Transcript Diversity In The Protozoan Parasite Toxoplasma Gondii

Technological advances have made possible to sequence RNA transcripts at unprecedented depth, enabling deep profiling of abundance and diversity under a variety of conditions. Such information permits refinement of draft genome annotation originally generated in the absence of transcript coverage data, and provides new insights into organismal biology and regulatory mechanisms. This dissertation provides an extensive analysis of mRNA-seq data from the obligate intracellular protozoan parasite Toxoplasma gondii, a ubiquitous pathogen of humans and other vertebrates. We produced and sequenced 24 strand-specific RNA libraries from several parasite strains and developmental stages, and examined these in con�junction with 45 additional mRNA-seq libraries produced by other groups. The current reference genome annotation for T. gondii, generated using de novo methods informed by cDNA sequencing prior to mRNA-seq, identifies ~8300 protein-coding genes, fragmented by ~40K introns. Untranslated regions are incompletely defined, few alternatively-spliced transcripts are described, and non-coding transcripts remain largely unexplored. mRNA-seq datasets presented in this dissertation define a total of 2.7M introns, most observed at vanishingly low abundance. Using current annotation to define parameters minimizing false discovery yields ~60K likely splice junctions. Comparing the frequency of intron-spanning reads to the abundance of transcripts to which introns belong provides a reliable metric for estimating intron excision, readily distinguishing introns that are (i) universally used, (ii) alternatively-spliced, or (iii) likely insignificant. Genome-wide analysis suggests ~3000 annotated introns that should be deleted from the reference genome, ~1400 to be added as alternative isoforms, ~3100 as additions to existing annotation (often within UTRs) and ~3400 associated with novel transcripts. Transcriptomic expression is consis�tent with biological and phenotypic variation across the complex parasite life cycle, including undescribed differences in gene expression during intracellular tachyzoite replication. Strong circumstantial evidence also suggests that lncRNAs may play an important role in regulating stage-specific expression during sexual differentia�tion and sporogony. These results provide the basis for revising the reference T. gondii genome annotation available at ToxoDB.org and GenBank. Strategies developed in this dissertation also provide the basis for defining annotation criteria for other species, including related parasites responsible for malaria and conceivably other eukaryotes as well

On the intersection of the curves through a set of points in P^2

Given a set of points in P^2, we consider the common zeros of the set of curves of a given degree passing through those points. For general sets of points, these zero sets have the expected dimension and are smooth. In fact, given graded Betti numbers, for any arrangement of points whose ideal has those graded Betti numbers, general among such arrangements, the zero sets have the expected dimension and are smooth.Comment: minor changes; final version, to appear in JPA

Local Governance in Mexico. The Case of Nuevo Leon 2015-2021

The purpose of this paper is to provide some theoretical and empirical elements to measure the level of governance using an empirical case that will focus on the analysis of the 2015-2021 administration of the Government of the State of Nuevo Le n The governance model is evaluated based on the weighting of the degree of effectiveness efficiency and legitimacy that can be observed from the analysis of state public management and the evaluation of some public policies For the development of the project the World Bank s governance index is used as a reference which includes the measurement of six variable

Efecto diferenciado de la distancia en el uso de la innovación tecnológica y el ingreso de los pequeños y medianos productores agropecuarios del Proyecto “Mejoramiento de los servicios estratégicos de innovación agraria del INIA” en un contexto de Covid19

The research analyzes the differentiated effect of the distance to the EEA agricultural experimental station in the use of technological innovations, and the participation of small and medium-sized agricultural producers of the INIA Project Improvement of strategic agricultural innovation services, in 2018 and in a context of Covid-19. For this, the baseline studies and the final line evaluation of the Project have been used, carried out during the 2018 and 2020 period respectively, which allowed us to identify social and economic characteristics; on income, use of technologies, Covid19 context and distance from the EEAA. The research design is non-experimental, it was oriented towards a descriptive-cross-sectional study. The results of the probability model of use of technological innovations, it was determined that, during the period of 2018, the probability that a producer uses technological innovations on average is 46.54%. Likewise, if the producer is located in the range of distance 2 (R2), his probability of using technological innovations increases by 8.79% with respect to the probability of being in the radius of distance 1 (R1) (probability = 46.84%) . The opposite situation resulted in the case of distance radius 3 (R3), where the probability of using technological innovations is reduced by 7.68%, with respect to the probability of being in distance radius 1 (R1). In the case of the 2020 period, in the context of COVID-19, the effects of distance on the greater or lesser use of agricultural technologies are not clear, since the estimators are not statistically significant. Likewise, the results of the income regression model indicate that, in the 2018 period, the distance to the agricultural experimental station negatively affects the income of small and medium agricultural producers in a differentiated way. This effect on producers' income is more negative to the extent that the producer is more isolated from the EEA. In the case of the 2020 period, in the context of COVID-19, the effects of distance on the income of producers are not clear, since the estimators are not statistically significant.La investigación analiza el efecto diferenciado de la distancia a la estación experimental agraria EEA en el uso de innovaciones tecnológicas, y la participación de productores agropecuarios, pequeños y medianos, del Proyecto Mejoramiento de los servicios estratégicos de innovación agraria del INIA, en el año 2018 y en un contexto de Covid-19. Para ello, se ha utilizado los estudios de línea base y la evaluación de línea final Proyecto, realizados durante el periodo 2018 y 2020 respectivamente, los que nos permitió identificar características sociales, económicas; sobre ingresos, uso de tecnologías, contexto Covid19 y distancia de la EEAA. El diseño de la investigación es no experimental, el mismo se orientó hacia el estudio de tipo descriptivo - transversal. Los resultados del modelo de probabilidad de uso de las innovaciones tecnológicas, se determinó que, durante el periodo del 2018, la probabilidad de que un productor use las innovaciones tecnológicas en promedio es de 46.54 %. Asimismo, si el productor está ubicado en el rango de distancia 2 (R2), su probabilidad de utilizar las innovaciones tecnológicas se incrementa en 8.79 % respecto de la probabilidad de estar en el radio de distancia 1 (R1) (probabilidad = 46.84%). Situación contraria resultó el caso del radio de distancia 3 (R3), donde la probabilidad de utilizar las innovaciones tecnológicas se reduce en 7.68 %, respecto de la probabilidad de estar en el radio de distancia 1 (R1). En el caso del periodo 2020, en el contexto del COVID-19, los efectos de la distancia sobre el uso mayor o menor de las tecnologías agropecuarias no son claras, ya que los estimadores no son estadísticamente significativos. Así mismo los resultados del modelo de regresión de ingresos, señala que, en el periodo 2018, la distancia a la estación experimental agraria afecta negativamente el ingreso de manera diferenciada por parte de los pequeños y medianos productores agropecuarios. Este efecto sobre los ingresos de los productores es más negativo en la medida en que el productor esté más aislado de las EEA. En el caso del periodo 2020, en el contexto del COVID-19, los efectos de la distancia sobre el ingreso de los productores no son claros, ya que los estimadores no son estadísticamente significativos

Evaluación del abastecimiento en Gate Gourmet Perú S.R.L utilizando el modelo SCOR como herramienta de mejora - Callao – 2015

El presente trabajo de investigación es de tipo cuantitativo, no-experimental, cuyo objetivo es Evaluar el abastecimiento en Gate Gourmet Perú S.R.L utilizando el modelo SCOR como herramienta de mejora en la provincia constitucional del Callao, año 2015. Se utilizaron los fundamentos de Supply chain council, salas, David and Simchi-Levi y las teorías de Chopra & Meindl. Para la Investigación se analizaron dos muestras: La muestra para la aplicación del modelo SCOR estuvo conformada por los procesos del Abastecimiento: abastecimiento estratégico, Gestión de proveedores, compras y gestión de materiales de entrada; la muestra para la aplicación de evaluación estuvo conformada por 234 trabajadores de la empresa gate gourmet perú S.R.L a quienes se les aplicó el cuestionario de evaluación del abastecimiento. Los datos recolectados fueron procesados y analizados empleando el software SPSS versión 19.0. Se aplicó el coeficiente de correlación de Pearson como resultado se obtiene que existe una correlación fuerte >0.488 entre las variables lo que muestra que cualquier cambio en la variable independiente afectará a la dependiente si se realiza una mínima variación. Se identificó que existe una brecha entre el modelo de abastecimiento planteado por el SCOR y el abastecimiento que se lleva a cabo en la empresa ya que su cumplimiento es de 62.3% respecto al estándar minimo del SCOR. La aplicación del cuestionario SCOR ayudo a la identificación de las principales deficiencias del abastecimiento y permitió generar una propuesta integral para mejorar el desempeño del mismo

Relación entre el contenido televisivo de la noche es mía y la preferencia en jóvenes asistentes al programa en noviembre del 2015

En esta investigación se tiene el objetivo de poder determinar la relación que existe entre el contenido del programa La Noche es Mia y la preferencia en jóvenes que asistentes al programa que se encuentran entre 18 a 24 años de edad los cuales asisten o eligen diariamente el programa para lo cual se tomó una muestra 75 asistentes al programa, los cuales tienen un mismo criterio de selección se trata del público que asiste al programa es por ello que es un público directo al estudio a realizar. El instrumento que se utilizó para esta investigación fueron encuestas, estas fueron validadas por expertos a su vez fueron legalizadas a través del V.DEAIREN, el cual tuvo un resultado de 100% así como se obtuvo la confiabilidad de ALFA DE CRONBACH de 0.8. Los sujetos de estudio tienes características similares las cuales aportaron a los resultados de nuestra investigación. Esta investigación es de tipo cuantitativa correlacional tiene un diseño no experimental ya que no se pretende modificar o alterar las variables. A través de los diferentes procedimientos se pudo obtener los resultados que se acepta la hipótesis general lo cual determina que si existe una relación positiva y media entre el contenido del programa y la preferencia en jóvenes asistentes al programa en el mes de noviembre 2015. En cuanto a las hipótesis específicas se obtuvo que las dos rechazan la hipótesis alterna y se acepta la hipótesis nula determinando que no existe una relación positiva y media entre las variables

Construcción de tramas cinematográficas a partir de la interacción Estructura Narrativa / Arco de Personaje

El presente estudio propone la construcción de tramas cinematográficas a partir de la interacción del arco de personaje y la estructura narrativa con el propósito de ser un punto de referencia para guionistas, directores y productores cinematográficos, así como de los jurados de los concursos de cine promovidos por el Estado. Para ello se analiza la construcción de dos películas peruanas del género de thriller ganadoras de los fondos del Ministerio de Cultura peruano: Perro guardián (Caravedo & Higashionna, 2014) y Magallanes (Del Solar, 2015), dos relatos que coinciden temáticamente. Sus protagonistas son dos exmilitares que luchan por reinsertarse en la sociedad y buscan redimir los delitos de sus pasados traumáticos. La metodología empleada tiene un paradigma interpretativo basada en la hermenéutica de Paul Ricoeur. El enfoque es cualitativo y emplea la técnica del análisis diegético narrativo en ambas películas. Para la selección de la muestra, se han utilizado las principales inflexiones del relato, identificadas con la técnica del análisis semiótico de Claude Bremond y el análisis estructural de los relatos de Roland Barthes. Los principales resultados identifican las fallas estructurales del film Perro guardián, cuya trama prioriza su carácter dimensional y retórico, que se apoya en las convenciones del género del thriller psicológico, en desmedro del impulso dramático. En el caso de Magallanes, la trama presenta un balance entre su carácter dimensional y direccional, es decir, la acción está motivada por los conflictos internos del protagonista, lo que genera una mayor unidad interna en su trama. A partir de los hallazgos, es importante comprobar si este patrón de construcción de tramas se replica en otras películas nacionales. Su comprensión puede dar luces de cómo construir tramas que conecten emocionalmente con las audiencias, algo que necesita con urgencia la cinematografía local para generar una industria sólida.The present study proposes the construction of film plots from the interaction of character arc and narrative structure with the purpose of being a point of reference for screenwriters, directors and film producers, as well as juries of film contests promoted by the state. To this end, the construction of two Peruvian films of the thriller genre, winners of funds from the Peruvian Ministry of Culture, are analyzed: Perro guardián (Caravedo & Higashionna, 2014) and Magallanes (Del Solar, 2015), two stories that coincide thematically Its protagonists are two former military men who struggle to reintegrate into society and seek to redeem the crimes of their traumatic pasts. The methodology used has an interpretive paradigm based on the hermeneutics of Paul Ricoeur, the approach is qualitative and employ the technique of narrative diegetic analysis in both films. For the selection of the sample, we have used the main inflections of the story, identified with the technique of semiotic analysis of Claude Bremond and the structural analysis of the stories of Roland Barthes. The main results identify the structural flaws of the film Perro guardián whose plot prioritizes its dimensional and rhetorical nature that relies on the conventions of the psychological thriller genre to the detriment of the dramatic impulse. In the case of Magallanes, the plot presents a balance between its dimensional and directional nature, that is, the action is motivated by the internal conflicts of the protagonist, which generates a greater internal unity in its plot. Based on the findings, it is important to see if this pattern of plot construction is replicated in other national films; understanding it can shed light on how to build plots that connect emotionally with audiences, something that local filmmaking urgently needs to generate a solid industry

Standard and non-standard neutrino properties

I review the interpretation of solar and atmospheric neutrino data in terms neutrino oscillations and describe some ways to account for the required neutrino masses and mixing angles from first principles, both within top-down and bottom-up approaches. I also discuss non-oscillation phenomena such as nu-less double beta which may probe the absolute scale of neutrino mass, and also reveal its Majorana nature. I note that leptonic CP violation induced by ``Majorana'' phases drop from oscillations but play a role in the leptogenesis scenario for the baryon asymmetry of the Universe. Direct tests of leptonic CP violation in oscillation experiments, such as neutrino factories, will be a tough challenge, due to the hierarchical neutrino mass splittings and the smallness of theta13 indicated by reactors. The large solar mixing angle theta12 offers a way to probe otherwise inaccessible features of supernova physics. Finally, I note that in low-scale models of neutrino mass, one may probe all mixing angles, including the atmospheric theta23, at high energy accelerator experiments such as the LHC or NLC. A neat example is supersymmetry with bilinear breaking of R parity, where the LSP decay branching ratios are directly correlated to the neutrino mixing angles. I also discuss non-oscillation solutions to the solar neutrino problem in terms of spin-flavor precession and non-standard neutrino interactions, which will be crucially tested at KamLAND.Comment: Invited talk at the XXth Internat. Conf. on Neutrino Physics and Astrophysics (Neutrino 2002), Munich, Germany, May 25-30, 2002. 12 pages, 18 figs, includes espcrc2.st

Violence in Quilombola women living in rural communities in Brazil

OBJETIVE: To estimate the prevalence of psychological, physical, and sexual violence perpetrated against women by their intimate partner (IP) in Quilombola communities located in Espírito Santo State, Brazil. METHODS: The data is from a population-based cross-sectional study of Quilombola women conducted from 2017 to 2018. In-person interviews collected information on women’s sociodemographic characteristics, behaviors, and their experience of violence perpetrated by their IP. The analysis used chi-square test and hierarchical logistic regression. RESULTS: 219 women (94.8% of the invited ones) agreed to participate in the study. 59.0% (95%CI: 5.25–65.5) reported psychological violence; 41% (95%CI: 34.5–47.5) physical violence; and 8.2% (95%CI: 4.6–11.8) sexual violence. Psychological violence was associated with having three or more sexual partners in life, when compared to those who had up to two partners (p = 0,009), and previous violence involving other people outside of family increased the chance of suffering psychological violence by an IP more than nine times (p ≤ 0.001). Regarding physical violence, the association with use of barrier contraception (p = 0.031) and having a partner with other sexual partners (p = 0.024) were protective factors for IP violence. Having 3 or more sexual partners in the last 12 months (p = 0.006), partner using illicit drugs (p = 0,006), and alcoholism in the family (p = 0,001), increased the chance of suffer physical violence by the partner. Sexual violence perpetrated by the IP was associated with miscarriage (p = 0.016), partner using drugs (p = 0.020), and gynecological symptoms (p = 0.045). CONCLUSIONS: These results showed the high frequency of intimate partner violence in Quilombola women and highlight the importance of reducing social and race inequities for interrupting the culture of violence against women