The Genome Sequence of the Grape Phylloxera Provides Insights into the Evolution, Adaptation, and Invasion Routes of an Iconic Pest

Background: Although native to North America, the invasion of the aphid-like grape phylloxera Daktulosphaira vitifoliae across the globe altered the course of grape cultivation. For the past 150 years, viticulture relied on grafting-resistant North American Vitis species as rootstocks, thereby limiting genetic stocks tolerant to other stressors such as pathogens and climate change. Limited understanding of the insect genetics resulted in successive outbreaks across the globe when rootstocks failed. Here we report the 294-Mb genome of D. vitifoliae as a basic tool to understand host plant manipulation, nutritional endosymbiosis, and enhance global viticulture. Results: Using a combination of genome, RNA, and population resequencing, we found grape phylloxera showed high duplication rates since its common ancestor with aphids, but similarity in most metabolic genes, despite lacking obligate nutritional symbioses and feeding from parenchyma. Similarly, no enrichment occurred in development genes in relation to viviparity. However, phylloxera evolved > 2700 unique genes that resemble putative effectors and are active during feeding. Population sequencing revealed the global invasion began from the upper Mississippi River in North America, spread to Europe and from there to the rest of the world. Conclusions: The grape phylloxera genome reveals genetic architecture relative to the evolution of nutritional endosymbiosis, viviparity, and herbivory. The extraordinary expansion in effector genes also suggests novel adaptations to plant feeding and how insects induce complex plant phenotypes, for instance galls. Finally, our understanding of the origin of this invasive species and its genome provide genetics resources to alleviate rootstock bottlenecks restricting the advancement of viticulture

Le pin (Pinus sylvestris) : préférence d'un taxon ou contrainte de l'environnement ? Étude des charbons de bois de la grotte Chauvet

The many samples of charcoal taken during the various study campaigns have allowed the identification of Pinus sp sylvestris/nigra (scotch pine or black pine). Whatever the context (fuel in hearths, torch-wipes, paints), all the charcoal used comes from the same variety. Our knowledge of the contemporary vegetation attests to the presence of other ligneous taxa; the exclusive presence of pine must thus be considered as resulting from the preferential use of this species, the motives for which are discussed.Les nombreux échantillons de charbons de bois prélevés au cours des différentes campagnes d'étude ont permis V identification de Pinus sp sylves- tris/nigra, le pin sylvestre ou le pin noir. Quel que soit le contexte (combustibles de foyer, mouchages de torche, peintures), les charbons de bois utilisés proviennent tous de la même essence. Nos connaissances sur les végétations contemporaines attestent la présence d'autres taxons ligneux, la présence exclusive du pin serait la conséquence d'une utilisation préférentielle de cette espèce dont les motivations sont discutées.Théry-Parisot Isabelle, Thiébault Stéphanie. Le pin (Pinus sylvestris) : préférence d'un taxon ou contrainte de l'environnement ? Étude des charbons de bois de la grotte Chauvet. In: Bulletin de la Société préhistorique française, tome 102, n°1, 2005. La grotte Chauvet à Vallon-Pont-d'Arc : un bilan des recherches pluridisciplinaires Actes de la séance de la Société préhistorique française, 11 et 12 octobre 2003, Lyon. pp. 69-75

Le pin (Pinus sylvestris) : préférence d'un taxon ou contrainte de l'environnement ? Étude des charbons de bois de la grotte Chauvet

International audienceLes nombreux échantillons de charbons de bois prélevés au cours des dif-férentes campagnes d'étude ont permis l'identification de Pinus sp sylves-tris/nigra, le pin sylvestre ou le pin noir. Quel que soit le contexte (combus-tibles de foyer, mouchages de torche, peintures), les charbons de bois utilisés proviennent tous de la même essence. Nos connaissances sur les végétations contemporaines attestent la présence d'autres taxons ligneux, la présence exclusive du pin serait la conséquence d'une utilisation préfé-rentielle de cette espèce dont les motivations sont discutées. Abstract The many samples of charcoal taken during the various study campaigns have allowed the identification of Pinus sp sylvestris/nigra (scotch pine or black pine). Whatever the context (fuel in hearths, torch-wipes, paints), all the charcoal used comes from the same variety. Our knowledge of the contemporary vegetation attests to the presence of other ligneous taxa; the exclusive presence of pine must thus be considered as resulting from the preferential use of this species, the motives for which are discussed. Depuis la découverte de la grotte de nombreux char-bons de bois ont été analysés pour identification. Les contextes de prélèvement sont nombreux et fort divers. Pourtant, une seule espèce a été identifiée, le pin sylvestre. S'agit-il d'un choix délibéré de la part des populations dans le ramassage de ce taxon lié à la nature du bois ou à une fonction déterminée ? Ou bien cette récolte répond-elle à une contrainte de l'environ-nement ? Le but de cet article est de présenter les résultats obtenus et de répondre aux questions qu'ils posent

Le pin (Pinus sylvestris) : préférence d'un taxon ou contrainte de l'environnement ? Étude des charbons de bois de la grotte Chauvet

International audienceLes nombreux échantillons de charbons de bois prélevés au cours des dif-férentes campagnes d'étude ont permis l'identification de Pinus sp sylves-tris/nigra, le pin sylvestre ou le pin noir. Quel que soit le contexte (combus-tibles de foyer, mouchages de torche, peintures), les charbons de bois utilisés proviennent tous de la même essence. Nos connaissances sur les végétations contemporaines attestent la présence d'autres taxons ligneux, la présence exclusive du pin serait la conséquence d'une utilisation préfé-rentielle de cette espèce dont les motivations sont discutées. Abstract The many samples of charcoal taken during the various study campaigns have allowed the identification of Pinus sp sylvestris/nigra (scotch pine or black pine). Whatever the context (fuel in hearths, torch-wipes, paints), all the charcoal used comes from the same variety. Our knowledge of the contemporary vegetation attests to the presence of other ligneous taxa; the exclusive presence of pine must thus be considered as resulting from the preferential use of this species, the motives for which are discussed. Depuis la découverte de la grotte de nombreux char-bons de bois ont été analysés pour identification. Les contextes de prélèvement sont nombreux et fort divers. Pourtant, une seule espèce a été identifiée, le pin sylvestre. S'agit-il d'un choix délibéré de la part des populations dans le ramassage de ce taxon lié à la nature du bois ou à une fonction déterminée ? Ou bien cette récolte répond-elle à une contrainte de l'environ-nement ? Le but de cet article est de présenter les résultats obtenus et de répondre aux questions qu'ils posent

(Sous la direction de ) : – Des hommes et des plantes, exploitation du milieu et des ressources végétales de la Préhistoire à nos jours

Depuis la Préhistoire, toutes les sociétés humaines ont puisé une part considérable de leurs ressources dans le milieu végétal. Qu'elles soient cueillies ou cultivées, les plantes sont sources d'alimentation, de combustible, de matériaux de construction et d'objets manufacturés, de médicaments, de matières premières pour la fabrication de textiles ou de teintures... La végétation est aussi un habitat, que l'on façonne et que l'on modifie, intentionnellement ou non, et où cohabitent les espèces indigènes, les espèces importées et les espèces invasives. Elle est également un objet culturel et cultuel, miroir des croyances et des traditions, domestiquée, sacralisée, diabolisée... Les XXXe Rencontres d'Antibes ont permis d'examiner sur la longue durée (de la Préhistoire à nos jours) la relation particulière que les sociétés ont tissée au fil du temps avec leur environnement végétal. Cet ouvrage rassemble les contributions traitant de la gestion de la forêt, des chasseurs cueilleurs aux sociétés industrielles, de l'impact de l'Homme sur les dynamiques biogéographiques et de domestication des plantes et d'alimentation

Illuminating the cave, drawing in black: wood charcoal analysis at Chauvet-Pont d\u27Arc

The Grotte Chauvet is world renowned for the quality and diversity of its Palaeolithic art. Fire was particularly important to the occupants, providing light and producing charcoal for use in motifs. Charcoal samples were taken systematically from features associated with the two main occupation phases (Aurignacian and Gravettian). Analysis showed it to be composed almost entirely of pine (Pinus sp.), indicating the harsh climatic conditions at this period. No distinction in wood species was found between either the two occupation episodes or the various depositional contexts. The results throw new light on the cultural and palaeoenvironmental factors that influenced choices underlying the collection of wood for charcoal production

L’abri Pendimoun (Castellar, Alpes-maritimes) : nouvelles données sur l’évolution du couvert forestier et l’exploitation du milieu au néolithique (5 800-2 000 ans cal. BCE)

L’important corpus de charbons de bois issus de la fouille des niveaux néolithiques de l’abri Pendimoun, datés de 5 800 à 2 000 ans cal. BCE (Before the Common Era), permet une étude fine de la dynamique du paysage végétal, en lien avec l’exploitation agro-sylvo-pastorale du milieu et les variations du climat. Le spectre anthracologique reflète très tôt une végétation en mosaïque, où se côtoient une chênaie caducifoliée, des formations de lisières et des milieux ouverts. Ce paysage végétal contrasté renvoie originellement à des conditions topographiques et édaphiques variées, avant d’être favorisé par les activités humaines. La chênaie caducifoliée domine le spectre jusqu’au Chasséen, mais nous émettons l’hypothèse qu’elle a pu connaitre, au cours de cette période, un changement de physionomie, lié à son exploitation anthropique. Au Chasséen, le chêne sempervirent, plus compétitif en contexte perturbé, connaît une forte augmentation. Celle-ci coïncide avec l’intensification de l’exploitation pastorale de la montagne et avec la montée en puissance de l’utilisation des cavités, dont Pendimoun, comme bergeries. Ces évolutions se produisent au cours d’une période où les sociétés agro-sylvo-pastorales pourraient avoir délibérément choisi de remédier à une moindre disponibilité des basses terres pour les activités pastorales par l’exploitation étagée de la végétation.The broad charcoal analysis of the Neolithic (5,800-2,000 years cal. BCE; Before the Common Era) levels from Pendimoun rock shelter documents the vegetation dynamic, related to the agro-sylvo-pastoral exploitation of the environment and the climate variations. The charcoal spectrum reflects the early settlement of a mosaic landscape composed of deciduous oak forest, fringe-vegetation and shrubland. This mosaic landscape is originally linked to the contrasting topographic and edaphic conditions, before it had been favoured by the human activities. The deciduous oak forest is dominant until the Chassey period, but we assume it could have experienced a physiognomic change related to the anthropic exploitation during this period; actually the evergreen oak which is more competitive in disturbed conditions, then increases. This coincided with the intensification of mountain exploitation by shepherds, and the increase of the targeted use of caves (including Pendimoun) as sheepfold. The agro-sylvo-pastoral societies may have resolved the problem of a reduced availability of low-lands for pastoral purposes by a staged exploitation of the landscape

L’abri de Pendimoun (Castellar, Alpes-Maritimes) : nouvelles données sur l'évolution du couvert forestier et l'exploitation du milieu au Néolithique (5800 à 2000 ans cal. BCE)

International audienceL’abri Pendimoun (Castellar, Alpes-Maritimes) : nouvelles données sur l'évolution du couvert forestier et l'exploitation du milieu au Néolithique (5800-2000 ans cal. BCE

Air Drep—A Retrospective Study Evaluating the Influence of Weather Conditions and Viral Epidemics on Vaso-Occlusive Crises in Patients with Sickle Cell Disease Living in French Guiana

(1) Objectives: French Guiana is the French territory most affected by sickle cell disease (SCD). This study investigates the associations between different environmental factors relative to climate, infectious outbreaks, and emergency visits or weekly hospital admissions for vaso-occlusive crisis (VOC). The identification of risk factors would lead to better patient care and patient management, and more targeted prevention and therapeutic education for patients with SCD in French Guiana. (2) Methods: This study was performed using data collected from the medicalized information system and emergency medical records of Cayenne General Hospital, between 1 January 2010 and 31 December 2016. ARIMA models were used to investigate the potential impact of weather conditions and flu epidemics on VOC occurrence. (3) Results: During the study period, 1739 emergency visits were recorded among 384 patients, of which 856 (49.2%) resulted in hospitalization, 811 (46.6%) resulted in hospital discharge, and 72 (4.2%) in another orientation. Decreased temperature and decreased humidity were both independent factors associated with an increase of VOC cases (p = 0.0128 and p = 0.0004, respectively). When studying severe VOC (leading to hospitalization, with or without prior emergency visit), 2104 hospital admissions were recorded for 326 patients. The only factor associated with severe VOC, in the multivariate analysis, was flu epidemics (p = 0.0148). (4) Conclusions: This study shows a link between climate, flu epidemics, and VOC in French Guiana. Patient’s awareness of risks related to climate and flu epidemics should be encouraged, as home prevention measures can help avoid painful crises. Moreover, physicians should encourage patients to get immunized for influenza every year