An assessment of the data quality for live births and infant deaths for the 1998-birth cohort, city of São Paulo, using information from SINASC and SIM

In this article we use data from the 1998 birth-cohort from the City of São Paulo for live births and data on deaths from the same birth cohort that took place before the first year of life. Information on live birth came from the Information System of Live Births (SINASC) and on deaths came from the Information System on Mortality (SIM). Our aim was to evaluate two aspects of data quality, which are the percentage of missing information and consistency of the data based on empirical regularities observed in other populations or with the criterion of plausibility. Preference for digits, sex ratios at birth and at death and the Apgar score distribution were examples of quality indicators evaluated in this population. We concluded that information is much more frequently recorded for live births than for infant deaths (except for race/color of the infant) and that the internal consistency of the information can be considered satisfactory for the study population.SINASC; SIM; missing data; consistency checks; data quality; birth-cohort

The Sao Mateus - Jabaquara Trolleybusway Concession in Brazil

The authors describe how Sao Paulo State granted a 20-year concession for operating a busway, one requirement for which was that the concessionaire replace the diesel bus operation with electric traction (trolleys). This was not a"greenfield concession"but is probably the only"busway"concession undertaken so far worldwide. With roughly 16,000 buses fighting their way through heavy traffic under traffic policies geared to automobiles, bus services was slow and unreliable. Then Sao Paulo adopted certain practices aimed at improving bus operations. Between 1983 and 1987, it implemented a segregated trolleybus corridor between Sao Mateus and Jabaquara, to be opened as a private concession regulated by the state of Sao Paulo. The concession was to operate for 20 years but the winning consortium had to invest in only part of the equipment, because part of it was in place. This made things less risky for the private consortium and allowed thestate to complete an environmentally friendly project with the help of the private sector. The concession has so far been a success - an example to be followed. After an initial increase, demand for the busway began to fall in 1998 and 1999. This was part of a general decline in demand for the bus system because of: a) A drop in jobs resulting from the economic slowdown. b) A growth in the use of automobiles. c) Competition from illegal buses (vans), which offer door-to-door service. The state was late in completing the aerial network for the trolleyway and rehabilitating sections of the roadway. This delayed replacement of diesel buses by trolleybuses. State representatives indicated it might be better in future to find a mechanism through which the concessionaire instead of the state would undertake infrastructure works and would also handle administration of integration terminals.Roads&Highways,Public Sector Economics&Finance,Banks&Banking Reform,Urban Transport,Decentralization,Roads&Highways,Airports and Air Services,Inter-Urban Roads and Passenger Transport,Transport and Environment,Urban Transport

Probabilistic record linkage and an automated procedure to minimize the undecided-matched pair problem

Probabilistic record linkage allows the assembling of information from different data sources. In this article, we present a procedure in case a one-to-one relationship between records in different files is expected but is not found only by applying the probabilistic record linkage methodology. Our data were births and infant deaths from the 1998-birth cohort whose mother's place of residence was the City of São Paulo at the time of birth. Our assumption was that pairs for which a one-to-one relationship was obtained, and a best-link was found with the highest combined weight would be considered as uniquevocally matched pairs or gold-standard and should then provide information in order to decide about pairs in which such a relationship could not be established. For example, we observed that the for the unequivocally matched pairs a clear and expected relationship between differences in dates of death and birth registration could be assessed. As a result, such a relationship was used to help solving the remaining pairs for which a one-to-one relationship could not be found. Indeed, we reduced the number of non-uniquely matched records and even though we could not establish a one-to-one relationship for every single death we reduced the number of uncertain. We suggest that future research using record linkage should use combined strategies from results from first record linkage runs before a full clerical review (the standard procedure under uncertainty) in order to most efficiently (and less costly), retrieve record matches.: probabilistic record linkage; best-link; birth-cohort; one-to-one match

Infectious diseases: new developments in microbiology

Uma nova era da microbiologia iniciou-se quando foram introduzidas as técnicas de sequenciação de ácidos nucleicos uma vez que permitiram diagnósticos mais precisos (identificação de espécies e fatores de patogenicidade, toxinas e outros), o desenvolvimento da filogenia (comparabilidade entre estirpes) e um melhor conhecimento das causas de algumas alterações fenotípicas (identificação das mutações). Após a introdução e evolução de metodologias de Nex t- -Generation Sequencing (NGS) aplicada à extração total dos ácidos nucleicos a partir de uma amostra, uma nova revolução está em marcha, permitindo ainda uma maior precisão nas áreas anteriores e o desenvolvimento da disciplina de análise bioinformática de sequências. Com a aplicação de técnicas de NGS (shotgun genomics, shotgan metagenomics, targeted metagenomics e metatrancritomics) desenvolveu-se o acesso ao pangenoma e ao core genoma, aos genes e às respetivas funções de uma forma mais completa, à composição filogenética de uma forma mais aprofundada, aumentando também o acesso ao conhecimento da atividade microbiana.(,,,)info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Development of a calculation tool for making pension projections in the scope of occupational defined contribution pension schemes

Mestrado Bolonha em Actuarial ScienceThe ageing of the population is leading to reforms in Social Security systems with negative impact on the levels of retirement income. One way to minimize this impact is to reinforce the role of complementary pension schemes. Pension projections can be an important tool to support individuals in their decision-making about the savings for retirement and have been a part of several initiatives at the European Union level. This report is the result of an internship at the Insurance and Pension Funds Supervisory Authority (ASF) and focuses on the development of a calculation tool for making pension projections in the scope of occupational defined contribution pension schemes. The work aims to study the potential performance of different investment strategies using an Economic Scenario Generator framework and evaluate the impact on the retirement income that such investment strategies produce, considering also different assumptions with regard to mortality tables and discount rates applied in the calculation of annuities. The model developed considers three main risk factors: (1) financial market risk, which includes uncertainty over return on investment, inflation and interest rates; (2) labour risk, originated from uncertainty over real wage growth path; (3) demographic risk, as a result of increasing life expectancy.O envelhecimento da população tem conduzido a reformas nos sistemas públicos de pensões, com impacto negativo nos níveis de rendimento de reforma, sendo que uma das formas de minimizar esse impacto é o reforço do papel dos sistemas complementares de pensões. As projeções relativas aos benefícios de reforma podem constituir uma importante ferramenta para a tomada de decisão dos indivíduos, em relação ao investimento das suas poupanças direcionadas à reforma, e têm sido objeto de várias iniciativas a nível europeu. Este relatório resulta de um estágio realizado na Autoridade de Supervisão de Seguros e Fundos de Pensões (ASF). O estudo centra-se no desenvolvimento de uma ferramenta de cálculo de projeção de benefícios de reforma no âmbito dos planos profissionais de contribuição definida. O trabalho procura estudar o potencial desempenho de diferentes estratégias de investimento recorrendo a um Gerador de Cenários Económicos (ESG) e avaliar o impacto nos benefícios de reforma que essas estratégias produzem, considerando também diferentes pressupostos em relação às tábuas de mortalidade e taxas de desconto para o cálculo de anuidades. O modelo desenvolvido considera três tipos de riscos: (1) risco financeiro, fruto da incerteza do retorno dos investimentos, inflação e taxas de juro; (2) risco laboral, relacionado com a incerteza da evolução salarial; (3) risco demográfico, decorrente do aumento da longevidade.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Impacts of high pressure processing conditions on the microbiome of sea bass fillets

Fish and seafood products are some of the most important protein sources in human nutrition and more than 45% of the fish used for human consumption comes from aquaculture. However, fish products are easily perishable and often associated with human diseases, leading to development of different preservation methods. Recently, novel processing techniques like High Pressure Processing (HPP), that uses pressure to inactivate microbes without heat, are being optimized to extend shelf-life without affecting food quality. We used metagenomics (the global study of genetic material from environmental or organism samples) to characterize in a global way the microbes present in sea bass fillets treated with different pressures (300-600 MPa) and processing times (2-5 min) and after refrigerated storage for 1 or 11 days, contributing to optimize HPP of these products. We extracted and selected 42 DNA samples (of 14 experimental groups) based on their quantity and quality and sent them to a sequencing company to construct microbiome libraries based on the 16S rRNA gene sequencing. With the sequencing and bioinformatics analysis using QIIME it was possible to evaluate the impacts of HPP treatments on the bacterial microbiome of the samples. There was a decrease in bacterial load in the treated samples when compared to the control (confirmed by quantitative PCR of 16S), which was especially evident when we compared the control at 11 days with the treated samples at 11 days, notably in the 450MPa and 600MPa treatments. The most abundant genera of bacteria in the control fillets significantly changed after storage for 11 days, leading to a different composition to 300 MPa fillets and separated by PCoA from 450-600 MPa fillets. These had a microbiome more similar to the initial control fillets. These results will help optimizing HPP of fish fillets and identifying the main genera of deterioration bacteria and HPP effects.Peixes e mariscos são importantes fontes de proteína na nutrição humana. A produção de peixe aumentou ao longo dos anos, muito devido ao crescimento da aquacultura e o interesse por uma alimentação mais saudável. Atualmente mais de 45% dos peixes para consumo humano são provenientes da aquacultura e Portugal é o país mais relevante da UE em consumo per capita. No entanto os produtos alimentares à base de peixe (ricos em nutrientes e água) são facilmente deteoráveis e podem estar associados a doenças (difilobotríase), especialmente quando consumidos crus ou pouco cozinhados. Diversas técnicas de conservação têm sido utilizadas (ex. congelamento, defumação, salga). Atualmente a procura por produtos mais frescos e aumento de produção por aquacultura requer otimização de novas tecnologias de processamento para diminuir a deterioração alimentar (ex. alterações de cor, textura, cheiro ou sabor, frequentemente causada por microrganismos), estender o prazo de validade e a segurança (ex. intoxicações causadas pelos microrganismos e seus metabolitos) e diminuir o desperdício alimentar e perdas económicas (cerca de um terço da produção alimentar mundial é perdida todos os anos). Nesta tese, focámos na otimização do Processamento por Alta pressão (HPP) para preservação de filetes de robalo de aquacultura, pois é uma técnica promissora e em expansão de processamento alimentar não térmico, que aplica pressões entre 300MPa e 1000MPa durante vários minutos à temperatura ambiente para inativar microrganismos em alimentos sólidos ou líquidos. HPP tem sido aplicada a mariscos, frutas, molhos, carnes e vegetais, preservando a qualidade e sabor dos alimentos, mas aumentando a sua segurança e tempo de vida. Os parâmetros críticos são a pressão; os tempos para alcançar a pressão, de tratamento e de descompressão; as temperaturas iniciais do produto e durante tratamento e as características iniciais do produto (pH, composição nutricional e microbiológica, humidade) e o embalamento, pelo que a aplicação a novos produtos requer cuidada otimização para ser mais efetiva e ter menor custos de operação. Esta tese vem na continuação de trabalhos anteriores em que HPP melhorou a qualidade dos filetes de robalo, aumentou a sua vida útil e reduziu a carga microbiológica e proporção de géneros bacterianos de deterioração alimentar. No estudo atual, a metagenómica foi usada para estudar o microbioma presente nos filetes de robalo depois de aplicados diferentes tratamentos com o HPP (pressões de 300-600 MPa e tempos de 2-5 minutos) e tempos de armazenamento refrigerado (1-11 dias a 2ºC), para caracterizar globalmente os microrganismos nas amostras e o efeito de HPP e contribuir para a sua otimização. Os filetes sujeitos a estas condições experimentais foram fornecido por colaboradores na Grécia e no CCMAR procedeu-se à otimização e extração de DNA de amostras da sua superfície; controlo de qualidade por quantificação em espectrofotómetro Nanodrop e géis de eletroforese; seleção de amostras representativas (triplicados para 14 grupos experimentais) e envio para empresa de sequenciação (Laragen, USA) para produção de bibliotecas de microbioma, em que se usou o sequenciamento direcionado por PCR com o gene 16S rRNA como alvo. Este é o marcador taxonómico mais usado para bactérias, com zonas variáveis alternadas com conservadas, cobrindo a maioria das bactérias e boa disponibilidade em bases de dados. As bibliotecas foram analisadas usando o Qiime (com a base de dados SILVA e normalmente usado em metagenómica), em colaboração com parceiros no CCMAR. Às OTU (unidades taxonómicas operacionais, grupos de sequências identificados a um dado nível taxonómico) obtidas a partir da análise com conjunto de aplicações Qiime, foram retiradas as sequências identificadas como cloroplastos, sequencias não identificadas, singletons e doubletons (que apareceram menos de 3 vezes nas amostras) e os dados foram rarefeitos para o número mínimo de sequências obtidas nas bibliotecas. Produziram-se tabelas dos diferentes níveis taxonómicos e os cálculos da alfa diversidade (como Shannon Index e número de espécies identificadas). Identificaram-se assim os microrganismos mais abundantes ao nível do género e que poderão ser usados como potenciais marcadores para tratamentos específicos: Massilia, Carnobacterium, Shewanella e Janthinobacterium. O desenho de primers e testes para estes microrganismos mais abundantes estão a ser ainda desenvolvidos pelo que não serão inseridos nesta tese. Os resultados de culturas microbiológicas das amostras e testes sensoriais feitos pelos nossos colaboradores na Grécia (não incluídos nesta tese) apontam para uma diminuição da carga bacteriana das amostras sujeitas a pressões altas, mas pouca perda de qualidade, valores que no geral confirmam os obtidos no projeto piloto anterior (Tsironi et al. 2019). A aplicação de diferentes pressões levou a resultados muito semelhantes entre os diferentes grupos, com maior divergência no grupo 300MPa 11 dias que teve microbioma bastante diferente dos restantes a 11 dias (com o grande aumento de Carnobacterium). Nos outros grupos 450/600Mpa 11 dias houve uma diminuição de Massilia e um aumento de Shewanella, como no controlo, mas o microbioma a estas altas pressões foi mais semelhante ao do grupo controlo inicial. Resultados da diversidade com os valores de Shannon, observed_species e pelas curvas de rarefação (obtidas usando os ficheiros do Qiime com as OTUs após limpeza de dados e rarefação) confirmaram a diversidade dentro das amostras, que no global aumentou entre os 1 e 11 dias de armazenamento. O qPCR do 16S feito a maior número de amostras (n=5-7 por grupo) do que usado na sequenciação, pode confirmar que o controlo a 11 dias continha muita carga bacteriana, enquanto os tratamentos com 450MPa e 600MPa foram eficazes na redução do número de bactérias, contendo valores muito perto daqueles obtidos nas amostras com armazenamento de apenas 1 dia, e a pressão 300 MPa revelou valores intermédios. Os tratamentos com HPP com pressões de 450/600 MPa tanto em 2 mins como em 5 mins poderão ser eficazes para tratar este tipo de amostras, obtendo cargas e composições bacterianas aos 11 dias perto das do armazenamento inicial, e poderão contribuir para aumentar o seu tempo de vida útil. A pressão a 450 MPa poderá ser a melhor neste tipo de processamento de filetes por ser provável que cause menos danos físicos e sensoriais ao produto (ainda em estudo), tendo uma eficácia muito semelhante ao tratamento com 600Mpa, com menores gastos de energia.This work was carried out at the CEIB group of CCMAR and received funds and samples derived from projects “SUSHIFISH” (ended in December 2019) under grant agreement no. 321553 co-funded by EU COFASP ERANET partners including the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) through project COFASP/0002/2015; project “ICHTHYS”, funded by EU H2020-MSCA-RISE grant agreement 872217; project “SEAFOODQual” (MAR-01.03.01-FEAMP-0050) PO MAR2020, Portugal2020, funded by EU through the “Fundo Europeu dos Assuntos Marítimos e das Pescas (FEAMP)” and FCT institutional projects UID/Multi/04326/2019 and UIDB/04326/2020 to CCMAR. The supervisor Patricia Pinto is in receipt of a researcher contract with the University of Algarve funded by FCT under “Norma Transitória” with reference DL57/2016/CP1361/CT0015. As detailed in section 2. Methodological Approach, the samples here analysed were produced in an experiment carried out at the National Technical University of Athens (NTUA) and then shipped to the CCMAR for this metagenomics analysis, under the frame of these projects

First record of the starfish Goniaster tesselatus at Madeira Island

Numerous new records of marine species have been made at Madeira Island in recent years (e. g. Ramalhosa et al. 2014, 2017, Wirtz 2020 a, Wirtz & Araujo 2021). Some of these species appear to have extended their range northwards (e. g. Wirtz & Berenger 2017, Schäfer et al. 2019, Wirtz 2021), possibly due to global warming (Siemer et al. 2021). Eleven shallow-water starfish species are known from Madeira Island (Wirtz 2020 b). We report here on one more species previous, unrecorded for Madeiran waters.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Simulations of an innovative time-of-flight detector for high-energy neutrons

Tese de mestrado em Engenharia Física, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2011O laboratório FAIR (Facility for Antiprotons and Ions Research), uma atualização dos actuais aceleradores do GSI Helmholtz Centre for Heavy Ion Researchem Darmstadt, Alemanha, vai-se tornar o maior acelerador para a física nuclear na Europa e um dos maiores do mundo. Entre as experiências planeadas para o FAIR, a colaboração R3B (Reactions with Relativistic Radioactive Beams) procura explicar as propriedades nucleares dos núcleos instáveis localizados dentro dos limites da matéria nuclear, as chamadas "drip-lines". A partir da consideração da física a ser estudada na experiência R3B, a detecção de neutrões de alta energia é essencial para a medição das muitas recções que deverão ser observadas. É portanto necessário um espectrómetro ToF de alta resolução para determinar o momento dos neutrões de alta energia resultantes da decomposição do projétil com energias num intervalo de 200 MeV a 1000 MeV. Um dos conceitos para o detector de neutrões NeuLAND é baseado em RPCs (Resistive Plate Chambers). O princípio de detecção do detector usando RPCs baseia-se na detecção de partículas carregadas criadas por chuveiros hadrónicos induzidos por neutrões em materiais. Para a otimização de um possível detector de grande área de 2 x 2 m2 construído com RPCs, várias simulações foram realizadas utilizando o Virtual Monte Carlo framework FAIRROOT. O detector foi desenhado como uma estrutura de módulos de RPCs únicos com 5 gaps de gás agrupados um após o outro num total de módulos suficientes para alcançar uma eficiência de detecção de um neutrão superior a 90%. Foram estudados diferentes materiais como conversores assim como diferentes espessuras das placas de vidro com diferentes configurações geométricas. Aqui serão apresentados os resultados das simulações realizadas assim como a avaliação do desempenho do detector completo e o desempenho de um protótipo que será testado no GSI, na primavera de 2012.The FAIR (Facility for Antiprotons and Ions Research), a greater improvement compared to current accelerators of the GSI Helmholtz Centre for Heavy Ion Research in Darmstadt, Germany, will become the largest accelerator for nuclear physics in Europe and one of the largest in the world. Among the experiments planned for FAIR, the R3B (Reactions with Relativistic Radioactive Beams) collaboration seeks to explain the nuclear properties of unstable nuclei located within the limits of nuclear matter, the socalled \drip-lines". From the consideration of the physics cases to be studied at R3B, the detection of high energy neutrons is essential for the measurement of the many reactions to be observed. A high-resolution neutron ToF spectrometer is required to determine the momentum of high-energy neutrons resulting from the decay of the projectile with energies in the range of 200 MeV to 1000 MeV. One of the concepts for the neutron detector NeuLAND was based on Resistive Plate Chambers (RPCs). The detection principle of the detector using RPCs relies on the detection of the charged particles created by hadronic showers induced by neutrons on materials. For the optimization of a possible large area detector of 2_2 m2 made with RPCs several simulations were performed using the Virtual Monte Carlo framework FAIRROOT. The detector was design as a structure of single RPCs modules with 5 gas gaps grouped one after another into a total of modules enough to reach an efficiency of one neutron detection higher than 90%. Different materials were studied as converters as well different thickness of glass plates with different geometrical configurations. The results of the performed simulations, the evaluation of the full detector performance, and the expected performance of a prototype to be tested at GSI in the spring of 2012 are presented

A novel synchronizer for a 17.9ps Nutt Time-to-Digital Converter implemented on FPGA

The evolution of Field-Programmable Gate Array (FPGA) technology triggered the appearance of FPGAs with higher operating frequencies and large number of resources. Simultaneously, the evolution of the FPGAs design tools has simplified the development process, reducing the time to market. These factors made FPGA platforms attractive for several applications, including time-of-flight applications that require the implementation of Time-to-Digital Converters (TDC). This work presents a Nutt TDC, based on a coarse counter and a Tapped Delay Line, with 17.9 picoseconds resolution and 5.4 LSB differential nonlinearity (DNL), implemented in a Xilinx Zynq-7000 FPGA, to be used on LiDAR applications and pull-in time measuring in MEMS accelerometers systems.This work was supported by a Portuguese Scholarship from FCT - Fundação para a Ciência e Tecnologia and Bosch Car Multimedia, under the Advanced Engineering Systems for Industry (AESI) doctoral program. (Scholarship ID: PDE/BDE/114562/2016) and COMPETE and FCT: POCI- 01-0145-FEDER-007043 within the Project Scope: UID/CEC/00319/201