmetro selecionado para analise devido a se enquadrar nos temas deste 5º congresso SPQC

”Että sää opit niinkö aattelemaan, että me ollaan osa luontoa ja luonto on osa meitä”:lastentarhanopettajien näkemyksiä luontokasvatuksesta

Tiivistelmä. Tässä pro gradussa tutkitaan lastentarhanopettajien näkemyksiä luontokasvatuksesta. Aihetta on tutkittu hyvin vähän. Lastentarhanopettajien näkemysten tutkiminen on kuitenkin tärkeää, sillä heillä on pedagogiikan ammattilaisina suuri rooli lasten tukemisessa luontoa kunnioittaviksi yksilöiksi. Kasvatus on voima, jolla voidaan muuttaa ihmisten asenteita. Asenteiden muuttuminen olisi ensiarvoisen tärkeää, sillä se voi olla merkittävä ratkaisu vallitseviin ympäristöongelmiin sekä ilmastonmuutokseen. Tutkimuksen teoreettinen tausta rakentui empiirisestä aineistosta nousseiden näkemysten pohjalta. Tämän tutkimuksen teoreettisessa viitekehyksessä käsitellään ympäristökasvatuksen, kestävän kehityksen kasvatuksen sekä luontokasvatuksen käsitteitä. Tutkimus on luonteeltaan laadullinen ja siinä hyödynnetään aineiston analysoinnin tukena aineistolähtöistä sisällönanalyysiä. Tutkimusaineisto on hankittu teemahaastatteluilla kahdesta päiväkodista, joista toinen on yksityinen luontopainotteinen päiväkoti ja toinen kunnallinen päiväkoti ilman erityistä toiminta-ajatusta. Tutkimus pyrkii vastaamaan kysymyksiin siitä, millaisena lastentarhanopettajat näkevät luontokasvatuksen merkityksen lapselle ja kaikelle elämälle koko maapallolla sekä, millaisia näkemyksiä lastentarhanopettajilla on luontokasvatuksen pedagogisista lähtökohdista. Tutkimuksen keskeiseksi tulokseksi voidaan todeta, että lastentarhanopettajille luontokasvatus näyttäytyi merkityksellisenä osana pedagogiikkaa ja se painottui tavallisen arjen ympärille. Luonto nähtiin tärkeänä kehitys- ja kasvuympäristönä, johon luodaan suhde jo varhaislapsuudessa. Luontokasvatuksen merkitys näkyi sille asetettujen tavoitteiden ja toteutuneen toiminnan vaikutusten kautta. Luontokasvatukseen liittyvät arvot olivat yhteydessä sekä luontokasvatuksen merkitykseen että näkemykseen luontokasvatuksen pedagogisista lähtökohdista. Näkemys luontokasvatuksen pedagogisista lähtökohdista oli laaja-alainen ja niissä painottuivat asiantuntijuuden yhteys pedagogiikkaan, toimintatavat sekä näkemys luonnosta monipuolisena toimintaympäristönä. Tutkimuksemme antaa viitteitä siitä, että varhaiskasvatuksen kentällä ei ole selkeää yhtenäistä käsitettä ja ymmärrystä luontoon liittyvästä kasvatuksesta