Statistics for evaluating pre-post change: Relation between change in the distribution center and change in the individual scores

In a number of scientific fields, researchers need to assess whether a variable has changed between two time points. Average-based change statistics (ABC) such as Cohen's d or Hays' ω2 evaluate the change in the distributions' center, whereas Individual-based change statistics (IBC) such as the Standardized Individual Difference or the Reliable Change Index evaluate whether each case in the sample experienced a reliable change. Through an extensive simulation study we show that, contrary to what previous studies have speculated, ABC and IBC statistics are closely related. The relation can be assumed to be linear, and was found regardless of sample size, pre-post correlation, and shape of the scores' distribution, both in single group designs and in experimental designs with a control group. We encourage other researchers to use IBC statistics to evaluate their effect sizes because: (a) they allow the identification of cases that changed reliably; (b) they facilitate the interpretation and communication of results; and (c) they provide a straightforward evaluation of the magnitude of empirical effects while avoiding the problems of arbitrary general cutoffs.EE was supported by the scholarship FPI-UAM 2011 (granted by Universidad Autónoma de Madrid). The publication fee was partially supported by the Library of UC, Davi

Inclusiones de flores de Podopterus (Polygonaceae) del ámbar del Mioceno de Simojovel de Allende, Chiapas, México

Background and Aims: The Miocene amber from Chiapas, Mexico, shows high diversity of biological inclusions such as plants, fungi, arthropods, and vertebrates, being one of the most important amber-bearing areas worldwide. The aim of this work is to describe a new record based on four bisexual flowers belonging to the fossil species Podopterus mijangosae, that has been described recently based on its winged fruits only.Methods: The morphological and anatomical characteristics of the four fossil flowers were observed using a binocular stereoscopic microscope. The taxonomic affinity was decided by consulting specialized literature, as well as the review of herbarium material of the genera Podopterus, Fallopia, and Neomillspaughia of Polygonaceae.Key results: The four fossil specimens are bisexual, small, and have actinomorphic flowers, with differentiated perianth, three petals and three sepals per series, stamens are free and with thread-like filaments, anthers are dithecal and basifixed, the ovary is superior, syncarpous, 3-angular, with three free styles, and capitate stigmas. Conclusions: This new report of flowers of Podopterus adds more evidence that the family Polygonaceae was an important component of the tropical forest of Simojovel de Allende, Chiapas, Mexico, during the Miocene.Antecedentes y Objetivos: El ámbar del Mioceno de Chiapas, México, presenta una alta diversidad de inclusiones biológicas como plantas, hongos, artrópodos y vertebrados, siendo una de las áreas productoras de ámbar más importantes a nivel mundial. El objetivo de este trabajo es describir un nuevo registro basado en cuatro flores bisexuales pertenecientes a la especie fósil Podopterus mijangosae, que ha sido descrito recientemente con base solo en sus frutos alados. Métodos: Las características morfológicas y anatómicas de cuatro flores fósiles fueron observadas utilizando un microscopio estereoscópico. La afinidad taxonómica se realizó consultando literatura especializada, así como la revisión de material de herbario de los géneros Podopterus, Fallopia y Neomillspaughia de Polygonaceae.Resultados clave: Los cuatro especímenes fósiles están representadas por flores bisexuales, pequeñas, actinomorfas, con perianto diferenciado, tres pétalos y tres sépalos por serie, estambres libres con filamentos filiformes, anteras ditecas, basifijas, ovario súpero, sincarpo, tri-angular, con tres estilos libres y estigmas capitados. Conclusiones: Este nuevo reporte de flores de Podopterus agrega más evidencia de que la familia Polygonaceae fue un componente importante del bosque tropical de Simojovel de Allende, Chiapas, México, durante el Mioceno

Controlling for cohort effects in accelerated longitudinal designs using continuous- and discrete-time dynamic models

Accelerated longitudinal designs (ALDs) allow examining developmental changes over a period of time longer than the duration of the study. In ALDs, participants enter the study at different ages (i.e., different cohorts), and provide measures during a time frame shorter than the total study. They key assumption is that participants from the different cohorts come from the same population and, therefore, can be assumed to share the same general trajectory. The consequences of not meeting that assumption have not been examined systematically. In this article, we propose an approach to detect and control for cohort differences in ALDs using latent change score models in both discrete and continuous time. We evaluated the effectiveness of such a method through a Monte Carlo study. Our results indicate that, in a broad set of empirically relevant conditions, both latent change score (LCS) specifications can adequately estimate cohort effects ranging from very small to very large, with slightly better performance of the continuous-time version. Across all conditions, cohort effects on the asymptotic level (d(As)) caused much larger bias than on the latent initial level (d(0)). When cohort differences were present, including them in the model led to unbiased estimates. In contrast, not including them led to tenable results only when such differences were not large (d(0) <= 1 and d(As) <= .2). Among the sampling schedules evaluated, those including at least three measurements per participant over 4 years or more led to the best performance. Based on our findings, we offer recommendations regarding study designs and data analysis.Translational Abstract In this article we propose an approach to identify and control for cohort effects in accelerated longitudinal designs. We use a simulation study to examine conditions related to sampling design, effect size of cohort effect, parameters affected by cohort effects, and modeling approach. Specifically, we extended a popular dynamic longitudinal model, the latent change score (LCS) model, specified in discrete- and continuous-time. Our findings indicate that the proposed extension is effective for detecting and controlling for cohorts effects equivalent to those documented in the literature. Specifically, both discrete and continuous-time LCS specifications that included parameters to account for existing cohort effects were able to estimate such effects in all sampling conditions, particularly those with three or more measurements per person. However, when models did not include parameters specified to account for cohort effects, the parameter estimates were recovered with bias, which depended on the size of the existing cohort effects in the data. Finally, in situations when cohort effects did not exist in the data, the models that included parameters to account for cohort effects correctly estimated them as null in most scenarios. Based on these results, when examining accelerated longitudinal designs data in which researchers suspect there might be cohort effects, we recommend using models that include parameters to account for such effects, especially LCS models in continuous time.This work was funded by the Ministry of Science and Innovation of Spain (ref. PID2019-107570GA-I00 / AEI / doi:10.13039/501100011033), granted to EE. Funding for data collection and curation was provided by the National Institutes of Health (National Institute of Neurological Disorders and Stroke (R01 NS057156) and the National Science Foundation (Grant BCS1558585), granted to SB and E

Movilidad y vialidad en Cali: una carrera perdida

xxxPrimera edició

Limitaciones de los parámetros de las funciones de predación. Implicaciones para la iniciación de las proliferaciones de fitoplancton

Phytoplankton blooms are events of production and accumulation of phytoplankton biomass that influence ecosystem dynamics and may also have effects on socio-economic activities. Among the biological factors that affect bloom dynamics, prey selection by zooplankton may play an important role. Here we consider the initial state of development of an algal bloom and analyse how a reduced grazing pressure can allow an algal species with a lower intrinsic growth rate than a competitor to become dominant. We use a simple model with two microalgal species and one zooplankton grazer to derive general relationships between phytoplankton growth and zooplankton grazing. These relationships are applied to two common grazing response functions in order to deduce the mathematical constraints that the parameters of these functions must obey to allow the dominance of the lower growth rate competitor. To assess the usefulness of the deduced relationships in a more general framework, the results are applied in the context of a multispecies ecosystem model (ERSEM).Las proliferaciones de fitoplancton son eventos de producción y acumulación de biomasa de fitoplancton que tienen una fuerte influencia tanto en la dinámica del ecosistema como en actividades socioeconómicas. Entre los factores biológicos que afectan la dinámica de las proliferaciones fitoplanctónicas, la selección de presas por el zooplancton puede jugar un papel importante. En este trabajo consideramos el estado inicial de desarrollo de una proliferación algal considerando que la presión de la predación puede permitir a una especie de algas con una menor tasa de crecimiento intrínseco que un competidor, ser dominante. Utilizamos un modelo sencillo con dos especies de microalgas y un herbívoro (zooplancton) para deducir relaciones generales entre el crecimiento del fitoplancton y la predación. Estas relaciones se aplican a dos funciones de respuesta de predación para deducir las limitaciones matemáticas que los parámetros de estas funciones deben obedecer. Para evaluar la utilidad de las relaciones deducidas en un marco más general, los resultados se aplican a un modelo de múltiples especies del ecosistema marino (ERSEM)

Gasto en la inversión pública y pobreza monetaria en la región Piura en el periodo 2002 - 2022

La presente investigación se estableció determinar la correlación entre el gasto por parte del estado y la pobreza monetaria en la región Piura, entre los años 2002 al 2022. Conforme a ello, se planteó el diseño metodológico a una investigación básica con diseño descriptivo, relacional, no experimental, longitudinal, retrospectivo y deductivo. Los datos fueron recopilados, teniendo como fuentes el Instituto Nacional de Estadística e Informática y el Ministerio de Economía y Finanzas, además se realizó análisis documental. Se encontró mediante una regresión econométrica que evidenció un p-valor = 0.000 < 0.05 y R^2 = 0.8105, lo cual nos dice que el 81.05% de la variabilidad de la pobreza monetaria se encuentra explicada por el gasto del estado. Asimismo, un aumento del 1% del gasto por parte del estado, en promedio la pobreza monetaria se reducirá en 0.56% en la región Piura. Además, llegando a la conclusión que, la inversión por parte del gobierno tiene una participación relevante en la disminución de la pobreza en la región de Piura, 2002 – 2022, evidenciándose su gran importancia en la lucha contra la pobreza

Micro-Nano-Bio Systems for on-line monitoring of in vitro biofilm responses

El treball presentat en aquesta tesi doctoral te com objectiu principal la contribució en el camp de la microbiologia per entendre el biofilms i el possible control de desenvolupament mitjançant l’ús de mètodes i enfoc multidisciplinari. Els biofilms estan definits com comunitats de microorganismes que creixen envoltats en una matriu exopolisacárida i s’adhereixen a una superfície inert o teixit viu. La formació dels biofilms bacterians tenen un gran interès en microbiologia clínica degut al desenvolupament d’infeccions que son causades pel contacte directe o per colonització de dispositius mèdics implantats i pròtesis. Actualment es consideren causa de més del 60 % de les infeccions bacterianes. El problema dels biofilms bacterians a nivell clínic es que mostren millor resistència a antibiòtics arribant inclús a ser de 500 a 5000 cops més resistents a agents antimicrobians comparant amb la mateixa bactèria planctònica (bactèria en suspensió). Hi ha hagut moltes temptatives d’adaptar mètodes a laboratoris clínics on es reprodueixen les condicions pel desenvolupament de biofilms, però encara no s’ha arribat a obtenir òptims protocols estàndard per a aquest propòsit de monitoritzar la formació i toxicitat a temps real. Ha crescut l’interès en disseny, desenvolupament i utilització de dispositius de microfluídica que poden emular els fenòmens biològics que ocorren amb diferents geometries, dinàmica de fluids i restriccions de transport de biomassa en microambients fisiològics. La recerca descrita en aquesta tesis s’ha dut a terme amb diferents mètodes “label-free” basats en la variació acústica y/o propietats elèctriques per a la monitorització de biofilms. El treball presentat en la monografia descriu un dispositiu “custom-made” per a la utilització d’Espectroscòpia de impedància electroquímica com a eina útil per a l’obtenció d’informació d’adherència i formació de biofilms. El fet d’afegir nanopartícules com a segon biosensor permet la correlació de biofilm amb la seva toxicitat a temps real per a la detecció del punt òptim de tractament de biofilms. Finalment el disseny d’aquesta tecnologia s’utilitza per l’assaig de la resposta de biofilms a antibiòtics com a model in vitro d’infeccions causades per biofilms.El trabajo presentado en esta tesis doctoral tiene como principal objetivo la contribución en el campo de la microbiología para entender los biofilms y el posible control de desarrollo mediante el uso de métodos y enfoque multidisciplinar. Los biofilms están definidos como comunidades de microorganismos que crecen embebidos en una matriz exopolisacárida y se adhieren a una superficie inerte o tejido vivo. La formación de los biofilms bacterianos tiene un gran interés en microbiología clínica debido al desarrollo de infecciones que son causadas por contacto directo o por colonización de dispositivos médicos implantados y prótesis. Actualmente se consideran la causa de más del 60 % de las infecciones bacterianas. El problema de los biofilms bacterianos a nivel clínico es que muestran mejor resistencia a antibióticos llegando incluso a ser de 500 a 5000 veces más resistentes a agentes antimicrobianos comparado a la misma bacteria planctónica (bacteria en suspensión). Ha habido muchas tentativas de adaptar métodos a laboratorios clínicos donde se reproducen las condiciones para el desarrollo de biofilms, pero aún no se ha llegado a obtener óptimos protocolos estándar para este propósito de monitorizar la formación y toxicidad en tiempo real. Ha crecido el interés en diseño, desarrollo y utilización de dispositivos de microfluídica que puedan emular los fenómenos biológicos que ocurren con diferentes geometrías, dinámica de fluidos y restricciones de transporte de biomasa en microambientes fisiológicos. La investigación descrita en esta tesis se lleva a cabo con diferentes métodos “label-free” basados en variación acústica y/o propiedades eléctricas para la monitorización de biofilms. El trabajo presentado en esta monografía describe un dispositivo “custom-made” para la utilización de Espectroscopia de impedancia electroquímica como herramienta útil para obtener información de adherencia y formación de biofilms. El hecho de añadir nanopartículas como segundo biosensor permite la correlación de biofilm con su toxicidad en tiempo real para la detección del punto óptimo del tratamiento de biofilms. Finalmente el diseño de esta tecnología es usada para el ensayo de la respuesta de biofilms a antibióticos como modelo in vitro de infecciones causadas por biofilms.The work presented in this thesis has the main aim to contribute in the field of clinical microbiology to understand the biofilms and the possible of development through the use of methods with multidisciplinary approach. Biofilms are defined as communities of microorganisms that grow embedded in a matrix of exopolysaccharides and adhering to an inert surface or living tissue. The formation of bacterial biofilms has an interest in clinical microbiology with the development of infections that usually arise from either direct contact or the colonization of implanted medical devices and prostheses. Currently they are considered the cause of over 60% of bacterial infections. The problem of bacterial biofilms at clinical level is showing great resistance to antibiotics, so that the biofilm bacteria are 500 to 5000 times more resistant to antimicrobial agents that the same bacteria grown in planktonic cultures (bacteria in suspension). There have been attempts to adapt methods to clinical laboratories where they reproduce the conditions of biofilms, but have not yet adopted an optimal standard protocol for this purpose to follow-up the formation and toxicity in real-time. There has been a growing interest in design, development and utilization of microfluidic devices that can emulate biological phenomena that occur in different geometries, fluid dynamics and mass transport restrictions in physiological microenvironments. The research described in this thesis deals with different label-free methods based on variation of acoustic and electric properties for biofilm monitoring. The work presented in this monograph describe a custom-made device for using electrochemical impedance spectroscopy (EIS) as useful tool to obtain information of adherence and formation of biofilms. The addition of nanoparticles as toxicity biomarker allows the correlation of biofilm formation with its toxicity in real-time for detention of the optimal point for biofilm treatment. Finally the design of this technology is used for testing the biofilm response to antibiotic as in vitro model of biofilm-related infection

Statistics for Evaluating Pre-post Change: Relation Between Change in the Distribution Center and Change in the Individual Scores

In a number of scientific fields, researchers need to assess whether a variable has changed between two time points. Average-based change statistics (ABC) such as Cohen's d or Hays' ω2 evaluate the change in the distributions' center, whereas Individual-based change statistics (IBC) such as the Standardized Individual Difference or the Reliable Change Index evaluate whether each case in the sample experienced a reliable change. Through an extensive simulation study we show that, contrary to what previous studies have speculated, ABC and IBC statistics are closely related. The relation can be assumed to be linear, and was found regardless of sample size, pre-post correlation, and shape of the scores' distribution, both in single group designs and in experimental designs with a control group. We encourage other researchers to use IBC statistics to evaluate their effect sizes because: (a) they allow the identification of cases that changed reliably; (b) they facilitate the interpretation and communication of results; and (c) they provide a straightforward evaluation of the magnitude of empirical effects while avoiding the problems of arbitrary general cutoffs