ACPYPE - AnteChamber PYthon Parser interfacE.

RIGHTS : This article is licensed under the BioMed Central licence at http://www.biomedcentral.com/about/license which is similar to the 'Creative Commons Attribution Licence'. In brief you may : copy, distribute, and display the work; make derivative works; or make commercial use of the work - under the following conditions: the original author must be given credit; for any reuse or distribution, it must be made clear to others what the license terms of this work are.BACKGROUND: ACPYPE (or AnteChamber PYthon Parser interfacE) is a wrapper script around the ANTECHAMBER software that simplifies the generation of small molecule topologies and parameters for a variety of molecular dynamics programmes like GROMACS, CHARMM and CNS. It is written in the Python programming language and was developed as a tool for interfacing with other Python based applications such as the CCPN software suite (for NMR data analysis) and ARIA (for structure calculations from NMR data). ACPYPE is open source code, under GNU GPL v3, and is available as a stand-alone application at http://www.ccpn.ac.uk/acpype and as a web portal application at http://webapps.ccpn.ac.uk/acpype. FINDINGS: We verified the topologies generated by ACPYPE in three ways: by comparing with default AMBER topologies for standard amino acids; by generating and verifying topologies for a large set of ligands from the PDB; and by recalculating the structures for 5 protein-ligand complexes from the PDB. CONCLUSIONS: ACPYPE is a tool that simplifies the automatic generation of topology and parameters in different formats for different molecular mechanics programmes, including calculation of partial charges, while being object oriented for integration with other applications

Approaches to Evaluation of Self-Purification in Estuarine Rivers of Souhteast of Amapá State - Brazil

There are a number of reasons that make Amazon estuary an important natural water resource. First, it is biologically productive being the spawning and nursery ground for many important aquatic biota. Second, it serves as receiving waters for wastewater discharges and for navigation use. Third, it has been demonstrating its elevated dilution and self-purification capacity for constituents of the water, principally bacteria, toxic substances, organic material and nutrients. Many cities and small ports of the State of the Amapá located on estuaries and coastal zones are ready affecting their quality through runoff, domestic and industrial wastewater. So, the present research evaluated the water quality in four rivers located close to the periurban areas of Macapá and Santana and rural area of Mazagão municipality. The main objective is to diagnostic the spatial-temporal distribution of some variables and parameters of the water quality, considering important factors as atrophic, hydrologic and climatologic effects in streams sanitation

Entre a colonialidade e a decolonialidade: Memórias docentes na educação básica da Amazônia brasileira

Neste artigo analisamos as memórias profissionais de docentes da educação básica que em sua prática pedagógica relacionam conhecimento escolar e cultura popular no contexto da complexidade sociocultural da Amazônia brasileira. Além de exercerem o magistério, os sujeitos da pesquisa são produtores de cultura popular, engajados em manifestações artísticas de minorias sociais da região amazônica. Metodologicamente, as memórias narradas pelos/as professores/as foram apreendidas com base nas orientações da história oral e a análise se fundamenta no pensamento decolonial. A pesquisa concluiu que a escola é atravessada pelo fenômeno da colonialidade e, consequentemente, regida por uma epistemologia monocultural que marginaliza os conhecimentos produzidos pelas populações que foram vítimas do colonialismo. Entretanto, contraditoriamente, os protagonistas da pesquisa, com suas vivências no âmbito da cultura popular, colocam em questão os conhecimentos socializados nesta instituição e, mediatizados pelo diálogo com os saberes produzidos no território amazônico, ampliam os conceitos de arte e estética, denunciam práticas racistas e patriarcais e criticam a exploração do trabalho humano e da natureza no capitalismo

DINÂMICA URBANA E PRODUÇÃO AGROEXTRATIVISTA: uma análise sobre informalidade do trabalho e da economia do açaí na RMB

Neste trabalho, buscamos identificar como a informalidade estrutural da economia e do mercado de trabalho regionais está atrelada a aspectos histórico-estruturais da formação socioeconômica da região e analisar a relação entre a base agroextrativista e a formação do setor informal da economia metropolitana de Belém, dando destaque aos batedoresde açaí a partir dos resultados da pesquisa de campo na Região Metropolitana de Belém. Nesse sentido, além da introdução, a análise que se segue será dividida em cinco seções. Na primeira seção, fazemos uma discussão teórica sobre a formação da rede urbana na Amazônia e sua influência na reestruturação da RMB. Na segunda seção, apresentamosos aspectos histórico-estruturais ligados ao funcionamento do mercado de trabalho na RMB. Na terceira seção, discutimos as interações entre dinâmica agrária agroextrativista e economia informal na RMB. Na quarta seção, analisamos o setor informal como componente estrutural da dinâmica local. Na quinta seção, discutimos os resultados da pesquisa de campo sobre o caráter socieconômico dos batedores e vendedores artesanais de açaí na economia metropolitana de Belém. E, por fim, serãoexpostas nossas conclusões a respeito da relação entre dinâmica urbana e produção agroextrativista na RMB

Fatores que influenciam na formação da imagem organizacional de uma cooperativa: um olhar dos cooperados / Factors that influence the formation of the organizational image of a cooperative: a view of the members

Este trabalho objetivou conhecer os principais fatores que contribuem para a formação da imagem organizacional em uma cooperativa, num contexto de mercado do século XXI cada vez mais complexo.  A partir de uma metodologia descritiva, com uma abordagem qualitativa, utilizou-se o método do estudo de caso em uma cooperativa agroindustrial do sudeste do estado do Pará, afim de identificar quais os fatores influenciam na formação da imagem de uma cooperativa segundo a percepção dos cooperados. Os dados foram coletados a partir de entrevistas estruturadas, seguida da análise de conteúdo. As conclusões permitiram identificar fatores como honestidade e proximidade do líder da cooperativa com os cooperados, como indicadores de uma “boa” imagem, e ainda, irregularidades na gestão como um dos agentes prejudiciais à imagem organizacional da cooperativa. Este estudo pode ser tomado como direção para futuros estudos sobre o desenvolvimento de estratégias de gestão da imagem organizacional em cooperativas e indicadores de governança em cooperativas agroindustrial. 

Fertigation of arugula crops grown in saline soils

Arugula is a leafy vegetable that has been standing out in terms of consumption due to its nutritional content. The crop has low tolerance to water salinity (ECw), and information on the management of fertilization in saline environments is scarce. In this context, this study aimed to analyze the nutritional aspects of arugula under different soil salinity levels and fertilization doses via fertigation. The experiment was conducted in a greenhouse during two production cycles in 2021 in a randomized block design and a 4 x 3 factorial arrangement, with four replications. The treatments consisted of four soil salinity levels (ECse = 0.57, 1.3, 2.3, and 3.3 dS m−1) and three doses of a mineral fertilizer based on the recommended fertilization via fertigation (F1 = 100%, F2 = 50%, and F3 = 25%). The contents of N, P, K, Ca, Mg, S, Na, Cu, Fe, Zn, and Mn were evaluated after harvesting. Salinity directly affected the concentration of mineral elements in arugula leaf during the first cycle, mainly Ca, Mg, Zn, and Mn. The fertigation strategy with 100% of the recommended fertilization showed better results than the other doses for N, P, K, and S. In the second cycle, all elements showed a reduction due to the high ECse, mainly the value of 3.3 dS m−1. The fertigation strategy that used 100% of the recommended fertilization promoted higher nutrient accumulation in arugula. The order of nutrient accumulation in arugula leaf was K>N>Ca>S>Mg>P>Fe>Zn>Mn>Cu.Arugula is a leafy vegetable that has been standing out in terms of consumption due to its nutritional content. The crop has low tolerance to water salinity (ECw), and information on the management of fertilization in saline environments is scarce. In this context, this study aimed to analyze the nutritional aspects of arugula under different soil salinity levels and fertilization doses via fertigation. The experiment was conducted in a greenhouse during two production cycles in 2021 in a randomized block design and a 4 x 3 factorial arrangement, with four replications. The treatments consisted of four soil salinity levels (ECse = 0.57, 1.3, 2.3, and 3.3 dS m−1) and three doses of a mineral fertilizer based on the recommended fertilization via fertigation (F1 = 100%, F2 = 50%, and F3 = 25%). The contents of N, P, K, Ca, Mg, S, Na, Cu, Fe, Zn, and Mn were evaluated after harvesting. Salinity directly affected the concentration of mineral elements in arugula leaf during the first cycle, mainly Ca, Mg, Zn, and Mn. The fertigation strategy with 100% of the recommended fertilization showed better results than the other doses for N, P, K, and S. In the second cycle, all elements showed a reduction due to the high ECse, mainly the value of 3.3 dS m−1. The fertigation strategy that used 100% of the recommended fertilization promoted higher nutrient accumulation in arugula. The order of nutrient accumulation in arugula leaf was K>N>Ca>S>Mg>P>Fe>Zn>Mn>Cu

Code teacher: uma ferramenta para correção automática de trabalhos acadêmicos de programação em Java / Codeteacher: a tool for automatic correction of academic programming jobs in Java

Exercícios práticos são essenciais no aprendizado de uma linguagem de programação. Com o objetivo de auxiliar o professor na avaliação de exercícios de programação, este artigo apresenta o CodeTeacher, uma ferramenta de análise e avaliação automática de código-fonte como alternativa para a otimização do processo de ensino-aprendizagem de programação. A intenção é fomentar a discussão na comunidade educacional em Computação e propor uma solução no sentido de encontrar novas abordagens para esse desafio, contribuindo para o progresso do ensino de programação

Study of the magnetohydrodynamic flow of a Newtonian fluid using Laplace transform / Estudo do escoamento magnetohidrodinâmico de um fluido Newtoniano via transformada de Laplace

The present work studies the magnetohydrodynamic flow of a Newtonian fluid as a complementary case of the simple flow in a parallel plate channel. The effects of kinematic parameters and the influence of the transverse and uniform magnetic field on the fields of speed, flow and shear rate are analyzed. To solve the equations that govern movement, the Laplace Transform technique was used, and the Python programming language and wxMaxima program for the construction of graphs and convergence analysis, respectively. The results obtained were analyzed for different values of the Hartmann’s number and the limit case in which this parameter tends to zero compared to the simple flow in the absence of a field. The study showed the effect of the magnetic field on the velocity profile and other derived properties. And the limit case proved to be compatible with the case in which there is no magnetic field applied. In general, the work proved to be valid as a complementary study of the simple case, since the results obtained for the limit case clearly express its tendency towards the simple case presented by the literature

Resíduos sólidos urbanos: promovendo educação ambiental no espaço escolar

The increase in the number of people in the world, coupled with the concentration of populations in cities, has resulted in problems such as increased waste production and, consequently, diseases related to environmental pollution. The growing scale of production of municipal solid wastes (MSWs), associated with increased consumption, and the improper disposal of such waste, make it imperative to improve levels of awareness, and encourage the segregation and correct elimination of such waste, in order to minimize the hazards. Thus, this study aimed to discuss, in the school, the issues related to MSWs, including the production, storage, reuse, and proper disposal of these materials in order to provide environmental preservation, protection of health, and enhanced social conditions. The extension activities described in this work were conducted in 2012 at the Centro de Ensino Mourão Rangel, located in the city of Imperatriz (Maranhão). Interaction with the students employed educational games, paradidactic material, lectures, and discussions, in order to promote the exchange of knowledge through an open conversation among those involved. From the results obtained, it was observed that there was an effective participation of students, teachers, and school management during the execution of the entire extension activity, demonstrating the interest shown in the theme. It could be concluded that this activity definitely helped to increase the range of information available on environmental issues, with emphasis on MSWs, as well as improve the level of critical thinking concerning the conservation of natural resources. It is important to emphasize the need to maintain a dialogue between the university and schools in order to disseminate vital information that can be of benefit to the community.El aumento del número de personas en el mundo, junto con la concentración de las poblaciones en las ciudades, ha causado problemas como la producción de residuos y, en consecuencia, enfermedades relacionadas con la contaminación del medio ambiente. La escala creciente de la producción de residuos sólidos urbanos (RSUs) ha generado una advertencia a la sociedad, con miras a aumentar el consumo y dispensación indebida de tales residuos. Por lo tanto, es de suma importancia para la generación de conocimiento, la segregación y la eliminación de estos residuos para minimizar estos riesgos. Teniendo eso en cuenta, este estudio tuvo como objetivo discutir, en la escuela, los problemas relacionados con los RSUs, en relación con la producción, almacenamiento, reutilización y eliminación adecuada de estos materiales con el fin de corroborar la preservación del medio ambiente, la promoción y prevención de la salud y la mejora de los problemas sociales . Por lo tanto, las actividades de extensión se realizaron en el Centro de Ensino Mourão Rangel, ubicada en la ciudad de Imperatriz - MA, en 2012. En articulación con los estudiantes se utilizaron juegos educativos, material extra como libros de lecturas, charlas educativas y debates con el fin de promover el intercambio de conocimientos a través de una conversación abierta entre los involucrados. De los resultados obtenidos, se observó que había una participación efectiva de los estudiantes, los profesores y la dirección de esa escuela durante la ejecución de toda la actividad de extensión, mostrando interés en el tema. Por lo tanto, se puede inferir que esta acción sin duda contribuyó a aumentar el alcance de la información en materia ambiental, con énfasis en los RSUs, una vez que ella fue capaz de inducir la formación de un pensamiento crítico que participan en la conservación de los recursos naturales. Sin embargo, es importante fortalecer la esencialidad de mantener el diálogo entre la universidad y las escuelas con el fin de mantener y mejorar los conocimientos en beneficio de la comunidad.O aumento do número de habitantes no mundo, associado à concentração das populações nas cidades, vem acarretando problemas quanto à produção exacerbada do lixo e, consequentemente, agravos relacionados com a poluição ambiental. A crescente escala de produção dos resíduos sólidos urbanos (RSUs) tem gerado um alerta para a sociedade, tendo em vista o aumento do consumo e a dispensação inadequada desses resíduos. Dessa forma, é de suma importância a conscientização sobre a geração, segregação e disposição final desses resíduos para minimizar estes agravos. Assim, este trabalho objetivou discutir, no espaço escolar, a problemática referente aos RSUs, no que tange à sua produção, armazenamento, reutilização e descarte adequado desses materiais, visando corroborar para a preservação ambiental, promoção e prevenção da saúde e a valorização das questões sociais. Para tanto, foram realizadas atividades de extensão no Centro de Ensino Mourão Rangel, localizado no Município de Imperatriz – MA, no ano de 2012. Para a articulação com os estudantes foram utilizados instrumentos lúdicos, material paradidático, palestras educativas e debates, de modo a promover a troca de conhecimento, por meio de uma conversação aberta entre os envolvidos. A partir dos resultados obtidos, observou-se que houve uma participação efetiva dos alunos, dos professores e da direção da referida escola durante a execução de toda a atividade de extensão, evidenciando o interesse pela temática abordada. Diante disso, pode-se inferir que essa ação, seguramente contribuiu para o aumento da gama de informações relativas às questões ambientais, com ênfase nos RSUs, uma vez que ela foi capaz de incitar a formação do senso crítico nos envolvidos em prol da conservação dos recursos naturais. Ainda, é importante, reforçar a essencialidade da manutenção do diálogo da universidade com as escolas, a fim de manter e aperfeiçoar o conhecimento, a favor da coletividade

Resíduos sólidos urbanos: promovendo educação ambiental no espaço escolar

The increase in the number of people in the world, coupled with the concentration of populations in cities, has resulted in problems such as increased waste production and, consequently, diseases related to environmental pollution. The growing scale of production of municipal solid wastes (MSWs), associated with increased consumption, and the improper disposal of such waste, make it imperative to improve levels of awareness, and encourage the segregation and correct elimination of such waste, in order to minimize the hazards. Thus, this study aimed to discuss, in the school, the issues related to MSWs, including the production, storage, reuse, and proper disposal of these materials in order to provide environmental preservation, protection of health, and enhanced social conditions. The extension activities described in this work were conducted in 2012 at the Centro de Ensino Mourão Rangel, located in the city of Imperatriz (Maranhão). Interaction with the students employed educational games, paradidactic material, lectures, and discussions, in order to promote the exchange of knowledge through an open conversation among those involved. From the results obtained, it was observed that there was an effective participation of students, teachers, and school management during the execution of the entire extension activity, demonstrating the interest shown in the theme. It could be concluded that this activity definitely helped to increase the range of information available on environmental issues, with emphasis on MSWs, as well as improve the level of critical thinking concerning the conservation of natural resources. It is important to emphasize the need to maintain a dialogue between the university and schools in order to disseminate vital information that can be of benefit to the community.El aumento del número de personas en el mundo, junto con la concentración de las poblaciones en las ciudades, ha causado problemas como la producción de residuos y, en consecuencia, enfermedades relacionadas con la contaminación del medio ambiente. La escala creciente de la producción de residuos sólidos urbanos (RSUs) ha generado una advertencia a la sociedad, con miras a aumentar el consumo y dispensación indebida de tales residuos. Por lo tanto, es de suma importancia para la generación de conocimiento, la segregación y la eliminación de estos residuos para minimizar estos riesgos. Teniendo eso en cuenta, este estudio tuvo como objetivo discutir, en la escuela, los problemas relacionados con los RSUs, en relación con la producción, almacenamiento, reutilización y eliminación adecuada de estos materiales con el fin de corroborar la preservación del medio ambiente, la promoción y prevención de la salud y la mejora de los problemas sociales . Por lo tanto, las actividades de extensión se realizaron en el Centro de Ensino Mourão Rangel, ubicada en la ciudad de Imperatriz - MA, en 2012. En articulación con los estudiantes se utilizaron juegos educativos, material extra como libros de lecturas, charlas educativas y debates con el fin de promover el intercambio de conocimientos a través de una conversación abierta entre los involucrados. De los resultados obtenidos, se observó que había una participación efectiva de los estudiantes, los profesores y la dirección de esa escuela durante la ejecución de toda la actividad de extensión, mostrando interés en el tema. Por lo tanto, se puede inferir que esta acción sin duda contribuyó a aumentar el alcance de la información en materia ambiental, con énfasis en los RSUs, una vez que ella fue capaz de inducir la formación de un pensamiento crítico que participan en la conservación de los recursos naturales. Sin embargo, es importante fortalecer la esencialidad de mantener el diálogo entre la universidad y las escuelas con el fin de mantener y mejorar los conocimientos en beneficio de la comunidad.O aumento do número de habitantes no mundo, associado à concentração das populações nas cidades, vem acarretando problemas quanto à produção exacerbada do lixo e, consequentemente, agravos relacionados com a poluição ambiental. A crescente escala de produção dos resíduos sólidos urbanos (RSUs) tem gerado um alerta para a sociedade, tendo em vista o aumento do consumo e a dispensação inadequada desses resíduos. Dessa forma, é de suma importância a conscientização sobre a geração, segregação e disposição final desses resíduos para minimizar estes agravos. Assim, este trabalho objetivou discutir, no espaço escolar, a problemática referente aos RSUs, no que tange à sua produção, armazenamento, reutilização e descarte adequado desses materiais, visando corroborar para a preservação ambiental, promoção e prevenção da saúde e a valorização das questões sociais. Para tanto, foram realizadas atividades de extensão no Centro de Ensino Mourão Rangel, localizado no Município de Imperatriz – MA, no ano de 2012. Para a articulação com os estudantes foram utilizados instrumentos lúdicos, material paradidático, palestras educativas e debates, de modo a promover a troca de conhecimento, por meio de uma conversação aberta entre os envolvidos. A partir dos resultados obtidos, observou-se que houve uma participação efetiva dos alunos, dos professores e da direção da referida escola durante a execução de toda a atividade de extensão, evidenciando o interesse pela temática abordada. Diante disso, pode-se inferir que essa ação, seguramente contribuiu para o aumento da gama de informações relativas às questões ambientais, com ênfase nos RSUs, uma vez que ela foi capaz de incitar a formação do senso crítico nos envolvidos em prol da conservação dos recursos naturais. Ainda, é importante, reforçar a essencialidade da manutenção do diálogo da universidade com as escolas, a fim de manter e aperfeiçoar o conhecimento, a favor da coletividade