Elintarvikkeiden mikrobiologiset vaarat

Opas sisältää perustietoa Suomen kannalta merkittävistä elintarvikkeisiin liittyvistä taudinaiheuttajista: bakteereista, viruksista, loisista ja prioneista. Oppaassa on kuvattu aiheuttajakohtaisesti terveydellisiä haittavaikutuksia, esiintymistä ihmisissä, eläimissä, elintarvikkeissa ja ympäristössä, raportoituja epidemioita Suomesta ja ulkomailta, ruokamyrkytykseen johtaneita tekijöitä ja valvontaa. Valvontaa tarkastellaan elintarvikkeen koko elinkaaren ajalta ja pyritään osoittamaan ne "pellolta pöytään" -ketjun riskikohdat, joissa saastuminen ja mikrobien lisääntyminen yleensä tapahtuu. Valvontatoimenpiteisiin ryhdyttäessä on kuitenkin aina tarkistettava ajantasainen lainsäädäntö. Opas on päivitetty versio EVI-EELA julkaisusta 1/2003 (Opas elintarvikkeiden ja talousveden mikrobiologista vaaroista).Handboken innehåller basinformation om de ur finländsk synpunkt väsentiga patogenerna i livsmedel: bakterier, virus, parasiter och prioner. I handboken beskrivs separat för varje sjukdomsalstrande organism dess skadliga häsloverkningar, förekomst hos människor och hos djur, i livsmedel och miljön; rapporterade epidemier av finländskt och utländskt ursprung, faktorer som lett till matförgiftning och övervakningen. Övervakningen granskas för livsmedlens hela produktions- och brukscykel och det görs försök att beskriva de känsliga delarna av kedjan "från jord till bord", de ställen där kontaminering och mikrobväxt allmännast förekommer. När man förbereder tillsynsåtgärder skall man alltid kontrollera den gällande lagstifningen. Den här publikationen är en uppdaterad version av EVI-EELA publikation 1/2003 (Handbok om mikrobiologiska faror i samband med livsmedel och driksvatten)

Foodborne Yersinia : Identification and Molecular Epidemiology of Isolates from Human Infections

Yersinia enterocolitica and Yersinia pseudotuberculosis are among the major enteropathogenic bacteria causing infections in humans in many industrialized countries. In Finland, Y. pseudotuberculosis has caused 10 outbreaks among humans during 1997-2008. Some of these outbreaks have been very extensive involving over 400 cases; mainly children attending schools and day-care. Y. enterocolitica, on the contrary, has caused mainly a large number of sporadic human infections in Finland. Y. pseudotuberculosis is widespread in nature, causing infections in a variety of domestic and wild animals. Foodborne transmission of human infections has long been suspected, however, attempts to trace the pathogen have been unsuccessful before this study that epidemiologically linked Y. pseudotuberculosis to a specific food item. Furthermore, due to modern food distribution systems, foodborne outbreaks usually involve many geographically separate infection clusters difficult to identify as part of the same outbreak. Among pathogenic Y. enterocolitica, the global predominance of one genetically homogeneous type (bioserotype 4/O:3) is a challenge to the development of genetic typing methods discriminatory enough for epidemiological purposes, for example, for tracing back to the sources of infections. Furthermore, the diagnostics of Y. enterocolitica infections is hampered because clinical laboratories easily misidentify some other members of the Yersinia species (Y. enterocolitica–like species) as Y. enterocolitica. This results in misleading information on the prevalence and clinical significance of various Yersinia isolates. The aim of this study was to develop and optimize molecular typing methods to be used in epidemiological investigations of Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis, particularly in active surveillance and outbreak investigations of Y. pseudotuberculosis isolates. The aim was also to develop a simplified set of phenotypic tests that could be used in routine diagnostic laboratories for the correct identification of Y. enterocolitica and Y. enterocolitica –like species. A PFGE method designed here for typing of Y. pseudotuberculosis was efficient in linking the geographically dispersed and apparently unrelated Y. pseudotuberculosis infections as parts of the same outbreak. It proved to be useful in active laboratory-based surveillance of Y. pseudotuberculosis outbreaks. Throughout the study period, information about the diversity of genotypes among outbreak and non-outbreak related strains of human origin was obtained. Also, to our knowledge, this was the first study to epidemiologically link a Y. pseudotuberculosis outbreak of human illnesses to a specific food item, iceberg lettuce. A novel epidemiological typing method based on the use of a repeated genomic region (YeO:3RS) as a probe was developed for the detection and differentiation between strains of Y. enterocolitica subspecies palearctica. This method was able to increase the discrimination in a set of 106 previously PFGE typed Finnish Y. enterocolitica bioserotype 4/O:3 strains among which two main PFGE genotypes had prevailed. The developed simplified method was a more reliable tool than the commercially available biochemical test kits for differentiation between Y. enterocolitica and Y. enterocolitica –like species. In Finland, the methods developed for Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis have been used to improve the identification protocols and in subsequent outbreak investigations.Y. enterocolitica ja Y. pseudotuberculosis ovat merkittäviä elintarvikevälitteisiä suolistoperäisiä taudinaiheuttajia sekä Suomessa että muissa teollistuneissa maissa. Suomessa on vuosien 1997 -2008 aikana todettu 10 pääasiassa kouluruokailuun liittynyttä Y. pseudotuberculosis epidemiaa. Laajamittaisimmissa epidemioissa on sairastunut kerralla yli 400 henkilöä, valtaosa koululaisia tai päiväkotilapsia. Y. enterocolitica aiheuttaa Suomessa lähinnä yksittäisiä infektioita, joita kuitenkin vuositasolla esiintyy enemmän kuin Y. pseudotuberculosis – infektioita. Bakteerit aiheuttavat suolistotulehduksen jonka oireina esiintyy kuumetta, vatsakipuja ja ripulia. Vatsakipu voi muistuttaa umpilisäkkeen tulehdusta ja johtaa aiheettomaan leikkaukseen. Infektion sairastamisen jälkitautina voi esiintyä reaktiivista niveltulehdusta ja iho-oireista kyhmyruusua. Y. pseudotuberculosis on yleinen ympäristössä ja sen lähteenä toimivat monet eläimet, etenkin jyrsijät, peurat, jänikset ja linnut. Tartunta saadaan usein saastuneen elintarvikkeen tai veden välityksellä. Bakteerin alkuperää ei kuitenkaan ennen tätä tutkimusta ole pystytty jäljittämään epidemiologisen tutkimuksen avulla tiettyyn elintarvikkeeseen. Nykyaikaiset elintarvikkeiden jakeluketjut asettavat lisäksi haasteita elintarvike-epidemioiden selvitystyölle; epidemiat koostuvat usein pienistä, maantieteellisesti hajanaisista tautikeskittymistä, jotka on vaikea havaita osaksi samaa epidemiaa. Maailmanlaajuisesti levinnein muoto Y. enterocolitica -bakteerista (bioserotyyppi 4/O:3) on perimältään hyvin yhdenmukainen. Tämä asettaa haasteita riittävän erottelukykyisen genotyypitysmenetelmän löytämiseksi kyseisen bakteerin tartuntareittien selvittelyyn. Lisäksi Y. enterocolitican erottaminen muista sen kaltaisista Yersinia-suvun bakteereista on usein vaikeaa kliinistä diagnostiikkaa tekevissä laboratorioissa. Virheelliset tunnistukset vääristävät tietoja Y. enterocolitican ja sen kaltaisten bakteerien esiintyvyydestä ja vaikeuttavat bakteerien kliinisen merkitsevyyden arvioimista. Tässä tutkimuksessa kehitettiin molekyylibiologisia tyypitysmenetelmiä Y. enterocolitica ja Y. pseudotuberculosis – bakteerien tartuntareittien jäljitykseen. Kehitetyistä menetelmistä PFGE genotyypitysmenetelmää sovellettiin käytäntöön tutkimuksen aikana ja myös sen jälkeen esiintyneiden Y. pseudotuberculosis epidemioiden selvityksessä. Menetelmä todettiin tehokkaaksi laboratoriopohjaisen epidemiaseurannan apuvälineeksi, jonka avulla tunnistettiin maantieteellisesti hajanaiset tautikeskittymät osaksi samaa epidemiaa. Monitahoisten epidemiologisten tutkimusten avulla pystyttiin ensimmäistä kertaa tunnistamaan Y. pseudotuberculosis epidemiaa välittänyt elintarvike, jäävuorisalaatti. Tutkimusjakson aikana kerättiin myös tietoa genotyyppien jakautumisesta epidemioihin liittyvien ja epidemioiden ulkopuolisten kantojen osalta. Y. enterocolitica subspecies palearctica – bakteerille kehitettiin uusi epidemiologinen tyypitysmenetelmä, joka perustuu alalajille tyypillisen toistuvan sekvenssin (YeO:3RS) käyttöön tunnistimena tyypityksessä. Tämä menetelmä lisäsi PFGE menetelmän erottelukykyä, kun sen avulla tyypitettiin 106 aikaisemmin PFGE-tyypitettyä suomalaista bioserotyypin 4/O:3 kantaa. Työssä kehitettiin lisäksi monia kaupallisia biokemiallisia tunnistustestisarjoja luotettavampi, mutta silti yksinkertainen tapa havaita Y. enterocolitican kaltaiset bakteerit. Tutkimuksessa kehitettyjä menetelmiä voidaan hyödyntää elintarvikevälitteisten Yersinia – suvun bakteerien tarkemmassa tunnistamisessa, tartuntareittien selvittelyssä ja sitä kautta epidemioiden ennaltaehkäisyssä

Genomic Epidemiology and Phenotyping Reveal on-Farm Persistence and Cold Adaptation of Raw Milk Outbreak-Associated Yersinia pseudotuberculosis

Free PMC article: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmid/31156582/Packaged raw milk contaminated with Yersinia pseudotuberculosis mediated a large yersiniosis outbreak in southern Finland in 2014. The outbreak was traced back to a single dairy farm in southern Finland. Here we explore risk factors leading to the outbreak through epidemiologic investigation of the outbreak farm and through genomic and phenotypic characterization of the farm's outbreak and non-outbreak associated Y. pseudotuberculosis strains. We show that the outbreak strain persisted on the farm throughout the 7-month study, whereas the non-outbreak strains occurred sporadically. Phylogenomic analysis illustrated that the outbreak strain was related to previously published genomes of wild animal isolates from Finland, implying that wild animals were a potential source of the outbreak strain to the farm. We observed allelic differences between the farm's outbreak and non-outbreak strains in several genes associated with virulence, stress response and biofilm formation, and found that the outbreak strain formed biofilm in vitro and maintained better growth fitness during cold stress than the non-outbreak strains. Finally, we demonstrate the rapid growth of the outbreak strain in packaged raw milk during refrigerated storage. This study provides insight of the risk factors leading to the Y. pseudotuberculosis outbreak, highlights the importance of pest control to avoid the spread of pathogens from wild to domestic animals, and demonstrates that the cold chain is insufficient as the sole risk management strategy to control Y. pseudotuberculosis risk associated with raw drinking milk.This research was supported by the Finnish Ministry of Agriculture and Forestry grant Dnro: 1395/311/214, the Walter Ehrström Foundation, and the University of Helsinki Doctoral Program in Food Chain and Health. The sequencing of the strains and the salary of AJ and JI were supported by the INNUENDO project (https://sites.google.com/site/theinnuendoproject/) which received funding from the European Food Safety Authority, grant agreement GP/EFSA/AFSCO/2015/01/CT2 (“New approaches in identifying and characterizing microbial and chemical hazards”).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Genomic epidemiology and phenotyping reveal on-farm persistence and cold adaptation of raw milk outbreak-associated Yersinia pseudotuberculosis

Packaged raw milk contaminated with Yersinia pseudotuberculosis mediated a large yersiniosis outbreak in southern Finland in 2014. The outbreak was traced back to a single dairy farm in southern Finland. Here we explore risk factors leading to the outbreak through epidemiologic investigation of the outbreak farm and through genomic and phenotypic characterization of the farm’s outbreak and non-outbreak associated Y. pseudotuberculosis strains. We show that the outbreak strain persisted on the farm throughout the 7-month study, whereas the non-outbreak strains occurred sporadically. Phylogenomic analysis illustrated that the outbreak strain was related to previously published genomes of wild animal isolates from Finland, implying that wild animals were a potential source of the outbreak strain to the farm. We observed allelic differences between the farm’s outbreak and non-outbreak strains in several genes associated with virulence, stress response and biofilm formation, and found that the outbreak strain formed biofilm in vitro and maintained better growth fitness during cold stress than the non-outbreak strains. Finally, we demonstrate the rapid growth of the outbreak strain in packaged raw milk during refrigerated storage. This study provides insight of the risk factors leading to the Y. pseudotuberculosis outbreak, highlights the importance of pest control to avoid the spread of pathogens from wild to domestic animals, and demonstrates that the cold chain is insufficient as the sole risk management strategy to control Y. pseudotuberculosis risk associated with raw drinking milk

Suomen zoonoositilanne ja riskit yhteisen terveyden näkökulmasta : Yhteenveto zoonoosien suuntauksista ja lähteistä 2011–2021

Kampylobakteerit ovat yleisin ja salmonellat toiseksi yleisin ihmisillä suolistoinfektioita aiheuttavat zoonoosit Suomessa. Kryptosporidioosi- ja shigatoksinen Eshericia coli (STEC) -tapauksia on ilmoitettu aikaisempaa enemmän. Vektorivälitteisistä zoonooseista borrelioosi on Suomessa yleisimmin todettu. Puutiaisaivotulehdustapausten määrä on noussut. Tuotantoeläimistä salmonellatapaukset naudoilla ja sioilla lisääntyivät, kun taas broilereilla ne vähenivät. Salmonellaa esiintyy kotimaisessa naudan- ja sianlihassa edelleen vähän. Teurasbroilereilla kampylobakteerien esiintyvyys on vähentynyt. Teurasnaudoissa STEC O157 -bakteerit yleistyivät. Cryptosporidium parvum -tautitapaukset nautakarjoissa lisääntyivät voimakkaasti. Trikinellatartunnat sioilla harvinaistuivat, eikä tartuntoja sikaloissa ole viime vuosina todettu. Metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus yleistyi teurassioissa. Luonnonvaraisilla linnuilla todettiin Suomessa ennen havaitsematon korkeapatogeeninen lintuinfluenssa. Elintarvikkeista raakamaito toimi useiden suolistoinfektioita aiheuttavien zoonoosien välittäjäelintarvikkeena, lisäksi kasvisten merkitys zoonoosien välittäjänä korostui. Suomen zoonositilanteeseen vaikuttavat ympäristöön ja ilmastoon liittyvät muutokset, vastustuskyvyltään heikentyneiden henkilöiden määrä, sekä joidenkin zoonoosien osalta endeemisiltä aluilta Suomeen tuotavat koirat. Esitettävät tiedot auttavat suuntaamaan ennakoivia toimia Suomen zoonoositilanteen säilyttämiseksi hyvänä ja tunnistamaan ne kohteet, joihin on syytä panostaa.Tämä julkaisu on toteutettu osana valtioneuvoston selvitys- ja tutkimussuunnitelman toimeenpanoa. (tietokayttoon.fi) Julkaisun sisällöstä vastaavat tiedon tuottajat, eikä tekstisisältö välttämättä edusta valtioneuvoston näkemystä

Raakamaito on riskielintarvike

Vertaisarvioitu• Suomessa raportoitiin vuosina 1997–2015 kolmetoista epidemiaa, joissa aiheuttajaksi todettiin pastöroimaton raakamaito tai siitä tehty tuote. • Raakamaidossa olevat mikrobit voivat aiheuttaa riskiryhmille vakavia sairauksia. • Itä-Uudellamaalla todettiin keväällä 2014 Suomen laajin raakamaidosta peräisin oleva Yersinia pseudotuberculosis -bakteerin aiheuttama epidemia. Epidemia havaittiin varhain, ja selvitystoimiin päästiin nopeasti. • Raakamaito tulee kuumentaa aina ennen nauttimista.Peer reviewe

Validation of EN ISO method 10273-Detection of pathogenic Yersinia enterocolitica in foods

EN ISO 10273 method for the detection of pathogenic Yersinia enterocolitica in foods was validated in the project Mandate M/381 funded by European Commission. A total of 14 laboratories from five European countries participated in the interlaboratory study (ILS) organized during 2013 and 2014. Before the ITS, the method was revised by an international group of experts and the performance of the revised method was assessed in an ILS study. The results are published as a part of the standard EN ISO 10273 revision. The study included three rounds with different sample types; raw milk, iceberg lettuce and minced meat, inoculated with a low and high level of pathogenic Y. enterocolitica strains representing major pathogenic bioserotypes 4/O:3 and 2/O:9. The homogeneity and stability of the samples were verified before dispatching them to the laboratories. The results demonstrated the method sensitivity of 96% in raw milk, 97% in minced meat, and 98% in lettuce at high inoculation level of pathogenic Y. enterocolitica. The specificity was 100% in raw milk, 96% in minced meat, and 98% in lettuce. The level of detection, LOD50, varied between study rounds, being 9.4 CFU/25 ml in raw milk, 9.9 CFU/25 g in minced meat and 63 CFU/25 g in lettuce samples. During the study, confirmation by using real-time PCR method ISO/TS 18867 together with pyrazinamidase testing was also validated, as alternative to conventional biochemical confirmation. When comparing different isolation steps used in the revised method during the study rounds, PSB enrichment and plating on CIN after alkaline (KOH) treatment showed the highest sensitivity (52-92%) in raw milk and minced meat samples. In lettuce samples, however, ITC with KOH treatment before plating on CIN showed higher sensitivity (64% at low level; 82% at high level) than plating on CIN from PSB with KOH treatment (44% at low level; 74% at high level). Statistical analysis of different isolation steps supported the use of two enrichment media, PSB and ITC, in the revised method. Recovery of pathogenic Y. enterocolitica on ON was most efficient after KOH treatment and, based on the analysis, plating on CIN agar without KOH treatment could be left as optional procedure in the method.Peer reviewe

Simplified Phenotypic Scheme Evaluated by 16S rRNA Sequencing for Differentiation between Yersinia enterocolitica and Y. enterocolitica-Like species

Many clinical laboratories are familiar with a sizeable group of “unserotypeable Yersinia enterocolitica” strains. Due to identification problems, this group may hide Y. bercovieri, Y. mollaretii, and Y. rohdei strains. We present a simple scheme to distinguish between pathogenic Y. enterocolitica and potentially nonpathogenic Y. enterocolitica-like strains

Outbreak of multiple strains of non-O157 Shiga toxin-producing and enteropathogenic Escherichia coli associated with rocket salad, Finland, autumn 2016

In August 2016, an outbreak of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and enteropathogenic E. coli (EPEC) with 237 cases occurred in the Helsinki metropolitan area, Finland. Gastroenteritis cases were reported at 11 events served by one catering company. Microbiological and epidemiological investigations suggested rocket salad as the cause of the outbreak. STEC ONT:H-11 and EPEC O-111:H8 strains isolated from food samples containing rocket were identical to the patient isolates. In this outbreak, the reported symptoms were milder than considered before for STEC infection, and the guidelines for STEC control measures need to be updated based on the severity of the illness. Based on our experience in this outbreak, national surveillance criteria for STEC have been updated to meet the practice in reporting laboratories covering both PCR-positive and culture-confirmed findings. We suggest that EPEC could be added to the national surveillance since diagnostics for EPEC are routinely done in clinical laboratories.Peer reviewe