Control of VEGF-A transcriptional programs by pausing and genomic compartmentalization.

Vascular endothelial growth factor A (VEGF-A) is a master regulator of angiogenesis, vascular development and function. In this study we investigated the transcriptional regulation of VEGF-A-responsive genes in primary human aortic endothelial cells (HAECs) and human umbilical vein endothelial cells (HUVECs) using genome-wide global run-on sequencing (GRO-Seq). We demonstrate that half of VEGF-A-regulated gene promoters are characterized by a transcriptionally competent paused RNA polymerase II (Pol II). We show that transition into productive elongation is a major mechanism of gene activation of virtually all VEGF-regulated genes, whereas only ∼40% of the genes are induced at the level of initiation. In addition, we report a comprehensive chromatin interaction map generated in HUVECs using tethered conformation capture (TCC) and characterize chromatin interactions in relation to transcriptional activity. We demonstrate that sites of active transcription are more likely to engage in chromatin looping and cell type-specific transcriptional activity reflects the boundaries of chromatin interactions. Furthermore, we identify large chromatin compartments with a tendency to be coordinately transcribed upon VEGF-A stimulation. We provide evidence that these compartments are enriched for clusters of regulatory regions such as super-enhancers and for disease-associated single nucleotide polymorphisms (SNPs). Collectively, these findings provide new insights into mechanisms behind VEGF-A-regulated transcriptional programs in endothelial cells

Enthalpies of Combustion and Formation of Severely Crowded Methyl-Substituted 1,3-dioxanes. The Magnitudes of 2,4- and 4,6-diaxial Me,Me-Interactions and the Chair-2,5-twist Energy Difference

Enthalpies of combustion of 2,2-trans-4,6- (1) and 4,4,6,6-tetramethyl- (2) and 2,4,4,6,6- (3) and 2,2,4,4,6-pentamethyl-1,3-dioxanes (4) were determined to estimate their enthalpies of formation in the gas phase. By comparing the latter with the corresponding enthalpies estimated based on the various bond–bond interactions allowed to determine the chair–2,5-twist energy difference (ΔHCT = 29.8 kJ mol–1) for 1 since C-13 shift correlations indicate that it escapes to the 2,5-twist form where the 2-methyl groups are isoclinal and 4- and 6-methyl groups pseudoequatorial to avoid syn-axial interactions. Compounds 2 and 3 in turn give the values 21.0 and 21.6 kJ mol–1 for the 4,6-diaxial Me,Me-interaction. Finally compound 4, which retains the chair conformation to avoid pseudoaxial interactions in the twist forms gives the value 19.5 kJ mol–1 for the 2,4-diaxial Me,Me-interaction indicating that its chair form appears to be somewhat deformed

Effects of pH and Oxidants on the First Steps of Polydopamine Formation: A Thermodynamic Approach

We present a general thermodynamic top-down analysis of the effects of oxidants and pH on dopamine oxidation and cyclization, supplemented with UV-vis and electrochemical studies. The model is applicable to other catecholamines and various experimental conditions. The results show that the decisive physicochemical parameters in autoxidation are the pK values of the semiquinone and the amino group in the oxidized quinone. Addition of Ce(IV) or Fe(III) enhances dopamine oxidation in acidic media in aerobic and anaerobic conditions by the direct oxidation of dopamine and, in the presence of oxygen, also by the autoxidation of the formed semiquinone. At pH 4.5, the enhancement of the one-electron oxidation of dopamine explains the overall reaction enhancement, but at a lower pH, cyclization becomes rate-determining. Oxidation by Cu(II) at reasonable rates requires the presence of oxygen or chloride ions

Kinetic and NMR spectroscopic study of the Chemical Stability and Reaction Pathways of Sugar Nucleotides

The alkaline cleavage of two types of sugar nucleotides has been studied by 1H and 31P NMR in order to obtain information on the stability and decomposition pathways in in aqueous solutions under alkaline conditions. The reaction of glucose 1-UDP is straightforward, and products are easy to identify. The results obtained with ribose 5-UDP and ribose 5-phosphate reveal, in contrast, a more complex reaction system than expected, and the identification of individual intermediate species was not possible. Even though definite proof for the mechanisms previously proposed could not be obtained, all the spectroscopic evidence is consistent with them. Results also emphasise the significant effect of conditions, pH, ionic strength and temperature, on the reactivity under chemical conditions.</p

Effect of Water on a Hydrophobic Deep Eutectic Solvent

Deep eutectic solvents (DESs) formed by hydrogen bond donors and acceptors are a promising new class of solvents. Both hydrophilic and hydrophobic binary DESs readily absorb water, making them ternary mixtures, and a small water content is always inevitable under ambient conditions. We present a thorough study of a typical hydrophobic DES formed by a 1:2 mole ratio of tetrabutyl ammonium chloride and decanoic acid, focusing on the effects of a low water content caused by absorbed water vapor, using multinuclear NMR techniques, molecular modeling, and several other physicochemical techniques. Already very low water contents cause dynamic nanoscale phase segregation, reduce solvent viscosity and fragility, increase self-diffusion coefficients and conductivity, and enhance local dynamics. Water interferes with the hydrogen-bonding network between the chloride ions and carboxylic acid groups by solvating them, which enhances carboxylic acid self-correlation and ion pair formation between tetrabutyl ammonium and chloride. Simulations show that the component molar ratio can be varied, with an effect on the internal structure. The water-induced changes in the physical properties are beneficial for most prospective applications but water creates an acidic aqueous nanophase with a high halide ion concentration, which may have chemically adverse effects.</p

Terveydenhuollon kansalliset laaturekisteripilotit loppusuoralla

Pilottiprojektin tulokset laaturekisterien toiminnan organisoimisesta kannustavat ¬jatkamaan työtä moniammatillisesti ja pitkäjänteisesti. Kansallinen koordinaatio on välttämätöntä laatu- ja vaikuttavuustiedon vertailukelpoisuuden ja hyödyntämisen varmistamiseksi

Cardiac lymphatics in health and disease

The lymphatic vasculature, which accompanies the blood vasculature in most organs, is indispensable in the maintenance of tissue fluid homeostasis, immune cell trafficking, and nutritional lipid uptake and transport, as well as in reverse cholesterol transport. In this Review, we discuss the physiological role of the lymphatic system in the heart in the maintenance of cardiac health and describe alterations in lymphatic structure and function that occur in cardiovascular pathology, including atherosclerosis and myocardial infarction. We also briefly discuss the role that immune cells might have in the regulation of lymphatic growth (lymphangiogenesis) and function. Finally, we provide examples of how the cardiac lymphatics can be targeted therapeutically to restore lymphatic drainage in the heart to limit myocardial oedema and chronic inflammation.Peer reviewe

Minustako taksiyrittäjä? : Yritysmuodon valinta ja rahoitus

TIIVISTELMÄ Kivelä, Henri, 2011. Minustako taksiyrittäjä? yritysmuodon valinta ja rahoitus. Opin-näytetyö. Kemi-Tornion Ammattikorkeakoulu. Kaupan ja kulttuurin koulutusyksikkö. Tornio. 41 sivua. 1 liite. Opinnäytetyön tavoitteena on tutkia Suomen lainsäädännön tuntemia yritysmuotoja ja selvittää mikä olemassa olevista yritysmuodoista soveltuu parhaiten taksiyrittäjälle. Opinnäytetyössä käsitellään myös rahoitusratkaisuja aloittelevalle yrittäjälle. Tässä työssä rahoitusratkaisuja peilataan taksiyrittäjän näkökulmasta. Tutkimusmenetelmänä opinnäytetyössä on käytetty kvalitatiivista ja kvantitatiivista tutkimusta. Aineistoa opinnäytetyöhön on kerätty kirjallisuudesta, sähköisestä verkosta ja teemahaastatteluilla. Haastatteluja on tehty Kemin Seudun Osuuspankissa ja Elinkei-no-, liikenne- ja ympäristökeskuksessa. Kvantitatiivinen kysely tehtiin taksiyrittäjille Kemissä ja Torniossa. Tutkimus osoittaa, että käytetyin yritysmuoto taksiliikenteessä on toiminimi. Toimini-mellä toimiminen on yksinkertaisin tapa aloittaa yritystoiminta ja se näyttää tarkoituk-senmukaisimmalta yritysmuodolta yhden henkilön taksiyrityksessä. Rahoitusratkaisuis-sa taksiyrittäjät suosivat pankkeja. Pankkien tarjoama yrityslaina onkin halvin rahoitus-ratkaisu taksiyrittäjälle. Asiasanat: Taksi, yrittäjyys, yritysmuodot, rahoitusABSTRACT Kivelä, Henri 2011. Shall I become a taxi entrepreneur? Choosing a form and financing solutions for a company. Bachelor`s Thesis. Kemi-Tornio University of Applied Sciences. Business and Culture. Pages 41. Appendix 1. The aim of the thesis is to study company forms as enacted by the legislation of Finland and to examine which of the existing company forms suits best for a taxi entrepreneur. The second aim is to examine the solutions of financing for the starting entrepreneur. The financing solutions are mainly approached from the point of view of the taxi entre-preneur. The research methods in the thesis are both quantitative and qualitative. Literature was used to gather information, and furthermore, the Internet sources and theme interviews were the essential addition in information gathering. Interviews were carried out with the local cooperative bank called Kemin Seudun Osuuspankki and with the Centre for Economic Development, Transport and the Environment. In addition, a quantitative questionnaire was conducted among the taxi entrepreneurs in the towns of Kemi and Tornio. The research shows that the most common company form in the taxi business is that of a sole trader. Operating as a sole trader is the simplest way of starting an enterprise, and it seems to be the most suitable company form for a one-person taxi company. Taxi en-trepreneurs favor banks when they apply for financing for their business. Company loans offered by banks are the most economical way of all financing solutions for a taxi entrepreneur. Keywords: taxi, entrepreneurship, company forms, financ

Reitinhakualgoritmit

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli tutkia perus- ja reititysalgoritmeja, reititysalgoritmeista erityisesti Floyd- ja Dijkstra-algoritmeja. Tekstissä pyritään selittämään mahdollisimman tarkasti, mutta yksinkertaisesti kyseiset algoritmit. Työssä sisältää myös joitain pieniä esimerkkejä Floyd- ja Dijkstra-algoritmeja sisältävistä ohjelmista. Opinnäytetyössä tutustutaan tarkemmin myös siihen, mitä algoritmit ovat ja missä niitä voitaisiin soveltaa. Tarkoituksena on, että tulevaisuudessa voidaan käyttää opinnäytetyötä opetusmateriaalina. Työn pohjalta pyritään tekemään yksinkertainen ja havainollistava opetusmateriaali nuorille opiskelijoille.The Purpose of this thesis is to research and learn basic algorithms and routing algorithms. The focus was on routing algorithms, especially on Floyd and Dijkstra algorithms. The thesis aims to explain these algorithms in depth, but still with simple terms. The thesis also explores algorithms in more detail and where algorithms can be applied. Second aim of this thesis was the possibility to utilize it for teaching. Based on the thesis a simple and illustrative teaching material for young students will be compiled

Kunnossapitotöiden tilaus: toimitusprosessi toimittajan näkökulmasta

Opinnäytetyön aiheena oli kunnossapitotöiden tilaaminen. Työn toimeksiantajana oli kunnossapitopalveluja tuottavan Botnia Mill Servicen Kemin toimipisteen prosessikunnossapidon yksikkö. Opinnäytetyön tarkoituksena oli tarkastella kunnossapitotöiden tilaamista toimittajan näkökulmasta. Opinnäytetyön tutkimusmetodina toimi kvalitatiivinen aineistotutkimus. Teoreettinen viitekehys opinnäytetyöhön haettiin kunnossapitoa käsittelevästä kirjallisuudesta, standardeista, lainsäädännöstä ja sähköisistä lähteistä. Painopiste lähteiden hakemisessa oli työturvallisuuden vastuisiin liittyvissä kysymyksissä. Työturvallisuuslailla parannetaan työolosuhteita ja työympäristöä työntekijöiden työkyvyn turvaamiseksi. Lain tarkoituksena on ehkäistä ennalta työtapaturmia ja terveyshaittoja, niin henkisesti kuin fyysisesti. Lakia sovelletaan työsopimuksen perusteella tehtävään työhön. Ulkopuolista työvoimaa käytettäessä työturvallisuuslaki velvoittaa noudattamaan työnantajaa koskevia säännöksiä. Työn tavoitteena oli selvittää vastuukysymysten jakautumisesta työtilauksia toimittaessa. Keskeisimmät löydökset vastuukysymyksiin liittyivät työturvallisuuslaissa esiintyviin yhteiseen työpaikkaan ja pääasiallista määräysvaltaa käyttävään työnantajaan. Työn tulokseksi saatiin toimintamalli kunnossapitotilausten toimittamiseen