Sesión de Bioinformática

Comunicaciones a congreso

Métodos de validación de identificaciones a gran escala de proteínas y desarrollo e implementación de estándares en Proteómica

Tesis doctoral inédita. Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología Molecular. Fecha de lectura: 12-10-2013High throughput identification of peptides in databases from tandem mass spectrometry data is a key technique in modern proteomics. Common approaches to interpret large scale peptide identification results are based on the statistical analysis of average score distributions, which are constructed from the set of best scores produced by large collections of MS/MS spectra by using searching engines such as SEQUEST. Other approaches calculate individual peptide identification probabilities on the basis of theoretical models or from singlespectrum score distributions constructed by the set of scores produced by each MS/MS spectrum. In this work, we study the mathematical properties of average SEQUEST score distributions by introducing the concept of spectrum quality and expressing these average distributions as compositions of single‐spectrum distributions. Our analysis leads to a novel indicator, the probability ratio, a non‐parametric and robust indicator that makes spectra classification according to parameters such as charge state unnecessary and allows a peptide identification performance, on the basis of false discovery rates, that is better than that obtained by other empirical statistical approaches. We also developed another method based on the construction of single‐spectrum SEQUEST score distributions. These results make the robustness, conceptual simplicity, and ease of automation of the probability ratio algorithm a very attractive alternative to determine peptide identification confidences and error rates in high throughput experiments. On the other hand, recent developments of HUPO‐PSI (Proteomics Standards Initiative) standard data formats and MIAPE guidelines (Minimum Information About a Proteomics Experiment) are certainly contributing to proteomics data‐sharing within the scientific community. In addition, specialized journals have emphasized the use of these standards and guidelines to facilitate the evaluation and publication of new articles. However, there is an evident lack of bioinformatics tools specifically designed to manage these standards containing the required information and its connectivity with the proteomics pipeline. In this work we describe the development of a set tools based on PSI standards and MIAPE guidelines, such as semantic and MIAPE validators of proteomics standard data files, a proteomics experiment repository based on MIAPE guidelines, a Java library for the management and extraction of MIAPE information from standard data files and a tool for a complete proteomics data analysis workflow allowing the aggregation, filtering and inspection of large amount of data, as well as its dissemination by preparing a complete ProteomeXchange submission. Additionally, here we also present the contribution for the definition of the MIAPE guidelines for quantitative Proteomics experiments, receptly accepted as a new global standard for the Proteomics community

Are Reduced Levels of Coagulation Proteins Upon Admission Linked to COVID-19 Severity and Mortality?

Background: The link between coagulation system disorders and COVID-19 has not yet been fully elucidated. Aim: Evaluating the association of non-previously reported coagulation proteins with COVID-19 severity and mortality. Design: Cross-sectional study of 134 COVID-19 patients recruited at admission and classified according to the highest COVID-19 severity reached (asymptomatic/mild, moderate, or severe) and 16 healthy control individuals. Methods: Coagulation proteins levels (antithrombin, prothrombin, factor_XI, factor_XII, and factor_XIII) and CRP were measured in plasma by the ProcartaPlex Panel (Invitrogen) multiplex immunoassay upon diagnosis. Results: We found higher levels of antithrombin, prothrombin, factor XI, factor XII, and factor XIII in asymptomatic/mild and moderate COVID-19 patients compared to healthy individuals. Interestingly, decreased levels of antithrombin and factors XI, XII, and XIII were observed in those patients who eventually developed severe illness. Additionally, survival models showed us that patients with lower levels of these coagulation proteins had an increased risk of death. Conclusion: COVID-19 provokes early increments of some specific coagulation proteins in most patients. However, lower levels of these proteins at diagnosis might "paradoxically" imply a higher risk of progression to severe disease and COVID-19-related mortality.This study was supported by grants from Instituto de Salud Carlos III [ISCIII; Grant Number COV20/1144 (MPY224/20) to AF-R/MJ-S]. AF-R, MJ-S, and MR are Miguel Servet researchers supported and funded by ISCIII (Grant Numbers: CP14CIII/00010 to AF-R, CP17CIII/00007 to MJ-S, and CP19CIII/00002 to MR).S

Famílies botàniques de plantes medicinals

Facultat de Farmàcia, Universitat de Barcelona. Ensenyament: Grau de Farmàcia, Assignatura: Botànica Farmacèutica, Curs: 2013-2014, Coordinadors: Joan Simon, Cèsar Blanché i Maria Bosch.Els materials que aquí es presenten són els recull de 175 treballs d’una família botànica d’interès medicinal realitzats de manera individual. Els treballs han estat realitzat per la totalitat dels estudiants dels grups M-2 i M-3 de l’assignatura Botànica Farmacèutica durant els mesos d’abril i maig del curs 2013-14. Tots els treballs s’han dut a terme a través de la plataforma de GoogleDocs i han estat tutoritzats pel professor de l’assignatura i revisats i finalment co-avaluats entre els propis estudiants. L’objectiu principal de l’activitat ha estat fomentar l’aprenentatge autònom i col·laboratiu en Botànica farmacèutica

Differential clinical characteristics and prognosis of intraventricular conduction defects in patients with chronic heart failure

Intraventricular conduction defects (IVCDs) can impair prognosis of heart failure (HF), but their specific impact is not well established. This study aimed to analyse the clinical profile and outcomes of HF patients with LBBB, right bundle branch block (RBBB), left anterior fascicular block (LAFB), and no IVCDs. Clinical variables and outcomes after a median follow-up of 21 months were analysed in 1762 patients with chronic HF and LBBB (n = 532), RBBB (n = 134), LAFB (n = 154), and no IVCDs (n = 942). LBBB was associated with more marked LV dilation, depressed LVEF, and mitral valve regurgitation. Patients with RBBB presented overt signs of congestive HF and depressed right ventricular motion. The LAFB group presented intermediate clinical characteristics, and patients with no IVCDs were more often women with less enlarged left ventricles and less depressed LVEF. Death occurred in 332 patients (interannual mortality = 10.8%): cardiovascular in 257, extravascular in 61, and of unknown origin in 14 patients. Cardiac death occurred in 230 (pump failure in 171 and sudden death in 59). An adjusted Cox model showed higher risk of cardiac death and pump failure death in the LBBB and RBBB than in the LAFB and the no IVCD groups. LBBB and RBBB are associated with different clinical profiles and both are independent predictors of increased risk of cardiac death in patients with HF. A more favourable prognosis was observed in patients with LAFB and in those free of IVCDs. Further research in HF patients with RBBB is warranted

Tecnología educativa : la formación del profesorado en la era de Internet

Resumen basado en el de la publicaciónSe trata la disciplina 'Tecnología educativa', desarrollando elementos para el análisis y la toma de decisiones sobre las situaciones formativas en las que cabe utilizar las tecnologías que se van imponiendo en el presente. Se divide en cuatro bloques: en el primero se abordan los aspectos epistemológicos y conceptuales de la tecnología educativa, desarrollando una reflexión necesaria sobre el papel que deben jugar las TIC en la sociedad y en las instituciones escolares; el segundo bloque busca que los docentes en formación profundicen en su conocimiento sobre el aprendizaje de las TIC, desde una perspectiva constructivista; en el tercer bloque se profundiza en los componentes estructurales de la enseñanza y su relación con las TIC; en el último bloque se muestran las principales tecnologías y medios aplicados a la educación.AndalucíaBiblioteca de Educación del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte; Calle San Agustín 5 -3 Planta; 28014 Madrid; Tel. +34917748000; [email protected]

The impact of the use of games on student academic performance: gamification as a way to improve the teaching of political, legal and social issues

El juego es una herramienta básica para el aprendizaje, aunque poco utilizada en el Espacio de Educación Superior. El uso de los juegos en las aulas puede contribuir no sólo a mejorar la percepción de la docencia por parte de nuestro alumnado (lo cual a su vez podría transmitirse en una mejor percepción de los estudios de la Universidad Complutense), sino que también pueden conducir a un mayor conocimiento de los procesos dinámicos en los que vivimos hoy día facilitando que los participantes comprendan mejor su naturaleza dinámica. Cuando se simula una situación, los participantes se dan cuenta de cómo funciona el sistema político en movimiento y se preparan para enfrentarlo en la vida real. Además, las simulaciones también son divertidas, hacen que los estudiantes se involucren más en el estudio y profundicen su conocimiento al fomentar su interés. En este Proyecto de Innovación Docente profesores de distintas facultades y universidades analizamos el uso del juego en las aulas y su impacto en el rendimiento de nuestro alumnado.Universidad Complutense de MadridDepto. de Ciencia Política y de la AdministraciónFac. de Ciencias Políticas y SociologíaFALSEsubmitte

Unión Ibero-Americana, Año XXIX, Núm. 10

171 páginasTEXTO.- La Fiesta de la Raza en la Unión Ibero-Americana.- Carta del Ecmo. Sr. Presidente de la República Argentina, Sr. Duque de Ripalda.- Discurso pronunciado el día 12 de octubre por el Excmo. Sr. Marqués de Lema, Ministro de Estado.- Profecía, por E. Castelar.- El descubrimiento de América, por Salvador Falla.- Cable del Ecuador.- La Fiesta de la Raza, por J. de D. Méndez y Mendoza.- Carta del Excmo. Sr. Presidente de la República del Uruguay.- Nuestro Presidente.- De la Geográfica mexicana.- Honrando a España en tierra de Guatemala, por J. Francisco López Escobar.- Desde Chile, por Marcial Martínez.- Discurso pronunciado por el Excmo. Sr. D. Ra fael Conde y Luque.- Oración.- Carta del Excmo. Sr. Presidente de la República del Salvador.- Trébol de gloria (poesía), por Alfredo Gómez Jaime.- La Fiesta de la Raza, por Carlos R. Tobar.- 12 octubre de 1492, por Felipe Tejera.- Discurso del Excmo. Sr D. Juan Antonio Cavestany.- Carta de la Presidencia de la República de Cuba, por Rafael Montoro y Valdés.- La Fiesta de la Raza y la Prensa.- De El Social (semanario bonaerense).- Gloria a España (poesía), por Víctor M. Rendón.- Discurso del Excmo. Sr D. Luis Palomo. Enseña que tremoló Cristóbal Colón el 12 de octubre de 1492, por A. P. G.- Epitalamio (poesía), por Amado Nervo.- Carta del Excmo. Sr. Ministro de Instrucción Pública de Bolivia.- El por qué de la Fiesta de la Raza, por el Excelentísimo Sr. D. Manuel de Saralegui y Medina.- Auto episcopal.- A España (poesía), por Enrique Teenzier.- Carta del Excmo. Sr. Ministro de Instrucción Pública de Panamá.- De una culta Profesora costarricense (Angela Baldares).- Las carabelas de Colón, por Juan J. Canas.- Discurso pronunciado por el Excmo. Sr. D. Rafael María de Labra y Cadrana.- Del Secretario de la Academia mexicana de la Lengua (José López-Portillo y Rojas).- Los conquistadores, por J. Barrio y Bravo.- Sutchi-Quezzali (poesía), por Francisco Gavidia.- Carta del Excmo. Sr. Ministro de Relaciones Exteriores e Instrucción pública, Nicaragua.- A la madre patria España, en el aniversario del descubrimiento de América, por Aquiles B. Oribe.- De El Liberal (de Barcelona).- Carta del Excmo. Sr. Presidente de la República de Venezuela.- Fiesta de la Raza: Memoria leída por el Excelentísimo Sr. D. Luis de Armiñán, Secretario general de la Unión Ibero-Americana, en la sesión celebrada el 12 de octubre de 1915.- Carta del Excmo. Sr. Presidente de la República del Perú.- De La Época (Decano de la prensa rnadrileña).- La reespañolización de América, por P. M. Vélez.- El festival de la Unión Ibero-Americana, por Bartolomé Tavera Acosta.- Pensando en el porvenir, por Emilio Gutiérrez de Quintanilla.- De España y América (revista ilustrada de Cádiz).- Carta del Excmo. Sr. Presidente de la República Dominicana.- Justicia a la raza hispana, por Felipe Yurrita.- América, por Carlos Guido Spano.- Ofrenda al Día de la Raza, por Juan Rodríguez López.- Carta del Excmo. Sr. Presidente de la República de Guatemala.- Un mundo por una frase, por Francisco Tosta García.- El Clero español y la Fiesta de la Raza: Carta del Ilmo. Sr. Obispo de Vich.- De El Porvenir (diario de Cartagena).- Carta del Sr. Rector de la Universidad de Santa Fe.- Algo más que líricos, por Andrés Pando.- EI Quijote del próximo Centenario.- Preparativos para la Fiesta de la Raza en América.- Epopeya de gloria: Al inmortal Colón, por Rafael Abellán.- La fiesta de la Raza en las provincias españolas. GRABADOS.- Cristóbal Colón. (Reproducción fiel, hecha por Galván, de la tabla al óleo conservada en la Biblioteca Nacional (Madrid).- Presidencia de la sesión celebrada en la Unión Ibero-Americana para solemnizar la Fiesta de la Raza el 12 de octubre.- Excmo. Sr. Duque de Ripalda, Marqués de Lema, Ministro de Estado.- Excmo. Sr. D. Faustino Rodríguez San Pedro, Senador, ex Ministro, Presidente de la Unión ibero-Americana.- Busto de Isabel la Católica: Monumento inaugurado en Guatemala, en conmemoración de la Fiesta de la Raza, el día 12 de octubre.- Excmo. Sr. D. Rafael Conde y Luque, Rector de la Universidad Central, Presidente de la Comisión Ejecutiva de la Unión ibero-Americana. Excmo. Sr. D. Juan Antonio Cavestany, Senador de la Real Academia Española.- Excmo. Sr. D. Luis Palomo, Senador, Presidente de la Comisión Permanente de Enseñanza de la Unión Ibero-Americana.- Excmo. Sr. D. Manuel de Saralegui, de la Real Academia Española, Director de la Revista de la Unión Ibero-Americana.- Excmo. Sr. D. Rafael María de Labra, Senador. Presidente del Ateneo de Madrid.- Excmo. Sr. D. Luis de Armiñán. Diputado a Cortes, Secretario general de la Unión Ibero-Americana.- Retrato de Miguel de Cervantes Saavedra.- Idem de D. Andrés Bello.- Granada.- La manifestación pasando frente a la estatua de Isabel la Católica.- Entrada en el Ayuntamiento de la procesión cívica.- Santander: La manifestación cívica a su paso por la Ribera.- Alicante: El Alcalde, acampañado de los Concejales, Claustro de Profesores y Comisiones en la entrega de un manifiesto al Gobernador.- Idem: Procesión cívica.- Vigo: La procesión cívica de la Fiesta de la Raza.- Logroño: La Comisión organizadora de la Fiesta de la Raza en aquella capital.- Los exploradores en la Fiesta de la Raza el 12 de octubre.- Acto inaugural del nuevo domicilio de la Casa de América, de Barcelona, celebrado el 12 de octubre