FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples

In the FANTOM5 project, transcription initiation events across the human and mouse genomes were mapped at a single base-pair resolution and their frequencies were monitored by CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) coupled with single-molecule sequencing. Approximately three thousands of samples, consisting of a variety of primary cells, tissues, cell lines, and time series samples during cell activation and development, were subjected to a uniform pipeline of CAGE data production. The analysis pipeline started by measuring RNA extracts to assess their quality, and continued to CAGE library production by using a robotic or a manual workflow, single molecule sequencing, and computational processing to generate frequencies of transcription initiation. Resulting data represents the consequence of transcriptional regulation in each analyzed state of mammalian cells. Non-overlapping peaks over the CAGE profiles, approximately 200,000 and 150,000 peaks for the human and mouse genomes, were identified and annotated to provide precise location of known promoters as well as novel ones, and to quantify their activities

Recruiting Trends 2013 - Eine empirische Untersuchung mit den Top-1.000-Unternehmen aus Deutschland sowie den Top-300-Unternehmen aus den Branchen Automotive, Finanzdienstleistung und IT

Auch in diesem Jahr widmet sich die Studienreihe „Recruiting Trends“ wieder hochaktuellen Entwicklungen und langfristigen Trends in der Personalbeschaffung deutscher Großunternehmen. Im Fokus der aktuellen Ausgabe stehen Maßnahmen gegen den Fachkräftemangel und deren Umsetzung, der Einsatz von Social Media sowie die Themen Active Sourcing und Mobile Recruiting. Die Studienreihe „Recruiting Trends“ des Centre of Human Resources Information Systems (CHRIS) der Universitäten Bamberg und Frankfurt am Main untersucht seit 2003 jährlich in Kooperation mit der Monster Worldwide Deutschland GmbH, wie Unternehmen ihre Personalbeschaffung gestalten und mit neuen Herausforderungen umgehen. Zusammen mit der Kandidatenstudie „Bewerbungspraxis“, die in diesem Jahr ihr zehnjähriges Jubiläum feiert, ergibt sich so ein ganzheitlicher Überblick über die Personalbeschaffung in Deutschland. Der Fachkräftemangel stellt seit vielen Jahren ein konjunkturunabhängiges Phänomen und auch im aktuellen Jahr wieder eine Top-Herausforderung für Unternehmen in Deutschland dar. Obwohl deren Geschäftserwartung im Vergleich zum Vorjahr etwas verhaltener ist, sehen sie gleichbleibende Probleme bei der Besetzung ihrer offenen Stellen. Die „Recruiting Trends 2013“ zeigen, welche Maßnahmen gegen den Fachkräftemangel aus Sicht der Unternehmen vielversprechend sind und worauf es bei deren Umsetzung ankommt. Weitere Kernthemen der „Recruiting Trends 2013“ sind Social Media, die Direktansprache interessanter Kandidaten (Active Sourcing) und die Bedeutung der zunehmenden Nutzung mobiler Endgeräte für die Rekrutierung. Im diesjährigen Schwerpunktthema Active Sourcing wird untersucht, wie gut sich verschiedene Kanäle zur Direktansprache interessanter Kandidaten eignen. Wie schon in den Vorjahren ist der Einsatz von Social Media in der Personalbeschaffung wieder ein wichtiges Thema, wobei sich in diesem Jahr erstmalig eine leichte Reduzierung der Nutzung einiger Social-Media-Kanäle zeigt. Wie die Personalabteilungen auf die verstärkte Nutzung von Smartphones und Tablet-PCs reagieren, wird im Kapitel über Mobile Recruiting diskutiert. Dabei wird sich zeigen, wie die größten deutschen Unternehmen Mobile Recruiting generell bewerten und inwieweit sie entsprechende Maßnahmen bereits umgesetzt haben. Darüber hinaus befassen sich die „Recruiting Trends 2013“ mit der internationalen Rekrutierung, der Zielgruppenorientierung im Rahmen der Personalsuche und mit einer Reihe grundlegender Personalbeschaffungsthemen, wie dem Personalbedarf, der Stellenausschreibung oder der Generierung von Einstellungen. Die Ergebnisse aus der Befragung der 1.000 größten deutschen Unternehmen werden wie in jedem Jahr durch Branchenanalysen ergänzt. In diesem Jahr wurden in diesem Zusammenhang die Top-300-Unternehmen aus den Branchen Automotive, Finanzdienstleistung und IT befragt. Zusätzlich bieten drei Fallstudien bei adidas, SAP und über das GAPYEAR Programm der Firmen Allianz, Bertelsmann, Henkel sowie McKinsey & Company interessante Einblicke in die Rekrutierungspraxis

Recruiting Trends im Mittelstand 2013 - Eine empirische Untersuchung mit 1.000 Unternehmen aus dem deutschen Mittelstand

Obwohl sich durch die derzeitige Schuldenkrise im Euroraum ungünstige Rahmenbedingungen für die deutsche Wirtschaft ergeben, offenbaren die Ergebnisse der vorliegenden Studie „Recruiting Trends im Mittelstand 2013“ eine vergleichsweise gute Stimmung im deutschen Mittelstand. Einerseits zeigen sich die Teilnehmer an der Befragung zwar nicht gänzlich unbeeindruckt von den negativen Vorzeichen, andererseits blicken jedoch rund vier von zehn Mittelständlern optimistisch in die Zukunft, und lediglich 16,4 Prozent äußern eine eher schlechte Geschäftserwartung für die kommenden Jahre. Zudem planen rund 95 Prozent der mittelständischen Firmen Neueinstellungen im Jahr 2013. 47 Prozent gehen sogar von einem Netto-Anstieg der Mitarbeiterzahlen in 2013 aus. Probleme bei der Besetzung dieser freien Stellen sind jedoch aufgrund des Fachkräftemangels zu erwarten, der auch in diesem Jahr wieder ein Top-Trend für die Personalbeschaffung im deutschen Mittelstand ist. Die Studienteilnehmer rechnen damit, dass über die Hälfte ihrer für das Jahr 2013 prognostizierten Vakanzen nur schwer oder gar nicht besetzbar sein werden, weil es an geeigneten Kandidaten mangelt. Die „Recruiting Trends im Mittelstand 2013“ werden dieser großen Bedeutung des Fachkräftemangels im deutschen Mittelstand im Rahmen eines eigenständigen Kapitels gerecht, in dem untersucht wird, welche Maßnahmen gegen den Fachkräftemangel die befragten Mittelständler als vielversprechend ansehen und worauf man aus ihrer Sicht bei deren Umsetzung achten muss. Ein weiterer Themenschwerpunkt der Studie liegt wie schon im vergangenen Jahr auf der viel diskutierten Nutzung von Social-Media-Kanälen in der Personalbeschaffung. Die Ergebnisse aus der vorliegenden Studie zeigen, dass über ein Viertel der befragten Mittelständler den Einsatz von Social Media in der Rekrutierung generell als positiv beurteilt. Hinsichtlich der Nutzungsintensität verschiedener Kanäle ergibt sich, dass insbesondere Xing und Facebook bereits von einigen Studienteilnehmern für das Employer Branding oder die aktive Suche nach interessanten Kandidaten (Active Sourcing) genutzt werden. Active Sourcing stellt zudem, ebenso wie das Thema Mobile Recruiting, einen weiteren Kerninhalt der „Recruiting Trends im Mittelstand 2013“ dar. Darüber hinaus widmet sich die Studie auch der großen Bedeutung des Internet im Personalmarketing deutscher Mittelständler. Dabei zeigt sich, dass insbesondere die Internet-Stellenbörse bei der Stellenausschreibung und der Generierung von Einstellungen an Bedeutung gewinnt, wohingegen die Entwicklung der Printmedien weiter rückläufig ist. Auch die zunehmende Digitalisierung des Bewerbungseingangs schreitet fort: Im Jahr 2012 geht erstmals über die Hälfte aller Bewerbungen auf elektronischem Weg bei den mittelständischen Unternehmen ein. Die repräsentative Studie „Recruiting Trends im Mittelstand 2013“ ist bereits die sechste Ausgabe der gleichnamigen Studienreihe. Schon seit dem Jahr 2008 widmet sich das Centre of Human Resources Information Systems (CHRIS) der Universitäten Bamberg und Frankfurt am Main in Kooperation mit der Monster Worldwide Deutschland GmbH im Rahmen dieser Studienreihe Entwicklungen, Trends und Innovationen in der Personalbeschaffung im deutschen Mittelstand. An der zugrundeliegenden Befragung 1.000 mittelständischer Unternehmen aus Deutschland beteiligten sich in diesem Jahr 70 Firmen. Ergänzt werden die repräsentativen Ergebnisse aus dieser Breitenbefragung durch eine Fallstudie aus der Praxis beim Unternehmen hotel.de

An integrated expression atlas of miRNAs and their promoters in human and mouse

MicroRNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs with key roles in cellular regulation. As part of the fifth edition of the Functional Annotation of Mammalian Genome (FANTOM5) project, we created an integrated expression atlas of miRNAs and their promoters by deep-sequencing 492 short RNA (sRNA) libraries, with matching Cap Analysis Gene Expression (CAGE) data, from 396 human and 47 mouse RNA samples. Promoters were identified for 1,357 human and 804 mouse miRNAs and showed strong sequence conservation between species. We also found that primary and mature miRNA expression levels were correlated, allowing us to use the primary miRNA measurements as a proxy for mature miRNA levels in a total of 1,829 human and 1,029 mouse CAGE libraries. We thus provide a broad atlas of miRNA expression and promoters in primary mammalian cells, establishing a foundation for detailed analysis of miRNA expression patterns and transcriptional control regions

The Constrained Maximal Expression Level Owing to Haploidy Shapes Gene Content on the Mammalian X Chromosome.

X chromosomes are unusual in many regards, not least of which is their nonrandom gene content. The causes of this bias are commonly discussed in the context of sexual antagonism and the avoidance of activity in the male germline. Here, we examine the notion that, at least in some taxa, functionally biased gene content may more profoundly be shaped by limits imposed on gene expression owing to haploid expression of the X chromosome. Notably, if the X, as in primates, is transcribed at rates comparable to the ancestral rate (per promoter) prior to the X chromosome formation, then the X is not a tolerable environment for genes with very high maximal net levels of expression, owing to transcriptional traffic jams. We test this hypothesis using The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) and data from the Functional Annotation of the Mammalian Genome (FANTOM5) project. As predicted, the maximal expression of human X-linked genes is much lower than that of genes on autosomes: on average, maximal expression is three times lower on the X chromosome than on autosomes. Similarly, autosome-to-X retroposition events are associated with lower maximal expression of retrogenes on the X than seen for X-to-autosome retrogenes on autosomes. Also as expected, X-linked genes have a lesser degree of increase in gene expression than autosomal ones (compared to the human/Chimpanzee common ancestor) if highly expressed, but not if lowly expressed. The traffic jam model also explains the known lower breadth of expression for genes on the X (and the Z of birds), as genes with broad expression are, on average, those with high maximal expression. As then further predicted, highly expressed tissue-specific genes are also rare on the X and broadly expressed genes on the X tend to be lowly expressed, both indicating that the trend is shaped by the maximal expression level not the breadth of expression per se. Importantly, a limit to the maximal expression level explains biased tissue of expression profiles of X-linked genes. Tissues whose tissue-specific genes are very highly expressed (e.g., secretory tissues, tissues abundant in structural proteins) are also tissues in which gene expression is relatively rare on the X chromosome. These trends cannot be fully accounted for in terms of alternative models of biased expression. In conclusion, the notion that it is hard for genes on the Therian X to be highly expressed, owing to transcriptional traffic jams, provides a simple yet robustly supported rationale of many peculiar features of X's gene content, gene expression, and evolution

IL-33 and MRGPRX2-Triggered Activation of Human Skin Mast Cells—Elimination of Receptor Expression on Chronic Exposure, but Reinforced Degranulation on Acute Priming

Clinically relevant exocytosis of mast cell (MC) mediators can be triggered by high-affinity IgE receptor (FcεRI)-aggregation (allergic route) or by the so-called pseudo-allergic pathway elicited via MAS-related G protein-coupled receptor-X2 (MRGPRX2). The latter is activated by drugs and endogenous neuropeptides. We recently reported that FcεRI-triggered degranulation is attenuated when human skin mast cells are chronically exposed to IL-33. Here, we were interested in the regulation of the MRGPRX2-route. Chronic exposure of skin MCs to IL-33 basically eliminated the pseudo-allergic/neurogenic route as a result of massive MRGPRX2 reduction. This downregulation seemed to partially require c-Jun N-terminal Kinase (JNK), but not p38, the two kinases activated by IL-33 in skin MCs. Surprisingly, however, JNK had a positive effect on MRGPRX2 expression in the absence of IL-33. This was evidenced by Accell®-mediated JNK knockdown and JNK inhibition. In stark contrast to the dampening effect upon prolonged exposure, IL-33 was able to prime for increased degranulation by MRGPRX2 ligands when administered directly before stimulation. This supportive effect depended on p38, but not on JNK activity. Our data reinforce the concept that exposure length dictates whether IL-33 will enhance or attenuate secretion. IL-33 is, thus, the first factor to acutely enhance MRGPRX2-triggered degranulation. Finally, we reveal that p38, rarely associated with MC degranulation, can positively affect exocytosis in a context-dependent manner

Retinoic Acid Negatively Impacts Proliferation and MCTC Specific Attributes of Human Skin Derived Mast Cells, but Reinforces Allergic Stimulability

The Vitamin-A-metabolite retinoic acid (RA) acts as a master regulator of cellular programs. Mast cells (MCs) are primary effector cells of type-I-allergic reactions. We recently uncovered that human cutaneous MCs are enriched with RA network components over other skin cells. Yet, direct experimental evidence on the significance of the RA-MC axis is limited. Here, skin-derived cultured MCs were exposed to RA for seven days and investigated by flow-cytometry (BrdU incorporation, Annexin/PI, FcεRI), microscopy, RT-qPCR, histamine quantitation, protease activity, and degranulation assays. We found that while MC size and granularity remained unchanged, RA potently interfered with MC proliferation. Conversely, a modest survival-promoting effect from RA was noted. The granule constituents, histamine and tryptase, remained unaffected, while RA had a striking impact on MC chymase, whose expression dropped by gene and by peptidase activity. The newly uncovered MRGPRX2 performed similarly to chymase. Intriguingly, RA fostered allergic MC degranulation, in a way completely uncoupled from FcεRI expression, but it simultaneously restricted MRGPRX2-triggered histamine release in agreement with the reduced receptor expression. Vitamin-A-derived hormones thus re-shape skin-derived MCs numerically, phenotypically, and functionally. A general theme emerges, implying RA to skew MCs towards processes associated with (allergic) inflammation, while driving them away from the skin-imprinted MCTC (“MCs containing tryptase and chymase”) signature (chymase, MRGPRX2). Collectively, MCs are substantial targets of the skin retinoid network