In silico analysis of alternative splicing events implicated in intracellular trafficking during B-lymphocyte differentiation

There are multiple regulatory layers that control intracellular trafficking and protein secretion, ranging from transcriptional to posttranslational mechanisms. Finely regulated trafficking and secretion is especially important for lymphocytes during activation and differentiation, as the quantity of secretory cargo increases once the activated cells start to produce and secrete large amounts of cytokines, cytotoxins, or antibodies. However, how the secretory machinery dynamically adapts its efficiency and specificity in general and specifically in lymphocytes remains incompletely understood. Here we present a systematic bioinformatics analysis to address RNA-based mechanisms that control intracellular trafficking and protein secretion during B-lymphocyte activation, and differentiation, with a focus on alternative splicing. Our in silico analyses suggest that alternative splicing has a substantial impact on the dynamic adaptation of intracellular traffic and protein secretion in different B cell subtypes, pointing to another regulatory layer to the control of lymphocyte function during activation and differentiation. Furthermore, we suggest that NERF/ELF2 controls the expression of some COPII-related genes in a cell type-specific manner. In addition, T cells and B cells appear to use different adaptive strategies to adjust their secretory machineries during the generation of effector and memory cells, with antibody secreting B cell specifically increasing the expression of components of the early secretory pathway. Together, our data provide hypotheses how cell type-specific regulation of the trafficking machinery during immune cell activation and differentiation is controlled that can now be tested in wet lab experiments

Movimentações dinâmico-complexas no espaço vocálico bilíngue (L1: português/L2: espanhol) : implicações atencionais e efeitos de tipo de tarefa de produção oral em atrito de L1

Através da presente pesquisa, discutimos o impacto da atenção (mais especificamente, atenção seletiva) e das demandas linguísticas e cognitivas de diferentes tipos de tarefas de produção oral, em relação aos padrões acústicos de altura/F1, anterioridade/posterioridade/F2 e duração (relativa) na produção vocálica tônica de aprendizes brasileiros de Espanhol (L2) residentes do sul do Rio Grande do Sul/Brasil, considerando o processo de atrito linguístico em L1. O estudo inicia, portanto, uma discussão sobre como os dados fonético-fonológicos refletem processos atencionais. Neste estudo, aplicamos uma metodologia conjugada entre análise de produto e análise de processo (LOWIE; VERSPOOR, 2019; YU; LOWIE, 2019), dada a complementariedade entre as mencionadas análises na exploração do desenvolvimento fonético-fonológico bilíngue. A pesquisa transversal (análise de produto) deste estudo foi realizada com 12 aprendizes adultas de Espanhol como L2 (Grupo Experimental) e 12 falantes monolíngues de PB (Grupo Controle). Em relação às tarefas, foi proposto que as participantes realizassem um teste atencional (d2 Test of Attention) e três tarefas linguísticas (com gravação de áudio), sendo elas: (i) Tarefa 'Nuvem de Palavras': Nesta tarefa, a partir da visualização de um filme silencioso curto, as participantes fizeram uma descrição oral sobre o vídeo assistido, utilizando 10-14 palavras listadas na tarefa; (ii) Tarefa de Leitura de Texto: Nesta tarefa linguística, as participantes leram um texto em voz alta de forma natural; e (iii) Tarefa de Leitura de Frase-Veículo: Esta tarefa correspondeu a uma atividade de leitura de enunciados. Por sua vez, na pesquisa longitudinal (análise de processo), acompanhamos uma aprendiz adulta de Espanhol como L2. O estudo longitudinal visou, portanto, à observação do desenvolvimento bilíngue, a partir da análise da variabilidade dos dados e de picos significativos que indicam mudança de estado/aprendizagem (VERSPOOR; DE BOT; LOWIE, 2011). A informante da etapa longitudinal participou de 16 sessões de coleta de dados em L1 e em L2, sendo uma coleta por semana, ao longo de um intervalo de quatro meses. Com base na literatura, assumimos tanto para as análises de produto como para as de processo que: (i) as bilíngues apresentariam produções vocálicas distintas entre L1 e L2, bem como produções de PB diferenciadas do grupo de monolíngues dessa língua (evidenciando-se, assim, atrito linguístico de L1); (ii) as tarefas de produção menos controladas poderiam demonstrar dados mais naturais nas produções bilíngues; (iii) no que diz respeito à capacidade atencional, bilíngues com altos índices de atenção mostrariam uma produção vocálica mais aproximada aos padrões nativos de cada um dos dois sistemas, mesmo em tarefas de produção mais livres. Dessa forma, altos índices atencionais levariam a uma maior "resistência" ao atrito linguístico. Com relação aos resultados, a partir dos dados do estudo transversal, observamos a ocorrência de um processo dinâmico de atrito de L1, principalmente, na vogal média baixa /ɛ/ e nas durações relativas de /e, i, u/. Além disso, os resultados apontam que há maior incidência de atrito de L1 nas tarefas de contexto linguístico menos controlado (Tarefa 'Leitura de Texto' e Tarefa 'Nuvem de Palavras'). No que diz respeito à capacidade atencional, prevíamos que altos índices atencionais levariam a uma maior "resistência" ao atrito linguístico. No entanto, o que observamos foi o oposto, pois quanto mais alto o índice atencional, mais diferenciada era a produção bilíngue em L1 das produções do Grupo Controle (monolíngues de PB). Essa diferença se deve a uma hiperarticulação das produções bilíngues em L1. Portanto, ao passo que a atenção ajudou a preservar as categorias de L1 frente à possibilidade de assimilação aos padrões de L2, essa preservação se deu através de um processo de atrito, não em direção ao padrão de L2, mas de uma dissimilação, ou hiperarticulação, dos padrões de L1. De forma semelhante, nos resultados do estudo longitudinal, também observamos um processo de dissimilação vocálica em L1 (em duração relativa nas vogais /a/ e /ɛ/; em anterioridade/posterioridade na vogal /e/; em altura na vogal /o/), influenciado, principalmente, pelo contato mais frequente com a L2. Consequentemente, esse processo impulsionou a manifestação de atrito de L1, pois ao mesmo tempo em que a L2 foi refinada, o subsistema de L1 também passou por um processo de auto organização. Sendo assim, o estudo longitudinal permitiu observar como ocorre, ao longo do tempo, o processo de atrito de L1 a partir de uma dissimilação vocálica. Com base nesses resultados, esperamos que o presente trabalho tenha prestado sua contribuição, especificamente à Psicolinguística e aos trabalhos em Desenvolvimento Fonético-Fonológico de L2, ao ressaltar a importância da construção de uma ponte entre os achados de atrito linguístico de L1 e construtos cognitivos, tal como 'atenção', no desenvolvimento fonético-fonológico bilíngue.In this study, we discuss the impact of attention (more specifically, selective attention) and the linguistic and cognitive demands of different types of oral production tasks, in relation to the acoustic patterns of vowel height/F1, frontness/backness/F2 and (relative) duration. We investigate the production of stressed vowels by Brazilian learners of Spanish (L2) living in the south of Rio Grande do Sul/Brazil, considering the process of L1 attrition. Therefore, the study initiates a discussion on how phonetic-phonological data reflect attentional processes. In this study, we apply a combined methodology between 'product' and 'process' analyses (LOWIE; VERSPOOR, 2019; YU; LOWIE, 2019), given the complementarity between the aforementioned approaches in exploring bilingual phonetic-phonological development. The cross-sectional component (product analysis) of this study was carried out with 12 adult learners of Spanish as L2 (Experimental Group) and 12 monolingual speakers of BP (Control Group). Regarding the tasks, the participants were askd to take an attention test (d2 Test of Attention) and three language tasks (audio recordings), namely: (i) 'Word Cloud' task: In this task, after watching a short silent film, participants made an oral description of the video, using 10-14 words listed in the task; (ii) Text Reading Task: In this language task, participants read a text aloud in a natural way; and (iii) Carrier Sentence Reading Task: This task consisted of a sentence reading activity. In turn, in the longitudinal study (process analysis), we investigated the language development process by an adult learner of L2 Spanish. The longitudinal study, therefore, aimed to map bilingual development based on the analysis of data variability and significant peaks, which indicate phase changes (VERSPOOR; DE BOT; LOWIE, 2011). The student in the longitudinal study took part in 16 data collection sessions in both languages, with one collection per week, over a period of four months. Based on the literature, for both product and process analyses, we assumed that: (i) bilinguals would present distinct vowel productions in each one of their languages, as well as different BP productions when compared to the monolingual group (which characterizes L1 attrition); (ii) less controlled production tasks should elicit more natural data in the bilingual productions; (iii) with regard to their attentional capacity, bilinguals exhibiting high levels of attention would show acoustic patterns that should more closely resemble the native standards of each of the two systems, even in less-controlled production tasks. Thus, high attentional rates would lead to a greater "resistance" to language attrition. With regard to the results, the cross-sectional study data showed the occurrence of a dynamic process of L1 attrition, mainly in the mid-low vowel /ɛ/ and in the relative durations of /e, i, u/. In addition, the results indicate that there was a higher rate of L1 attrition in less controlled tasks ('Text Reading' and 'Word Cloud' Tasks).With regard to the role played by attentional capacity, we had predicted that high attentional rates would lead to greater "resistance" to language attrition. However, we observed the opposite pattern, because the higher the attentional rates, the more different the bilinguals’ L1 productions were when compared to the Control Group data. This difference may be due to a hyperarticulation pattern found in the L1 produced by the bilingual participants. In other words, although attention helped to preserve L1 categories against L2 assimilation, this preservation took place through a process of attrition, manifested as a dissimilatory or hyperarticulated L1 pattern. With regard to the data obtained in the longitudinal study, we also observed a process of vowel dissimilation in the participant's L1 (relative duration in /a/ and /ɛ/; frontness/backness in /e/; height in /o/), mainly influenced by a more frequent contact with the L2. Consequently, this process boosted the manifestation of L1 attrition. Therefore, the longitudinal study also allowed us to observe how the L1 attrition process occurs through a process of vowel dissimilation. Based on these results, we assume that the present work has paved new research avenues to the fields of Psycholinguistics and L2 Phonetic-Phonological Development, by bridging the gap between L1 attrition data and cognitive constructs, such as 'attention', in bilingual phonetic-phonological development

Explorando a possibilidade de atrito linguístico : uma análise acústica da produção da vogal átona final /e/ na variedade porto-alegrense do português brasileiro

Neste artigo, com o propósito de investigar efeitos de atrito linguístico, entre porto-alegrenses aprendizes de Espanhol como Segunda Língua (L2), analisamos a produção da vogal átona final /e/ em ambas as línguas desses aprendizes, verificando, mais especificamente, seus padrões acústicos (que dizem respeito à altura e anterioridade da língua, bem como os valores de duração absoluta e relativa) em comparação à produção de monolíngues de Espanhol (variedade de Montevidéu/Uruguai) e de Português (variedade de Porto Alegre/Brasil). Em nossas hipóteses prevíamos: (i) diferenças significativas nos valores das frequências formânticas (F1 e F2) e no padrão duracional das produções da vogal átona final /e/ entre as línguas dos bilíngues (Português/L1 e Espanhol/ L2); (ii) diferenças não significativas entre a vogal átona final /e/ do Espanhol produzida pelos bilíngues e a produzida pelos monolíngues de Espanhol; e (iii) diferenças significativas nas frequências formânticas (F1 e F2) e no padrão duracional entre a vogal átona final /e/ do PB produzida pelos bilíngues e a sua contraparte produzida pelos monolíngues de PB. Os dados de fala foram obtidos através de Tarefas de Leitura (leitura de frasesveículo). Os resultados indicaram que os bilíngues distinguem, em suas produções, a vogal átona final /e/ entre a L1 (Português) e a L2 (Espanhol), embora não tenham desenvolvido o padrão nativo de altura e anterioridade/posterioridade na L2. Em relação à L1, as produções vocálicas dos bilíngues não se diferenciam significativamente das dos monolíngues de PB. Entretanto, individualmente, alguns bilíngues apontam para sinais de atrito linguístico em altura e anterioridade/posterioridade vocálica.In this article, aiming to investigate the effects of language attrition among Brazilian learners (from the city of Porto Alegre) of Spanish (L2), we analyze the production of the word-final unstressed vowel /e/ in both their L1 and L2 systems. We verify their acoustic patterns (F1 and F2, as well as absolute and relative durations) in comparison to the vowels produced by Brazilian Portuguese monolinguals (from the city of Porto Alegre - Brazil) and Spanish monolinguals (from the city of Montevideo – Uruguay). We hypothesized (i) significant differences in F1, F2 and (absolute and relative) durational values between the two languages of the bilingual participants (L1: Portuguese, L2: Spanish); (ii) no significant differences in the productions of Spanish word-final unstressed /e/ by the L2 learners and the native speakers; (iii) significant differences, in terms of formant frequencies (F1 and F2 values) and duration (absolute and relative values), in the productions in Brazilian Portuguese by monolinguals and L2 leaners of Spanish. The data were collected in a sentence reading task. Our results show that the L2 leaners are able to produce a difference between Brazilian Portuguese (L1) /e/ and Spanish (L2) /e/, even though the target L2 pattern has not been fully developed. As for the L1 productions, significant differences between monolinguals and bilinguals have not been found. However, when analyzed individually, some learners show some signs of language attrition in their F1 and F2 values

Desenvolvimento fonético-fonológico bi/multilíngue e atenção – Questões teóricas abordadas no Speech Learning Model (SLM/SLM-r) e desafios futuros para a pesquisa em segunda língua (L2)

Neste artigo, propomos uma discussão teórica sobre as possíveis implicações atencionais no desenvolvimento fonético-fonológico bi/multilíngue. Para isso, partimos dos apontamentos feitos no Speech Learning Model, ao longo dos anos (FLEGE, 1995, 2003; FLEGE; BOHN, 2021), em relação ao componente cognitivo atencional. Discutiremos as seguintes questões latentes sobre atenção, não aprofundadas no SLM/SLM-r: (i) a possível relação direta entre proficiência e refinamento de categorias fonético-fonológicas; (ii) a conjugação entre percepção-produção, a qual perpassa, inevitavelmente, um contínuo de processamento entre armazenamento e recuperação de informações psico-acústicas; e (iii) o impacto metodológico de se considerar o construto ‘atenção’, associado ao SLM/SLM-r, nas coletas de dados de produção bilíngue. Tais lacunas psico-cognitivas dentro do modelo e, de forma geral, dentro da área de pesquisa, constituem desafios teóricos e metodológicos nos estudos de desenvolvimento bi/multilíngue, ainda mais numa perspectiva psicolinguística. Dessa forma, abrir o perímetro investigativo para questões mais amplas que envolvem a cognição bi/multilíngue pode contribuir, teórica e metodologicamente, para um maior entendimento do complexo processo de ensino-aprendizagem do componente fonético-fonológico de L2

Bi/multilingual phonetic-phonological development and attention : theorical issues addressed in the Speech Learning Model (SLM/SLM-r) and future challengues for second language (L2) research

Neste artigo, propomos uma discussão teórica sobre as possíveis implicações atencionais no desenvolvimento fonético-fo-nológico bi/multilíngue. Para isso, partimos dos apontamentos feitos no Speech Learning Model, ao longo dos anos (FLEGE, 1995, 2003; FLEGE; BOHN, 2021), em relação ao componente cognitivo aten-cional. Discutiremos as seguintes questões latentes sobre atenção, não aprofundadas no SLM/SLM-r: (i) a possível relação direta entre pro-ficiência e refinamento de categorias fonético-fonológicas; (ii) a con-jugação entre percepção-produção, a qual perpassa, inevitavelmente, um contínuo de processamento entre armazenamento e recuperação de informações psico-acústicas; e (iii) o impacto metodológico de se considerar o construto ‘atenção’, associado ao SLM/SLM-r, nas cole-tas de dados de produção bi/multilíngue. Tais lacunas psico-cognitivas dentro do modelo e, de forma geral, dentro da área de pesquisa, cons-tituem desafios teóricos e metodológicos nos estudos de desenvolvi-mento bi/multilíngue, ainda mais numa perspectiva psicolinguística. Dessa forma, abrir o perímetro investigativo para questões mais amplas que envolvem a cognição bi/multilíngue pode contribuir, teórica e metodologicamente, para um maior entendimento do complexo processo de ensino-aprendizagem do componente fonético-fonológico de L2.In this article, we propose a theoretical discussion on the possible attentional implications in bi/multilingual phonetic-phonological development. For this, we start from the comments on the attentional cognitive component which were made in the Speech Learning Model over the years (FLEGE, 1995, 2003; FLEGE; BOHN, 2021). We will discuss the following latent issues about attention, which have not been fully addressed in the SLM/SLM-r: (i) the possible direct relationship between proficiency and the refinement of phonetic-phonological categories; (ii) the perception-production link, which inevitably permeates a continuum of processing between storage and retrieval of psycho-acoustic information; and (iii) the methodological impact of considering the attentional construct associated with the SLM/SLM-r in bilingual speech production. Such psycho-cognitive gaps within the model and, in general, within the research area, constitute theoretical and methodological challenges in bi/multilingual development studies, even more so from a psycholinguistic perspective. Thus, opening discussions aiming to broader issues involving bi/multilingual cognition can theoretically and methodologically contribute to a greater understanding of the complex L2 speech teaching-learning process

A formação em pronúncia de professores de Espanhol como Língua Adicional: Uma proposta didática

A partir de uma noção de língua como Sistema Dinâmico Complexo (BECKNER et al., 2009; DE BOT, 2017; LOWIE, 2017; VERSPOOR; VAN DIJK, 2015), consideramos a variabilidade no desenvolvimento bilíngue, bem como a integração dos vários componentes da gramática, como aspectos caracterizadores do desenvolvimento linguístico. Dessa forma, vemos a necessidade de que os professores de pronúncia em línguas adicionais saibam integrar o componente fonético-fonológico aos outros componentes da língua, garantindo que o processo de ensino-aprendizagem seja significativo e eficaz, além de contextualizado. Neste trabalho, como exemplos de atividades voltadas a um ensino comunicativo de pronúncia, apresentamos uma proposta didática referente a quatro aulas de pronúncia em Espanhol para bilíngues Português/Espanhol de nível intermediário-avançado. Na construção das aulas de pronúncia, foram consideradas as bases de um ensino comunicativo do componente fonético-fonológico (ALVES, 2015; KUPSKE, ALVES, 2017; LIMA JR., ALVES, 2019), amparado pela noção de complexidade linguística. Portanto, as etapas pedagógicas representam uma adaptação da proposta de cinco etapas de ensino comunicativo da pronúncia na Segunda Língua, defendida por Celce-Murcia et al. (2010), a qual foi redefinida à luz dos princípios da complexidade. Por fim, propomos uma discussão sobre a formação de professores de Espanhol como língua adicional, considerando o componente fonético-fonológico integrado à função comunicativa da língua.

La formación en pronunciación de profesores de español como lengua adicional : una propuesta didáctica

A partir de uma noção de língua como Sistema Dinâmico Complexo (BECKNER et al., 2009; DE BOT, 2017; LOWIE, 2017; VERSPOOR; VAN DIJK, 2015), consideramos a variabilidade no de-senvolvimento bilíngue, bem como a integração dos vários componen-tes da gramática, como aspectos caracterizadores do desenvolvimento linguístico. Dessa forma, vemos a necessidade de que os professores de pronúncia em línguas adicionais saibam integrar o componente fo-nético-fonológico aos outros componentes da língua, garantindo que o processo de ensino-aprendizagem seja significativo e eficaz, além de contextualizado. Neste trabalho, como exemplos de atividades volta-das a um ensino comunicativo de pronúncia, apresentamos uma pro-posta didática referente a quatro aulas de pronúncia em Espanhol para bilíngues Português/Espanhol de nível intermediário-avançado. Na construção das aulas de pronúncia, foram consideradas as bases de um ensino comunicativo do componente fonético-fonológico (ALVES, 2015; KUPSKE, ALVES, 2017; LIMA JR., ALVES, 2019), amparado pela noção de complexidade linguística. Portanto, as etapas pedagógi-cas representam uma adaptação da proposta de cinco etapas de ensino comunicativo da pronúncia na Segunda Língua, defendida por Cel-ce-Murcia et al. (2010), a qual foi redefinida à luz dos princípios da complexidade. Por fim, propomos uma discussão sobre a formação de professores de Espanhol como língua adicional, considerando o componente fonético-fonológico integrado à função comunicativa da língua.Desde una noción de lengua como Sistema Dinámico Complejo (BECKNER et al., 2009; DE BOT, 2017; LOWIE, 2017; VERSPOOR; VAN DIJK, 2015), consideramos la variabilidad en el desarrollo bilingüe, así como la integración de los diversos componen-tes de la gramática, como aspectos característicos del desarrollo lin-güístico. En función de ello, vemos la necesidad de que los profesores de pronunciación en idiomas adicionales sepan integrar el componente fonético-fonológico a los demás componentes de la lengua, aseguran-do que el proceso de enseñanza-aprendizaje sea significativo y efec-tivo, además de contextualizado. En este trabajo, como ejemplos de actividades dirigidas a una enseñanza comunicativa de pronunciaci-ón, presentamos una propuesta didáctica referente a cuatro clases de pronunciación en Español. En la construcción de las clases de pronun-ciación se consideraron las bases de una enseñanza comunicativa del componente fonético-fonológico (ALVES, 2015; KUPSKE, ALVES, 2017; LIMA JR., ALVES, 2019) amparada en la noción de complejidad lingüística. Por lo tanto, las etapas pedagógicas representan una adap-tación de la propuesta de cinco etapas de enseñanza comunicativa de la pronunciación en la Segunda Lengua, defendida por Celce-Murcia et al. (2010), la cual fue redefinida a la luz de los principios de la comple-jidad. Por fin, proponemos una discusión sobre la formación del profe-sorado en Español como lengua adicional, considerando el componente fonético-fonológico integrado a la función comunicativa de la lengua

Osteosynthesis-associated infection of the lower limbs by multidrug-resistant and extensively drug-resistant Gram-negative bacteria: a multicentre cohort study

Purpose: The purpose of this study was the clinical and therapeutic assessment of lower-limb osteosynthesis-associated infection (OAI) by multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant (XDR) Gram-negative bacteria (GNB), which have been poorly studied to date. Methods: A prospective multicentre observational study was conducted on behalf of ESGIAI (the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) Study Group on Implant-Associated Infections). Factors associated with remission of the infection were evaluated by multivariate and Cox regression analysis for a 24-month follow-up period. Results: Patients (n=57) had a history of trauma (87.7 %), tumour resection (7 %) and other bone lesions (5.3 %). Pathogens included Escherichia coli (n=16), Pseudomonas aeruginosa (n=14; XDR 50 %), Klebsiella spp. (n=7), Enterobacter spp. (n=9), Acinetobacter spp. (n=5), Proteus mirabilis (n=3), Serratia marcescens (n=2) and Stenotrophomonas maltophilia (n=1). The prevalence of ESBL (extended-spectrum β-lactamase), fluoroquinolone and carbapenem resistance were 71.9 %, 59.6 % and 17.5 % respectively. Most patients (n=37; 64.9 %) were treated with a combination including carbapenems (n=32) and colistin (n=11) for a mean of 63.3 d. Implant retention with debridement occurred in early OAI (66.7 %), whereas the infected device was removed in late OAI (70.4 %) (p=0.008). OAI remission was achieved in 29 cases (50.9 %). The type of surgery, antimicrobial resistance and duration of treatment did not significantly influence the outcome. Independent predictors of the failure to eradicate OAI were age &gt;60 years (hazard ratio, HR, of 3.875; 95 % confidence interval, CI95 %, of 1.540–9.752; p=0.004) and multiple surgeries for OAI (HR of 2.822; CI95 % of 1.144–6.963; p=0.024). Conclusions: Only half of the MDR/XDR GNB OAI cases treated by antimicrobials and surgery had a successful outcome. Advanced age and multiple surgeries hampered the eradication of OAI. Optimal therapeutic options remain a challenge.</p