A benchmark for biomedical knowledge graph based similarity

Tese de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020Os grafos de conhecimento biomédicos são cruciais para sustentar aplicações em grandes quantidades de dados nas ciências da vida e saúde. Uma das aplicações mais comuns dos grafos de conhecimento nas ciências da vida é o apoio à comparação de entidades no grafo por meio das suas descrições ontológicas. Estas descrições suportam o cálculo da semelhança semântica entre duas entidades, e encontrar as suas semelhanças e diferenças é uma técnica fundamental para diversas aplicações, desde a previsão de interações proteína-proteína até à descoberta de associações entre doenças e genes, a previsão da localização celular de proteínas, entre outros. Na última década, houve um esforço considerável no desenvolvimento de medidas de semelhança semântica para grafos de conhecimento biomédico mas, até agora, a investigação nessa área tem-se concentrado na comparação de conjuntos de entidades relativamente pequenos. Dada a diversa gama de aplicações para medidas de semelhança semântica, é essencial apoiar a avaliação em grande escala destas medidas. No entanto, fazê-lo não é trivial, uma vez que não há um padrão ouro para a semelhança de entidades biológicas. Uma solução possível é comparar estas medidas com outras medidas ou proxies de semelhança. As entidades biológicas podem ser comparadas através de diferentes ângulos, por exemplo, a semelhança de sequência e estrutural de duas proteínas ou as vias metabólicas afetadas por duas doenças. Estas medidas estão relacionadas com as características relevantes das entidades, portanto podem ajudar a compreender como é que as abordagens de semelhança semântica capturam a semelhança das entidades. O objetivo deste trabalho é desenvolver um benchmark, composto por data sets e métodos de avaliação automatizados. Este benchmark deve sustentar a avaliação em grande escala de medidas de semelhança semântica para entidades biológicas, com base na sua correlação com diferentes propriedades das entidades. Para atingir este objetivo, uma metodologia para o desenvolvimento de data sets de referência para semelhança semântica foi desenvolvida e aplicada a dois grafos de conhecimento: proteínas anotadas com a Gene Ontology e genes anotados com a Human Phenotype Ontology. Este benchmark explora proxies de semelhança com base na semelhança de sequência, função molecular e interações de proteínas e semelhança de genes baseada em fenótipos, e fornece cálculos de semelhança semântica com medidas representativas do estado da arte, para uma avaliação comparativa. Isto resultou num benchmark composto por uma coleção de 21 data sets de referência com tamanhos variados, cobrindo quatro espécies e diferentes níveis de anotação das entidades, e técnicas de avaliação ajustadas aos data sets.Biomedical knowledge graphs are crucial to support data intensive applications in the life sciences and healthcare. One of the most common applications of knowledge graphs in the life sciences is to support the comparison of entities in the graph through their ontological descriptions. These descriptions support the calculation of semantic similarity between two entities, and finding their similarities and differences is a cornerstone technique for several applications, ranging from prediction of protein-protein interactions to the discovering of associations between diseases and genes, the prediction of cellular localization of proteins, among others. In the last decade there has been a considerable effort in developing semantic similarity measures for biomedical knowledge graphs, but the research in this area has so far focused on the comparison of relatively small sets of entities. Given the wide range of applications for semantic similarity measures, it is essential to support the large-scale evaluation of these measures. However, this is not trivial since there is no gold standard for biological entity similarity. One possible solution is to compare these measures to other measures or proxies of similarity. Biological entities can be compared through different lenses, for instance the sequence and structural similarity of two proteins or the metabolic pathways affected by two diseases. These measures relate to relevant characteristics of the underlying entities, so they can help to understand how well semantic similarity approaches capture entity similarity. The goal of this work is to develop a benchmark for semantic similarity measures, composed of data sets and automated evaluation methods. This benchmark should support the large-scale evaluation of semantic similarity measures for biomedical entities, based on their correlation to different properties of biological entities. To achieve this goal, a methodology for the development of benchmark data sets for semantic similarity was developed and applied to two knowledge graphs: proteins annotated with the Gene Ontology and genes annotated with the Human Phenotype Ontology. This benchmark explores proxies of similarity calculated based on protein sequence similarity, protein molecular function similarity, protein-protein interactions and phenotype-based gene similarity, and provides semantic similarity computations with state-of-the-art representative measures, for a comparative evaluation of the measures. This resulted in a benchmark made up of a collection of 21 benchmark data sets with varying sizes, covering four different species at different levels of annotation completion and evaluation techniques fitted to the data sets characteristics

Zoetis inc. equity research paper:business resilience: organic growth - lessons from the past

The presented report consists of a full and comprehensive analysis of Zoetis Incorporated (ZTS:NYSE), and the animal health industry. This Equity Research was developed as part of the requirements for the Awards of a Master Degree in Finance from NOVASBE. The choice of Zoetis Inc. resulted from curiosity to know how the global animal health leader would be affected by the recent economic events, and consequently what holds for its Livestock unit. Through an exhaustive study, it was possible to develop a complete overview of Zoetis’ and the animal health industry as well as insights on the company’s past financial performance

O não realismo cético de David Hume

Os proponentes do realismo cético como interpretação da teoria causal de Hume sugerem que o filósofo mantinha uma crença na existência da causalidade como propriedade intrínseca aos objetos de conhecimento e, ao mesmo tempo, a impossibilidade de obter tal conhecimento. Porém, existem escassos argumentos a favor da justificação daquela crença. No presente artigo, a minha intenção é i) introduzir brevemente a interpretação do realismo cético, para explicar a pertinência da questão discutida; ii) descrever um destes argumentos – apresentado por J. Wright e aparentemente seguido por J. Broughton; iii) com base num problema que apontarei ao mesmo, defender que a crença na existência da causalidade como propriedade intrínseca aos objetos de conhecimento é anterior ao plano da justificação de crenças acerca de relações causais concretas e independente do mesmo. A partir disto, concluo que Hume o filósofo não pode ser encarado como defensor do realismo causal

Teste de dependência à nicotina: validação linguística e psicométrica do teste de Fagerström

O Teste de Fagerström para a Dependência da Nicotina tem uma utilização generalizada como medida da dependência tabágica. No entanto, a sua versão portuguesa nunca tinha sido sujeita a um processo de equivalência linguística e semântica nem a testes psicométricos de qualidade. Esse foi o objectivo do presente estudo. A adaptação cultural e linguística incluiu a utilização da técnica de tradução-retroversão, precedida de uma definição conceptual e seguida de testes piloto e de uma revisão final. Para validar a versão portuguesa obtida na fase anterior, foram recolhidas amostras compostas pelos fumadores que acorreram a consultas de Medicina no Trabalho e a consultas de Pneumologia e de Desabituação Tabágica, num total de 264 fumadores. A fiabilidade teste-reteste foi garantida por valores de correlação da escala original de 0,990 e das perguntas individuais de 0,975 a 1,000. O valor de alfa de Cronbach de coerência interna foi 0,660, valor baixo em relação aos valores padrão tradicionais, mas superior ao valor encontrado pelos autores e semelhante aos encontrados em outros estudos. O teste de validade de critério obteve bons resultados ao compararem-se os valores obtidos pela escala com algumas variáveis relacionadas com o hábito tabágico e com a própria auto-avaliação da dependência tabágica. A validade de construção através de análise factorial explicou 59% da variância e detectou dois factores referentes ao consumo de cigarros e ao fumo matinal. Em conclusão, algumas dúvidas persistem em relação à continuação da utilização do Teste de Fagerström para a Dependência Tabágica. Consideramos que os profissionais e os investigadores não devem confiar apenas nos resultados desta escala e devem incluir outras perguntas sobre a adição, não pertencentes à versão original

Efeito dos antioxidantes e agentes remineralizantes na estabilidade da cor em dentes branqueados

Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Universitário Egas MonizObjetivo: Avaliar in vitro o efeito dos antioxidantes e agente remineralizante na estabilidade da cor, após branqueamento dentário. Materiais e métodos: Vinte e quatro molares hígidos foram seccionados em duas metades idênticas, originando quarenta e oito amostras. Todas as amostras foram submetidas a um branqueamento dentário durante quatro horas diárias, ao longo de sete dias. Posteriormente, foram divididas em três grupos, de acordo com o antioxidante ou remineralizante aplicado: aplicação de ascorbato de sódio a 10% (G1); aplicação de extrato de semente de uva a 5% (G2); aplicação de fosfossilicato de cálcio e sódio a 5% (G3). Cada amostra foi submetida a uma avaliação da estabilidade da cor, com recurso ao espectrofotómetro SpectroShadeTM Micro, em quatro momentos diferentes: antes do branqueamento dentário (T0); após o branqueamento (T1); imediatamente após a aplicação do antioxidante/agente remineralizante (T2); e uma semana após a aplicação do antioxidante/agente remineralizante (T3). A análise estatística realizou-se através de testes ANOVA MR, com o método Pairwise e Tukey HSD, com p ≤ 0,05 (SPSS26.0). Resultados: O ascorbato de sódio não apresenta uma variação de cor estatisticamente significativa, uma semana após a sua aplicação. Já o extrato de semente de uva e o fosfossilicato de cálcio e sódio apresentam uma variação de cor estatisticamente significativa. Conclusões: O ascorbato de sódio contribui para a manutenção da estabilidade da cor, enquanto que o extrato de semente de uva e fosfossilicato de cálcio e sódio não.Objectives: To evaluate in vitro the effect of antioxidants and remineralizing agents on color stability, after tooth whitening. Materials and methods: Twenty-four healthy molars were sectioned into two identical halves, resulting in forty-eight specimens. These specimens were bleached for 4 hours/day during 7 days. Then, they were divided into three groups: application of 10% sodium ascorbate (G1); application of 5% grape seed extract (G2); application of 5% calcium sodium phosphosilicate (G3). Each specimen was submitted to a color stability evaluation through the SpectroShadeTM Micro spectrophotometer at four different moments: before the bleaching (T0); after the bleaching (T1); after the application of the antioxidant/remineralizing agent (T2); and one week after the application of the antioxidant/remineralizing agent (T3). The statistical analysis was performed through ANOVA MR tests, using Pairwise and Tukey HSD method, with p≤0.05 (SPSS26.0).Results: Sodium ascorbate does not present a statistically significant color variation, one week after its application. Grape seed extract and sodium calcium phosphosilicate present a statistically significant color variation. Conclusions: Sodium ascorbate contributes to maintaining color stability, while grape seed extract and calcium sodium phosphosilicate do not

L’Atlas des parlers de Bahia (APFB) et la géographie linguistique au Brésil

Cet article se veut être une réflexion sur l’importance du premier atlas régional brésilien (AFPB) pour le développement de la géographie linguistique au Brésil. On discute (i) les raisons pour lesquelles ce n’est que dans les années 1960 que les recherches dialectales deviennent une réalité ; (ii) la méthode utilisée pour le recueil des échantillons représentatifs des parlers régionaux ; et (iii) l’incorporation, tout au long du temps, d’autres variables sociales — au‑delà de la différenciation diatopique — dans la présentation des résultats.This paper brings some reflections on the role of the publication of the first regional Brazilian linguistic Atlas (APFB) to the development of dialectal studies in our country. It discusses (i) the reasons why dialectal researches become reality only at the beginning of the 60’s; (ii) the scientific methodology of gathering representative oral speech samples; and (iii) the incorporation across time of other social variables—besides diatopic differentiation—on displaying the results

As diferenças intergeracionais na conciliação trabalho família : um estudo qualitativo

A presente investigação enquadra-se na análise da problemática da conciliação trabalho-família (work and life balance), abordada a partir da perspetiva das diferentes gerações que integram hoje o mercado de trabalho. O estudo, de carater exploratório, teve como principal objetivo contribuir para o conhecimento das necessidades e/ou dificuldades na conciliação das dimensões profissional e familiar dos participantes, mas sobretudo de se compreender se estas se relacionam com a geração à qual pertencem e qual a sua influência no bem-estar psicológico destes indivíduos. O estudo utiliza métodos qualitativos, nomeadamente, entrevistas de cariz biográfico e histórias de vida dos participantes. Por conseguinte, os dados foram recolhidos numa amostra constituída por doze participantes com diferentes profissões, que foram distribuídos por três grupos geracionais: geração Baby Boomer, Geração X e Geração Y. A análise de conteúdo foi orientada pelos princípios da Grounded Theory. Posto isto, os resultados sugerem a distinção dos conceitos de conflito e enriquecimento trabalho-família relativamente ao bem-estar psicológico, e permitiram especialmente obter a uma visão comparativa entre gerações, que revelaram que as principais diferenças estão relacionadas com fases do ciclo familiar exigentes. Apresentam-se algumas implicações práticas dos resultados obtidos, assim como as limitações e sugestões para futuras investigações.This research is embedded in the work-life balance problem analysis and approached from the perspective of the different generations that integrate the labour market today. The main aim of the exploratory study was to contribute to the knowledge of the needs and / or difficulties in balancing the professional and family dimensions of the participants, but above all to understand if they relate with the generation which they belong to and what influence they have on the psychological well-being of these individuals. The study is based on qualitative methods, including biographical interviews and life stories. Data was collected from a sample of twelve participants, with different professions, who were distributed into three generation groups: Baby Boomer generation, Generation X and Generation Y. Content analysis was guided by the Grounded Theory principles. The results suggest a difference between the concepts of work-family conflict and enrichment, concepts that indicate the psychological well-being, and allowed to obtain a comparative vision between generations, which revealed that the main differences are related to the demanding phases of the family cycle. We present some practical implications of the obtained results, as well as the limitations and the suggestions for future investigation

A equidade na utilização de cuidados de saúde em Portugal: Uma avaliação baseada em modelos de contagem

Desde a criação do Serviço Nacional de Saúde, a promoção da equidade no acesso aos cuidados médicos tem sido parte integrante dos objectivos da política de saúde. O objectivo do presente artigo é o de avaliar a existência ou não de equidade na utilização de cuidados médicos. Recorrendo à técnica de regressão especificaram-se dois modelos de contagem: o modelo binomial negativo e o de classes latentes. Os dados provêm do Inquérito Nacional de Saúde, 1998/99. Para medir a utilização de cuidados usamos o número de consultas efectuadas num período de três meses. Concluímos que para o caso da população global persistem factores não relacionados com o estado de saúde inibidores do acesso. No entanto, o modelo de classes latentes revela dois cenários distintos: na classe latente dos utilizadores ocasionais conclui-se pela ausência de equidade, enquanto que na classe dos utilizadores recorrentes não se pode rejeitar a hipótese de equidade.