De l'importance des dissolutions partielles dans des ooïdes calcaires : Exemple des oolithes hauteriviennes de Suisse

In the Canton of Vaud (Switzerland), two Hauterivian oolitic units were penetrated by a borehole. In both units, the ooids are partly leached. More specifically, the ooid cortices were partly leached and some ooid nuclei appear suspended in the middle of cortical moldic cavities created by leaching, rather than having fallen to the bottom of these cavities before the final cementation take place. We demonstrate that these ooids were originally calcitic, not aragonitic, not "two-phase" nor "bimineral". This leaching is not an early diagenetic feature related to subaerial exposure, but a late diagenetic feature, possibly related to the migration of acidic pore waters, brought about by Alpine tectonics and/or karstification

Commentaires sur "Estimating the impact of early diagenesis on isotope records in shallow-marine carbonates: A case study from the Urgonian platform in western Swiss Jura" par A. Godet et al. [Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology 454 (2016) 125-138]

A recent paper by Godet et al. on Urgonian carbonates from the Swiss Jura concluded that diagenesis may hinder chemostratigraphic correlations of deep- to shallow-water facies. Although we agree with this conclusion we question their arguments and interpretations. These authors correctly identified diagenesis as the key factor, but we question the timing of events in their paragenetic sequence. In particular, they reported the leaching of originally calcitic oolitic cortices but failed to discuss this puzzling feature properly. In addition, the backbone of their argument is the stratigraphic correlation of a specific sequence from three dominantly shallow-water sections together with a basinal reference section. However, a reliable alternative biostratigraphic framework shows that this attempt of long-distance correlation might be erroneous.Une publication récente de Godet et al. sur les carbonates urgoniens du Jura suisse concluait que la diagenèse pouvait compromettre les corrélations chimiostratigraphiques des faciès distaux vers les proximaux. Bien que nous soyons d'accord avec cette conclusion, nous nous interrogeons sur les arguments des auteurs et leurs interprétations. Ils ont bien identifié la diagénèse comme étant le facteur déterminant, mais nous mettons en doute la chronologie des événements de leur séquence paragénétique. Ils ont notamment signalé la dissolution de cortex d'ooïdes originellement calcitiques mais n'ont pas abordé sous un bon angle cet élément étonnant. De plus, leur argumentaire s'appuie sur la corrélation stratigraphique d'une séquence spécifique identifiée dans trois coupes aux faciès essentiellement peu profonds avec une coupe de bassin utilisée comme référence. Toutefois, un autre cadre biostratigraphique plus robuste que celui utilisé par Godet et al. suggère que leur tentative de corrélations sur de longues distances est erronée

The Cretaceous of the Swiss Jura Mountains: an improved lithostratigraphic scheme

In the course of the HARMOS project of the Swiss Geological Survey, the lithostratigraphic subdivisions of the Cretaceous sedimentary rocks outcropping in the Swiss Jura Mountains were revisited. New formation names are proposed where only inadequate facies terms existed so far. As in some cases outcrop conditions in the Swiss Jura do not allow for logging complete sections to characterise the formations, type localities in neighbouring France have been chosen. The following formations (Fm.) are defined to describe the Cretaceous lithological units (from bottom to top): Goldberg Fm., Pierre-Châtel Fm., Vions Fm., Chambotte Fm., Vuache Fm., Grand Essert Fm., Gorges de l’Orbe Fm., Vallorbe Fm., Perte du Rhône Fm., Narlay Fm. Dating of the formations is based on biostratigraphy (ammonites, echinids, dasycladalean algae, foraminifera, calpionellids, dinocysts, nannofossils). The fossils indicate Berriasian through to Coniacian ages. The lithostratigraphic units describe the general evolution from a shallow, peritidal platform to deeper-water shelf environments, then the installation of a carbonate platform, and finally the drowning of this platform followed by the predominance of pelagic conditions. The common lateral and vertical changes in facies and sedimentation rates as well as numerous hiatuses within the formations testify to a complex interplay of tectonics, climate, and sea level that controlled the Swiss Jura realm during the Cretaceous

Barremian ammonite fauna from L'Estellon section (Baronnies, SE France): preli-minary biostratigraphic results

The study of the ammonite fauna in the L'Estellon section (Drôme department, SE France) allows us to date episodes with gravitational deposition in this area of the "Vo-contian Trough". They span most of the Barremian Stage, from the Nicklesi Zone up to the Giraudi Zone. We did not identify any Bedoulian redeposits, the "Bedoulian ridge" auct. being latest Barremian in age.L'étude de l'ammonitofaune de la coupe de L'Estellon (département de la Drôme, France) permet de dater les épisodes de la sédimentation gravitaire dans ce secteur de la "Fosse vocontienne". Ils couvrent pratiquement l'ensemble du Barrémien, depuis la Zone à Nicklesi jusqu'à celle à Giraudi. Nous n'y avons pas caractérisé de resédimentation bédoulienne, la "barre bédoulienne" auct. Cor-respondant au Barrémien terminal

La Formation du Grand Essert (Jura franco-suisse; Valanginien supérieur p.p. à Hauterivien supérieur basal)

Le terme de Formation du Grand Essert a été proposé en 2016 pour remplacer ceux de « Marnes d’Hauterive » auct. et « Pierre jaune de Neuchâtel » auct. attribués à l’« Hauterivien » auct. dans le Jura franco-suisse. L’objet de cette note est, dans un premier temps, de décrire et d’interpréter la lithologie de la coupe-type représentative de cette nouvelle formation, d’une épaisseur de 112,5 m, relevée dans la localité-type du Grand Essert le long de la route D991, entre Confort et Chésery, sur la rive gauche de la vallée de la Valserine (Jura méridional, Ain, France). La Formation du Grand Essert comprend, à la base, le Membre d’Hauterive composé de 52 m de marnes dans lesquelles apparaissent des bancs et des nodules calcaires contenant souvent des grains de quartz et de glauconie. Les faciès indiquent un milieu calme en dessous de la limite de l’action des vagues de beau temps, avec l’apport périodique de matériel bioclastique allochtone. Au-dessus, le Membre de Neuchâtel d’une épaisseur de 60,5 m se compose de calcaires bioclastiques localement quartzo-glauconieux. Au sein de ce membre s’intercale un horizon marneux d’origine marine, les Marnes des Uttins. Les bancs calcaires montrent des structures sédimentaires entrecroisées qui suggèrent la présence de courants tidaux. Dans un deuxième temps, les auteurs proposent des corrélations basées sur la biostratigraphie (ammonites et dinokystes) et l’analyse séquentielle, entre la coupe-type et d’autres coupes et forages publiés dans le Jura franco-suisse. La corrélation avec une coupe du Bassin vocontien (Haut Vergons) permet de discuter jusqu’à quel point l’enregistrement sédimentaire de la Formation du Grand Essert était contrôlé par des fluctuations du niveau marin. Finalement, les ammonites et dinokystes permettent de bien dater la Formation du Grand Essert qui s’étend du Valanginien supérieur pro parte jusqu’à la base de l’Hauterivien supérieur. Le Membre d’Hauterive commence dans la zone à Peregrinus. L’intervalle Peregrinus-Furcillata est partout fortement condensé (comme la partie sommitale de la Formation du Vuache sous-jacente dans le Jura neuchâtelois) tandis que les sédiments de la zone à Radiatus sont bien représentés. La limite entre le Membre d’Hauterive et le Membre de Neuchâtel se situe dans la zone à Loryi. Le Membre de Neuchâtel occupe la partie supérieure de la zone à Loryi et toute la zone à Nodosoplicatum. La limite Nodosoplicatum / Sayni se trouve au sein de la partie sommitale du Membre de Neuchâtel. La base de la Formation des Gorges de l’Orbe sus-jacente est datée de la zone à Sayni

L'Estellon (Baronnies, France), une "Pierre de Rosette" pour la biostratigraphie de l'Urgonien

Des associations d'organismes habituellement caractéristiques de faibles tranches d'eau (des orbitolinidés et des algues, en particulier) ont été identifiées dans des faciès relativement profonds de la "fosse vocontienne" (SE de la France), où ces éléments ont été transportés gravitairement et précocement resédimentés. Dans un tel contexte paléoenvironnemental, ces associations benthiques peuvent être directement calibrées sur les zones d'ammonites. D'après ces nouvelles observations, entre autres résultats, la première apparition de Palorbitolina lenticularis ainsi que celles de quatre représentants du genre Orbitolinopsis, soi-disant typiques de l'Aptien inférieur, sont datées du Barrémien inférieur. De fait la plupart des espèces d'orbitolinidés connues dans le Barrémien supérieur sont déjà présentes au Barrémien inférieur à L'Estellon. Concernant les plates-formes urgoniennes, les schémas de corrélations couramment utilisés, qui s'appuient sur des distributions biaisées (tronquées) d'orbitolinidés -- et par conséquent les conclusions et hypothèses qui en sont dérivées --, nécessitent au moins des révisions en profondeur, sinon un rejet définitif.Shallow-water assemblages of transported ("freshly reworked") bioclasts (mainly orbitolinids and dasycladales) are observed in the deeper facies of the "Vocontian Trough" (SE France). There these benthic assemblages can be directly correlated with ammonite zones. These new finds give an Early Barremian age to the earliest record of Palorbitolina lenticularis as well as those of four so-called "typical Early Aptian" representatives of the genus Orbitolinopsis. Actually most orbitolinid species recorded from the Late Barremian interval are now found present in Lower Barremian strata at L'Estellon. Some currently used correlation schemes for the Urgonian platforms, that are based on partial stratigraphic distribution ranges for the orbitolinids, --and consequently derived conclusions and hypotheses- - require at least in-depth revisions when they are not definitively refuted.The study of the ammonite fauna in the L'Estellon section (Drôme department, SE France) allows us to date episodes with gravitational deposition in this area of the "Vocontian Trough". They span most of the Barremian Stage, from the Nicklesi Zone up to the Giraudi Zone. We did not identify any Bedoulian redeposits, the "Bedoulian ridge" auct. being latest Barremian in age

Proteomic Analysis of S-Acylated Proteins in Human B Cells Reveals Palmitoylation of the Immune Regulators CD20 and CD23

S-palmitoylation is a reversible post-translational modification important for controlling the membrane targeting and function of numerous membrane proteins with diverse roles in signalling, scaffolding, and trafficking. We sought to identify novel palmitoylated proteins in B lymphocytes using acyl-biotin exchange chemistry, coupled with differential analysis by liquid-chromatography tandem mass spectrometry. In total, we identified 57 novel palmitoylated protein candidates from human EBV-transformed lymphoid cells. Two of them, namely CD20 and CD23 (low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor), are immune regulators that are effective/potential therapeutic targets for haematological malignancies, autoimmune diseases and allergic disorders. Palmitoylation of CD20 and CD23 was confirmed by heterologous expression of alanine mutants coupled with bioorthogonal metabolic labeling. This study demonstrates a new subset of palmitoylated proteins in B cells, illustrating the ubiquitous role of protein palmitoylation in immune regulation

De novo TBR1 variants cause a neurocognitive phenotype with ID and autistic traits:report of 25 new individuals and review of the literature

TBR1, a T-box transcription factor expressed in the cerebral cortex, regulates the expression of several candidate genes for autism spectrum disorders (ASD). Although TBR1 has been reported as a high-confidence risk gene for ASD and intellectual disability (ID) in functional and clinical reports since 2011, TBR1 has only recently been recorded as a human disease gene in the OMIM database. Currently, the neurodevelopmental disorders and structural brain anomalies associated with TBR1 variants are not well characterized. Through international data sharing, we collected data from 25 unreported individuals and compared them with data from the literature. We evaluated structural brain anomalies in seven individuals by analysis of MRI images, and compared these with anomalies observed in TBR1 mutant mice. The phenotype included ID in all individuals, associated to autistic traits in 76% of them. No recognizable facial phenotype could be identified. MRI analysis revealed a reduction of the anterior commissure and suggested new features including dysplastic hippocampus and subtle neocortical dysgenesis. This report supports the role of TBR1 in ID associated with autistic traits and suggests new structural brain malformations in humans. We hope this work will help geneticists to interpret TBR1 variants and diagnose ASD probands

Recherches stratigraphiques dans l'Est du Massif des Bornes (Haute-Savoie)

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