Conservation in Mitochondrial DNA: Parallelized Estimation and Alignment Influence

The wide availability of sequenced biological data has challenged the conventional methods and tools used in molecular biology to compute the conservation index. As the size of input datasets increases, the time-cost of current conservation methods is becoming unafTordable. We propose a new software tool that combines several estimation methods applied to the conservation computation process with parallelization and divide-and-conquer techniques substantially improving its performance without affecting its accuracy. We have also made an in-depth analysis of the impact of different methods and parameter selection on the alignment process applied to input datasets prior to their conservation analysis. We have used sets of mitochondrial DNA sequences with different levels of heterogeneity and length, to provide a full case study. Both the software tool and the input datasets used in this research are freely available at http://www.zaramit.orglconservation_inde

Justicia en tu Comunidad

La justicia no es un valor que atañe solo a los operadores del Derecho, sino que constituye un valor propio de cada ser humano, no importando su condición social, nivel de educación, sexo, edad, raza, etnia o credo, pues ella pretende materializar sus derechos específicos, de manera especial a favor de las poblaciones más vulnerables en nuestras sociedades. Pero existen diversas barreras a ser superadas para que pueda beneficiar efectivamente a cada uno en el caso concreto, o a determinadas poblaciones por sus singulares características. Una de ellas es la poca o nula información con la que cuenta el ciudadano de a pie, tanto en el ámbito urbano como rural, en los pueblos apartados de nuestro enorme y diverso territorio, situación que se agrava en aquellos grupos humanos en los que existen mayores niveles de pobreza, lo que incluso puede ocasionar en su caso que tal grado de vulnerabilidad resulte aún más perjudicial, al no conocer la forma en que pueden encauzar sus reclamos o ejercer sus derechos. El Poder Judicial ha implementado por ello un programa de proyección social: Justicia en tu Comunidad, para acercarse a estas poblaciones y suplir las evidentes deficiencias en cuanto a la accesibilidad e información, así como a la educación en derechos, para que se conozca y entienda la forma en que los poderes del Estado actúan y las funciones del propio Sistema de Administración de Justicia, contribuyendo así a la búsqueda de una cultura de paz que consolide los valores democráticos en nuestra sociedad

Contribución a la identificación y caracterización de pescados frescos y conservados, mediante Electroforesis sobre gel de Poliacrilamida

La importancia del pescado como alimento es conocida desde tiempos primitivos. Todo este progreso no es suficiente dado la gran importancia que tiene el pescado en la alimentación humana, y la gente en lo sucesivo deberá comer más pescado, pues solamente el 1% de lo que hoy día sirve de alimento en el mundo es de origen marino. Los conocimientos actuales sobre necesidades proteicas, han sido un problema largamente estudiado por la FAO, estableciéndose como cantidad proteica necesaria: 1 gr/Kg/día, y este aporte debe ser proporcionado a partes iguales por proteínas de origen animal y de origen vegetal. Ahora bien, de los distintos alimentos de origen animal, es el pescado el que tiene mayor porcentaje de proteínas en el producto libre de humedad, y por otra parte tiene el más alto Índice de utilización debido a: 1°).- Su gran aprovechabilidad pues del 50 al 60% es comestible. 2°).- Porque la relación proteína/unidad monetaria es más alta en general que para las carnes. 3°).- Su fácil digestibilidad. 4°).- Que su coeficiente de utilización neta de proteína, que es igual al valor biológico de la proteína por su digestibilidad, es más grande que en las carnes de cualquier otro animal terrestre

Justicia en tu Comunidad

La justicia no es un valor que atañe solo a los operadores del Derecho, sino que constituye un valor propio de cada ser humano, no importando su condición social, nivel de educación, sexo, edad, raza, etnia o credo, pues ella pretende materializar sus derechos específicos, de manera especial a favor de las poblaciones más vulnerables en nuestras sociedades. Pero existen diversas barreras a ser superadas para que pueda beneficiar efectivamente a cada uno en el caso concreto, o a determinadas poblaciones por sus singulares características. Una de ellas es la poca o nula información con la que cuenta el ciudadano de a pie, tanto en el ámbito urbano como rural, en los pueblos apartados de nuestro enorme y diverso territorio, situación que se agrava en aquellos grupos humanos en los que existen mayores niveles de pobreza, lo que incluso puede ocasionar en su caso que tal grado de vulnerabilidad resulte aún más perjudicial, al no conocer la forma en que pueden encauzar sus reclamos o ejercer sus derechos. El Poder Judicial ha implementado por ello un programa de proyección social: Justicia en tu Comunidad, para acercarse a estas poblaciones y suplir las evidentes deficiencias en cuanto a la accesibilidad e información, así como a la educación en derechos, para que se conozca y entienda la forma en que los poderes del Estado actúan y las funciones del propio Sistema de Administración de Justicia, contribuyendo así a la búsqueda de una cultura de paz que consolide los valores democráticos en nuestra sociedad

Derechos Humanos: pasado, presente y futuro

Este trabajo se trata de una Unidad Didáctica en la que se trabajan los Derechos Humanos a través de las metodologías de educación emocional y aprendizaje-servicio. El fin del trabajo es que el alumno, conozca, comprenda, analice y empatice cómo se han alcanzado los Derechos Humanos. A través de la metodología de inteligencia emocional y el aprendizaje-servicio los alumnos aprenderán en qué situaciones se violan los DDHH, gestionando sus emociones, las emociones interpersonales, empatizando con las personas que sufren dichas violaciones. De este trabajo se espera que nazcan generaciones que acaben con el incumplimiento de DDHH.This work is a UD in which human rights are worked through the methodologies of emotional education and learning-service. The purpose of the work is for the student to know, understand, analyze and empathize how human rights have been achieved. Through the methodology of emotional intelligence and service-learning students will learn in which situations human rights are violated, managing their emotions, interpersonal emotions, empathizing with the people who suffer such violations. This work is expected to lead generations to end human rights violations.Departamento de Filosofía (Filosofía, Lógica y Filosofía de la Ciencia, Teoría e Historia de la Educación, Filosofía Moral, Estética y Teoría de las Artes)Máster en Profesor de Educación Secundaria Obligatoria y Bachillerato, Formación Profesional y Enseñanzas de Idioma

FPGA Implementation of an Adaptive Noise Canceller for Robust Speech Enhancement Interfaces

This paper describes the design and implementation results of an adaptive Noise Canceller useful for the construction of Robust Speech Enhancement Interfaces. The algorithm being used has very good performance for real time applications. Its main disadvantage is the requirement of calculating several operations of division, having a high computational cost. Besides that, the accuracy of the algorithm is critical in fixed-point representation due to the wide range of the upper and lower bounds of the variables implied in the algorithm. To solve this problem, the accuracy is studied and according to the results obtained a specific word-length has been adopted for each variable. The algorithm has been implemented for Altera and Xilinx FPGAs using high level synthesis tools. The results for a fixed format of 40 bits for all the variables and for a specific word-length for each variable are analyzed and discussed

Development of Calibration Models to Predict Mean Fibre Diameter in Llama (Lama glama) Fleeces with Near Infrared Spectroscopy

Llama fibre has the potential to become the most valuable textile resource in the Puna region of Argentina. In this study near infrared reflectance spectroscopy was evaluated to predict the mean fibre diameter in llama fleeces. Analyses between sets of carded and non-carded samples in combination with spectral preprocessing techniques were carried out and a total of 169 spectral signatures of llama samples in Vis and NIR ranges (400–2500 nm) were obtained. Spectral preprocessing consisted in wavelength selection (Vis–NIR, NIR and discrete ranges) and multiplicative and derivative pretreatments; spectra without pretreatments were also included, while modified partial least squares (M-PLS) regression was used to develop prediction models. Predictability was evaluated through R2: standard cross validation error (SECV), external validation error (SEV) and residual predictive value (RPD). A total of 54 calibration models were developed in which the best model (R2 = 0.67; SECV = 1.965; SEV = 2.235 and RPD = 1.91) was obtained in the Vis–NIR range applying the first derivative pretreatment. ANOVA analysis showed differences between carded and non-carded sets and the models obtained could be used in screening programs and contribute to valorisation of llama fibre and sustainable development of textile industry in the Puna territory of Catamarca. The data presented in this paper are a contribution to enhance the scarce information on this subject

Molecular phylogenetic analysis: design and implementation of scalable and reliable algorithms and verification of phylogenetic properties

El término bioinformática tiene muchas acepciones, una gran parte referentes a la bioinformática molecular: el conjunto de métodos matemáticos, estadísticos y computacionales que tienen como objetivo dar solución a problemas biológicos, haciendo uso exclusivamente de las secuencias de ADN, ARN y proteínas y su información asociada. La filogenética es el área de la bioinformática encargada del estudio de la relación evolutiva entre organismos de la misma o distintas especies. Al igual que sucedía con la definición anterior, los trabajos realizados a lo largo de esta tesis se centran en la filogenética molecular: la rama de la filogenética que analiza las mutaciones hereditarias en secuencias biológicas (principalmente ADN) para establecer dicha relación evolutiva. El resultado de este análisis se plasma en un árbol evolutivo o filogenia. Una filogenia suele representarse como un árbol con raíz, normalmente binario, en el que las hojas simbolizan los organismos existentes actualmente y, la raíz, su ancestro común. Cada nodo interno representa una mutación que ha dado lugar a una división en la clasificación de los descendientes. Las filogenias se construyen mediante procesos de inferencia en base a la información disponible, que pertenece mayoritariamente a organismos existentes hoy en día. La complejidad de este problema se ha visto reflejada en la clasificación de la mayoría de métodos propuestos para su solución como NP-duros [1-3].El caso real de aplicación de esta tesis ha sido el ADN mitocondrial. Este tipo de secuencias biológicas es relevante debido a que tiene un alto índice de mutación, por lo que incluso filogenias de organismos muy cercanos evolutivamente proporcionan datos significativos para la comunidad biológica. Además, varias mutaciones del ADN mitocondrial humano se han relacionado directamente con enfermedad y patogenias, la mayoría mortales en individuos no natos o de corta edad. En la actualidad hay más de 30000 secuencias disponibles de ADN mitocondrial humano, lo que, además de su utilidad científica, ha permitido el análisis de rendimiento de nuestras contribuciones para datos masivos (Big Data). La reciente incorporación de la bioinformática en la categoría Big Data viene respaldada por la mejora de las técnicas de digitalización de secuencias biológicas que sucedió a principios del siglo 21 [4]. Este cambio aumentó drásticamente el número de secuencias disponibles. Por ejemplo, el número de secuencias de ADN mitocondrial humano pasó de duplicarse cada cuatro años, a hacerlo en menos de dos. Por ello, un gran número de métodos y herramientas usados hasta entonces han quedado obsoletos al no ser capaces de procesar eficientemente estos nuevos volúmenes de datos.Este es motivo por el que todas las aportaciones de esta tesis han sido desarrolladas para poder tratar grandes volúmenes de datos. La contribución principal de esta tesis es un framework que permite diseñar y ejecutar automáticamente flujos de trabajo para la inferencia filogenética: PhyloFlow [5-7]. Su creación fue promovida por el hecho de que la mayoría de sistemas de inferencia filogenética existentes tienen un flujo de trabajo fijo y no se pueden modificar ni las herramientas software que los componen ni sus parámetros. Esta decisión puede afectar negativamente a la precisión del resultado si el flujo del sistema o alguno de sus componentes no está adaptado a la información biológica que se va a utilizar como entrada. Por ello, PhyloFlow incorpora un proceso de configuración que permite seleccionar tanto cada uno de los procesos que formarán parte del sistema final, como las herramientas y métodos específicos y sus parámetros. Se han incluido consejos y opciones por defecto durante el proceso de configuración para facilitar su uso, sobre todo a usuarios nóveles. Además, nuestro framework permite la ejecución desatendida de los sistemas filogenéticos generados, tanto en ordenadores de sobremesa como en plataformas hardware (clusters, computación en la nube, etc.). Finalmente, se han evaluado las capacidades de PhyloFlow tanto en la reproducción de sistemas de inferencia filogenética publicados anteriormente como en la creación de sistemas orientados a problemas intensivos como el de inferencia del ADN mitocondrial humano. Los resultados muestran que nuestro framework no solo es capaz de realizar los retos planteados, sino que, en el caso de la replicación de sistemas, la posibilidad de configurar cada elemento que los componen mejora ampliamente su aplicabilidad.Durante la implementación de PhyloFlow descubrimos varias carencias importantes en algunas bibliotecas software actuales que dificultaron la integración y gestión de las herramientas filogenéticas. Por este motivo se decidió crear la primera biblioteca software en Python para estudios de filogenética molecular: MEvoLib [8]. Esta biblioteca ha sido diseñada para proveer una sola interfaz para los conjuntos de herramientas software orientados al mismo proceso, como el multialineamiento o la inferencia de filogenias. MEvoLib incluye además configuraciones por defecto y métodos que hacen uso de conocimiento biológico específico para mejorar su precisión, adaptándose a las necesidades de cada tipo de usuario. Como última característica relevante, se ha incorporado un proceso de conversión de formatos para los ficheros de entrada y salida de cada interfaz, de forma que, si la herramienta seleccionada no soporta dicho formato, este es adaptado automáticamente. Esta propiedad facilita el uso e integración de MEvoLib en scripts y herramientas software.El estudio del caso de aplicación de PhyloFlow al ADN mitocondrial humano ha expuesto los elevados costes tanto computacionales como económicos asociados a la inferencia de grandes filogenias. Por ello, sistemas como PhyloTree [9], que infiere un tipo especial de filogenias de ADN mitocondrial humano, recalculan sus resultados con una frecuencia máxima anual. Sin embargo, como ya hemos comentado anteriormente, las técnicas de secuenciación actuales permiten la incorporación de cientos o incluso miles de secuencias biológicas nuevas cada mes. Este desfase entre productor y consumidor hace que dichas filogenias queden desactualizadas en unos pocos meses. Para solucionar este problema hemos diseñado un nuevo algoritmo que permite la actualización de una filogenia mediante la incorporación iterativa de nuevas secuencias: PHYSER [10]. Además, la propia información evolutiva se utiliza para detectar posibles mutaciones introducidas artificialmente por el proceso de secuenciación, inexistentes en la secuencia original. Las pruebas realizadas con ADN mitocondrial han probado su eficacia y eficiencia, con un coste temporal por secuencia inferior a los 20 segundos.El desarrollo de nuevas herramientas para el análisis de filogenias también ha sido una parte importante de esta tesis. En concreto, se han realizado dos aportaciones principales en este aspecto: PhyloViewer [11] y una herramienta para el análisis de la conservación [12]. PhyloViewer es un visualizador de filogenias extensivas, es decir, filogenias que poseen al menos un millar de hojas. Esta herramienta aporta una novedosa interfaz en la que se muestra el nodo seleccionado y sus nodos hijo, así como toda la información asociada a cada uno de ellos: identificador, secuencia biológica, ... Esta decisión de diseño ha sido orientada a evitar el habitual “borrón” que se produce en la mayoría de herramientas de visualización al mostrar este tipo de filogenias enteras por pantalla. Además, se ha desarrollado en una arquitectura clienteservidor, con lo que el procesamiento de la filogenia se realiza una única vez por parte el servidor. Así, se ha conseguido reducir significativamente los tiempos de carga y acceso por parte del cliente. Por otro lado, la aportación principal de nuestra herramienta para el análisis de la conservación se basa en la paralelización de los métodos clásicos aplicados en este campo, alcanzando speed-ups cercanos al teórico sin pérdida de precisión. Esto ha sido posible gracias a la implementación de dichos métodos desde cero, incorporando la paralelización a nivel de instrucción, en vez de paralelizar implementaciones existentes. Como resultado, nuestra herramienta genera un informe que contiene las conclusiones del análisis de conservación realizado. El usuario puede introducir un umbral de conservación para que el informe destaque solo aquellas posiciones que no lo cumplan. Además, existen dos tipos de informe con distinto nivel de detalle. Ambos se han diseñado para que sean comprensibles y útiles para los usuarios.Finalmente, se ha diseñado e implementado un predictor de mutaciones patógenas en ADN mitocondrial desarollado en máquinas de vectores de soporte (SVM): Mitoclass.1 [13]. Se trata del primer predictor para este tipo de secuencias biológicas. Tanto es así, que ha sido necesario crear el primer repositorio de mutaciones patógenas conocidas, mdmv.1, para poder entrenar y evaluar nuestro predictor. Se ha demostrado que Mitoclass.1 mejora la clasificación de las mutaciones frente a los predictores más conocidos y utilizados, todos ellos orientados al estudio de patogenicidad en ADN nuclear. Este éxito radica en la novedosa combinación de propiedades a evaluar por cada mutación en el proceso de clasificación. Además, otro factor a destacar es el uso de SVM frente a otras alternativas, que han sido probadas y descartadas debido a su menor capacidad de predicción para nuestro caso de aplicación.REFERENCIAS[1] L. Wang and T. Jiang, “On the complexity of multiple sequence alignment,” Journal of computational biology, vol. 1, no. 4, pp. 337–348, 1994.[2] W. H. E. Day, D. S. Johnson, and D. Sankoff, “The Computational Complexity of Inferring Rooted Phylogenies by Parsimony,” Mathematical Biosciences, vol. 81, no. 1, pp. 33–42, 1986.[3] S. Roch, “A short proof that phylogenetic tree reconstruction by maximum likelihood is hard,” IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), vol. 3, no. 1, p. 92, 2006.[4] E. R. Mardis, “The impact of next-generation sequencing technology on genetics,” Trends in genetics, vol. 24, no. 3, pp. 133–141, 2008.[5] J. Álvarez-Jarreta, G. de Miguel Casado, and E. Mayordomo, “PhyloFlow: A Fully Customizable and Automatic Workflow for Phylogeny Estimation,” in ECCB 2014, 2014.[6] J. Álvarez-Jarreta, G. de Miguel Casado, and E. Mayordomo, “PhyloFlow: A Fully Customizable and Automatic Workflow for Phylogenetic Reconstruction,” in IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), pp. 1–7, IEEE, 2014.[7] J. Álvarez, R. Blanco, and E. Mayordomo, “Workflows with Model Selection: A Multilocus Approach to Phylogenetic Analysis,” in 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2011), vol. 93 of Advances in Intelligent and Soft Computing, pp. 39–47, Springer Berlin Heidelberg, 2011.[8] J. Álvarez-Jarreta and E. Ruiz-Pesini, “MEvoLib v1.0: the First Molecular Evolution Library for Python,” BMC Bioinformatics, vol. 17, no. 436, pp. 1–8, 2016.[9] M. van Oven and M. Kayser, “Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation,” Human Mutation, vol. 30, no. 2, pp. E386–E394, 2009.[10] J. Álvarez-Jarreta, E. Mayordomo, and E. Ruiz-Pesini, “PHYSER: An Algorithm to Detect Sequencing Errors from Phylogenetic Information,” in 6th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2012), pp. 105–112, 2012.[11] J. Álvarez-Jarreta and G. de Miguel Casado, “PhyloViewer: A Phylogenetic Tree Viewer for Extense Phylogenies,” in ECCB 2014, 2014.[12] F. Merino-Casallo, J. Álvarez-Jarreta, and E. Mayordomo, “Conservation in mitochondrial DNA: Parallelized estimation and alignment influence,” in 2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2015), pp. 1434–1440, IEEE, 2015.[13] A. Martín-Navarro, A. Gaudioso-Simón, J. Álvarez-Jarreta, J. Montoya, E. Mayordomo, and E. Ruiz-Pesini, “Machine learning classifier for identification of damaging missense mutations exclusive to human mitochondrial DNA-encoded polypeptides,” BMC Bioinformatics, vol. 18, no. 158, pp. 1–11, 2017.<br /