FEELnc : a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome

Whole transcriptome sequencing (RNA-seq) has become a standard for cataloguing and monitoring RNA populations. One of the main bottlenecks, however, is to correctly identify the different classes of RNAs among the plethora of reconstructed transcripts, particularly those that will be translated (mRNAs) from the class of long non-coding RNAs (lncRNAs). Here, we present FEELnc (FlExible Extraction of LncRNAs), an alignment-free program that accurately annotates lncRNAs based on a Random Forest model trained with general features such as multi k-mer frequencies and relaxed open reading frames. Benchmarking versus five state-of-the-art tools shows that FEELnc achieves similar or better classification performance on GENCODE and NONCODE data sets. The program also provides specific modules that enable the user to fine-tune classification accuracy, to formalize the annotation of lncRNA classes and to identify lncRNAs even in the absence of a training set of non-coding RNAs. We used FEELnc on a real data set comprising 20 canine RNA-seq samples produced by the European LUPA consortium to substantially expand the canine genome annotation to include 10 374 novel lncRNAs and 58 640 mRNA transcripts. FEELnc moves beyond conventional coding potential classifiers by providing a standardized and complete solution for annotating lncRNAs and is freely available at https://github.com/tderrien/FEELnc.Peer reviewe

A first assessment of the genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis complex in Cambodia

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Cambodia is among the 22 high-burden TB countries, and has one of the highest rates of TB in South-East Asia. This study aimed to describe the genetic diversity among clinical <it>Mycobacterium tuberculosis </it>complex (MTC) isolates collected in Cambodia and to relate these findings to genetic diversity data from neighboring countries.</p> <p>Methods</p> <p>We characterized by 24 VNTR loci genotyping and spoligotyping 105 <it>Mycobacterium tuberculosis </it>clinical isolates collected between 2007 and 2008 in the region of Phnom-Penh, Cambodia, enriched in multidrug-resistant (MDR) isolates (n = 33).</p> <p>Results</p> <p>Classical spoligotyping confirmed that the East-African Indian (EAI) lineage is highly prevalent in this area (60%-68% respectively in whole sample and among non-MDR isolates). Beijing lineage is also largely represented (30% in whole sample, 21% among non-MDR isolates, OR = 4.51, CI_95%[1.77, 11.51]) whereas CAS lineage was absent. The 24 loci MIRU-VNTR typing scheme distinguished 90 patterns with only 13 multi-isolates clusters covering 28 isolates. The clustering of EAI strains could be achieved with only 8 VNTR combined with spoligotyping, which could serve as a performing, easy and cheap genotyping standard for this family. Extended spoligotyping suggested relatedness of some unclassified "T1 ancestors" or "Manu" isolates with modern strains and provided finer resolution.</p> <p>Conclusions</p> <p>The genetic diversity of MTC in Cambodia is driven by the EAI and the Beijing families. We validate the usefulness of the extended spoligotyping format in combination with 8 VNTR for EAI isolates in this region.</p

Investigation on Mycobacterium tuberculosis Diversity in China and the Origin of the Beijing Clade

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Les élites économiques et la naissance des formations politiques organisées l'exemple des républicains modérés (1888-1903)

A partir du tournant du siècle, le secteur d'opinion correspondant à ce qu'on appelle communément les « républicains modérés » est encadré par deux grandes formations politiques : l'« Alliance » (Alliance Républicaine Démocratique, fondée en 1901) et la « Fédération » (Fédération Républicaine, apparue en 1903). La tradition historiographique a insisté, à juste titre, sur la place éminente occupée par les représentants du monde des affaires au sein des états-majors de ces partis et dans les gr..

Temps des crises, temps des organisations, temps des remises en question

Le Beguec Gilles. Temps des crises, temps des organisations, temps des remises en question. In: Matériaux pour l'histoire de notre temps, n°74, 2004. Jeunesses et engagements : d'un mai à l'autre (France : 1936-1968) pp. 3-6

La professionnalisation parlementaire

La question de la professionnalisation parlementaire a été au centre des discussions du tournant du siècle. Érigé en figure emblématique, le «politicien de métier» a été à la fois un objet d'études - dans le cadre de genres littéraires traditionnels et dans le cadre de naissantes disciplines à prétention scientifique - et la cible de polémiques reflétant de profondes résistances à la logique de démocratisation du recrutement des assemblées. Surtout, la période a été marquée par l'accélération du processus de transformation du «mandat» en «métier». En 1906, l'affaire des 15 000 francs a été considérée comme le signal de la disparition progressive de la notion de «cursus honorum» au profit de la notion plus triviale de «carrière». Elle doit être replacée dans une évolution générale caractérisée par quatre séries de phénomènes parallèles : la généralisation de la pratique (v. au verso) du cumul des mandats, le triomphe d'une conception faisant de l'accès au Sénat le point d'aboutissement normal d'une carrière bien menée, le renforcement des circuits d'apprentissage propres au monde politique, la différenciation accrue des fonctions au sein du Parlement.Le Beguec Gilles. La professionnalisation parlementaire. In: Les familles politiques en Europe occidentale au XIXe siècle. Actes du colloque international de Rome (1er-3 décembre 1994), organisé par l'École française de Rome, le Dipartimento di politica, istituzioni, storia dell'Università degli studi di Bologna, le Centre d'histoire de l'Europe du XXe siècle (Paris) et l'Universidad Complutense (Madrìd) Rome : École Française de Rome, 1997. pp. 381-389. (Publications de l'École française de Rome, 240

Gabriel de Broglie, Histoire politique de la « Revue des Deux Mondes » de 1829 à 1979, préface de Maurice Schumann

Le Beguec Gilles. Gabriel de Broglie, Histoire politique de la « Revue des Deux Mondes » de 1829 à 1979, préface de Maurice Schumann. In: Revue d’histoire moderne et contemporaine, tome 27 N°3, Juillet-septembre 1980. pp. 520-522

La professionnalisation parlementaire

La question de la professionnalisation parlementaire a été au centre des discussions du tournant du siècle. Érigé en figure emblématique, le «politicien de métier» a été à la fois un objet d'études - dans le cadre de genres littéraires traditionnels et dans le cadre de naissantes disciplines à prétention scientifique - et la cible de polémiques reflétant de profondes résistances à la logique de démocratisation du recrutement des assemblées. Surtout, la période a été marquée par l'accélération du processus de transformation du «mandat» en «métier». En 1906, l'affaire des 15 000 francs a été considérée comme le signal de la disparition progressive de la notion de «cursus honorum» au profit de la notion plus triviale de «carrière». Elle doit être replacée dans une évolution générale caractérisée par quatre séries de phénomènes parallèles : la généralisation de la pratique (v. au verso) du cumul des mandats, le triomphe d'une conception faisant de l'accès au Sénat le point d'aboutissement normal d'une carrière bien menée, le renforcement des circuits d'apprentissage propres au monde politique, la différenciation accrue des fonctions au sein du Parlement.Le Beguec Gilles. La professionnalisation parlementaire. In: Les familles politiques en Europe occidentale au XIXe siècle. Actes du colloque international de Rome (1er-3 décembre 1994), organisé par l'École française de Rome, le Dipartimento di politica, istituzioni, storia dell'Università degli studi di Bologna, le Centre d'histoire de l'Europe du XXe siècle (Paris) et l'Universidad Complutense (Madrìd) Rome : École Française de Rome, 1997. pp. 381-389. (Publications de l'École française de Rome, 240