Thermal and mechanical properties of a DNA model with solvation barrier

We study the thermal and mechanical behavior of DNA denaturation in the frame of the mesoscopic Peyrard- Bishop-Dauxois model with the inclusion of solvent interaction. By analyzing the melting transition of a homogeneous A-T sequence, we are able to set suitable values of the parameters of the model and study the formation and stability of bubbles in the system. Then, we focus on the case of the P5 promoter sequence and use the Principal Component Analysis of the trajectories to extract the main information on the dynamical behavior of the system. We find that this analysis method gives an excellent agreement with previous biological results.Comment: Physical Review E (in press

The fiction of the Spanish economic miracle in the light of the financial crisis

El presente artículo se sitúa en el contexto del cambio de fase en el desarrollo del capitalismo, un cambio marcado por un modelo de crecimiento basado en el uso extensivo de la mano de obra y la extracción de plusvalías absolutas. El deforme crecimiento de la economía española será analizado como un síntoma de las nuevas formas de acumulación y rentabilización del capital dominante en los últimos años. Desde ese punto de partida, el objetivo es en primer lugar, analizar los efectos de la financiarización económica sobre las estrategias de las corporaciones industriales, considerando siempre que esa influencia es dependiente de los contextos institucionales y de la estructura social de los territorios sobre los que la financiarización opera. Mediante el estudio de dos sectores de actividad concretos (el automóvil y la fabricación de software), intentamos explorar los rasgos principales de las transformaciones organizativas que van a dar lugar a los nuevos modelos de producción, así como evaluar algunos de sus efectos sobre las condiciones de producción y de reproducción de la estructura social: cómo, por una parte, ello ha supuesto una recomposición del poder de las clases dominantes a escala global mediante la formación de grandes oligopolios internacionales; y por otra, una profunda reordenación de las formas de consumo de la fuerza de trabajo.This article starts by drawing the turning point in the development of capitalism, describing a change marked by a new growth model based on the extensive use of labor and the extraction of absolute gains. The deformed growth of the Spanish economy will be analyzed as a symptom of the new forms of capital accumulation and profitability dominant in recent years. From this starting point, the goal is first to analyze the effects of economic financialization on the strategies and corporate governance of industrial corporations, always considering that this influence is dependent on the institutional and social structure of the territories on which financialization operates. Through the study of two specific sectors (automotive and software manufacturing), we try to explore the main features of the organizational changes that will lead to new patterns of production and to evaluate some of its effects on the conditions of production and reproduction of the social structure: how, on the one hand, this has meant a restructuring of the power of the global ruling classes through the formation of large international oligopolies and, secondly, a profound reorganization in the forms of workforce consumption

La publicidad de la pluma estilográfica

Debemos tener desde un comienzo presente que la pluma estilográfica no se adapta adecuadamente a las fases más o menos ideales del desarrollo de la sociedad de consumo en España. Se trata de un producto de uso cotidiano con anterioridad incluso a la aparición del lenguaje publicitario por lo que no requiere ser introducido artificialmente. Su evolución como objeto de consumo responde a características peculiares y específicas (por ejemplo la expansión del bolígrafo) y aunque, como para todo el mundo del consumo, la década de los sesenta es fundamental lo será por motivos diferentes

Evaluating Disruptive Innovation Project Management Capabilities

Firms must adapt to a business environment in constant flux. Economic and political factors and the constant interruption of new technologies force firms and organizations to change and to adapt, so that they are not left behind. Over recent years, the development of disruptive innovations has completely revolutionized past scenarios. These innovations break with what is already established and firms from various sectors face no choice other than to incorporate them into their project management portfolios, so as to ensure survival and business sustainability. Using MIVES methodology as its foundation, a business sustainability management model is presented in this paper for the management of disruptive innovation projects that a firm may wish to develop within a given sector. The management model is designed to facilitate disruptive innovation project management for firms within technological-industrial sectors, by assessing the sustainability of the project. The model is applied to two firms, one from the machine-tooling sector and another from the construction sector. Finally, a sensitivity analysis was performed, the results of which verified the validity and the stability of the proposed model

Modeling biomolecules: interactions, forces and free energies

La biología ha sido tradicionalmente una ciencia cualitativa. El principal problema que presenta es que trata con sistemas muy complejos, mucho más que las moléculas de las que se ocupa la química, o que muchos sistemas físicos. Sin embargo, en los últimos años, hemos sido testigos de un desarrollo enorme hacia planteamientos cuantitativos para resolver problemas biológicos, impulsado principalmente por el desarrollo de diversas técnicas avanzadas en biofísica, o por la emergencia de las herramientas computacionales. En particular, en biofísica computacional, dado un determinado problema a estudiar, la estrategia es proponer un modelo que describa el comportamiento de nuestro sistema y realizar simulaciones numéricas sobre este modelo. Este planteamiento presenta una dificultad principal que es la elección de la escala a la cual realizamos nuestro modelo. Es necesario llegar a un compromiso entre el nivel de detalle y la capacidad computacional de que disponemos. Así, modelos muy detallados son capaces de proporcionar información de gran resolución, sin embargo sólo para sistemas moleculares de tamaño limitado, con propiedades que se manifiesten a escalas temporales cortas. Si necesitamos tratar con sistemas de mayor tamaño, o nos interesan propiedades que se manifiestan en escalas temporales mayores, es necesario identificar cuáles son los grados de libertad relevantes para nuestro sistema y despreciar el resto. Aparte de este problema, el siguiente reto que se nos plantea es transformar todos los datos numéricos producidos en información relevante que pueda responder de manera objetiva a las preguntas que nos planteamos. Para ello, debemos disponer de métodos de análisis lo bastante robustos como para transformar la información en bruto producida en nuestras simulaciones, en conocimiento directo de una manera no sesgada. La presente Tesis Doctoral se enmarca en este ámbito, ya que estudiaremos tres problemas biológicos diferentes haciendo énfasis en la fase de modelización de nuestro sistema, así como en el empleo de técnicas de análisis avanzadas para comprenderlo. En la primera parte, nos centramos en el análisis de la dinámica de proteínas, enfatizando las distintas descripciones que pueden usarse para comprender su paisaje de energía libre. Para ello escogemos un sistema relativamente simple, una proteína modelo coarse-grained a la cual aplicamos una fuerza constante para promover su desplegamiento. Realizaremos simulaciones numéricas en este sistema y nos plantearemos cuál es la mejor manera de obtener una descripción fiel de su espacio configuracional así como de su mecanismo de desplegamiento. Para ello emplearemos dos métodos distintos. Primero, proyectaremos su paisaje de energía libre –de gran dimensión- sobre distintos parámetros de orden, obteniendo representaciones unidimensionales. Éstas proporcionarán una visión globalmente correcta del sistema, sin embargo fallarán en la descripción adecuada de su mecanismo de desnaturalización. Por otra parte, emplearemos modelos de Markov para representar el paisaje de energía libre. Estos revelarán un espacio configuracional más complejo que el previsto anteriormente, con varios intermediarios que tendrán un papel relevante, especialmente para comprender el mecanismo de desplegamiento. En la segunda parte de la Tesis Doctoral, mostramos el estudio de un modelo de DNA al nivel del par de bases, el modelo de Peyrard-Bishop-Dauxois. En particular, extenderemos este modelo para introducir la interacción proteína-DNA. Proponiendo un método de análisis adecuado basado en modelos de Markov, podremos emplear este modelo para analizar secuencias de promotores, relacionando los estados que encontramos en la dinámica del sistema con sitios de unión proteína-DNA. Este modelo lo emplearemos para el análisis de nueve secuencias de promotores de una cianobacteria en particular. Nos centraremos en la identificación del sitio de inicio de la transcripción (TSS), región donde se une la RNA polimerasa para iniciar este proceso. En cada uno de los promotores, gracias al modelo somos capaces de identificar esta región como un estado de relevancia en la dinámica, con tendencia a que la partícula se una, formando una burbuja. Asimismo, gracias al método de análisis, cuantificamos estos estados, proporcionando magnitudes estadísticas que podemos relacionar con el conocimiento biológica acerca de estos promotores. La tercera parte está dedicada a los experimentos de molécula individual. Presentamos una colaboración experimental en la cual analizamos experimentos de disociación mecánica de dos complejos proteína:proteína. Nuestro objetivo es proporcionar una visión adecuada del paisaje de energía libre que gobierna este proceso. Para ello proponemos un método que permite recuperar la barrera de energía libre así como la energía libre de disociación para complejos biológicos. En particular, emplearemos este método para analizar experimentos de espetroscopía de fuerza, permitiendo obtener estas magnitudes y discutirlas en el contexto de la biología del sistema. Asimismo, proponemos un modelo físico para este tipo de experimentos, sobre el cual realizamos simulaciones numéricas que analizamos con el mismo método, con objeto de validarlo y respaldar su empleo

From Consumerism to Guilt: About Disciplinary Effects of the Economic Crisis

La situación de crisis económica que se ha instalado en España desde hace más de dos años está teniendo efectos significativos en las formas de relación de la ciudadanía con el consumo que pueden ir más allá de la caída de las cifras de ventas. A ello se suma una preocupación creciente por la sostenibilidad de los patrones consumistas actuales y el surgimiento de pautas de consumo responsable que, con la profundización de la crisis económica, se enfrentan a nuevas oportunidades y riesgos. El artículo que presentamos aquí se basa en un proyecto de investigación empírico cuyo objetivo principal ha sido el de reconstruir el mapa de necesidades y prácticas de consumo en España, con el fin de valorar el impacto de la crisis en las mismas. Para ello, nuestra perspectiva ha sido la de ahondar en estas complejidades no desde el análisis de las cifras sino del de los discursos, dentro de una investigación sociológica de carácter cualitativo cuya metodología será la de los grupos de discusión. En el trabajo presentado, se discutirán los resultados del análisis de los mismos, diseccionando la relación que, en dichos grupos, se ha establecido entre el hecho y acto del consumo y unos ciertos límites dados que, en el momento previo a la crisis, han sido sobrepasados, generando un peculiar discurso cuyo eje principal es el de la culpabilidad.The economic crisis that Spain has been facing since two years ago is showing significant effects in the way citizens are dealing with consumption. Beyond decreases in the sales, there is a rising anxiety about the sustainability of the current consumption patterns as well as a concern related to new tendencies towards responsible consumption which face new challenges and opportunities. The paper we are presenting here is based on an empirical research project whose main goal has been to map necessities and consumption practices in Spain, trying to assess the impact of the crisis. To do so, our perspective has been to deepen into these complexities from the discursive side, in a qualitative sociological research whose methodology has been based on focus groups. In this work, we will discuss the analysis of the results focusing on the relationship between the act of consumption and a certain set of imposed limits that, in the pre-crisis moment -and according to the focus group participants-, have been surpassed. This has helped to develop a peculiar discourse on consumption whose main axis is guil

Improving web learning through model optimization using bootstrap for a tour-guide robot

We perform a review of Web Mining techniques and we describe a Bootstrap Statistics methodology applied to pattern model classifier optimization and verification for Supervised Learning for Tour-Guide Robot knowledge repository management. It is virtually impossible to test thoroughly Web Page Classifiers and many other Internet Applications with pure empirical data, due to the need for human intervention to generate training sets and test sets. We propose using the computer-based Bootstrap paradigm to design a test environment where they are checked with better reliability