Verbal Memory in Late-life Depressions and Normal Ageing

In the present article, authors analyze characteristics of verbal memory in late-life depressions and normal ageing. During last decades, the increase of frequency of affective disorders in depression spectrum in late age attracts attention of specialists. Memory is one of the most sensitive functions in late-life depressions. The maingoal of this research is to estimate verbal memory of senior patients with depression and normal persons. Two groups of participants, consisting of 197 patients with depressions of Scientific Center of Mental Health (Moscow) and 100 mentally healthy people participated in this research. Control and clinical groups were comparable by socio-demographical parameters. The results of two methods were interpreted: (1) memorization and delayed reproduction of five words; (2) naming of five sharp objects. In first method, the volume of first reproduction (FR), the number of material presentations required for memorization (N) and the volume of delayed reproduction (DR) were examined. In addition, the frequency of occurrence of various types of errors such as omissions, inert repetitions, impairments of order and of selectivity was estimated. In the second method were examined: presence of pauses, necessity of psychological assistance, such as verbal stimulation or clarification of the semantic field. Statistical analysis was made using SPSS Statistics and Microsoft office Excel 2007. The research results showed that patients with depression deal with offeredmethods worse than mentally healthy people do. In memorization of five words, volumes of FR and DR were lower and patients needed more repetitions to memorize. When analyzing age dynamic, negative changes in verbal memory were more evident in clinical group. When naming of five sharp objects, patients with depression made more pauses and needed more frequently clarification of semantic field or verbal stimulation. Keywords: verbal memory, normal ageing, late-life depressions, neuropsycholog

Double helical forms of poly(A): possible involvement in biological processes

In this short renew unique conformational possibilities of polyadenylic acid are described. The possibility of double oligo(A)-helices formation in RNA biological systems has been discussed. It is proposed that the basis for stabilization effect of ELAV-like proteins is their ability to form internal double oligo(A)-helices in the poly(A) tails of specific mRNAsВ огляді стисло описано унікальні конформацій можливості поліаденілової кислоти- Обмірковано питання про можливість утворення подвійних оліго(А)-спіралей в PНK у біологічних системах. Висловлено припущення про те, що в основі стабілізаційної дії ELAV-подібних білків лежить їхня здатність стимулювати утворення внутрішніх подвійних оліго(А)-спіралей в полі(А) -хвостах специфічних мРНКВ обзоре кратко описаны уникальные конформационные возможности полиадениловой кислоты. Обсуждается возможности образования двойных олиго(А)-спиралей в РНК в биологических системах. Высказано предположение о том, что в основе стабиллизирующего действия ELAV-подобных белков лежит, их способность вызывать образование внутренних двойных олиго(А)-спиралей в поли(А)-хвостах специфических мРНК

Dependence of DNA persistence length on ionic conditions

DNA functioning requires both compaction for packaging into chromatin or virus particles and accessibility for looping to control gene expression. The persistence length (P), closely related to the bending rigidity of double-stranded DNA, is highly relevant to these processes. In spite of numerous experimental and theoretical studies, a general agreement on the dependence of DNA persistence length on salt concentration has not been established and clear understanding about the fundamental forces responsible for DNA stiffness is still lacking. Here we describe a dependence of P vs Na⁺ concentration based on several studies and discuss the impact of different factors, including DNA G- and A-tracts, on DNA persistence length.Функціонування ДНК включає як значне стиснення при утворенні хроматину або пакуванні у вірусні частинки, так і утворення петель при контролі генної експресії. Персистентна довжина (Р), що характеризує жорсткість дволанцюгової ДНК на вигинання, має безпосереднє відношення до цих процесів. Незважаючи на численні експериментальні та теоретичні дослідження персистентної довжини, загальна думка про характер її залежності від концентрації солі нині так і не визріла – немає чіткого розуміння природи фундаментальних сил, які обумовлюють жорсткість ДНК. В даному короткому огляді ми наводимо на основі літературних даних узагальнену залежність персистентної довжини ДНК від концентрації солі і обговорюємо вплив на неї різних факторів. Зокрема, ми обговорюємо структурні особливості G- та А-трактів ДНК.Функционирование ДНК включает как значительное сжатие при образовании хроматина или упаковке в вирусные частицы, так и образование петель при контроле генной экспрессии. Персистентная длина (Р), характеризующая жесткость двухцепочечной ДНК на изгиб, имеет непосредственное отношение к этим процессам. Несмотря на многочисленные экспериментальные и теоретические исследования персистентной длины, общее мнение о характере ее зависимости от концентрации соли в настоящее время не установлено и нет ясного понимания природы фундаментальных сил, обуславливающих жесткость ДНК. В данном коротком обзоре мы приводим на основании литературных данных обобщенную зависимость персистентной длины ДНК от концентрации соли и обсуждаем влияние на нее разных факторов. В частности, мы обсуждаем структурные особенности G- и A-трактов ДН

Phylogenetic study on structural elements of HIV-1 poly(A) region. 2. USE domain and TAR hairpin

Aim Phylogenetic study on structural elements in the poly(A) region of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), in particular the major upstream sequence element (USE), which stimulates polyadenylation of HIV-1 transcript, and the TAR (trans-activation response) hairpin, which juxtaposes spatially the AAUAAA and USE signals. Methods. The secondary structure of these elements has been predicted by UNA Fold program. Results. The structure of USE domain and TAR hairpin has been analysed in 1679 HIV-1 genomes and 17 genomes of simian immunodeficiency virus SIVcpzPtt. We found 376 and 588 different sequences for these elements, respectively, and revealed the most frequent base changes and subtypeand country-specific mutations. Only 43 % of HIV-1 isolates contain variants of the USE domain which occur with a frequency 5 % (the main variants) and 35 % of isolates contain main variants of the TAR hairpin. We found that the SIV USE domain and TAR hairpin most closely resemble those found in HIV-1 genomes of A/G-containing subtypes. Conclusions. The results of our large-scale phylogenetic study support a hypothesis on the interaction between tRNA3Lys and the 3' end of HIV-1 genomic RNA and a controversial supposition of HIV-1 genome dimerization by the TAR-TAR kissing mechanism. Since the TAR hairpin is a target for developing antiviral drugs based on the inhibition of signal elements, the data on specific structural features of this hairpin may be useful for new antivirals design.Мета. Провести філогенетичний аналіз структурних елементів області полі(А) у про-мРНК ВІЛ-1, зокрема, основного «верхнього» елемента (USE), який стимулює поліаденілювання транскрипту ВІЛ-1, і шпильки TAR, що просторово зближує сигнали AAUAAA і USE. Методи. Передбачення вторинної структури цих елементів здійснювали за допомогою програми UNAfold. Результати. Структуру домену USE і шпильки TAR проаналізовано для 1679 геномів ВІЛ-1 групи M та 17 геномів вірусу мавп SIVcpzPtt. У геномі ВІЛ-1 ми виявили 376 і 588 різних послідовностей для домену USE і шпильки TAR відповідно, а також найчастіші мутації і мутації, специфічні для певного субтипу або країни. Лише 43 % усіх досліджених геномів ВІЛ-1 містять варіанти домену USE, які зустрічаються з частотою 5 % (основні варіанти), і 35 % геномів включають основні варіанти TAR. Встановлено також, що домен USE і шпилька TAR з геному SIVcpzPtt дуже схожі на відповідні елементи з геному ВІЛ-1 A/G-вмісних субтипів. Висновки. Результати наших широкомасштабних досліджень підтримують гіпотезу щодо взаємодії між tRNA3Lys та 3'-кінцем геномної РНК ВІЛ-1, а також спірну гіпотезу димеризації шпильки TAR через взаємодію паліндромів. Оскільки шпилька TAR є об’єктом антивірусної терапії, спрямованої на пригнічення сигнальних елементів, дані стосовно специфічних особливостей цієї шпильки можуть бути корисними для створення нових лікарських препаратів.Цель. Провести филогенетический анализ структурных элементов области поли(А) ВИЧ-1, в частности, основного «верхнего» элемента (USE), стимулирующего полиаденилирование транскрипта ВИЧ-1, и шпильки TAR, пространственно совмещающей сигналы AAUAAA и USE. Методы. Вторичная структура этих элементов предсказана программой UNAfold. Результаты. Структуры домена USE и шпильки TAR проанализированы в 1679 геномах ВИЧ-1 и 17 геномах вируса обезьян SIVcpzPtt. В геноме ВИЛ-1 мы выявили соответственно 376 и 588 различных последовательностей для домена USE и шпильки TAR, а также наиболее частые мутации и мутации, специфические для определенного субтипа или страны. Только 43 % всех исследованных геномов ВИЧ1 содержат варианты домена USE, встречающиеся с частотой 5 % (основные варианты), и 35 % геномов включают основные варианты TAR. Мы обнаружили, что домен USE и шпилька TAR в геноме SIVcpz Ptt наиболее близки по структуре к соответствующим элементам в геномах ВИЧ-1 A/G-содержащих субтипов. Выводы. Результаты наших широкомасштабных исследований свидетельствуют в пользу гипотезы взаимодействия между tRNA3Lys и 3'-концом генома ВИЧ-1, а также спорной гипотезы димеризации шпильки TAR через взаимодействие палиндромов. Поскольку шпилька TAR является объектом антивирусной терапии, направленной на подавление сигнальных элементов, данные о специфических особенностях этой шпильки могут быть полезными для создания новых лекарственных препаратов

Auxiliary elements of mammalian pre-mRNAs polyadenylation signals

Polyadenylation is one of the levels at which eukaryotic gene expression is regulated. The auxiliary elements of mammalian polyadenylation (poly(A)) signals are known to influence positively or negatively the efficiency of 3'-end processing. In this paper, we surveyed the literature on auxiliary elements of mammalian poly(A) signals. We also compiled the database of human poly(A) signals and searched it for auxiliary elements. This database contains 244 pre-mRNA sequences covering the cleavage region. Literature data and our database screen demonstrated that auxiliary elements, particularly, sequences binding Ul snRNP-specific UJ A protein, are widely presented in cellular pre-mRNAs. Besides, we analyzed our database for the availability of the polynucleotide sequences with a potential to form G-quadruplexes or i-motifs which we consider as possible auxiliary elements. Based on published experimental findings on formation of quadruplexes, the schematic structures of possible quadruplexes are proposed for several human pre-mRNAs. The structures of putative quadruplexes are oho represented for G-rich auxiliary downstream element of SV40 L poly(A) signalПоліаденілування – один з клітинних процесів, на рівні яких відбувається регуляція експресії генів. Допоміжні елементи полі(А)-сигналів про-мРНК ссавців стимулюють або при­гнічують реакцію поліаденілування, що спрямовується кор-елементами сигналів. У цій роботі ми обговорюємо структуpy і функції відомих в літературі допоміжних елементів та проводимо їхній пошук у створеній нами базі даних полі(А)-сигналів про-мРНК людини, яка містить 244 послідовності про-мРНК в області місця розщеплення. Аналіз літератури і створеної бази даних свідчить про широку поширеність у клітинних про-мРНК допоміжних елементів, зокрема послі­довностей, що зв'язують VI мяРНП-специфічний VIA білок. Окрім того, в створеній базі даних здійснено пошук послідо­вностей про-мРНК, які можуть утворювати чотирьохланцюгові структури (G-квадруплекси або і-мотиви). Ми припусти­ли, що такі структури здатні виконувати деякі функції допоміжних елементів. У роботі наведено моделі квадруплексів для фрагментів деяких про-мРНК людини, які грунту­ються на аналізі літератури, присвяченій чотирьохспіральним структурам, а також моделі G-квадруплексів для допоміж­ного G-багатого елемента полі(А)-сигналу про-мРНК SV40 L.Полиаденилирование – один из клеточных процессов, на уровне которых происходит регулирование экспрессии генов. Дополни­тельные элементы поли(А)-сигналов про-мРНК млекопитаю­щих стимулируют или ингибируют реакцию полиаденилирования, направляемую кор-элементами. В этой работе мы обсуж­даем структуру и функции известных в литературе дополни­тельных элементов и проводим их поиск в созданной нами базе данных поли(А)-сигналов про-мРНК человека, содержащей 244 последовательности про-мРНК в области места расщеп­ления. Анализ литературы и созданной базы данных указывает на широкое распространение в клеточных про-мРНК дополни­тельных элементов, в частности последовательностей, связывающих VI мяРНП-специфичный VIA белок. Кроме того, в созданной базе данных проведен поиск последовательностей про-мРНК, способных образовывать четырехцепочечные стру­ктуры (G-квадруплексы или i-мотивы). Мы предположили, что такие структуры могут выполнять некоторые функции дополнительных элементов. В работе приведены модели квад­руплексов для фрагментов некоторых про-мРНК человека, основанные на анализе литературы, посвященной четырехспиральным структурам, а также модели G-квадруплексов для дополнительного G-богатого элемента поли(А)-сигнала промРНК SV40 L

Phylogenetic study on structural elements of HIV-1 poly(A) region. 1. PolyA and DSE hairpins

Genome of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) is highly heterogeneous. The aim of this work was a phylogenetic study on structural elements of the HIV-1 poly(A) region, in particular polyA and DSE hairpins which compose a core poly(A) site. Methods. The secondary structure of the HIV-1 core poly(A) site has been predicted by the UNAFold program. Results. The structure of the polyA and DSE hairpins has been analysed in 1679 HIV-1 genomes of group M and 18 genomes of simian immunodeficiency virus SIVcpzPtt. We found 244 and 171 different sequences for the HIV-1 polyA and DSE hairpins, respectively. However 70 % of the HIV-1 isolates studied contain one of 7 variants of the polyA hairpin which occur with a frequency 5 % (main variants) and 79 % of the isolates contain one of 7 main variants of the DSE hairpin. We also revealed subtype and country specific mutations in these hairpins. We found that the SIV polyA hairpin most closely resembles that found in HIV-1 genomes of B/C subtypes. Conclusions. The results of our large-scale phylogenetic study support some structural models of the HIV-1 5' UTR, in particular the tertiary interaction between the polyA hairpin and the matrix region in HIV-1 gRNA. Possibly, the DSE hairpin appeared in the course of viral evolution of the HIV-1 group M. An exposure of the U/GU-rich element in the apical loop of DSE hairpin could significantly increase the efficiency of pre-mRNA polyadenylation in this HIV-1 group.Геном вірусу імунодефіциту людини (ВІЛ-1) надзвичайно гетерогенний. Мета. Провести філогенетичний аналіз структурних елементів області полі(А) ВІЛ-1, зокрема, шпильок поліA і DSE, які складають основний сайт полі(А). Методи. Передбачення вторинної структури основного полі(А)-сайта здійснювали за допомогою програми UNAFold. Результати. Структуру шпильок поліA і DSE проаналізовано для 1679 геномів ВІЛ-1 групи M та 18 геномів вірусу імунодефіциту мавп SIVcpzPtt: у геномах ВІЛ-1 виявлено 244 і 171 різна послідовність шпильок поліA і DSE відповідно. Однак 70 % вивчених геномів містили один із семи варіантів шпильки поліA, які зустрічалися з частотою 5 % (основні варіанти), і 79 % ізолятів вміщують один із семи основних варіантів шпильки DSE. Виявлено також специфічні для певного субтипу або країни мутації зазначених шпильок. Встановлено, що шпилька поліA з геному SIVcpzPtt дуже схожа на таку з геному ВІЛ-1 субтипів B і C. Висновки. Результати наших широкомасштабних досліджень підтримують деякі структурні моделі 5' нетрансльованої ділянки геному ВІЛ-1, зокрема, третинну взаємодію між шпилькою поліA і областю гена матриксного білка. Шпилька DSE, можливо, утворилася у процесі еволюції ВІЛ-1 групи М. Експонування U/GU-збагаченого елемента в апікальній петлі цієї шпильки могло значно підвищити ефективність поліаденілювання про-мРНК у ВІЛ-1 цієї групи.Геном ВИЧ-1 чрезвычайно гетерогенен. Цель. Провести филогенетический анализ структурных элементов области (поли)А ВИЧ-1, в частности, шпилек полиА и DSE, составляющих основной поли(А)-сайт. Методы. Вторичная структура основного поли(А)-сайта предсказана с помощью программы UNA Fold. Результаты. Структура шпилек полиА и DSE проанализирована в 1679 геномах ВИЧ-1 группы M и 18 геномах вируса иммунодефицита обезьян SIVcpzPtt: в геномах ВИЧ-1 выявлены соответственно 244 и 171 различная последовательность шпилек полиА и DSE. Однако 70 % изученных геномов содержат один из семи вариантов шпильки полиА, встречающихся с частотой 5 % (основные варианты) и 79 % изолятов содержат один из семи основных вариантов шпильки DSE. Обнаружены также варианты шпилек, специфические для определенного субтипа или страны. Выявлено, что шпилька полиА в геноме SIVcpzPtt наиболее близка по структуре таковой в геноме ВИЧ-1 субтипов В и С. Выводы. Результаты наших широкомасштабных исследований свидетельствуют в пользу некоторых структурных моделей 5' нетранслируемой области генома ВИЧ-1, в частности, наличия третичного взаимодействия между шпилькой полиА и участком в гене матриксного белка. Шпилька DSE, возможно, образовалась в процессе эволюции ВИЧ-1 группы М. Экспонирование U/GU- богатого элемента в апикальной петле шпильки DSE могло значи- тельно повысить эффективность полиаденилирования про- мРНК в ВИЧ-1 данной группы

LOGICAL ASPECT OF ARGUMENTATION IN ECONOMIC DISCOURSE

Цель. Статья посвящена актуальной теме лингвистической аргументации. Предметом анализа выступает логико-коммуникативная организация текстов экономического дискурса с позиции проявления в них универсальной категории аргументации. Авторы ставят целью установить и классифицировать типы логико-семантических отношений, создающих логический аспект аргументации в сверхфразовых единствах (СФЕ) современного экономического текста, а также показать их функционирование на примере соединительного типа отношений.Метод или методология проведения работы. Теоретической основой исследования послужили работы отечественных и зарубежных исследователей в области лингвистической аргументации. Методологической базой исследования выступили методы контекстуального и сравнительного анализа, а также индуктивный и дедуктивный методы научного познания.Результаты. Результаты работы заключаются в том, что авторы провели инвентаризацию и описали логико-семантические отношения, создающие каркас логического аспекта текстовой аргументации в экономическом дискурсе; проанализировали средства выражения этих отношений, соединяющие самостоятельные предложения (или группы предложений) в сверхфразовых единствах (СФЕ) современного экономического текста, а также функционирование одного из трех основных типов логико-семантических отношений – соединительных отношений и их семантических разновидностей.Область применения результатов. Результаты исследования могут быть использованы в спецкурсе по лингвистике текста, при подготовке учебных пособий, а также при написании курсовых и дипломных работ студентов.Purpose. The article is devoted to the topical issue of linguistic argumentation. The subject of analysis is the logical and communicative organization of texts of economic discourse in terms of their ability to manifest a universal category of argumentation. The authors aim to establish and classify the types of logical-semantic relations that create the logical aspect of argumentation in the superphrase unity (SPU) of the modern economic text, as well as to show their functioning by the example of the connecting type of relations.Methodology. The works of national and foreign researchers in the field of linguistic argumentation make up formed the theoretical basis of the study, while the methods of contextual and comparative analysis, as well as inductive and deductive methods of scientific cognition are the methodological basis of the study.Results. The results of the work are that the authors conducted an inventory and described the logical-semantic relations that create the framework of the logical aspect of the textual argument in economic discourse; analyzed the means of expressing these relations, connecting independent sentences (or groups of sentences) in the superphrase unity (SPU) of the modern economic text, as well as the functioning of one of the three main types of logical-semantic relations-connecting relations and their semantic varieties.Practical implications. The results of the research can be used in a special course on text linguistics, for the preparation of textbooks, as well as in writing student’s course and diploma papers

GRSDB2 and GRS_UTRdb: databases of quadruplex forming G-rich sequences in pre-mRNAs and mRNAs

G-quadruplex motifs in the RNA play significant roles in key cellular processes and human disease. While sequences capable of forming G-quadruplexes in the pre-mRNA are involved in regulation of polyadenylation and splicing events in mammalian transcripts, the G-quadruplex motifs in the UTRs may help regulate mRNA expression. GRSDB2 is a second-generation database containing information on the composition and distribution of putative Quadruplex-forming G-Rich Sequences (QGRS) mapped in ∼29 000 eukaryotic pre-mRNA sequences, many of which are alternatively processed. The data stored in the GRSDB2 is based on computational analysis of NCBI Entrez Gene entries with the help of an improved version of the QGRS Mapper program. The database allows complex queries with a wide variety of parameters, including Gene Ontology terms. The data is displayed in a variety of formats with several additional computational capabilities. We have also developed a new database, GRS_UTRdb, containing information on the composition and distribution patterns of putative QGRS in the 5′- and 3′-UTRs of eukaryotic mRNA sequences. The goal of these experiments has been to build freely accessible resources for exploring the role of G-quadruplex structure in regulation of gene expression at post-transcriptional level. The databases can be accessed at the G-Quadruplex Resource Site at: http://bioinformatics.ramapo.edu/GQRS/

A physical and functional link between splicing factors promotes pre-mRNA 3′ end processing

Polypyrimidine tract-binding protein (PTB) is a splicing regulator that also plays a positive role in pre-mRNA 3′ end processing when bound upstream of the polyadenylation signal (pA signal). Here, we address the mechanism of PTB stimulatory function in mRNA 3′ end formation. We identify PTB as the protein factor whose binding to the human β-globin (HBB) 3′ UTR is abrogated by a 3′ end processing-inactivating mutation. We show that PTB promotes both in vitro 3′ end cleavage and polyadenylation and recruits directly the splicing factor hnRNP H to G-rich sequences associated with several pA signals. Increased binding of hnRNP H results in stimulation of polyadenylation through a direct interaction with poly(A) polymerase. Therefore, our results provide evidence of a concerted regulation of pA signal recognition by splicing factors bound to auxiliary polyadenylation sequence elements

Systematic variation in mRNA 3′-processing signals during mouse spermatogenesis

Gene expression and processing during mouse male germ cell maturation (spermatogenesis) is highly specialized. Previous reports have suggested that there is a high incidence of alternative 3′-processing in male germ cell mRNAs, including reduced usage of the canonical polyadenylation signal, AAUAAA. We used EST libraries generated from mouse testicular cells to identify 3′-processing sites used at various stages of spermatogenesis (spermatogonia, spermatocytes and round spermatids) and testicular somatic Sertoli cells. We assessed differences in 3′-processing characteristics in the testicular samples, compared to control sets of widely used 3′-processing sites. Using a new method for comparison of degenerate regulatory elements between sequence samples, we identified significant changes in the use of putative 3′-processing regulatory sequence elements in all spermatogenic cell types. In addition, we observed a trend towards truncated 3′-untranslated regions (3′-UTRs), with the most significant differences apparent in round spermatids. In contrast, Sertoli cells displayed a much smaller trend towards 3′-UTR truncation and no significant difference in 3′-processing regulatory sequences. Finally, we identified a number of genes encoding mRNAs that were specifically subject to alternative 3′-processing during meiosis and postmeiotic development. Our results highlight developmental differences in polyadenylation site choice and in the elements that likely control them during spermatogenesis