Fluorescence-Based Phenotypic Selection Allows Forward Genetic Screens in Haploid Human Cells

The isolation of haploid cell lines has recently allowed the power of forward genetic screens to be applied to mammalian cells. The interest in applying this powerful genetic approach to a mammalian system is only tempered by the limited utility of these screens, if confined to lethal phenotypes. Here we expand the scope of these approaches beyond live/dead screens and show that selection for a cell surface phenotype via fluorescence-activated cell sorting can identify the key molecules in an intracellular pathway, in this case MHC class I antigen presentation. Non-lethal haploid genetic screens are widely applicable to identify genes involved in essentially any cellular pathway

Live Cell Imaging Unveils Multiple Domain Requirements for In Vivo Dimerization of the Glucocorticoid Receptor

Glucocorticoids are essential for life, but are also implicated in disease pathogenesis and may produce unwanted effects when given in high doses. Glucocorticoid receptor (GR) transcriptional activity and clinical outcome have been linked to its oligomerization state. Although a point mutation within the GR DNA-binding domain (GRdim mutant) has been reported as crucial for receptor dimerization and DNA binding, this assumption has recently been challenged. Here we have analyzed the GR oligomerization state in vivo using the number and brightness assay. Our results suggest a complete, reversible, and DNA-independent ligand-induced model for GR dimerization. We demonstrate that the GRdim forms dimers in vivo whereas adding another mutation in the ligand-binding domain (I634A) severely compromises homodimer formation. Contrary to dogma, no correlation between the GR monomeric/dimeric state and transcriptional activity was observed. Finally, the state of dimerization affected DNA binding only to a subset of GR binding sites. These results have major implications on future searches for therapeutic glucocorticoids with reduced side effects.Fil: Presman, Diego Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Ogara, Maria Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Stortz, Martin Dario. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Alvarez, Lautaro Damian. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Orgánica; ArgentinaFil: Pooley, John R.. National Cancer Institute. Laboratory of Receptor Biology and Gene Expression; Estados Unidos. University of Bristol; Reino UnidoFil: Schiltz, R. Louis. National Cancer Institute. Laboratory of Receptor Biology and Gene Expression; Estados UnidosFil: Grøntved, Lars. National Cancer Institute. Laboratory of Receptor Biology and Gene Expression; Estados UnidosFil: Johnson, Thomas A.. National Cancer Institute. Laboratory of Receptor Biology and Gene Expression; Estados UnidosFil: Mittelstadt, Paul R.. National Cancer Institute. Laboratory of Immune Cell Biology; Estados UnidosFil: Ashwell, Jonathan D.. National Cancer Institute. Laboratory of Immune Cell Biology; Estados UnidosFil: Ganesan, Sundar. National Cancer Institute. Laboratory of Receptor Biology and Gene Expression; Estados Unidos. National Institute of Allergy and Infectious Diseases; Estados UnidosFil: Burton, Gerardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Unidad de Microanálisis y Métodos Físicos en Química Orgánica; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Orgánica; ArgentinaFil: Levi, Valeria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; ArgentinaFil: Hager, Gordon L.. National Cancer Institute. Laboratory of Receptor Biology and Gene Expression; Estados UnidosFil: Pecci, Adali. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentin

Síntesis y caracterización de nanopartículas de óxido de plata obtenidas mediante síntesis verde

El creciente desarrollo de nuevos materiales obliga a investigar técnicas y procesos ecológicos, responsables y amigables con el medio ambiente, en este sentido, la química verde brinda herramientas útiles que permiten el desarrollo de nuevos procesos para la síntesis de materiales. El presente trabajo detalla la síntesis de nanopartículas de óxidos de plata (Ag2O-NPs) a través de un proceso basado en “química verde”. En el proceso se utilizaron como agentes reductores y estabilizantes de las nanopartículas de plata, productos de excreción de la especie micótica Fusarium oxysporum1 . Se llevó a cabo la puesta a punto del proceso y la caracterización de las nanopartículas aplicando las siguientes técnicas analíticas: espectroscopia ultravioleta-visible, dispersión dinámica de la luz (DLS), difracción de rayos X (XRD), microscopía de transmisión electrónica (TEM) y microscopía de barrido (SEM). Se estudió la formación de nanopartículas durante 96 horas aplicando tres concentraciones de nitrato de plata (1, 1,5 y 3 mM) y se observó que las nanopartículas sintetizadas con 1 mM AgNO3 alcanzaron la estabilidad a las 24 horas de reacción, mientras que, aquellas sintetizadas con 1,5 y 3 mM AgNO3 lo hicieron a las 48 y 72 horas después de iniciada la reacción, respectivamente. Se obtuvieron nanopartículas esféricas, polidispersas y con tamaños promedio de 131,9 nm, 194 nm y 74,2 nm (determinado por DLS) y 21,97 nm, 33,62 nm y 20.9nm (determinado por TEM) para los ensayos realizados con concentraciones de 1, 1,5 y 3 mM de AgNO3, respectivamente. La diferencia entre los resultados obtenidos por las técnicas SEM y TEM sugieren que el agente reductor estaría encapsulando a las nanopartículas. Los picos de difracción obtenidos mediante XRD fueron 27,42°, 31,88° y 45,85°, que corresponden a óxidos de plata, de acuerdo con la base de datos de estructuras inorgánicas cristalinas (ICSD en inglés)2 . Se puede concluir que el producto de excreción de Fusarium oxysporum puede ser utilizado para la obtención de nanopartículas de óxidos de plata.Fil: Gordon Falconi, Cintya. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; ArgentinaFil: Iannone, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; ArgentinaFil: Debut, A.. Universidad de Las Fuerzas Armadas; EcuadorFil: Groppa, María Daniela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini". Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Química y Físico-Química Biológicas; ArgentinaIII Jornadas de Jóvenes BionanocientificxsArgentinaInstituto de Química y Físico-Química Biológicas "Prof. Alejandro C. Paladini"Instituto LeloirInstituto de NanosistemasCentro de Investigaciones en Bionanociencias "Elizabeth Jares Erijman

Concert recording 2018-10-29

[Track 1]. The wolf\u27s aria from Little red riding hood / Seymour Barab -- [Track 2]. Die beiden Grenadiene / Robert Schumann -- [Track 3]. Jeanie with the light brown hair / Stephen Foster -- [Track 4]. Verborgenheit / Hugo Wolf -- [Track 5]. Ridente la calma / Wolfgang Amadeus Mozart -- [Track 6]. Allerseelen / Richard Strauss -- [Track 7]. Laurie\u27s song from The tender land / Aaron Copland -- [Track 8]. Come raggio di sol / Antonio Caldara -- [Track 9]. Gretchen am Spinnrade / Franz Schubert -- [Track 10]. La Spectre de la Rose from Les Nuits d\u27Ete / Hector Berlioz -- [Track 11]. Lied der Mignon / Franz Schubert -- [Track 12]. This is my beloved from Kismet / Robert Wright George Forrest -- [Track 13]. Dein blaues Auge [Track 14]. Wie Melodien zieht es / Johannes Brahms -- [Track 15]. The infinite shining heavens from Songs of travel / Ralph Vaughan-Williams -- [Track 16]. O stay, my love / Sergei Rachmaninoff -- [Track 17]. Il lacerato spirito from Simon Boccanegra / Giuseppe Verdi -- [Track 18]. There but for you I go from Brigadoon / Lerner and Loewe

El error de observación y su influencia en los análisis morfológicos de restos óseos humanos. Datos de variación discreta.

        RESUMEN A partir de la década de 1960 se incrementó el empleo de los rasgos no métricos del cráneo en los análisis de relaciones poblacionales. Si bien uno de los supuestos en que se bas6 el uso de estos rasgos es la facilidad de estandarizar su registro, varios trabajos sugieren que el error interobservador en los rasgos discretos es elevado. En consecuencia, los objetivos del trabajo son evaluar el error intra e interobservador en el registro de rasgos craneales no métricos y analizar el efecto del error interobservador sobre las distancias biológicas calculadas. Con este fin, se analizó una muestra arqueológica procedente del Valle inferior del Río Negro -10 con deformación pseudocircular y 10 con deformación planolámbdica-. Se seleccionaron ocho variables discretas del cráneo que fueron relevadas por cuatro observadores. El error de observación fue evaluado mediante un diseño experimental de bloques aleatorios con tres repeticiones y el empleo del índice Kappa y la prueba de McNemar. La distancia biológica entre las dos muestras se estimó mediante la Medida Media de Divergencia y un análisis de escalamiento multidimensional. Los resultados obtenidos indican que el error intraobservador disminuyó mediante la aplicación del diseño experimental, que el error interobservador se incrementó en las sucesivas series y que las diferencias entre los observadores alteraron los resultados de las medidas de distancia calculadas entre las muestras.   ABSTRACT Since the early 1960s, there was an increasing interest in the application of non-metric cranial traits to the analysis of relationships between populations. One of the assumptions for the use of these traits is based upon the simplicity to standardize the recordings. However, several papers suggest that the interobserver error on such recordings is high. Therefore, the goals of this paper are to evaluate the intra and interobserver error on the scoring of nonmetric cranial traits, as well as to analyze the effect of the interobserver error in the biological distances estimated with them. An archeological sample (n=20) from the lower stretch Valley of Rio Negro Valley (Rio Negro Province, Argentina) was analyzed. Eight discrete variables from the skull were recorded independently by four observers. The observation error was evaluated by means of a randomized complete blocks design, with three repetitions, and employing the Kappa index and the McNemar test. The biological distance between the two samples was estimated through the Mean Measure of Divergence and a multidimensional scaling test. Our results indicate that 1) the intraobserver error Diminishes with the application of observational designs; 2) the interobserver error increases in successive series and; 3) the differences among observers modify the results of calculated biodistance between samples

Genomic, Pathway Network, and Immunologic Features Distinguishing Squamous Carcinomas

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smokin

Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context

Long noncoding RNAs (lncRNAs) are commonly dys-regulated in tumors, but only a handful are known toplay pathophysiological roles in cancer. We inferredlncRNAs that dysregulate cancer pathways, onco-genes, and tumor suppressors (cancer genes) bymodeling their effects on the activity of transcriptionfactors, RNA-binding proteins, and microRNAs in5,185 TCGA tumors and 1,019 ENCODE assays.Our predictions included hundreds of candidateonco- and tumor-suppressor lncRNAs (cancerlncRNAs) whose somatic alterations account for thedysregulation of dozens of cancer genes and path-ways in each of 14 tumor contexts. To demonstrateproof of concept, we showed that perturbations tar-geting OIP5-AS1 (an inferred tumor suppressor) andTUG1 and WT1-AS (inferred onco-lncRNAs) dysre-gulated cancer genes and altered proliferation ofbreast and gynecologic cancer cells. Our analysis in-dicates that, although most lncRNAs are dysregu-lated in a tumor-specific manner, some, includingOIP5-AS1, TUG1, NEAT1, MEG3, and TSIX, synergis-tically dysregulate cancer pathways in multiple tumorcontexts

Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas

Although theMYConcogene has been implicated incancer, a systematic assessment of alterations ofMYC, related transcription factors, and co-regulatoryproteins, forming the proximal MYC network (PMN),across human cancers is lacking. Using computa-tional approaches, we define genomic and proteo-mic features associated with MYC and the PMNacross the 33 cancers of The Cancer Genome Atlas.Pan-cancer, 28% of all samples had at least one ofthe MYC paralogs amplified. In contrast, the MYCantagonists MGA and MNT were the most frequentlymutated or deleted members, proposing a roleas tumor suppressors.MYCalterations were mutu-ally exclusive withPIK3CA,PTEN,APC,orBRAFalterations, suggesting that MYC is a distinct onco-genic driver. Expression analysis revealed MYC-associated pathways in tumor subtypes, such asimmune response and growth factor signaling; chro-matin, translation, and DNA replication/repair wereconserved pan-cancer. This analysis reveals insightsinto MYC biology and is a reference for biomarkersand therapeutics for cancers with alterations ofMYC or the PMN

Spatial Organization and Molecular Correlation of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Using Deep Learning on Pathology Images

Beyond sample curation and basic pathologic characterization, the digitized H&E-stained images of TCGA samples remain underutilized. To highlight this resource, we present mappings of tumorinfiltrating lymphocytes (TILs) based on H&E images from 13 TCGA tumor types. These TIL maps are derived through computational staining using a convolutional neural network trained to classify patches of images. Affinity propagation revealed local spatial structure in TIL patterns and correlation with overall survival. TIL map structural patterns were grouped using standard histopathological parameters. These patterns are enriched in particular T cell subpopulations derived from molecular measures. TIL densities and spatial structure were differentially enriched among tumor types, immune subtypes, and tumor molecular subtypes, implying that spatial infiltrate state could reflect particular tumor cell aberration states. Obtaining spatial lymphocytic patterns linked to the rich genomic characterization of TCGA samples demonstrates one use for the TCGA image archives with insights into the tumor-immune microenvironment

Global respiratory syncytial virus-associated mortality in young children (RSV GOLD): a retrospective case series

Background Respiratory syncytial virus (RSV) infection is an important cause of pneumonia mortality in young children. However, clinical data for fatal RSV infection are scarce. We aimed to identify clinical and socioeconomic characteristics of children aged younger than 5 years with RSV-related mortality using individual patient data. Methods In this retrospective case series, we developed an online questionnaire to obtain individual patient data for clinical and socioeconomic characteristics of children aged younger than 5 years who died with community-acquired RSV infection between Jan 1, 1995, and Oct 31, 2015, through leading research groups for child pneumonia identified through a comprehensive literature search and existing research networks. For the literature search, we searched PubMed for articles published up to Feb 3, 2015, using the key terms “RSV”, “respiratory syncytial virus”, or “respiratory syncytial viral” combined with “mortality”, “fatality”, “death”, “died”, “deaths”, or “CFR” for articles published in English. We invited researchers and clinicians identified to participate between Nov 1, 2014, and Oct 31, 2015. We calculated descriptive statistics for all variables. Findings We studied 358 children with RSV-related in-hospital death from 23 countries across the world, with data contributed from 31 research groups. 117 (33%) children were from low-income or lower middle-income countries, 77 (22%) were from upper middle-income countries, and 164 (46%) were from high-income countries. 190 (53%) were male. Data for comorbidities were missing for some children in low-income and middle-income countries. Available data showed that comorbidities were present in at least 33 (28%) children from low-income or lower middle-income countries, 36 (47%) from upper middle-income countries, and 114 (70%) from high-income countries. Median age for RSV-related deaths was 5·0 months (IQR 2·3–11·0) in low-income or lower middle-income countries, 4·0 years (2·0–10·0) in upper middle-income countries, and 7·0 years (3·6–16·8) in high-income countries. Interpretation This study is the first large case series of children who died with community-acquired RSV infection. A substantial proportion of children with RSV-related death had comorbidities. Our results show that perinatal immunisation strategies for children aged younger than 6 months could have a substantial impact on RSV-related child mortality in low-income and middle-income countries