14 research outputs found
Dynamical charge and spin density wave scattering in cuprate superconductor
- Publication venue
- 'IOP Publishing'
- Publication date
- 01/01/2010
- Field of study
Full text linkWe show that a variety of spectral features in high-T_c cuprates can be
understood from the coupling of charge carriers to some kind of dynamical order
which we exemplify in terms of fluctuating charge and spin density waves. Two
theoretical models are investigated which capture different aspects of such
dynamical scattering. The first approach leaves the ground state in the
disordered phase but couples the electrons to bosonic degrees of freedom,
corresponding to the quasi singular scattering associated with the closeness to
an ordered phase. The second, more phenomological approach starts from the
construction of a frequency dependent order parameter which vanishes for small
energies. Both theories capture scanning tunneling microscopy and angle-resoved
photoemission experiments which suggest the protection of quasiparticles close
to the Fermi energy but the manifestation of long-range order at higher
frequencies.Comment: 27 pages, 13 figures, to appear in New J. Phy
The LHCb upgrade I
- Author
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- Zvyagintsev S.
- Publication venue
- IOP Publishing
- Publication date
- 01/01/2024
- Field of study
Get PDFThe LHCb upgrade represents a major change of the experiment. The detectors have been almost completely renewed to allow running at an instantaneous luminosity five times larger than that of the previous running periods. Readout of all detectors into an all-software trigger is central to the new design, facilitating the reconstruction of events at the maximum LHC interaction rate, and their selection in real time. The experiment's tracking system has been completely upgraded with a new pixel vertex detector, a silicon tracker upstream of the dipole magnet and three scintillating fibre tracking stations downstream of the magnet. The whole photon detection system of the RICH detectors has been renewed and the readout electronics of the calorimeter and muon systems have been fully overhauled. The first stage of the all-software trigger is implemented on a GPU farm. The output of the trigger provides a combination of totally reconstructed physics objects, such as tracks and vertices, ready for final analysis, and of entire events which need further offline reprocessing. This scheme required a complete revision of the computing model and rewriting of the experiment's software
The Cancer Genome Atlas Comprehensive Molecular Characterization of Renal Cell Carcinoma
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
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- A. Bossler
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- J.B. Elder
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- J.H. Fregnani
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- Y. Liu
- Y. Lu
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- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Y. Wu
- Z. Ju
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
Get PDFRenal cell carcinoma(RCC) is not a single disease, but several histologically defined cancers with different genetic drivers, clinical courses, and therapeutic responses. The current study evaluated 843 RCC from the three major histologic subtypes, including 488 clear cell RCC, 274 papillary RCC, and 81 chromophobe RCC. Comprehensive genomic and phenotypic analysis of the RCC subtypes reveals distinctive features of each subtype that provide the foundation for the development of subtype-specific therapeutic and management strategies for patients affected with these cancers. Somatic alteration of BAP1, PBRM1, and PTEN and altered metabolic pathways correlated with subtype-specific decreased survival, while CDKN2A alteration, increased DNA hypermethylation, and increases in the immune-related Th2 gene expression signature correlated with decreased survival within all major histologic subtypes. CIMP-RCC demonstrated an increased immune signature, and a uniform and distinct metabolic expression pattern identified a subset of metabolically divergent (MD) ChRCC that associated with extremely poor survival
Comprehensive molecular characterization of the hippo signaling pathway in cancer
- Author
- Abdel-Rahman MH
- Abeshouse A
- Adebamowo C
- Adebamowo SN
- Agnew K
- Ahn K
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- Akbani R
- Akeredolu T
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- Albert M
- Alexopoulou I
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- Aziz D
- Bailey M
- Balasundaram M
- Balu S
- Barnett G
- Barnholtz-Sloan JS
- Barrett W
- Bartlett J
- Bathe O
- Baudin E
- Baylin S
- Becker K-F
- Beer D
- Behera M
- Behrens C
- Bell D
- Bell S
- Bellair M
- Bennett J
- Benz C
- Berchuck A
- Berger AC
- Bergeron A
- Berkowitz R
- Bernard B
- Beroukhim R
- Beuschlein F
- Bhavana VH
- Bifulco C
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- Birrer M
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- Bootwalla MS
- Borad M
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- Boussioutas A
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- Bradford C
- Bragazzi MC
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- Bueno R
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- Campos B
- Caraman I
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- Carey F
- Carey T
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- Chan TA
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- Creighton CJ
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- Duell R
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- Fan H
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- Farver C
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- Girard N
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- Glenn R
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- Godwin EM
- Gonzalez AMA
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- Goparaju C
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- Guo C
- Ha G
- Haddad A
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- Hale W
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- Han Y
- Hanh PT
- Hansen P
- Harr J
- Hartmann A
- Haydu L
- Hayes DN
- Hayward N
- Heath S
- Hegde AM
- Heiman DI
- Heins ZJ
- Henderson J
- Hermes B
- Hernandez B
- Herold-Mende C
- Hersey P
- Hess J
- Hibshoosh H
- Hilty J
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- Houck J
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- Hoyle AP
- Hu H
- Hu J
- Huland H
- Hung NP
- Huntsman D
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- Ittmann M
- Jacobus L
- Jakrot V
- Janssen K-P
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- Reynolds S
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- Rubin MA
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- Sauter G
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- Schadendorf D
- Schein JE
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- Schmidt LS
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- Schultz N
- Schumacher SE
- Scolyer R
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- Seder CW
- Sekhon H
- Senecal K
- Sepulveda A
- Setdikova G
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- Sheridan R
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- Shih J
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- Thompson T
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- Zhang H
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- Zhang H
- Zhang J
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- Zhang W
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- Zuna R
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- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
Get PDFHippo signaling has been recognized as a key tumor suppressor pathway. Here, we perform a comprehensive molecular characterization of 19 Hippo core genes in 9,125 tumor samples across 33 cancer types using multidimensional “omic” data from The Cancer Genome Atlas. We identify somatic drivers among Hippo genes and the related microRNA (miRNA) regulators, and using functional genomic approaches, we experimentally characterize YAP and TAZ mutation effects and miR-590 and miR-200a regulation for TAZ. Hippo pathway activity is best characterized by a YAP/TAZ transcriptional target signature of 22 genes, which shows robust prognostic power across cancer types. Our elastic-net integrated modeling further reveals cancer-type-specific pathway regulators and associated cancer drivers. Our results highlight the importance of Hippo signaling in squamous cell cancers, characterized by frequent amplification of YAP/TAZ, high expression heterogeneity, and significant prognostic patterns. This study represents a systems-biology approach to characterizing key cancer signaling pathways in the post-genomic era
Molecular characterization and clinical relevance of metabolic expression subtypes in human cancers.
- Author
- A. Gordon Robertson
- Aaron Bossler
- Ad Gillis
- Adam Abeshouse
- Adam Kibel
- Adam R. Metwalli
- Adhemar Longatto-Filho
- Adrian Ally
- Adrian Clipca
- Ady Kendler
- Agostino De Rose
- Ajith Sankarankuty
- Alain Bergeron
- Alain Piché
- Alan H. Bryce
- Alan P. Hoyle
- Alan Pickens
- Albert J. Kovatich
- Ales Vicha
- Alessandro Perin
- Alex Boussioutas
- Alexander J. Lazar
- Alexey Shabunin
- Alexis Sharp
- Alison Kastl
- Amy Chen
- Amy Davis
- Amy H. Perou
- Ana C. de Carvalho
- Ana Maria Angulo Gonzalez
- Andre L. Carvalho
- Andrea Haddad
- Andreas Unterberg
- Andreas von Deimling
- Andrei Malykh
- Andrew Berchuck
- Andrew Burnette
- Andrew D. Cherniack
- Andrew E. Sloan
- Andrew J. Mungall
- Andrew K. Godwin
- Andrew Spillane
- Angel Arnaout
- Angela Tam
- Angeles Secord
- Angelica Ochoa
- Anil Korkut
- Anil Sood
- Anna Antenucci
- Anne Breggia
- Anne Tsao
- Anne-Marie Mes-Masson
- Anne-Paule Gimenez-Roqueplo
- Antonia Sepulveda
- Antonio Jimeno
- Anuradha Gopalan
- Apurva M. Hegde
- Ardene Noss
- Armando López Guillermo
- Armaz Mariamidze
- Arndt Hartmann
- Arthur Tischler
- Arvind Rao
- Ashley Fehrenbach
- Ashton C. Berger
- Assunta De Rienzo
- Augustin Luna
- Bahavna Kumar
- Barry S. Taylor
- Benito Campos
- Benjamin E. Gross
- Bernard Kohl
- Bernard Têtu
- Bernd Wullich
- Beth Hermes
- Beth Y. Karlan
- Bettina Drake
- Bhuvanesh Singh
- Bianca Pollo
- Bita Esmaeli
- Bogdan Czerniak
- Bradley M. Broom
- Brady Bernard
- Brenda Deyarmin
- Brenda Hernandez
- Brenda Rabeno
- Brian Patrick O’Neill
- Brian Van Tine
- Bruce Robinson
- Bui Duc Phu
- Calena Marchand
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- Candace Shelton
- Carl Morrison
- Carl Simon Shelley
- Carlo Bifulco
- Carlos Gilberto Carlotti Jr.
- Carmen Behrens
- Carol Bradford
- Carol Farver
- Caroline Larson
- Carolyn M. Hutter
- Carrie Cibulskis
- Cassaundra Shipman
- Catherine Moser
- Cathy Brewer
- Cathy D. Vocke
- Cathy Schilero
- Catrina C. Fronick
- Cesar Moran
- Chad J. Creighton
- Chandra Goparaju
- Chandrajit P. Raut
- Charles Guo
- Charles M. Perou
- Charles N. Landen
- Cheng Fan
- Chiara Calatozzolo
- Chris Andry
- Chris Sander
- Christel Herold-Mende
- Christin Jungk
- Christina Yau
- Christine Stoehr
- Christopher A. Miller
- Christopher Benz
- Christopher Hovens
- Christopher K. Wong
- Christopher Logothetis
- Christopher McPherson
- Christopher W. Seder
- Chu Chen
- Clement Adebamowo
- Colleen Feltmate
- Colleen M. Cebulla
- Corbin D. Jones
- Craig D. Shriver
- Cristovam Scapulatempo-Neto
- Curt H. Hagedorn
- Cyriac Kandoth
- Cyrus Mirsaidi
- D. Neil Hayes
- Daniel Crain
- Daniel Cramer
- Daniel J. Brat
- Daniel J. Weisenberger
- Daniel O. Vidal
- Daniel O’Brien
- Daniel Raymond
- Daniela Tirapelli
- Darell Bigner
- Darlene Lee
- Dave Hoon
- David A. Wheeler
- David Beer
- David Chesla
- David Huntsman
- David I. Heiman
- David J. Van Den Berg
- David Mallery
- David Nagorney
- David Rice
- Dawid Murawa
- Debra Bell
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- Denise Brooks
- Dennis T. Maglinte
- Deqin Ma
- Di Du
- Diana Tcaciuc
- Dina Aziz
- Dirk Schadendorf
- Domenico Alvaro
- Dong M. Shin
- Donghui Tan
- Donna Morton
- Donna Muzny
- Doris M. Rassl
- Doug Voet
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- Ed Reznik
- Edna M. Mora Pinero
- Elaine R. Mardis
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- Elizabeth R. Duffy
- Elizabeth Swisher
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- Eric Lipp
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- Erik Castle
- Erik Zmuda
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- Erwin G. Van Meir
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- Esther Korpershoek
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- Feixiong Cheng
- Feixiong Cheng
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- Felix Beuschlein
- Fengmei Zhao
- Florencia Que
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- Francesco Facciolo
- Francis Carey
- Francisco Sanchez-Vega
- Fred Saad
- Funda Meric-Bernstam
- Gabriel Sica
- Gad Getz
- Gaetano Finocchiaro
- Galen F. Gao
- Galiya Setdikova
- Gavin Ha
- Gene Barnett
- George Manikhas
- George Thomas
- George V. Thomas
- Georgina Long
- Ghenadie Gorincioi
- Gianluca Grazi
- Ginette McKercher
- Glenn Bubley
- Gloria Petersen
- Gordon B. Mills
- Gordon Saksena
- Graham Mann
- Gregory Wolf
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- Guido Sauter
- Hai Hu
- Hailei Zhang
- Han Liang
- Han Liang
- Hani Gabra
- Hanina Hibshoosh
- Hannah Yang
- Hans Stoop
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- HarshaVardhan Doddapaneni
- Hartmut Juhl
- Hartwig Huland
- Harvey Pass
- Heather K. Schmidt
- Heidi J. Sofia
- Helge Taubert
- Henri Timmers
- Henrique C.S. Silveira
- Hikmat Al-Ahmadie
- Hojabr Kakavand
- Hongxin Zhang
- Hongzheng Zhang
- Houtan Noushmehr
- Howard Colman
- Howard G. Rosenthal
- Howard Zaren
- Hui Shen
- Huihui Fan
- Huiwen Zhang
- Huyen Dinh
- Iakovina Alexopoulou
- Ian Forgie
- Ian Yang
- Ignacio Wistuba
- Ilya Shmulevich
- Ina Felau
- Inga Chemencedji
- Ino de Bruijn
- Irina Caraman
- Irina Stancul
- J. Bradley Elder
- J. Leigh Fantacone-Campbell
- J. Todd Auman
- Jacqueline E. Schein
- Jaegil Kim
- Jaffer A. Ajani
- James Catto
- James Lang
- James Luketich
- James Powers
- James Wilmott
- Janae V. Simons
- Jay Bowen
- Jay Engel
- Jean C. Zenklusen
- Jean-Pierre Kocher
- Jeffey Moyer
- Jeffrey A. Borgia
- Jeffrey A. Hooke
- Jeffrey Gershenwald
- Jeffrey J. Olson
- Jeffrey Marks
- Jeffrey Roach
- Jeffry Simko
- Jenette Creaney
- Jennifer Drummond
- Jennifer Eschbacher
- Jennifer Smith
- Jens Waldmann
- Jeremy Parfitt
- Jerome Myers
- Jia Liu
- Jianhong Hu
- Jianjiong Gao
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- Jiexin Zhang
- Jill S. Barnholtz-Sloan
- Jing Wang
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- Jireh Santibanez
- Joan Walker
- Joanna Phillips
- Jodi Harr
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- Joel Henderson
- Joel S. Parker
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- John A. Copland
- John A. Demchok
- John A. Martignetti
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- John DiPersio
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- John N. Weinstein
- John Thompson
- Jolanta Bondaruk
- Jonathan Melamed
- Jonathan Stretch
- Joong-Won Park
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- Jose Sebastião Dos Santos
- Joseph Bennett
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- Joshua M. Stuart
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- Jun Li
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- Marta Couce
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- Michael Farnell
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- Michael Kendrick
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- Michael Miller
- Michael Muto
- Michael Prados
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- Nguyen Van Bang
- Nguyen Viet Tien
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- Olga Voronina
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- Peter R. Carroll
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- Peter Westervelt
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- Field of study
Get PDFMetabolic reprogramming provides critical information for clinical oncology. Using molecular data of 9,125 patient samples from The Cancer Genome Atlas, we identified tumor subtypes in 33 cancer types based on mRNA expression patterns of seven major metabolic processes and assessed their clinical relevance. Our metabolic expression subtypes correlated extensively with clinical outcome: subtypes with upregulated carbohydrate, nucleotide, and vitamin/cofactor metabolism most consistently correlated with worse prognosis, whereas subtypes with upregulated lipid metabolism showed the opposite. Metabolic subtypes correlated with diverse somatic drivers but exhibited effects convergent on cancer hallmark pathways and were modulated by highly recurrent master regulators across cancer types. As a proof-of-concept example, we demonstrated that knockdown of SNAI1 or RUNX1—master regulators of carbohydrate metabolic subtypes-modulates metabolic activity and drug sensitivity. Our study provides a system-level view of metabolic heterogeneity within and across cancer types and identifies pathway cross-talk, suggesting related prognostic, therapeutic, and predictive utility
International School of Solid State Physics "Ettore Majorana"
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No full textThe LHCb Upgrade I
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- 01/01/2024
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No full textThe LHCb upgrade represents a major change of the experiment. The detectors have been almost completely renewed to allow running at an instantaneous luminosity five times larger than that of the previous running periods. Readout of all detectors into an all-software trigger is central to the new design, facilitating the reconstruction of events at the maximum LHC interaction rate, and their selection in real time. The experiment's tracking system has been completely upgraded with a new pixel vertex detector, a silicon tracker upstream of the dipole magnet and three scintillating fibre tracking stations downstream of the magnet. The whole photon detection system of the RICH detectors has been renewed and the readout electronics of the calorimeter and muon systems have been fully overhauled. The first stage of the all-software trigger is implemented on a GPU farm. The output of the trigger provides a combination of totally reconstructed physics objects, such as tracks and vertices, ready for final analysis, and of entire events which need further offline reprocessing. This scheme required a complete revision of the computing model and rewriting of the experiment's software
The LHCb Upgrade I
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No full textThe LHCb upgrade represents a major change of the experiment. The detectors have been almost completely renewed to allow running at an instantaneous luminosity five times larger than that of the previous running periods. Readout of all detectors into an all-software trigger is central to the new design, facilitating the reconstruction of events at the maximum LHC interaction rate, and their selection in real time. The experiment's tracking system has been completely upgraded with a new pixel vertex detector, a silicon tracker upstream of the dipole magnet and three scintillating fibre tracking stations downstream of the magnet. The whole photon detection system of the RICH detectors has been renewed and the readout electronics of the calorimeter and muon systems have been fully overhauled. The first stage of the all-software trigger is implemented on a GPU farm. The output of the trigger provides a combination of totally reconstructed physics objects, such as tracks and vertices, ready for final analysis, and of entire events which need further offline reprocessing. This scheme required a complete revision of the computing model and rewriting of the experiment's software
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- Publication venue
- Journal of Instrumentation
- Publication date
- 23/05/2024
- Field of study
No full textAbstract
The LHCb upgrade represents a major change of the
experiment. The detectors have been almost completely renewed to
allow running at an instantaneous luminosity five times larger than
that of the previous running periods. Readout of all detectors into
an all-software trigger is central to the new design, facilitating
the reconstruction of events at the maximum LHC interaction rate,
and their selection in real time. The experiment's tracking system
has been completely upgraded with a new pixel vertex detector, a
silicon tracker upstream of the dipole magnet and three
scintillating fibre tracking stations downstream of the magnet. The
whole photon detection system of the RICH detectors has been renewed
and the readout electronics of the calorimeter and muon systems have
been fully overhauled. The first stage of the all-software trigger
is implemented on a GPU farm. The output of the trigger provides a
combination of totally reconstructed physics objects, such as tracks
and vertices, ready for final analysis, and of entire events which
need further offline reprocessing. This scheme required a complete
revision of the computing model and rewriting of the experiment's
software.</jats:p
The LHCb Upgrade I
- Author
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- Abdelmotteleb ASW
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- Zhou X
- Zhou Y
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- Zhu X
- Zhu X
- Zhu Z
- Zhukov V
- Zivkovic V
- Zou Q
- Zucchelli S
- Zuliani D
- Zunica G
- Zvyagintsev S
- Publication venue
- IOP Publishing
- Publication date
- 01/05/2024
- Field of study
No full textAbstract
The LHCb upgrade represents a major change of the
experiment. The detectors have been almost completely renewed to
allow running at an instantaneous luminosity five times larger than
that of the previous running periods. Readout of all detectors into
an all-software trigger is central to the new design, facilitating
the reconstruction of events at the maximum LHC interaction rate,
and their selection in real time. The experiment's tracking system
has been completely upgraded with a new pixel vertex detector, a
silicon tracker upstream of the dipole magnet and three
scintillating fibre tracking stations downstream of the magnet. The
whole photon detection system of the RICH detectors has been renewed
and the readout electronics of the calorimeter and muon systems have
been fully overhauled. The first stage of the all-software trigger
is implemented on a GPU farm. The output of the trigger provides a
combination of totally reconstructed physics objects, such as tracks
and vertices, ready for final analysis, and of entire events which
need further offline reprocessing. This scheme required a complete
revision of the computing model and rewriting of the experiment's
software.</jats:p
