164 research outputs found

    Creating moisture prediction models for seasoned fuelwood

    Get PDF
    201

    AIP ja CDKN1B/p27Kip1 geenien rooli endokriinisissä kasvaimissa

    Get PDF
    Identification of genes predisposing to tumor syndromes has raised general awareness of tumorigenesis. Genetic testing of tumor susceptibility genes aids the recognition of individuals at increased risk of tumors. Identification of novel predisposing genes enables further studies concerning the classification of potential associated tumors and the definition of target patient group. Pituitary adenomas are common, benign neoplasms accounting for approximately 15% of all intracranial tumors. Accurate incidence estimation is challenging since a great portion of these adenomas are small and asymptomatic. Clinically relevant adenomas, that cause symptoms due to the expansion of the cell mass or the over-secretion of normally produced hormones, occur in approximately one of 1 000 individuals. Although the majority of pituitary adenomas are sporadic, a minority occur as components of familial syndromes, such as Multiple Endocrine Neoplasia type 1 (MEN1) and Carney complex (CNC). MEN1 syndrome is caused by germ-line mutations in the MEN1 gene, whereas most of the CNC patients carry the mutated protein kinase A (PKA) regulatory subunit-1-α (PRKAR1A) gene. Recently, other conditions predisposing to endocrine tumors have been identified: Pituitary Adenoma Predisposition (PAP) and MEN type 4 (MEN4). PAP was originally identified in a genetically homogeneous Finnish population. In a population based cohort from Northern Finland, aryl hydrocarbon receptor-interacting protein (AIP) gene mutations were found in 16% of all patients diagnosed with growth hormone (GH) producing pituitary adenoma, and in 40% of the subset of patients who were diagnosed under the age of 35 years. Since AIP mutations were originally described in a defined, homogeneous population from Northern Finland, it was relevant to study whether mutations also occur in more heterogeneous populations. In patient cohorts with different ethnic origins and variable clinical phenotypes, germ-line AIP mutations were detectable at low frequencies (range 0.8-7.4%). AIP mutation-positive patients were often diagnosed with a GH-producing adenoma at a young age, and usually had no family history of endocrine tumors. The low frequency of AIP mutations in randomly selected patients, and the lack of any family history of pituitary adenomas create a challenge for the identification of PAP patients. Our preliminary study suggests that AIP immunohistochemistry may serve as a pre-screening tool to distinguish between the AIP mutation-negative and the mutation-positive tumors. Tumors of various endocrine glands are components of MEN1 and CNC syndromes. Somatic MEN1 and PRKAR1A mutations in sporadic pituitary adenomas are rare, but occur in some of the other tumors related to these syndromes. The role of AIP mutations in endocrine neoplasia was studied and our results indicated that somatic AIP mutations are rare or non-existent in sporadic tumors of endocrine glands (0 of 111). Furthermore, germ-line AIP mutations in prolactin producing adenomas (2 of 9) confirmed the role of this pituitary tumor type in the PAP phenotype. Thyroid disorders are common in the general population, and the majority of them are sporadic. Interestingly, it has been suggested that thyroid disorders might be more common in PAP families. For this reason we studied germ-line AIP mutations in 93 index cases from familial non-medullary thyroid cancer (NMTC) families. The underlying gene or genes for familial NMTC have not been identified yet. None of the patients had any potentially pathogenic AIP mutation. This suggests that AIP is unlikely to play a role in familial NMTCs. A novel multiple endocrine syndrome was originally described in rats with phenotypic features of human MEN type 1 and 2. Germ-line mutations of cyclin-dependent kinase inhibitor 1B (CDKN1B also known as p27Kip1) gene were reported later in these rats and a germ-line mutation was also identified in one human family with MEN1-like phenotype (later named MEN4). To confirm the importance of this gene’s mutations in humans, we performed a mutation screening in MEN-like patients and in patients with pituitary adenoma. Our results indicate that CDKN1B/p27Kip1 mutations appear in a small portion of MEN1-like patients (one of 36), and that such mutations are rare or non-existent in both familial (0 of 19) and sporadic pituitary adenoma patients (0 of 50). In conclusion, this work strengthens the tumor susceptibility role of AIP and CDKN1B/p27Kip1 in endocrine neoplasia. Clarifying the PAP phenotype facilitates the identification of potential AIP mutation carriers. Genetic counseling can be offered to the relatives and follow-up of the mutation carriers can be organized, hence an earlier diagnosis is feasible.Kasvainten muodostumiselle altistavien geenivirheiden tunnistaminen mahdollistaa riskihenkilöiden varhaisdiagnostiikan. Alkuperäisen alttiusgeenilöydöksen jälkeen voidaan tutkia muun muassa mille kasvaimille ko. geenin virheet altistaa sekä minkälaisista potilasryhmistä ko. geenin virheitä on mahdollista löytää. Aivolisäkeadenoomat ovat hyvänlaatuisia kasvaimia, jotka ovat yleisiä normaalissa väestössä. Valtaosa näistä adenoomista eivät aiheuta oireita, koska ovat pieniä ja hormonaalisesti toimimattomia. Aivolisäkeadenoomia, joissa kasvaimen massan kasvu ja/tai hormonien liikaeritys johtaa kliinisiin oireisiin, esiintyy noin yhdellä henkilöllä tuhannesta. Suurin osa aivolisäkeadenoomista muodostuvat sattumalta, mutta osa tapauksista on perinnöllisiä. Tunnistettuja perinnöllisiä oireyhtymiä ovat esimerkiksi multippeli endokriininen neoplasia tyypin 1 (MEN1) syndrooma sekä Carneyn kompleksi (CNC). Äskettäin julkaistiin kaksi uutta aivolisäkeadenoomille altistavaa oireyhtymää: aivolisäke adenooma alttius (pituitary adenoma predisposition, PAP) sekä multippeli endokriininen neoplasia tyypin 4 (MEN4) syndrooma. Väitöskirjatutkimukseni tarkoituksena on selventää näille uusille oireyhtymille altistavien geenien roolia endokriinisissä kasvaimissa. PAP johtuu ituradan mutaatiosta AIP (aryl hydrocarbon receptor-interacting protein) geenissä. Alttiusgeenin tunnistaneessa tutkimuksessa havaittiin ko. geenin olevan virheellinen 16 %:lla pohjoissuomalaisista potilaista, joilla oli kasvuhormonia erittävä aivolisäkeadenooma. AIP mutaatio oli 40 % niistä potilaista, jotka oli diagnosoitu alle 35-vuotiaina. Väitöskirjan ensimmäisessä osatyössä tutkittiin AIP geenin osuutta erilaisissa aivolisäkeadenooma potilasnäytteissä. Tuloksissa havaittiin, että verrattuna pohjoissuomalaisista saatuihin tuloksiin, AIP mutaatioita esiintyi vähemmän (0.8-7.4 %) niin eurooppalaisissa kuin yhdysvaltalaisissa aivolisäkeadenooma potilaissa. Tutkimuksen avulla varmennettiin tyypillinen AIP mutaatiopositiivisen potilaan fenotyyppi: nuori potilas, jolla on yleensä kasvuhormonia erittävä aivolisäkeadenomaa ja jolla ei välttämättä ole sukutaustaa endokriinisistä kasvaimista. Lisäksi mutaatiopositiivisten tunnistamiseksi todettiin immunohistokemiallisen analyysin olevan mahdollista, mutta menetelmän optimointi vaatii lisätutkimuksia. MEN1 ja CNC oireyhtymissä esiintyy kasvaimia aivolisäkkeen lisäksi myös muissa endokriinisissä kudoksissa. Somaattiset mutaatiot näille oireyhtymille altistavissa geeneissä ovat harvinaisia satunnaisissa aivolisäkeadenoomissa, mutta niitä esiintyy muissa oireyhtymille tyypillisissä satunnaisissa endokriinisissä kasvaimissa. Toisessa osatyössä tutkittiin somaattisia AIP mutaatioita erilaisessa satunnaisissa endokriinisissä kasvaimista. Tuloksien mukaan AIP somaattisia mutaatioita ei ole tai ne ovat harvinaisia (0/111). Kuitenkin tutkimuksessa löydettiin ituradan AIP mutaatio kahdelta potilaalta (2/9), joiden prolaktiinia erittävät aivolisäkeadenoomat oli diagnosoitu nuorella iällä. Löydös vahvisti siten tämän kasvaintyypin kuuluvan PAP fenotyyppiin. Kilpirauhasen kasvaimet, joista suurin osa muodostuu satunnaisesti, ovat yleisiä väestössä. Perinnöllinen ei-medullaarinen kilpirauhasen syöpä (familial non-medullary thyroid cancer, NMTC) on tunnistettu oireyhtymä, jonka geneettistä taustaa ei vielä ole löydetty. Koska kilpirauhasen kasvaimia esiintyy myös PAP perheissä, kolmannessa osatyössä tutkittiin altistavatko AIP mutaatiot perinnölliselle NMTC:lle. Tuloksien mukaan AIP ei näyttäisi osallistuvan ko. oireyhtymään, sillä ituradan mutaatiota ei löydetty. CDKN1B (cyclin-dependent kinase inhibitor 1B, myös nimeltään p27Kip1) geenin mutaatio tunnistettiin MEN1 ja MEN2 fenotyypin kaltaisesta rottalinjasta ja lisäksi MEN1-kaltaisen fenotyypin perheestä. Tämä oireyhtymä nimettiin myöhemmin MEN4:ksi. Neljännessä osatyössä tutkittiin CDKN1B/p27Kip1 geenin osuutta potilasnäytteistä, joilla oli joko MEN1-kaltainen fenotyyppi tai aivolisäkeadenooma. Tutkimuksessa tunnistettiin toinen mutaatio MEN1-kaltaisen fenotyypin potilaasta (1/36) ja siten vahvistettiin ko. geenin rooli endokriinisessä oireyhtymässä. Kuitenkin ko. geenin mutaatiot ovat harvinaisia tai niitä ei ole perinnöllisillä (0/19) tai satunnaisilla (0/50) aivolisäkeadenooma potilailla. Väitöskirjatyö vahvistaa AIP and CDKN1B/p27Kip1 roolia endokriinissä kasvaimissa. PAP fenotyypin selventäminen mahdollistaa virheellisen AIP geenin kantajien tunnistamisen. Näiden potilaiden sukulaisille voidaan tarjota geenitestausta, jolloin seurannan avulla voidaan diagnoosin tekemistä sekä hoitojen aloittamista aikaistaa

    Estimation of breast height diameter and trunk curvature with linear and single-photon LiDARs

    Get PDF
    International audienceContext: Precision forestry together with new sensor technologies implies Digital Forest Inventories for estimation of volume and quality of trees in a stand.Aims: This study compared commercial LiDAR, new prototype SPAD LiDAR, and manual methods for measuring tree quality attributes, i.e., diameter at breast height (DBH) and trunk curvature in the forest stand.Methods: We measured 7 Scots pine trees (Pinus sylvestris) with commercial LiDAR (Zeb Horizon by GeoSLAM), prototype SPAD LiDAR, and manual devices. We compared manual measurements to the DBH and curvature values estimated based on LiDAR data. We also scanned a densely branched Picea abies to compare penetrability of the LiDARs and detectability of the obstructed trunk.Results: The DBH values deviated 1–3 cm correlating to the specified accuracies of the employed devices, showing close to acceptable results. The curvature values deviated 1–6 cm implying distorted range measurements from the top part of the trunks and inaccurate manual measurement method, leaving space for improvement. The most important finding was that the SPAD LiDAR outperformed conventional LiDAR in detecting tree stem of the densely branched spruce.Conclusion: These results represent preliminary but clear evidence that LiDAR technologies are already close to acceptable level in DBH measurements, but not yet satisfactory for curvature measurements. In addition, terrestrial SPAD LiDAR has a great potential to outperform conventional LiDARs in forest measurements of densely branched trees

    Overview of Forestry, and Wood Fuel Supply Chains (Chapter 2)

    Get PDF

    Varastokasassa olevan energiapuun kosteuden muutoksen mallintaminen

    Get PDF
    corecore