Transposase interaction with the β sliding clamp: Effects on insertion sequence proliferation and transposition rate

Insertion sequences (ISs) are ubiquitous and abundant mobile genetic elements in prokaryotic genomes. ISs often encode only one protein, the transposase, which catalyzes their transposition. Recent studies have shown that transposases of many different IS families interact with the β sliding clamp, a DNA replication factor of the host. However, it was unclear to what extent this interaction limits or favors the ability of ISs to colonize a chromosome from a phylogenetically-distant organism, or if the strength of this interaction affects the transposition rate. Here we describe the proliferation of a member of the IS1634 family in Acidiphilium over ~600 generations of cultured growth. We demonstrate that the purified transposase binds to the β sliding clamp of Acidiphilium, Leptospirillum and E. coli. Further, we also demonstrate that the Acidiphilium IS1634 transposase binds to the archaeal sliding clamp (PCNA) from Methanosarcina, and that the transposase encoded by Methanosarcina IS1634 binds to Acidiphilium β. Finally, we demonstrate that increasing the strength of the interaction between β and transposase results in a higher transposition rate in vivo. Our results suggest that the interaction could determine the potential of ISs to be mobilized in bacterial populations and also their ability to proliferate within chromosomesThis work was funded by the Subdirección General de Proyectos de Investigación of the Spanish Ministry for Economy and Competitiveness Grants No. CGL2010-17384 and AYA2011-24803, and by the European Research Council (ERC) Advanced Grant No. 250350 (IPBSL). HDM has a FPI fellowship from the Spanish Governmen

Thymidylate synthase gene variants as predictors of clinical response and toxicity to fluoropyrimidine-based chemotherapy for colorectal cancer

Abstract Background: Fluoropyrimidines form the chemotherapy backbone of advanced and metastatic colorectal cancer (CRC). These drugs are frequently associated with toxicity events that result in dose adjustments and even suspension of the treatment. The thymidylate synthase (TYMS) gene is a potential marker of response and toxicity to fluoropyirimidines as this enzyme is the molecular target of these drugs. Our aim was to assess the association between variants of TYMS with response and toxicity to fluoropyrimidines in patients with CRC in independent retrospective and prospective studies. Methods: Variants namely rs45445694, rs183205964, rs2853542 and rs151264360 of TYMS were genotyped in 105 CRC patients and were evaluated to define their association with clinical response and toxicity to fluoropyrimidines. Additionally, the relationship between genotypes and tumor gene expression was analyzed by quantitative polymerase chain reaction. Results: The 2R/2R (rs45445694) was associated with clinical response (p = 0.05, odds ratio (OR) = 3.45) and severe toxicity (p = 0.0014, OR = 5.21, from pooled data). Expression analysis in tumor tissues suggested a correlation between the 2R/2R genotype and low TYMS expression. Conclusions: The allele 2R (rs45445694) predicts severe toxicity and objective response in advanced CRC patients. In addition, the alleles G(rs2853542) and 6bp-(rs151264360) are independent predictors of response failure to chemotherapy. This is the first study made on a Latin American population that points out TYMS gene variants have predictive values for response and toxicity in patients with CRC treated with fluoropyrimidine-based chemotherapy

Sexually transmitted pathogens, coinfections and risk factors in patients attending obstetrics and gynecology clinics in Jalisco, Mexico

Objetivo. Determinar la frecuencia de nueve patógenos de transmisión sexual, coinfecciones y factores de riesgo en pacientes que acudieron a una consulta de ginecología y obstetricia en Jalisco, México. Material y métodos. Se analizaron muestras de 662 pacientes que asistieron a la consulta de ginecología y obstetricia. Se detectaron Treponema pallidum, VIH y VHC mediante serología. Se detectó VPH por Reacción de Cadena de Polimerasa (PCR) y sus genotipos se detectaron por Polimorfismos de Longitud de Fragmentos de Restricción (RFLP). Se detectaron Trichomonas vaginalis, VHS-1, VHS-2, Mycoplasma genitalium, Neisseria gonorrhoeae y T. pallidum por PCR múltiple. Resultados. Por serología, la frecuencia de VIH fue 6.8%, de T. pallidum fue 2.26% y de VHC fue 0.15%. Por PCR, la frecuencia más alta fue de VPH (13.9%, el genotipo más frecuente fue el 16, 33.7%), seguida de T. vaginalis (14.2%), VHS-1 (8.5%), M. genitalium (2.41%), N. gonorrhoeae (2.11%), VHS-2 (1.8%) y T. pallidum (1.05%). Los pacientes infectados con T. vaginalis presentaron más probabilidades de tener múltiples coinfecciones (p = 0.01). Conclusiones. La frecuencia de infección por VPH, VHS-1, VHS-2, M. genitalium y T. vaginalis fue menor a lo reportado. Sin embargo, se detectó una alta frecuencia de VIH, T. pallidum, y N. gonorrhoeae. ABSTRACT Objective. To determine the frequency of nine sexually transmitted pathogens, coinfections and risk factors in patients attending obstetrics and gynecology clinics in Jalisco, Mexico. Materials and methods. Samples from 662 patients attending obstetrics and gynecology clinics were analyzed. Treponema pallidum, HIV, and HCV were detected by serology. HPV was detected by Polimerase Chain Reac- tion (PCR), and its genotype was determined by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP). Trichomonas vaginalis, HSV-1, HSV-2, Mycoplasma genitalium, Neisseria gonorrhoeae and T. pallidum were detected by multiplex PCR. Results. By serology, HIV frequency was 6.8%, T. pallidum was 2.26%, and HCV was 0.15%. By PCR, HPV frequency was 13.9%, (more frequent genotype was 16, 33.7%), followed by T. vaginalis (14.2%), HSV-1 (8.5%), M. genitalium (2,41%), N. gonorrhoeae (2.11%), HSV-2 (1.8%), and T. pallidum (1.05%). Patients infected with T. vaginalis were more likely to have multiple coinfections (p = 0.01). Conclusion. The frequency of HPV, HVS-1, HSV-2, M. genitalium and T. vaginalis was lower than that reported. However, a high frequency of HIV, T. pallidum, and N. gonorrhoeae was detected

TEFM variants impair mitochondrial transcription causing childhood-onset neurological disease

Mutations in the mitochondrial or nuclear genomes are associated with a diverse group of human disorders characterized by impaired mitochondrial respiration. Within this group, an increasing number of mutations have been identified in nuclear genes involved in mitochondrial RNA biology. The TEFM gene encodes the mitochondrial transcription elongation factor responsible for enhancing the processivity of mitochondrial RNA polymerase, POLRMT. We report for the first time that TEFM variants are associated with mitochondrial respiratory chain deficiency and a wide range of clinical presentations including mitochondrial myopathy with a treatable neuromuscular transmission defect. Mechanistically, we show muscle and primary fibroblasts from the affected individuals have reduced levels of promoter distal mitochondrial RNA transcripts. Finally, tefm knockdown in zebrafish embryos resulted in neuromuscular junction abnormalities and abnormal mitochondrial function, strengthening the genotype-phenotype correlation. Our study highlights that TEFM regulates mitochondrial transcription elongation and its defect results in variable, tissue-specific neurological and neuromuscular symptoms

La sequía de la península de Yucatán

La sequía es uno de los fenómenos naturales más difíciles de estudiar debido a que no se cuenta con una definición lo suficientemente clara ni con los recursos técnicos para poder predecirla. Es un problema que, en el mundo, se ha incrementado en las últimas décadas como consecuencia del cambio climático. En México, la sequía afecta a más personas que cualquier otra contingencia natural, por lo que se requiere estudiarla para poder prevenir y mitigar sus efectos. En la península de Yucatán (PY), zona privilegiada por tener un vasto manto acuífero, la sequía no se presenta de manera tan catastrófica como en otros estados de la república. La sequía produce pérdidas y bajo rendimiento de cultivos, cabezas de ganado y colmenas, disminución de la calidad de los productos, así como incremento en los costos de producción, lo que produce reducción en el ingreso de los productores. A nivel de los organismos operadores no se registra baja en la disponibilidad de agua durante la época de sequía y sólo se reporta su disminución para consumo humano en algunas localidades en donde el acuífero se encuentra muy profundo o la calidad natural del agua no es adecuada para consumo humano. Sin embargo, al depender la PY casi en su totalidad del acuífero para el abasto del agua, su disponibilidad podría disminuir súbitamente por problemas en la infraestructura del sistema operador o de contaminación (importante por la permeabilidad del sustrato geológico y porque no existen sistemas de drenaje y potabilización de agua suficientes)

Sentidos: sistematización de prácticas educativas en la media.

La sistematización de experiencias nace como una apuesta disruptiva con las formas tradicionales de producir los saberes científicos en occidente. Exalta las experiencias particulares y ve en la autenticidad de sus propuestas la posibilidad de ser transferidas a otros escenarios, a través de los reconocimientos mutuos, elaborados desde los sentidos de significancia dados en el proceso vivido. Es una apuesta teórico-práctica que parte de la reflexividad sobre la praxis, mediante los ejercicios de reconstrucción de la memoria, hace conciencia sobre los retos pasados para enfrentar las nuevas relaciones que se gestan en sus experiencias vitales

Chromosomal replication dynamics and interaction with the β sliding clamp determine orientation of bacterial transposable elements

Insertion sequences (ISs) are small transposable elements widespread in bacterial genomes, where they play an essential role in chromosome evolution by stimulating recombination and genetic flow. Despite their ubiquity, it is unclear how ISs interact with the host. Here, we report a survey of the orientation patterns of ISs in bacterial chromosomes with the objective of gaining insight into the interplay between ISs and host chromosomal functions. We find that a significant fraction of IS families present a consistent and family-specific orientation bias with respect to chromosomal DNA replication, especially in Firmicutes. Additionally, we find that the transposases of up to nine different IS families with different transposition pathways interact with the β sliding clamp, an essential replication factor, suggesting that this is a widespread mechanism of interaction with the host. Although we find evidence that the interaction with the β sliding clamp is common to all bacterial phyla, it also could explain the observed strong orientation bias found in Firmicutes, because in this group β is asymmetrically distributed during synthesis of the leading or lagging strands. Besides the interaction with the β sliding clamp, other asymmetries also play a role in the biased orientation of some IS families. The utilization of the highly conserved replication sliding clamps suggests a mechanism for host regulation of IS proliferation and also a universal platform for IS dispersal and transmission within bacterial populations and among phylogenetically distant species

Guía Mexicana para el Diagnóstico y el Tratamiento de la Urticaria

La urticaria es una enfermedad que padece una quinta parte de la población en algún momento de su vida. Las guías inter- nacionales recientes han propuesto unos cambios de fondo en su diagnóstico y tratamiento, por lo que había la necesidad de crear una guía nacional y multidisciplinaria, con base amplia en los gremios de especialistas y médicos de primer contacto en México. ABSTRACT Urticaria is a disease that a fifth of the population shall suffer once in a lifetime. Recent clinical guidelines have proposed some fundamental changes in the diagnosis and treatment of urticaria, making the development of a national, multidisciplinary guideline, with wide acceptability among different professional groups –both specialists and primary health care workers–, necessary in Mexico

5to. Congreso Internacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para la Sociedad. Memoria académica

El V Congreso Internacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para la Sociedad, CITIS 2019, realizado del 6 al 8 de febrero de 2019 y organizado por la Universidad Politécnica Salesiana, ofreció a la comunidad académica nacional e internacional una plataforma de comunicación unificada, dirigida a cubrir los problemas teóricos y prácticos de mayor impacto en la sociedad moderna desde la ingeniería. En esta edición, dedicada a los 25 años de vida de la UPS, los ejes temáticos estuvieron relacionados con la aplicación de la ciencia, el desarrollo tecnológico y la innovación en cinco pilares fundamentales de nuestra sociedad: la industria, la movilidad, la sostenibilidad ambiental, la información y las telecomunicaciones. El comité científico estuvo conformado formado por 48 investigadores procedentes de diez países: España, Reino Unido, Italia, Bélgica, México, Venezuela, Colombia, Brasil, Estados Unidos y Ecuador. Fueron recibidas un centenar de contribuciones, de las cuales 39 fueron aprobadas en forma de ponencias y 15 en formato poster. Estas contribuciones fueron presentadas de forma oral ante toda la comunidad académica que se dio cita en el Congreso, quienes desde el aula magna, el auditorio y la sala de usos múltiples de la Universidad Politécnica Salesiana, cumplieron respetuosamente la responsabilidad de representar a toda la sociedad en la revisión, aceptación y validación del conocimiento nuevo que fue presentado en cada exposición por los investigadores. Paralelo a las sesiones técnicas, el Congreso contó con espacios de presentación de posters científicos y cinco workshops en temáticas de vanguardia que cautivaron la atención de nuestros docentes y estudiantes. También en el marco del evento se impartieron un total de ocho conferencias magistrales en temas tan actuales como la gestión del conocimiento en la universidad-ecosistema, los retos y oportunidades de la industria 4.0, los avances de la investigación básica y aplicada en mecatrónica para el estudio de robots de nueva generación, la optimización en ingeniería con técnicas multi-objetivo, el desarrollo de las redes avanzadas en Latinoamérica y los mundos, la contaminación del aire debido al tránsito vehicular, el radón y los riesgos que representa este gas radiactivo para la salud humana, entre otros

Diseño para el desarrollo sustentable y la habitabilidad segura e incluyente

Este libro se divide en dos partes que permiten permear en el campo de la enseñanza del diseño; la primera se enfoca en temáticas que se desprenden del diseño en la educación para la sustentabilidad; en la segunda, se identifican las tendencias del diseño como un modo de verlo y sentirlo: va desde el diseño emocional hacia uno de conservación, reúso y reparación de objetos para reducir el consumo de recursos materiales