Evaluation of Natural Language Processing for the Identification of Crohn Disease-Related Variables in Spanish Electronic Health Records:A Validation Study for the PREMONITION-CD Project

Background: The exploration of clinically relevant information in the free text of electronic health records (EHRs) holds the potential to positively impact clinical practice as well as knowledge regarding Crohn disease (CD), an inflammatory bowel disease that may affect any segment of the gastrointestinal tract. The EHRead technology, a clinical natural language processing (cNLP) system, was designed to detect and extract clinical information from narratives in the clinical notes contained in EHRs. Objective: The aim of this study is to validate the performance of the EHRead technology in identifying information of patients with CD. Methods: We used the EHRead technology to explore and extract CD-related clinical information from EHRs. To validate this tool, we compared the output of the EHRead technology with a manually curated gold standard to assess the quality of our cNLP system in detecting records containing any reference to CD and its related variables. Results: The validation metrics for the main variable (CD) were a precision of 0.88, a recall of 0.98, and an F1 score of 0.93. Regarding the secondary variables, we obtained a precision of 0.91, a recall of 0.71, and an F1 score of 0.80 for CD flare, while for the variable vedolizumab (treatment), a precision, recall, and F1 score of 0.86, 0.94, and 0.90 were obtained, respectively. Conclusions: This evaluation demonstrates the ability of the EHRead technology to identify patients with CD and their related variables from the free text of EHRs. To the best of our knowledge, this study is the first to use a cNLP system for the identification of CD in EHRs written in Spanish. © 2022 JMIR Medical Informatics. All rights reserved

Present Status and Future Programs of the n_TOF Experiment

This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-Noncommercial License 3.0, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any noncommercial medium, provided the original work is properly citedThe neutron time-of-flight facility n_TOF at CERN, Switzerland, operational since 2001, delivers neutrons using the Proton Synchrotron (PS) 20 GeV/c proton beam impinging on a lead spallation target. The facility combines a very high instantaneous neutron flux, an excellent time of flight resolution due to the distance between the experimental area and the production target (185 meters), a low intrinsic background and a wide range of neutron energies, from thermal to GeV neutrons. These characteristics provide a unique possibility to perform neutron-induced capture and fission cross-section measurements for applications in nuclear astrophysics and in nuclear reactor technology.The most relevant measurements performed up to now and foreseen for the future will be presented in this contribution. The overall efficiency of the experimental program and the range of possible measurements achievable with the construction of a second experimental area (EAR-2), vertically located 20 m on top of the n_TOF spallation target, might offer a substantial improvement in measurement sensitivities. A feasibility study of the possible realisation of the installation extension will be also presented

Experiencia de uso de antimicrobianos en un servicio de hematología en el contexto de un programa de optimización de antibióticos

Poster [PC-356] Introducción: Se implanta un Programa de Optimización de Antibióticos (PROA) en el Servicio de Hematología (SH) de un hospital de tercer nivel, compuesto por un equipo multidisciplinar (Hematología, Farmacia, Infecciosas). Para entender la situación inicial y detectar posibles acciones de mejora, se realizó un análisis del consumo de antimicrobianos (AM). Material y Métodos: Estudio descriptivo, observacional y retrospectivo de utilización de AM en el SH durante el período de 2014 a 2017. Variables recogidas: número de ingresos, número de estancias, dosis diaria definida (DDD)/100 estancias de antimicrobianos (antibióticos y antifúngicos) y DDD/100 estancias por grupo clínico (G1: antibióticos de espectro reducido, G2: empírico en infecciones comunitarias, G3: bacterias Gram (-) resistentes, G4: bacterias gram (+) resistentes, G5: antifúngicos de espectro reducido, G6: antifúngicos de amplio espectro, G7: otros). Fuente de datos: Programa de Gestión Económica. Resultados: El número de ingresos en el SH en los años 2014, 2015, 2016 y 2017 fue de 765, 662, 756 y 572 respectivamente. Las estancias de 6839, 6280, 6547 y 5841, respectivamente. La evolución de las DDD/ 100 estancias de AM fue: 114.73, 100.91, 122.31, 133.04, de las DDD/100 estancias de antibióticos fue: 86, 38, 75, 04, 88, 05, 89, 01 y de las DDD/100 estancias de antifúngicos fue: 28.35, 25.87, 34.27 y 44.03. El G3 es el que más consumo presenta, el meropenem el principio activo más prescrito: 42.38, 33.02, 39.08 y 32.92 (DDD/100 estancias en los cuatro años del estudio). En el grupo G4 el uso de la vancomicina se ha incrementado (DDD/100 estancias 0.22, 0.04, 0.97 y 5.37) y el consumo de daptomicina ha disminuido (DDD/100 estancias 6.95, 7.42, 12.96, 8.69). El G6 ha sido el que más incremento ha presentado en 2017, siendo posaconazol (DDD/100 estancias 6.14, 7.25, 5.33 y 12.49) y anfotericina B liposomal (DDD/100 estancias 3.35, 3.22, 12.82 y 12.49) los más prescritos. Cabe destacar en el Grupo G1 el incremento del uso de sulfametoxazol-trimetroprim con DDD/100 estancias de 1.51, 2.46, 4.33, 6.00. Conclusiones: Se observa un incremento en DDD/100 estancias de los AM en el año 2017, sin embargo, los ingresos han disminuido. Puede ser que el paciente que ingresa sea más complejo. Meropenem es el principio activo más prescrito en el SH. La vancomicina ha incrementado su uso debido a la monitorización de niveles con recomendación posológica por parte del Servicio de Farmacia y como consecuencia, daptomicina ha disminuido. En los antifúngicos, aumenta el consumo de los de amplio espectro. Sulfametoxazol-trimetroprim ha aumentado su consumo como profilaxis en nuevos tratamientos. Se ha detectado variabilidad en sus dosis prescritas, por lo que se desarrollarán protocolos para su homogeneización

Cross section measurements of 155,157Gd(n, γ) induced by thermal and epithermal neutrons

© SIF, Springer-Verlag GmbH Germany, part of Springer Nature 2019Neutron capture cross section measurements on 155Gd and 157Gd were performed using the time-of-flight technique at the n_TOF facility at CERN on isotopically enriched samples. The measurements were carried out in the n_TOF experimental area EAR1, at 185 m from the neutron source, with an array of 4 C6D6 liquid scintillation detectors. At a neutron kinetic energy of 0.0253 eV, capture cross sections of 62.2(2.2) and 239.8(8.4) kilobarn have been derived for 155Gd and 157Gd, respectively, with up to 6% deviation relative to values presently reported in nuclear data libraries, but consistent with those values within 1.6 standard deviations. A resonance shape analysis has been performed in the resolved resonance region up to 181 eV and 307 eV, respectively for 155Gd and 157Gd, where on average, resonance parameters have been found in good agreement with evaluations. Above these energies and up to 1 keV, the observed resonance-like structure of the cross section has been analysed and characterised. From a statistical analysis of the observed neutron resonances we deduced: neutron strength function of 2. 01 (28) × 10 - 4 and 2. 17 (41) × 10 - 4; average total radiative width of 106.8(14) meV and 101.1(20) meV and s-wave resonance spacing 1.6(2) eV and 4.8(5) eV for n + 155Gd and n + 157Gd systems, respectively.Peer reviewedFinal Accepted Versio

Informe del seguimiento científico de la acción piloto RAI/AP-26/2007: Pesca experimental con arte de arrastre de fondo en el Golfo de León (Mediteráneo noroccidental)

RESUMEN.- Del 24 de Octubre al 18 de Diciembre de 2007, se han realizado 67 pescas experimentales de arrastre de fondo, a bordo de las embarcaciones B/P Berto y B/P Sort de Taranet, en caladeros del talud del Golfo de León, situados en aguas internacionales al este del Cabo Creus y alejados entre 70 y 100 millas de su puerto base (Port de la Selva). Ambos barcos trabajaron de manera continuada durante 46 horas semanales (su período de actividad habitual es de 5 días semanales y 12 ó 16 horas diarias), utilizando una red de arrastre tipo cuadrado-dragón, que habitualmente usan para sus operaciones de pesca comercial en el área. De manera simultánea, un barco utilizó el copo tradicional de malla rómbica de 40 mm, mientras que el otro utilizó un copo de malla cuadrada de 40 mm. Ello permitió comparar la selectividad de ambos copos por el método de pescas paralelas. Del total de pescas, 50 fueron consideradas válidas para el análisis de datos, en base a dos estratos batimétricos: (i) 300-450 m, dirigidas a cigala (B/P Berto: 14 pescas entre 357 y 434 m; B/P Sort de Taranet: 14 pescas entre 371 y 451 m); (ii) 450-700 m, dirigidas a gamba roja (B/P Berto: 11 pescas entre 478 y 692 m; B/P Sort de Taranet: 11 pescas entre 493 y 571 m). Se han estimado los rendimientos medios, estandarizados a hora de arrastre efectivo, su fracción comercial y descartada y la distribución de tallas de las principales especies de interés comercial y ecológico. Paralelamente, se ha recogido información de los desembarcos y consumo de combustible esta acción piloto y para el mismo período de 2006, en que estas embarcaciones realizaron su actividad pesquera rutinaria. El análisis de esta información se ha realizado mediante técnicas uni- y multi-variantes. Los elevados rendimientos, así como la distribución de tallas de la captura de las principales especies explotadas, indican que los fondos prospectados están poco explotados. En ambos estratos batimétricos, con la malla cuadrada se redujeron los descartes, sin una disminución significativa de los rendimientos comerciales. Del mismo modo, la estrategia de pesca aplicada durante la acción piloto redujo el esfuerzo efectivo de pesca, sin disminuir el rendimiento de la pesquería respecto del mismo período de 2006. Además, se redujo considerablemente el consumo de combustible, lo que repercutió positivamente en las tasas de combustible consumido por unidad de desembarcos. La estrategia de explotación aplicada en la acción piloto mejora la relación coste-eficiencia de la pesquería y presenta una serie de ventajas, tanto de mejora en el rendimiento pesquero y en la explotación de los recursos, como de carácter medioambiental y social. No obstante, aplicar esta estrategia a la explotación comercial conlleva riesgos para el mantenimiento de los stocks de especies explotadas y la conservación de hábitats de especial interés y ecosistemas marinos vulnerables, en un área con numerosos cañones submarinos, como el Golfo de León.RESUM.- INFORME DEL SEGUIMENT CIENTÍFIC DE L’ACCIÓ PILOT RAI/AP-26/2007: PESCA EXPERIMENTAL AMB ART DE RÒSSEC DE FONS EN EL GOLF DE LLEÓ (MEDITERRÀNIA NOR-OCCIDENTAL): Del 24 de Octubre al 18 de Desembre de 2007, s’han dut a terme 67 pesques experimentals de ròssec de fons, a bord de les embarcacions B/P Berto i B/P Sort de Taranet, en caladors del talús del Golf de Lleó, situats en aigües internacionals a l’est del Cap de Creus, allunyats entre 70 i 100 milles del seu port base (Port de la Selva). Ambdós vaixells van treballar de manera continuada durant 46 hores setmanals (el seu període d’activitat habitual és de 5 dies setmanals i 12 ó 16 hores diàries), utilitzant una xarxa de ròssec de tipus quadratdragó, que habitualment utilitzen per les operacions de pesca comercial a l’àrea. De manera simultània, un vaixell va emprar el cóp tradicional de malla ròmbica de 40 mm, mentre que l’altre va emprar un cóp de malla quadrada de 40 mm. Això va permetre comparar la selectivitat d’ambdós cóps, mitjançant el mètode de pesques paral·leles. Del total de pesques, 50 foren considerades vàlides per l’anàlisi de dades, en base a dos estrats batimètrics: (i) 300-450 m, dirigides a escamerlà (B/P Berto: 14 pesques entre 357 i 434 m; B/P Sort de Taranet: 14 pesques entre 371 i 451 m); (ii) 450-700 m, dirigides a gamba vermella (B/P Berto: 11 pesques entre 478 i 692 m; B/P Sort de Taranet: 11 pesques entre 493 i 571 m). S’han estimat els rendiments mitjans, estandarditzats a hora efectiva de ròssec, la seva fracció comercial i rebutjada i la distribució de talles de les principals espècies d’interès comercial i ecològic. Paral·lelament, s’ha recollit informació dels desembarcaments i consum de combustible durant l’acció pilot de 2007 i pel mateix període de 2006, en que aquestes embarcacions van realitzar la seva activitat pesquera rutinària. L’anàlisi d’aquesta informació s’ha realitzat mitjançant tècniques uni- i multi-variants. Els elevats rendiments, així com la distribució de talles de la captura de les principals espècies explotades, indiquen que els fons prospectats estan poc explotats. En ambdós estrats batimètrics, amb la malla quadrada es van reduir els rebuigs, sense una disminució significativa dels rendiments comercials. De manera semblant, l’estratègia de pesca aplicada durant l’acció pilot va reduir l’esforç efectiu de pesca, sense disminuir el rendiment de la pesquera respecte del mateix període de 2006. A més, es va reduir considerablement el consum de combustible, la qual cosa va repercutir positivament en les tases de combustible consumit per unitat de desembarcaments. L’estratègia d’explotació aplicada en l’acció pilot incrementa la relació cost-eficiència de la pesquera i presenta una sèrie d’avantatges, tant de millora en el rendiment pesquer i en l’explotació dels recursos, com de caràcter mediambiental i social. No obstant, aplicar aquesta estratègia a l’explotació comercial comporta riscs pel manteniment dels estocs d’espècies explotades i la conservació d’hàbitats d’especial interès i ecosistemes marins vulnerables, a una àrea amb nombrosos canons submarins, com el Golf de Lleó.Secretaria General de Pesca Marítim

Search for the standard model Higgs boson decaying to a bb pair in events with one charged lepton and large missing transverse energy using the full CDF data set

We present a search for the standard model Higgs boson produced in association with a W boson in sqrt(s) = 1.96 TeV p-pbar collision data collected with the CDF II detector at the Tevatron corresponding to an integrated luminosity of 9.45 fb-1. In events consistent with the decay of the Higgs boson to a bottom-quark pair and the W boson to an electron or muon and a neutrino, we set 95% credibility level upper limits on the WH production cross section times the H->bb branching ratio as a function of Higgs boson mass. At a Higgs boson mass of 125 GeV/c2 we observe (expect) a limit of 4.9 (2.8) times the standard model value.Comment: Submitted to Phys. Rev. Lett (v2 contains clarifications suggested by PRL

Search for the standard model Higgs boson decaying to a bbˉb\bar{b} pair in events with no charged leptons and large missing transverse energy using the full CDF data set

We report on a search for the standard model Higgs boson produced in association with a vector boson in the full data set of proton-antiproton collisions at $\sqrt{s} = 1.96$ TeV recorded by the CDF II detector at the Tevatron, corresponding to an integrated luminosity of 9.45 fb$^{-1}$. We consider events having no identified charged lepton, a transverse energy imbalance, and two or three jets, of which at least one is consistent with originating from the decay of a $b$ quark. We place 95% credibility level upper limits on the production cross section times standard model branching fraction for several mass hypotheses between 90 and $150 \mathrm{GeV}/c^2$. For a Higgs boson mass of $125 \mathrm{GeV}/c^2$, the observed (expected) limit is 6.7 (3.6) times the standard model prediction.Comment: Accepted by Phys. Rev. Let

Search for the standard model Higgs boson decaying to a bb pair in events with two oppositely-charged leptons using the full CDF data set

We present a search for the standard model Higgs boson produced in association with a Z boson in data collected with the CDF II detector at the Tevatron, corresponding to an integrated luminosity of 9.45/fb. In events consistent with the decay of the Higgs boson to a bottom-quark pair and the Z boson to electron or muon pairs, we set 95% credibility level upper limits on the ZH production cross section times the H -> bb branching ratio as a function of Higgs boson mass. At a Higgs boson mass of 125 GeV/c^2 we observe (expect) a limit of 7.1 (3.9) times the standard model value.Comment: To be submitted to Phys. Rev. Let

Inequalities in mortality of men by oral and pharyngeal cancer in Barcelona, Spain and São Paulo, Brazil, 1995–2003

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Large inequalities of mortality by most cancers in general, by mouth and pharynx cancer in particular, have been associated to behaviour and geopolitical factors. The assessment of socioeconomic covariates of cancer mortality may be relevant to a full comprehension of distal determinants of the disease, and to appraise opportune interventions. The objective of this study was to compare socioeconomic inequalities in male mortality by oral and pharyngeal cancer in two major cities of Europe and South America.</p> <p>Methods</p> <p>The official system of information on mortality provided data on deaths in each city; general censuses informed population data. Age-adjusted death rates by oral and pharyngeal cancer for men were independently assessed for neighbourhoods of Barcelona, Spain, and São Paulo, Brazil, from 1995 to 2003. Uniform methodological criteria instructed the comparative assessment of magnitude, trends and spatial distribution of mortality. General linear models assessed ecologic correlations between death rates and socioeconomic indices (unemployment, schooling levels and the human development index) at the inner-city area level. Results obtained for each city were subsequently compared.</p> <p>Results</p> <p>Mortality of men by oral and pharyngeal cancer ranked higher in Barcelona (9.45 yearly deaths per 100,000 male inhabitants) than in Spain and Europe as a whole; rates were on decrease. São Paulo presented a poorer profile, with higher magnitude (11.86) and stationary trend. The appraisal of ecologic correlations indicated an unequal and inequitably distributed burden of disease in both cities, with poorer areas tending to present higher mortality. Barcelona had a larger gradient of mortality than São Paulo, indicating a higher inequality of cancer deaths across its neighbourhoods.</p> <p>Conclusion</p> <p>The quantitative monitoring of inequalities in health may contribute to the formulation of redistributive policies aimed at the concurrent promotion of wellbeing and social justice. The assessment of groups experiencing a higher burden of disease can instruct health services to provide additional resources for expanding preventive actions and facilities aimed at early diagnosis, standardized treatments and rehabilitation.</p