Draft genome sequence of Cupriavidus UYMMa02A, a novel beta-rhizobium species

We present the draft genome of Cupriavidus UYMMa02A, a rhizobium strain isolated from root nodules of Mimosa magentea. The assembly has approximately 8.1 million bp with an average G+C of 64.1%. Symbiotic and metal-resistance genes were identified. The study of this genome will contribute to the understanding of rhizobial evolution

Mejora del crecimiento de la leguminosa arbórea <i>Parapiptadenia rigida</i> (Benth.) Brenan en condiciones de cultivo a campo mediante el uso de bacterias del grupo de los Rizobios

El angico (Parapiptadenia rigida), árbol de gran porte originario de la zona norte de Uruguay, surge como especie de interés para su incorporación en sistemas de bosques multipropósito, debido a su capacidad para fijar nitrógeno atmosférico a través de su asociación con bacterias del grupo de los rizobios. Cepas de rizobio que habían promovido el crecimiento en invernáculo fueron llevadas al campo para su evaluación en el departamento de Montevideo. Se distribuyeron con un diseño completamente al azar y se evaluó su crecimiento a través del diámetro del tronco a nivel del suelo. La cepa correspondiente a Cupriavidus sp. UYPR2.512 promovió el crecimiento de P. rigida de manera significativa, observándose diferencia con respecto a los controles de acuerdo al test de Fisher y al test de Tukey a un nivel de significación del 0,05. La posibilidad de utilizar este tipo de biofertilización es prometedora para ser usada en bosques multipropósito de forma de disminuir el uso de fertilizantes químicos. Palabras-clave: Angico; bacterias fijadoras de nitrógeno, rizobios, PGPB, biofertilizantes; Burkholderia sp; Cupriavidus sp; bosques multipropósito.Among the leguminous trees native to Uruguay, Parapiptadenia rigida (Angico), a Mimosoideae legume, is one of the most promising species for agroforestry. Like many other legumes, it is able to establish symbiotic associations with rhizobia. A collection of Angiconodulating isolates, able to promote plant growth under greenhouse conditions, was tested in field trials in Montevideo. An assay with a completely random design was settling and the Angico trunk diameter at the field level was measured. A significant plant growth promotion by Cuprividus sp. UYPR2.512 strain was obtained with a confidence level of 0.05. Results obtained indicate that this type of biofertilisation is a promising practice to be used for agroforestry, reducing the amount of chemical products incorporated to the environment.Eje A1 Sistemas de producción de base agroecológica (Trabajos científicos)Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Mejora del crecimiento de la leguminosa arbórea <i>Parapiptadenia rigida</i> (Benth.) Brenan en condiciones de cultivo a campo mediante el uso de bacterias del grupo de los Rizobios

El angico (Parapiptadenia rigida), árbol de gran porte originario de la zona norte de Uruguay, surge como especie de interés para su incorporación en sistemas de bosques multipropósito, debido a su capacidad para fijar nitrógeno atmosférico a través de su asociación con bacterias del grupo de los rizobios. Cepas de rizobio que habían promovido el crecimiento en invernáculo fueron llevadas al campo para su evaluación en el departamento de Montevideo. Se distribuyeron con un diseño completamente al azar y se evaluó su crecimiento a través del diámetro del tronco a nivel del suelo. La cepa correspondiente a Cupriavidus sp. UYPR2.512 promovió el crecimiento de P. rigida de manera significativa, observándose diferencia con respecto a los controles de acuerdo al test de Fisher y al test de Tukey a un nivel de significación del 0,05. La posibilidad de utilizar este tipo de biofertilización es prometedora para ser usada en bosques multipropósito de forma de disminuir el uso de fertilizantes químicos. Palabras-clave: Angico; bacterias fijadoras de nitrógeno, rizobios, PGPB, biofertilizantes; Burkholderia sp; Cupriavidus sp; bosques multipropósito.Among the leguminous trees native to Uruguay, Parapiptadenia rigida (Angico), a Mimosoideae legume, is one of the most promising species for agroforestry. Like many other legumes, it is able to establish symbiotic associations with rhizobia. A collection of Angiconodulating isolates, able to promote plant growth under greenhouse conditions, was tested in field trials in Montevideo. An assay with a completely random design was settling and the Angico trunk diameter at the field level was measured. A significant plant growth promotion by Cuprividus sp. UYPR2.512 strain was obtained with a confidence level of 0.05. Results obtained indicate that this type of biofertilisation is a promising practice to be used for agroforestry, reducing the amount of chemical products incorporated to the environment.Eje A1 Sistemas de producción de base agroecológica (Trabajos científicos)Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Mejora del crecimiento de la leguminosa arbórea <i>Parapiptadenia rigida</i> (Benth.) Brenan en condiciones de cultivo a campo mediante el uso de bacterias del grupo de los Rizobios

El angico (Parapiptadenia rigida), árbol de gran porte originario de la zona norte de Uruguay, surge como especie de interés para su incorporación en sistemas de bosques multipropósito, debido a su capacidad para fijar nitrógeno atmosférico a través de su asociación con bacterias del grupo de los rizobios. Cepas de rizobio que habían promovido el crecimiento en invernáculo fueron llevadas al campo para su evaluación en el departamento de Montevideo. Se distribuyeron con un diseño completamente al azar y se evaluó su crecimiento a través del diámetro del tronco a nivel del suelo. La cepa correspondiente a Cupriavidus sp. UYPR2.512 promovió el crecimiento de P. rigida de manera significativa, observándose diferencia con respecto a los controles de acuerdo al test de Fisher y al test de Tukey a un nivel de significación del 0,05. La posibilidad de utilizar este tipo de biofertilización es prometedora para ser usada en bosques multipropósito de forma de disminuir el uso de fertilizantes químicos. Palabras-clave: Angico; bacterias fijadoras de nitrógeno, rizobios, PGPB, biofertilizantes; Burkholderia sp; Cupriavidus sp; bosques multipropósito.Among the leguminous trees native to Uruguay, Parapiptadenia rigida (Angico), a Mimosoideae legume, is one of the most promising species for agroforestry. Like many other legumes, it is able to establish symbiotic associations with rhizobia. A collection of Angiconodulating isolates, able to promote plant growth under greenhouse conditions, was tested in field trials in Montevideo. An assay with a completely random design was settling and the Angico trunk diameter at the field level was measured. A significant plant growth promotion by Cuprividus sp. UYPR2.512 strain was obtained with a confidence level of 0.05. Results obtained indicate that this type of biofertilisation is a promising practice to be used for agroforestry, reducing the amount of chemical products incorporated to the environment.Eje A1 Sistemas de producción de base agroecológica (Trabajos científicos)Facultad de Ciencias Agrarias y Forestale

Utilización de NIM en tres dosificaciones para el control de antracnosis (Colletotrichum gloeosporioides Penz.) en el cultivo de marañón orgánico (Anacardium occidentale L.). Cantón el Pacun, Tecoluca, San Vicente.

El trabajo se realizó en la plantación de marañón orgánico de Manuel Henríquez ubicada en Cantón El Pacun, municipio de Tecoluca, departamento de San Vicente, El cual está ubicado a 36 km al sur del departamento antes mencionado, con una elevación de 15 msnm. En la investigación se evaluaron diferentes dosificaciones de aceite de nim T0, T20, T30, T40 (testigo) con el objetivo de encontrar dosis para recomendarlo en la aplicaciones de fungicidas en el cultivo de marañón orgánico (Anacardium occidentale L.) para el control de antracnosis, realizándose el estudio en los meses de febrero a abril de 2005. El diseño experimental utilizado fue el de bloques al azar con cuatro tratamientos y cuatro repeticiones en un área de 7056 m² Las aplicaciones del producto se hicieron en horas frescas y cada tratamiento y bloque tenían un árbol intermedio esto para minimizar el error experimental. Los diferentes tratamientos evaluados fueron: T0 cc de aceite de nim por cuatro galones de agua T20 cc de aceite de nim por cuatro galones de agua T30 cc de aceite de nim por cuatro galones de agua y T40 cc de aceite de nim por cuatro galones de agua. De acuerdo a lo resultados obtenidos se concluye que en los parámetros en estudio: porcentaje de flores dañadas por tratamiento el resultado fue significativo ya que el tratamiento testigo fue inferior estadísticamente a los tratamientos T20, T30 T40. En el parámetro en estudio porcentaje de hojas enfermas por cada estrato: también existió diferencia significativa entre los tratamientos; ya que el tratamiento testigo T0, T20 son inferiores estadísticamente a los tratamientos T30 y T40. Siendo estos últimos dos los mejores tratamientos, los cuales a su vez produjeron el mismo efecto. En el parámetro porcentaje de daño por hoja por cada estrato por tratamiento no existió diferencia significativa en los tratamientos

Draft genome sequence of Paraburkholderia sp. UYCP14C, a rhizobium strain isolated from root nodules of Calliandra parvifolia

Here, we present the draft genome sequence of strain UYCP14C, a rhizobium isolated from Calliandra parvifolia nodules. The assembled genome size was around 9.8 million bp, containing 9,031 predicted protein-coding sequences, including several symbiotic and nitrogen fixation genes. UYCP14C appears to be a novel species of the plant growth-promoting Paraburkholderia genus

Nodulation in the absence of nod genes induction: alternative mechanisms involved in the symbiotic interaction between Cupriavidus sp. UYMMa02A and Mimosa pudica

Cupriavidus sp. UYMMa02A is a beta-rhizobia strain of the Cupriavidus genus, isolated from nodules of Mimosa magentea in Uruguay. This strain can form effective nodules with several Mimosa species, including its original host. Genome analyses indicate that Cupriavidus sp. UYMMa02A has a highly conserved 35 kb symbiotic island containing nod, nif, and fix operons, suggesting conserved mechanisms for the symbiotic interaction with plant hosts. However, while Cupriavidus sp. UYMMa02A produces functional nodules and promotes Mimosa pudica growth under nitrogen-limiting conditions, nod genes are not induced by luteolin or exposure to Mimosa spp. root exudate. To explore alternative mechanisms implicated in the Cupriavidus-Mimosa interaction, we assessed the proteomic profiles of Cupriavidus sp. UYMMa02A grown in the presence of pure flavonoids and co-culture with M. pudica plants. This approach allowed us to identify 24 differentially expressed proteins potentially involved in bacterial-plant interaction. In light of the obtained results, a possible model for nod-alternative symbiotic interaction is proposed.Agencia Nacional de Investigación e InnovaciónInstituto de Investigaciones Biológicas Clemente EstableProgama del Desarrollo de Ciencias Básica

The Standard European Vector Architecture (SEVA): a coherent platform for the analysis and deployment of complex prokaryotic phenotypes

The 'Standard European Vector Architecture' database (SEVA-DB, http://seva.cnb.csic.es) was conceived as a user-friendly, web-based resource and a material clone repository to assist in the choice of optimal plasmid vectors for de-constructing and re-constructing complex prokaryotic phenotypes. The SEVA-DB adopts simple design concepts that facilitate the swapping of functional modules and the extension of genome engineering options to microorganisms beyond typical laboratory strains. Under the SEVA standard, every DNA portion of the plasmid vectors is minimized, edited for flaws in their sequence and/or functionality, and endowed with physical connectivity through three inter-segment insulators that are flanked by fixed, rare restriction sites. Such a scaffold enables the exchangeability of multiple origins of replication and diverse antibiotic selection markers to shape a frame for their further combination with a large variety of cargo modules that can be used for varied end-applications. The core collection of constructs that are available at the SEVA-DB has been produced as a starting point for the further expansion of the formatted vector platform. We argue that adoption of the SEVA format can become a shortcut to fill the phenomenal gap between the existing power of DNA synthesis and the actual engineering of predictable and efficacious bacteria

Fur Is Involved in Manganese-Dependent Regulation of mntA (sitA) Expression in Sinorhizobium meliloti

Fur is a transcriptional regulator involved in iron-dependent control of gene expression in many bacteria. In this work we analyzed the phenotype of a fur mutant in Sinorhizobium meliloti, an α-proteobacterium that fixes N(2) in association with host plants. We demonstrated that some functions involved in high-affinity iron transport, siderophore production, and iron-regulated outer membrane protein expression respond to iron in a Fur-independent manner. However, manganese-dependent expression of the MntABCD manganese transport system was lost in a fur strain as discerned by constitutive expression of a mntA::gfp fusion reporter gene in the mutant. Thus, Fur directly or indirectly regulates a manganese-dependent function. The data indicate a novel function for a bacterial Fur protein in mediating manganese-dependent regulation of gene expression

Identification of an Iron-Regulated, Hemin-Binding Outer Membrane Protein in Sinorhizobium meliloti

Rhizobia are soil bacteria that are able to establish symbiotic associations with leguminous hosts. In iron-limited environments these bacteria can use iron present in heme or heme compounds (hemoglobin, leghemoglobin). Here we report the presence in Sinorhizobium meliloti of an iron-regulated outer membrane protein that is able to bind hemin but not hemoglobin. Protein assignment was done by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry. Tryptic peptides correlated with the mass measurements obtained accounted for 54% of the translated sequence of a putative heme receptor gene present in the chromosome of S. meliloti 1021. The results which we obtained suggest that this protein (designated ShmR for Sinorhizobium heme receptor) is involved in high-affinity heme-mediated iron transport