Extracting biomedical relations from biomedical literature

Tese de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, apresentada à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, em 2018A ciência, e em especial o ramo biomédico, testemunham hoje um crescimento de conhecimento a uma taxa que clínicos, cientistas e investigadores têm dificuldade em acompanhar. Factos científicos espalhados por diferentes tipos de publicações, a riqueza de menções etiológicas, mecanismos moleculares, pontos anatómicos e outras terminologias biomédicas que não se encontram uniformes ao longo das várias publicações, para além de outros constrangimentos, encorajaram a aplicação de métodos de text mining ao processo de revisão sistemática. Este trabalho pretende testar o impacto positivo que as ferramentas de text mining juntamente com vocabulários controlados (enquanto forma de organização de conhecimento, para auxílio num posterior momento de recolha de informação) têm no processo de revisão sistemática, através de um sistema capaz de criar um modelo de classificação cujo treino é baseado num vocabulário controlado (MeSH), que pode ser aplicado a uma panóplia de literatura biomédica. Para esse propósito, este projeto divide-se em duas tarefas distintas: a criação de um sistema, constituído por uma ferramenta que pesquisa a base de dados PubMed por artigos científicos e os grava de acordo com etiquetas pré-definidas, e outra ferramenta que classifica um conjunto de artigos; e a análise dos resultados obtidos pelo sistema criado, quando aplicado a dois casos práticos diferentes. O sistema foi avaliado através de uma série de testes, com recurso a datasets cuja classificação era conhecida, permitindo a confirmação dos resultados obtidos. Posteriormente, o sistema foi testado com recurso a dois datasets independentes, manualmente curados por investigadores cuja área de investigação se relaciona com os dados. Esta forma de avaliação atingiu, por exemplo, resultados de precisão cujos valores oscilam entre os 68% e os 81%. Os resultados obtidos dão ênfase ao uso das tecnologias e ferramentas de text mining em conjunto com vocabulários controlados, como é o caso do MeSH, como forma de criação de pesquisas mais complexas e dinâmicas que permitam melhorar os resultados de problemas de classificação, como são aqueles que este trabalho retrata.Science, and the biomedical field especially, is witnessing a growth in knowledge at a rate at which clinicians and researchers struggle to keep up with. Scientific evidence spread across multiple types of scientific publications, the richness of mentions of etiology, molecular mechanisms, anatomical sites, as well as other biomedical terminology that is not uniform across different writings, among other constraints, have encouraged the application of text mining methods in the systematic reviewing process. This work aims to test the positive impact that text mining tools together with controlled vocabularies (as a way of organizing knowledge to aid, at a later time, to collect information) have on the systematic reviewing process, through a system capable of creating a classification model which training is based on a controlled vocabulary (MeSH) that can be applied to a variety of biomedical literature. For that purpose, this project was divided into two distinct tasks: the creation a system, consisting of a tool that searches the PubMed search engine for scientific articles and saves them according to pre-defined labels, and another tool that classifies a set of articles; and the analysis of the results obtained by the created system when applied to two different practical cases. The system was evaluated through a series of tests, using datasets whose classification results were previously known, allowing the confirmation of the obtained results. Afterwards, the system was tested by using two independently-created datasets which were manually curated by researchers working in the field of study. This last form of evaluation achieved, for example, precision scores as low as 68%, and as high as 81%. The results obtained emphasize the use of text mining tools, along with controlled vocabularies, such as MeSH, as a way to create more complex and comprehensive queries to improve the performance scores of classification problems, with which the theme of this work relates

Observatory of Educational Policies of the region of Odemira – An innovative tool in the research and definition of local educational policies and practices

Because of its territorial dispersion (1721Km2) and low population density (15.10 inhab/km2 | 26036 inhab. total), Odemira is seen as a low density region. Grounded in an involved and team work, and having this in mind, the Local Education Plan (PEL) was built as the anchor to the research, planning and concretion of the educational policy in Odemira. Featuring distinctive guidelines and built on scientific basis, the PEL quickly stood out being the “most innovative in the country”, according to Professor António Rochete (University of Coimbra). Connecting these levels of innovation with the great effort that the City put on studying seriously the conditions that contribute to the existence of certain local educational indicators (some of which lower than the Portuguese average), it was possible to draw a path involving all actors of the educational community in the way of change and social innovation in the definition of an educational policy. Under the PEL and within a straight partnership with TAIPA and University of Évora, Odemira started the implementation of an “Observatory of Educational Policies of the Region of Odemira” (OPECO). This pioneering tool aims to define a methodology of data collection and analysis which is expected to promote a better monitoring of the academic course of students in this region, from pre-school to the conclusion of higher education. It will also contribute to support the definition and implementation of public policies that promote the development and improvement of indicators of education and training in the region. OPECO will consist in two related digital media: the new PEL (Odemira: Território Educativo - 2014- 2016) website and a tool for data collection, analysis and for granting public access to them (with different levels of access). Both website and OPECO tool are developed by Portugal Telecom, one of the most important Portuguese enterprises in this field, and this project was first page of one of the most important Portuguese daily paper (Jornal Público) in march, and Odemira, with this project, was considered in November the second best Portuguese municipality to study in “Future Education” Prizes. This communication’s seek to present the foundations, features and the potential of the OPECO as an innovative element in the management of local educational policies

O envolvimento das/os estudantes na Escola como pilar para a gestão educativa autárquica – Odemira 2020, Odemira Território Educativo

Respondendo aos desígnios do documento de desenvolvimento estratégico (Odemira 2020) e a uma relação estruturante com os planos de desenvolvimento económico e social, o Município de Odemira iniciou um processo de construção da sua nova Carta Educativa (Carta Educativa “3G”) que incorporará no seu seio os Planos Educativos Locais (2014-2016 e 2017-2019) e o Observatório das Políticas Educativas do Concelho de Odemira. Estes recursos têm como principais objetivos a definição de metodologias de recolha e análise de dados (indicadores e resultados de variáveis) que permitirão um melhor acompanhamento do percurso da população escolar do concelho desde o ensino pré-escolar até à conclusão do ensino superior e a elaboração de documentação que possa suportar a definição e implementação de políticas públicas que potenciem o desenvolvimento e a melhoria dos indicadores de educação e formação do concelho. Sendo o conceito e os modelos conceptuais do envolvimento das/os estudantes na Escola um dos principais indicadores para o estudo dos fatores que concorrem para a baixa participação das/os estudantes na escola, o seu baixo desempenho académico e o abandono escolar precoce, entende o Município de Odemira realizar um estudo aprofundado sobre este conceito nas/os estudantes do concelho de Odemira enquanto fator chave de desenvolvimento das referidas ferramentas. A presente comunicação pretende discutir os fundamentos que estão na base da definição da política educativa municipal do concelho de Odemira e o papel do estudo do envolvimento das/os estudantes na mesma

Hepatitis C treatment in a district Hospital

Publicação sob a forma de PosterThe aim of this study was the characterization of patients with Hepatitis C (HCV) under treatment. Patients included in this study were followed in a Portuguese District Hospital between January 2012 and September 2014, have received treatment for HCV and who had at least one infectiology consultation in this period. Data were collected from the hospital computer system, and patient´s data were collected anonymously, without patient identification. Data analysis was performed using SPSS v22.0. Were included in this study 87 patients who met the inclusion criteria, 75% (n=65) were males and 25% (n=22) female, with a mean age of 45±10 years. Most patients included in this study were Portuguese, resident in the Hospital district and nearby districts. Patients were diagnosed with HCV with a mean age of 3311 years, were followed on average for 53.5 years in this Hospital, and were diagnosed with HCV on average 126.9 years ago. Among these patients, 44% (n=38) had genotype 1, 2% (n=2) genotype 2, 17% (n=15) genotype 3, 13% (n=11) genotype 4 and 24% (n=21) with unknown genotype. Most frequent treatment regimens used by patients included in the study were the association of pegylated interferon alfa 2b (100mcg/week) and ribavirin (1000 mg/day) (52%; n=45); pegylated interferon alpha 2a (180mcg/week) and ribavirin (1000 mg/day) (42%; n=36). Other associations were used but less frequently: pegylated interferon alfa 2a + ribavirin + boceprevir (2%; n=2); pegylated interferon alfa 2b + ribavirin + boceprevir (3%; n=3); and pegylated interferon alfa 2a + ribavirin + telaprevir (1%; n=1). Among included patients, 55 (63%) have performed, to date, one treatment for HCV, 19 (22%) have performed two treatments for HCV (using two different regimens or by using the same regimen twice), 9 (10%) already underwent treatment three times, 3 (3%) already underwent treatment four times and only one patient (1%) has conducted five treatments for HCV. Excluding patients who were receiving treatment at the time of data collection (September 2014), the average length of all other treatments performed by the patients was 82 months, and most (40%; n=51) of treatments performed by patients had a duration from 6 to 9 months. From the results, the standard treatment for patients with HCV appears to be in accordance with the existing guidelines for the treatment of this pathology. In the future it would be advisable further analysis and extended to other hospitals to assess the degree of compliance with currently existing national guidelines for the treatment of this pathology.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Can urban gardens improve food security, health, well-being and financial sustainability of households?

Abstract in proceedings of the Fourth International Congress of CiiEM: Health, Well-Being and Ageing in the 21st Century, held at Egas Moniz’ University Campus in Monte de Caparica, Almada, from 3–5 June 2019.This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

A família, comunidade de amor : contributo para o estudo do efeito da lecionação sobre a representação que as crianças têm da família

Falar de família hoje tem tanto de aliciante quanto de desafiante. Sendo esta a célula básica da sociedade, são os valores cultivados no seio familiar que vão vigorar na comunidade que a integra. Na atualidade, assiste-se a uma transformação nos princípios orientadores da instituição familiar, convertendo e modificando o grupo que é o primeiro a acolher e a transmitir as noções estruturantes de socialização, partilha e proteção. As famílias são diferentes e a perceção que os alunos têm destas é certamente pessoal e recheada de experiências de carácter subjetivo. Este poderia ser visto como um aspeto difícil de trabalhar com os alunos, mas esta diferenciação de conceitos e experiências, pode enriquecer as aprendizagens. No presente Relatório Final da Prática de Ensino Supervisionado estuda-se o conceito de família apresentado pelas crianças do 5.ºC/D e a hipótese da Unidade Letiva 3 – A família, comunidade de amor, do 5.º ano se revelar fundamental para que os alunos percecionem a própria experiência familiar, de modo que possam posteriormente atuar sobre ela, modificando comportamentos, construindo novas atitudes ou mesmo encontrando soluções para os possíveis problemas familiares. Concluem-se que da UL 3 – A família, comunidade de amor, na disciplina de EMRC, contribui para a valorização da família enquanto “célula viva” da sociedade, para a participação de todos na vida em família e para a promoção de valores familiares comuns e estruturantes. Sugere-se assim que um reforço entre a cultura e a fé poderá ser resposta aos desafios atuais da sociedade e da educação pós-moderna.Talking about family today is as exciting as it is challenging. Since this is the basic cell of society, it is the values cultivated in the family that will prevail in the community that integrates it. Today, we are witnessing a transformation in the guiding principles of the family institution, converting and modifying the group that is the first to welcome and transmit the structuring notions of socialization, sharing and protection. The families are different and the students' perception of them is certainly personal and full of subjective experiences. This could be seen as a difficult aspect of working with students, but this differentiation of concepts and experiences can enrich learning. This Final Report of the Supervised Teaching Practice studies the concept of family presented by the children of the 5th C/D and the hypothesis of the 5th grade teaching unit 3 - The family, love community, becoming fundamental for the students to perceive their own family experience, so that they can then act on it, changing behaviours, building new attitudes or even finding solutions to possible family problems. It is concluded that UL 3 - The family, the love community, in the discipline of EMRC, contributes to the appreciation of the family as a "living cell" of society, to the participation of all in family life and to the promotion of common and structuring family values. It is therefore suggested that a strengthening between culture and faith could be a response to the current challenges of society and post-modern education

Sequencing of a 9.9 kb segment on the right arm of yeast chromosome VII reveals four open reading frames, including PFK1, the gene coding for succinyl-CoA synthetase (beta-chain) and two ORFs sharing homology with ORFs of the yeast chromosome VIII

A 9.9 kb DNA fragment from the right arm of chromosome VII of Saccharomyces cerevisiae has been sequenced and analysed. The sequence contains four open reading frames (ORFs) longer than 100 amino acids. One gene, PFK1, has already been cloned and sequenced and the other one is the probable yeast gene coding for the beta-subunit of the succinyl-CoA synthetase. The two remaining ORFs share homology with the deduced amino acid sequence (and their physical arrangement is similar to that) of the YHR161c and YHR162w ORFs from chromosome VIII

Hérnias toraco-lombares do tipo I e II na espécie canis lupus familiaris : prognóstico a curto prazo após tratamento cirúrgico

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina VeterináriaA hérnia de disco intervertebral (HDI) caracteriza-se pela extrusão (hérnia Hansen tipo I) ou pela protrusão (hérnia Hansen tipo II) de um ou mais discos intervertebrais, mais comummente na região toraco-lombar, que pelo efeito de massa no canal medular ou pela concussão da medula espinhal, ou por ambos, causam uma disfunção neurológica do segmento medular afectado. Os sinais neurológicos podem variar desde ataxia e dor (menor gravidade), paraplegia e/ou incontinência (maior gravidade) até à morte em casos de mielomalácia ascendente. O grau de gravidade é estabelecido após a realização de um exame neurológico completo, que permite correlacionar os sinais clínicos com o prognóstico. O diagnóstico da HDI é baseado essencialmente no exame neurológico, e em exames imagiológicos tais como a mielografia, a tomografia axial computorizada ou a ressonância magnética. O tratamento pode ser simplesmente médico (repouso e anti-inflamatórios) nos casos de menor gravidade, mas nos pacientes que apresentam quadros clínicos de maior gravidade torna-se necessário o tratamento cirúrgico. Neste estudo foram analisados 13 cães, diagnosticados com HDI mediante mielografia (92,3%, 12/13) e ressonância magnética (7,7%, 1/13). Todos os 13 pacientes foram tratados cirurgicamente com a técnica descrita por Hemilaminectomia dorso-lateral, e subdivididos em 2 grupos consoante estavam acometidos por hérnia Hansen tipo I (61,5%, 8/13) ou por hérnia Hansen tipo II (38,5%, 5/13). Em ambos os grupos, os pacientes recuperaram o movimento voluntário e a capacidade de marcha apesar de o Grupo II ter demorado mais tempo que o Grupo I. No Grupo I recuperaram totalmente a propriocepção, enquanto todos os pacientes do Grupo II mantiveram alguns deficits proprioceptivos. A taxa de eutanásia neste estudo corresponde aos dois pacientes que não recuperam a percepção consciente da sensibilidade profunda e que tinham sido classificados em grau de gravidade 5 há mais de 48 horas. Os resultados obtidos neste estudo foram ao encontro do prognóstico, concluindo que os pacientes com hérnias do tipo I tratados cirurgicamente têm melhor prognóstico em relação aos pacientes com hérnias do tipo II mesmo que estejam em grau de gravidade maior. Contudo é de enfatizar que estas conclusões dizem apenas respeito a uma pequena população e para se obterem resultados mais fidedignos dever-se-ia aumentar a amostra estudada.ABSTRACT - THORACOLUMBAR INTERVERTEBRAL DISC DISEASE TYPE I AND II IN THE SPECIE CANIS LUPUS FAMILIARIS: SHORT TERM PROGNOSIS AFTER SURGERY - The intervertebral disc disease (IVDD) is characterized by extrusion (Hansen type I) or protrusion (Hansen type II) of one or more intervertebral discs, most commonly in the thoracolumbar region, which by mass effect in the spinal canal or by concussion of the spinal cord, or both, causes a neurological dysfunction of the affected medullary segment. The neurological signs can range from ataxia and pain (minor severity), paraplegia and/or incontinence (major severity), to death in cases of ascending myelomalacia. The severity is established after conducting a thorough neurological examination and it allows correlating clinical signs with the prognosis. The diagnosis of IVDD is based on neurological examination, imaging exams such as myelography, computerized tomography or magnetic resonance. The treatment may simply be conservative (rest and anti-inflammatory drugs) in less serious cases, but patients with more severe grade require surgical treatment. In this study, 13 dogs were examined and diagnosed with IVDD by myelography (92,3%, 12/13), and magnetic resonance imaging (7,7%, 1/13). All 13 patients were treated surgically with the technique described by dorso-lateral hemilaminectomy, and subdivided into two groups depending on whether they were suffering from Hansen type I disc disease (61,5%, 8/13) or type II (38,5%, 5/13). In both groups, patients regained voluntary movement and the ability to walk, despite that the Group II have taken more time than Group I. In Group I, all patients have recovered the proprioception, while all patients in Group II retained some proprioceptive deficits two months after surgery. The rate of euthanasia in this study corresponds to two patients who did not regain conscious perception of deep sensation that had been classified as grade 5 (> 48 hours). The results of this study meet the expected outcome, concluding that patients with type I disc disease treated surgically have better prognosis compared to patients with type II disc disease even if they were in a most severe grade. However is important emphasize that these findings relate only to a small population and to obtain more reliable results the study population should be increased

Efeitos de uma intervenção multidisciplinar na composição corporal, medidas antropométricas, capacidade cardiorrespiratória e pressão arterial em mulheres com excesso de peso e obesidade

Orientação: João LealObjetivo O presente estudo teve como primeiro objetivo através de uma revisão sistemática de literatura, analisar os efeitos de intervenções multidisciplinares com variáveis mais específicas como as medidas antropométricas, composição corporal, pressão arterial e capacidade cardiorrespiratória em adultos. O segundo objetivo foi avaliar o impacto de uma intervenção multidisciplinar nas mesmas variáveis anteriormente descritas em mulheres participantes no programa GAPAAF (Gabinete de aconselhamento para a alimentação e Atividade Física). Método Em primeiro lugar foi realizada uma pesquisa eletrónica estruturada em duas bases de dados, nomeadamente PubMed e SportDiscus através da metodologia PICOS, recomendada pelas guidelines PRISMA (Liberati et al., 2009). Num segundo momento, num estudo de carater quasi-experimental, foram analisados dados de 61 mulheres participantes no programa GAPAAF no que diz respeito às medidas antropométricas, composição corporal, pressão arterial e capacidade cardiorrespiratória. Resultados Numa primeira instância, a pesquisa efetuada resultou na inclusão de 12 estudos que avaliam a importância de uma intervenção multidisciplinar na composição corporal, medidas antropométricas, na capacidade cardiorrespiratória e na pressão arterial e adultos com excesso de peso e obesidade. Na investigação, verificou-se que todas as variáveis dependentes evoluíram positivamente ao longo da intervenção mas que não se correlacionaram com o tipo de atividade física, com a idade e com a idade menstrual. Conclusões A revisão encontra-se limitada em termos de identificação de estudos, no entanto aqueles que foram apurados indicam que a alteração de comportamentos alimentares e de atividade física reduzem o excesso de peso e obesidade. O estudo empírico conclui que a intervenção de carater multidisciplinar para o combate ao excesso de peso e obesidade é extremamente eficaz.Purpose The first aim of this study was, through a systematic review of the literature, analyze the effects of multidisciplinary interventions with more specific variables such as: anthropometric measurements, body composition, blood pressure, and cardiorespiratory fitness in adults. The second goal was to evaluate the impact of a multidisciplinary intervention on the same variables previously described, in women participating in the GAPAAF program (Office advice for nutrition and physical activity). Method Firstly, a structured electronic survey was conducted in two databases, including PubMed and SportDiscus through PICOS methodology, recommended by the PRISMA guidelines (Liberati et al., 2009). Subsequently, in an intervention study, data from 61 participants were analyzed in women from GAPAAF program with regard to anthropometric measurements, body composition, blood pressure, and cardiorespiratory fitness. Results The conducted survey resulted in the inclusion of 12 studies assessing the importance of a multidisciplinary intervention on body composition, anthropometric measures, cardiorespiratory capacity, blood pressure and adult overweight and obesity. On the investigation study, it was found that all dependent variables positively evolved during the intervention but did not correlate with the type of physical activity, age and menstrual age. Conclusions The review is limited in terms of identified studies, however those which were verified indicate that changing eating behavior and physical activity reduce overweight and obesity. The empirical study finds that the intervention of multidisciplinary character to combat overweight and obesity is extremely effective

O PENTECOSTALISMO NA SERRA DA ESTRELA: Conversão, Batismo e Identidade Religiosa na Assembléia de Deus da Covilhã (Portugal)

A partir de uma breve caracterização histórica e teológica do protestantismopentecostalismo e do conceito de ‘Assembleias de Deus’, este artigo tem como objetivo discutir algumas especificidades antropológicas da Igreja Evangélica Pentecostal Assembleia de Deus da Covilhã (Portugal). Utilizando o método etnográfico da observação-participante (como insider-believer), o estudo foca a conversão evangélica e as duas principais dimensões da manifestação de fé, individual e coletiva - o batismo ‘nas águas’ e o batismo no ‘Espírito Santo’ - e o seu papel no processo de construção identitária pentecosta