Méthode de modélisation numérique et étude paramétrique de la performance sismique des piliers de ponts typiques du Canada

Une des évolutions récentes de la conception parasismique des ponts est la prise en compte de la performance des ouvrages durant les tremblements de terre, et de lier cette performance à des objectifs opérationnels et économiques. Ainsi, les propriétaires d’ouvrages peuvent choisir a priori les performances attendues pour un ouvrage en fonction de leur besoin en cas d’un tremblement de terre (service complet maintenu, service limité, pas de service) et optimiser ce niveau pour un coût total sur la durée de vie de l’ouvrage et un service postsismique suffisant. Une partie importante du travail de recherche porte donc en ce moment sur la détermination de la performance des ouvrages sous charges sismiques. Cela permet de mieux optimiser les coûts de construction et totaux sur la durée de vie de l’ouvrage, ainsi que d’assurer une fonctionnalité suffisante lors d'un tremblement de terre. Toutefois, les règles de conception parasismique selon le Code canadien sur le calcul des ponts routiers (CCCPR) reposent en grande partie sur des principes de conception basés sur la force. Même si un ensemble de critères de performance (objectifs de rendement) sont spécifiés pour différentes périodes de récurrence sismique, il n’existe aucune obligation explicite quant à l’atteinte de ces objectifs de performance multiples pour les ponts. De plus, selon [Sheikh et Legeron, 2010], les règles de conception actuelles du Code canadien sur le calcul des ponts routiers ne garantissent pas nécessairement la rencontre des critères de performance futurs des ponts. L’objet de ce projet est de mettre en place des méthodes de conception adaptées aux ouvrages simples dans le cadre d'une approche performantielle. Pour cela, le formalisme existant dans le code canadien des ponts S6-06 est utilisé. Les coefficients de modification de réponse et la demande en ductilité en fonction des différents types d'ouvrages sont alors évalués. Des cas types de ponts simples de deux travées en variant les paramètres tels que la hauteur des piles, leurs dimensions en plan, le taux d'armature longitudinal, le poids du tablier, le type de sismicité (est ou ouest du Canada) et de condition de sol sont étudiés. Pour ces différents cas, le calcul de la réponse par la méthode statique non linéaire et dynamique non linéaire sont effectuées et la performance de ces ponts sous charge scénario sismique est prédite. En fonction des résultats, des diagrammes montrant l’évolution du coefficient de modification de réponse et le besoin en ductilité sont déterminés. Finalement, des recommandations pour l’atteinte d'une performance sismique optimale sont fournies

CA 125, un régulateur négatif du potentiel invasif des cellules cancéreuses de l'ovaire?

L'antigène cancéreux 125 (CA125) est présentement utilisé pour suivre la progression des cancers ovariens durant la thérapie des patientes. CA125 est surexprimé dans plus que 80% des cancers ovariens épithéliales. C'est une protéine transmembranaire qui est fortement glycosylée de la famille des mucines. CA125 est encodé par le gène MUC16 et son ADN complémentaire aurait une taille de 66 Kb. Même s'il y est utilisé fréquemment en clinique, ses fonctions dans les cellules ne sont pas encore connues. Notre laboratoire a développé un inhibiteur de CA125 dans le but d'étudier ses fonctions dans le cancer de l'ovaire. Cet inhibiteur consiste en un anticorps monovalent modifié (scFV) qui est ciblé et retenu dans le réticulum endoplasmique (RE) par l'utilisation d'une séquence"leader" et d'un signal de rétention KDEL. Nous avons dérivé deux différents clones stables (1:9 #9 et 1:9 #7) exprimant le scFv à partir de la lignée NIH:OVCAR 3 qui exprime des niveaux élevés de CA125. Des analyses par cytométrie de flux nous ont confirmé que la séquestration de CA125 dans le RE simule un"knockdown" de CA125 en empêchant la protéine de se localiser normalement à la surface des cellules."résumé abrégé par UMI

Nouvelle approche pour modifier le tropisme des vecteurs adénoviraux à l’aide de ligands bispécifiques

L’adénovirus a été étudié dans l’optique de développer de nouveaux traitements pour différentes maladies. Les vecteurs adénoviraux (AdV) sont des outils intéressants du fait qu’ils peuvent être produits en grandes quantités (1X1012 particules par millilitre) et de par leur capacité à infecter des cellules quiescentes ou en division rapide. Les AdVs ont subi bon nombre de modifications pour leur permettre de traiter des cellules tumorales ou pour transporter des séquences génétiques exogènes essentielles pour le traitement de maladies monogéniques. Toutefois, les faibles niveaux d’expression du récepteur primaire de l’adénovirus, le CAR (récepteur à l’adénovirus et au virus coxsackie), réduit grandement l’efficacité de transduction dans plusieurs tumeurs. De plus, certains tissus normaux comme les muscles n’expriment que très peu de CAR, rendant l’utilisation des AdVs moins significative. Pour pallier à cette limitation, plusieurs modifications ont été générées sur les capsides virales. L’objectif de ces modifications était d’augmenter l’affinité des AdVs pour des récepteurs cellulaires spécifiques surexprimés dans les tumeurs et qui seraient exempts dans les tissus sains avoisinant. On peut mentionner dans les approches étudiées: l’utilisation de ligands bispécifiques, l’incorporation de peptides dans différentes régions de la fibre ou la substitution par une fibre de sérotypes différents. Notre hypothèse était que les domaines d’interaction complémentaire (K-Coil et ECoil) permettraient aux ligands de s’associer aux particules virales et d’altérer le tropisme de l’AdV. Pour ce faire, nous avons inclus un domaine d’interaction synthétique, le K-Coil,dans différentes régions de la fibre virale en plus de générer des mutations spécifiques pour abolir le tropisme naturel. Pour permettre la liaison avec les récepteurs d’intérêt dont l’EGF-R, l’IGF-IR et le CEA6, nous avons fusionné le domaine d’interaction complémentaire, le E-Coil, soit dans les ligands des récepteurs ciblés dont l’EGF et l’IGF-I, soit sur un anticorps à un seul domaine reconnaissant la protéine membranaire CEA6, l’AFAI. Suite à la construction des différents ligands de même que des différentes fibres virales modifiées, nous avons determiné tout d’abord que les différents ligands de même que les virus modifiés pouvaient être produits et que les différentes composantes pouvaient interagir ensemble. Les productions virales ont été optimisées par l’utilisation d’un nouveau protocole utilisant l’iodixanol. Ensuite, nous avons démontré que l’association des ligands avec le virus arborant une fibre modifiée pouvait entraîner une augmentation de transduction de 2 à 21 fois dans différentes lignées cellulaires. À cause de la difficulté des adénovirus à infecter les fibres musculaires occasionnée par l’absence du CAR, nous avons cherché à savoir si le changement de tropisme pourrait accroître l’infectivité des AdVs. Nous avons démontré que l’association avec le ligand bispécifique IGF-E5 permettait d’accroître la transduction autant dans les myoblastes que dans les myotubes de souris. Nous avons finalement réussi à démontrer que notre système pouvait induire une augmentation de 1,6 fois de la transduction suite à l’infection des muscles de souriceaux MDX. Ces résultats nous amènent à la conclusion que le système est fonctionnel et qu’il pourrait être évalué dans des AdVs encodant pour différents gènes thérapeutiques.Adenoviruses have been studied as a way to develop new treatments for different diseases. Adenoviral vectors (AdV) are considered interesting tools for this propose, because they can be produced at high titers (1X1012 particles per millilitre) in laboratory and they have the capacity to infect non-dividing and dividing cells. AdV have been often modified in order to obtain the ability to kill tumour cells or to deliver exogenous genetic sequences essential to treat monogenic disease. However, weak expression of the primary adenovirus receptor, the CAR (Coxsackie and adenovirus receptor) reduces greatly the transduction efficiency of AdV for the tumour cells. Moreover, some normal tissues express low amount of CAR, like the skeletal muscle, reducing the appeal of using AdV as a gene delivery vehicle for this tissue. To address this problematic, many modifications were done on the adenoviral capsid. The goal of these modifications were to generate an AdV able to target specific cellular receptors that were expressed in tumour cells but not in normal cells. Several approaches were done to modify the tropism of AdV, such as incubation with a bispecific ligands, incorporation of peptides within the adenoviral fiber structure or substitution of the viral fiber with a different serotype fiber. The hypothesis of my project was to determine if an interaction domain fused within a ligand could bind the complementary domain incorporated on a virus and change the tropism of the AdV. The first step was to include a synthetic interaction domain, the K-Coil, within specific region of the adenoviral fiber, as well as inserting two point mutations to abolish the natural tropism. To target the EGF-R, IGF-IR and the CEA6, we fused the complementary interaction domain, the E-Coil, to the respective ligand known as the EGF and the IGF-I or to a single domain antibody (known as AFAI) that bind specifically to CEA6. The specific interaction between the E-Coil and K-Coil was used to associate the ligand with the fiber in order to retarget the AdV toward the selected receptor. We showed that the different ligands as well as the modified fibers could be produced and that both E-Coil and K-Coil expressing partners could interact together. We optimized the viral production by using an iodixanol purification protocol. More importantly, we clearly demonstrated that the ligand association with the fiber could increase the transduction efficiency between 2 to 21 fold against various tumour cells. The difficulty of adenovirus to infect muscle cells because of the lack of CAR expression brought us to evaluate the potential of our retargeted AdV to increase the transduction for the tissue. We showed that the use of IGF-E5 could increase the transduction efficiency in myoblasts as wells as in myotubes. We finally demonstrated that our retargeting system could increase the transduction efficiency for skeletal muscle by 1,6 fold in new born MDX mice. In conclusion, our results show that the retargeting system is indeed functional. This system could be assessed using vectors that express therapeutic genes

Fluorescent labeling in semi-solid medium for selection of mammalian cells secreting high-levels of recombinant proteins

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Despite the powerful impact in recent years of gene expression markers like the green fluorescent protein (GFP) to link the expression of recombinant protein for selection of high producers, there is a strong incentive to develop rapid and efficient methods for isolating mammalian cell clones secreting high levels of marker-free recombinant proteins. Recently, a method combining cell colony growth in methylcellulose-based medium with detection by a fluorescently labeled secondary antibody or antigen has shown promise for the selection of Chinese Hamster Ovary (CHO) cell lines secreting recombinant antibodies. Here we report an extension of this method referred to as fluorescent labeling in semi-solid medium (FLSSM) to detect recombinant proteins significantly smaller than antibodies, such as IGF-E5, a 25 kDa insulin-like growth factor derivative.</p> <p>Results</p> <p>CHO cell clones, expressing 300 μg/ml IGF-E5 in batch culture, were isolated more easily and quickly compared to the classic limiting dilution method. The intensity of the detected fluorescent signal was found to be proportional to the amount of IGF-E5 secreted, thus allowing the highest producers in the population to be identified and picked. CHO clones producing up to 9.5 μg/ml of Tissue-Plasminogen Activator (tPA, 67 kDa) were also generated using FLSSM. In addition, IGF-E5 high-producers were isolated from 293SF transfectants, showing that cell selection in semi-solid medium is not limited to CHO and lymphoid cells. The best positive clones were collected with a micromanipulator as well as with an automated colony picker, thus demonstrating the method's high throughput potential.</p> <p>Conclusion</p> <p>FLSSM allows rapid visualization of the high secretors from transfected pools prior to picking, thus eliminating the tedious task of screening a high number of cell isolates. Because of its rapidity and its simplicity, FLSSM is a versatile method for the screening of high producers for research and industry.</p

Constraints on cosmic strings using data from the first Advanced LIGO observing run

Cosmic strings are topological defects which can be formed in grand unified theory scale phase transitions in the early universe. They are also predicted to form in the context of string theory. The main mechanism for a network of Nambu-Goto cosmic strings to lose energy is through the production of loops and the subsequent emission of gravitational waves, thus offering an experimental signature for the existence of cosmic strings. Here we report on the analysis conducted to specifically search for gravitational-wave bursts from cosmic string loops in the data of Advanced LIGO 2015-2016 observing run (O1). No evidence of such signals was found in the data, and as a result we set upper limits on the cosmic string parameters for three recent loop distribution models. In this paper, we initially derive constraints on the string tension Gμ and the intercommutation probability, using not only the burst analysis performed on the O1 data set but also results from the previously published LIGO stochastic O1 analysis, pulsar timing arrays, cosmic microwave background and big-bang nucleosynthesis experiments. We show that these data sets are complementary in that they probe gravitational waves produced by cosmic string loops during very different epochs. Finally, we show that the data sets exclude large parts of the parameter space of the three loop distribution models we consider

Méthode de modélisation numérique et étude paramétrique de la performance sismique des piliers de ponts typiques du Canada

Une des évolutions récentes de la conception parasismique des ponts est la prise en compte de la performance des ouvrages durant les tremblements de terre, et de lier cette performance à des objectifs opérationnels et économiques. Ainsi, les propriétaires d’ouvrages peuvent choisir a priori les performances attendues pour un ouvrage en fonction de leur besoin en cas d’un tremblement de terre (service complet maintenu, service limité, pas de service) et optimiser ce niveau pour un coût total sur la durée de vie de l’ouvrage et un service postsismique suffisant. Une partie importante du travail de recherche porte donc en ce moment sur la détermination de la performance des ouvrages sous charges sismiques. Cela permet de mieux optimiser les coûts de construction et totaux sur la durée de vie de l’ouvrage, ainsi que d’assurer une fonctionnalité suffisante lors d'un tremblement de terre. Toutefois, les règles de conception parasismique selon le Code canadien sur le calcul des ponts routiers (CCCPR) reposent en grande partie sur des principes de conception basés sur la force. Même si un ensemble de critères de performance (objectifs de rendement) sont spécifiés pour différentes périodes de récurrence sismique, il n’existe aucune obligation explicite quant à l’atteinte de ces objectifs de performance multiples pour les ponts. De plus, selon [Sheikh et Legeron, 2010], les règles de conception actuelles du Code canadien sur le calcul des ponts routiers ne garantissent pas nécessairement la rencontre des critères de performance futurs des ponts. L’objet de ce projet est de mettre en place des méthodes de conception adaptées aux ouvrages simples dans le cadre d'une approche performantielle. Pour cela, le formalisme existant dans le code canadien des ponts S6-06 est utilisé. Les coefficients de modification de réponse et la demande en ductilité en fonction des différents types d'ouvrages sont alors évalués. Des cas types de ponts simples de deux travées en variant les paramètres tels que la hauteur des piles, leurs dimensions en plan, le taux d'armature longitudinal, le poids du tablier, le type de sismicité (est ou ouest du Canada) et de condition de sol sont étudiés. Pour ces différents cas, le calcul de la réponse par la méthode statique non linéaire et dynamique non linéaire sont effectuées et la performance de ces ponts sous charge scénario sismique est prédite. En fonction des résultats, des diagrammes montrant l’évolution du coefficient de modification de réponse et le besoin en ductilité sont déterminés. Finalement, des recommandations pour l’atteinte d'une performance sismique optimale sont fournies

Riluzole partially restores RNA polymerase III complex assembly in cells expressing the leukodystrophy-causative variant POLR3B R103H

Abstract The mechanism of assembly of RNA polymerase III (Pol III), the 17-subunit enzyme that synthesizes tRNAs, 5 S rRNA, and other small-nuclear (sn) RNAs in eukaryotes, is not clearly understood. The recent discovery of the HSP90 co-chaperone PAQosome (Particle for Arrangement of Quaternary structure) revealed a function for this machinery in the biogenesis of nuclear RNA polymerases. However, the connection between Pol III subunits and the PAQosome during the assembly process remains unexplored. Here, we report the development of a mass spectrometry-based assay that allows the characterization of Pol III assembly. This assay was used to dissect the stages of Pol III assembly, to start defining the function of the PAQosome in this process, to dissect the assembly defects driven by the leukodystrophy-causative R103H substitution in POLR3B, and to discover that riluzole, an FDA-approved drug for alleviation of ALS symptoms, partly corrects these assembly defects. Together, these results shed new light on the mechanism and regulation of human nuclear Pol III biogenesis

Café et politiques

Ce numéro des Cahiers d’Outre-mer vient en complément du numéro 180 de la revue Études rurales (2008) sur « Cafés et caféiers : singularités et universalité d’une production mondialisée », et veut mettre un point de suspension au projet entrepris depuis bientôt vingt ans par le groupe MOCA (Montagnes et Cafés) et dont l’objectif initial était, après la suppression de l’accord de l’Organisation Internationale du Café (OIC) en juillet 1989, d’analyser la façon dont les producteurs réagissaient à la libéralisation des filières, au caractère erratique de l’évolution des cours mondiaux et globalement à une crise profonde des systèmes de production et des systèmes d’encadrement. Cette crise n’est pas la première qu’ait connue le monde du café mais son extrême gravité a marqué durablement le secteur de la production familiale et ses conséquences structurelles sur le long terme restent encore largement à évaluer. Certes les situations sont très contrastées, d’un continent à l’autre en particulier, et sans doute la crise n’a fait que les accentuer : ainsi d’un côté, en Amérique latine comme le souligne ici Jean-Christian Tulet, la crise « n’a pas provoqué de situation réellement nouvelle », alors que, d’un autre, l’Afrique, il semble bien qu’elle marque la fin des modèles colonial et néocolonial de développement