Study of the role of SETD2 mutations in clear cell renal cell carninoma (ccRCC)

Trabalho de projecto de mestrado em Bioestatística, apresentado à Universidade de Lisboa, através da Faculdade de Ciências, 2013Clear cell Renal Cell Carcinoma, ccRCC, is the most common form of Renal Cancer, accounting for 90% of these cancers cases. It is well established that the majority of these cancers happen when both alleles of VHL (Von Hippel Lindau) tumour suppressor gene are mutated. It has also been observed that patients with this form of cancer present mutations on the SETD2 gene which applies its functions during transcription. In the last few years the growth within sequencing technologies has been astonishing. Next Generation Sequencing technology, NGS, provides tools for assessing full genomes to a reference sequence in a matter of days, being extremely accurate, while also increasingly cost effective. One of its many applications is RNA-Sequencing, a method for transcriptome analysis. Throughout this thesis we aimed at analysing RNA-Seq data from six samples: four with mutations on the SETD2 gene and two control samples. The main goal was to understand how the remaining genes on the transcriptome respond to these genes mutations. In the first part of this work we aimed at analysing several forms to normalize the data, resorting to R software packages (EDASeq, DESeq and edgeR). Data normalization is a crucial step on NGS techniques, as these techniques have some inherent bias that need to be accounted for. DESeq proved to be the most selective, while EDASeq is not as stringent. The second part of this work aimed at identifying deferentially expressed genes, to infer which genes behave in a significant way in the samples, packages edgeR, DESeq and RankProd. We identified six new genes as differentially expressed.O carcinoma renal de células claras, ccRCC, é o tipo mais comum de cancro renal, sendo responsável por cerca de 70% destes tumores, com a mais alta taxa de mortalidade entre todos os tipos de cancro renal. A grande maioria destes tumores deve-se a mutações no gene VHL, um gene supressor de cancro. Não obstante, vários estudos de sequenciação do ccRCC acabaram por revelar a ocorrência de mutações somáticas no gene SETD2, uma Histone methyltransferase que trimetila a lisina 36 na histona H3 (H3K36me3). Este gene tem um papel fundamental na transcrição, um dos principais passos na expressão genética { processo pelo qual são geradas proteínas perfeitamente funcionais, permitindo que o ADN se desenrole e seja posteriormente transcrito. Está localizado no braço curto do cromossoma 3 e as mutações deste gene conduzem à perda de funções deste mesmo cromossoma. O objectivo biológico da presente tese é avaliar as alterações do transcriptoma, induzidas pelas mutações no gene SETD2. Esta questão será abordada utilizando dados do transcriptoma completo, de linhas celulares mutadas no gene SETD2 e de linhas celulares não mutadas do gene wild tipe (WT), no ccRCC. Os dados desta análise consideraram 4 amostras biológicas de transcriptomas mutados do genoma SETD2 e 2 amostras wild tipe, dados estes que foram gerados pela unidade do investigador Sérgio Almeida, do Instituto de Medicina Molecular (IMM da FMUL). Recentemente, o desenvolvimento de novas tecnologias de métodos de sequenciação, designadas por Next Generation Sequencing (NGS), disponibilizou um novo método que, em simultâneo, executa o mapeamento e a quantificação de transcriptomas, chamado sequenciação de RNA (RNA-seq). Apesar de mais expendioso do que os estudos de microarrays e ainda com alguns problemas de análise de dados por resolver, a sequenciação do RNA pode avaliar o transcriptoma completo, disponibilizando a derradeira solução para a análise dos níveis e da estrutura de transcriptomas processados e não processados, sob diferentes condições. Esta técnica disponibiliza uma importante poupança de tempo (o genoma humano completo pode ser sequenciado em menos de uma semana, dependendo das opções do investigador) com qualidade, precisão de leitura (cerca de 98%) e poupanças de tempo. O transcriptoma completo de cada amostra _e convertido em cRNA e separado em pequenos fragmentos (cerca de 200, 300nt), estes fragmentos são posteriormente utilizados como modelos no passo de sequenciação, onde só uma pequena sequência da parte final do fragmento irá ser sequenciada (chamada de read). Este processo gera milhões de reads, que podem ser depois alinhadas com o genoma e originar uma tabela de contagens para cada gene (número de reads, por gene) por amostra. Algumas ferramentas bioinformáticas foram recentemente desenvolvidas, para analisar esta imensa informação gerada pela técnica RNA-seq. Estas ferramentas diferem entre si quanto à normalização e às técnicas estatísticas aplicadas, com impacto nos resultados finais. Assim, o objectivo da presente tese é explorar e comparar os diferentes métodos aplicados ao problema biológico acima mencionado. Para o efeito, a nossa análise recorreu ao Bioconductor. O Bioconductor é um software de utilização gratuita, não impondo quaisquer licenças de utilização, que disponibiliza código aberto para Bioinformática. Aqui, encontram-se packages que permitem processar a informação no que respeita aos 2 passos da análise: normalização e análise da expressão diferencial dos genes. O trabalho desta tese foi desenvolvido considerando a análise dividida nestes dois passos principiais: normalização e expressão diferencial. Os nossos estudos irão ser desenvolvidos em torno das diferentes formas de normalização dos dados, analisando posteriormente os diferentes resultados que se obtiveram na expressão diferencial dos dados. A normalização é o passo pelo qual se consegue que uma base de dados com contagens profundamente discrepantes entre si possa ser comparável, aplicando a estes dados um denominador comum que toma em consideração os erros associados à utilização desta técnica. A expressão diferencial é o passo onde se identificaram os genes que revelaram significativas alterações da expressão estatística, entre duas amostras, tal como a mutação do gene SETD2 e as linhas das células do ccRCC wild type. No essencial, isto significa que estes genes revelam uma alteração significativa da sua expressão, das amostras mutadas para as wild type. A nossa análise baseou-se na utilização de 4 packages, EDASeq, edgeR, DESeq e RankProd. Enquanto o primeiro foi desenhado apenas para realizar a normalização, o último foca-se apenas na análise da expressão diferencial. Ambos os packages edgeR e DESeq possuem abordagens próprias para realizar ambos os passos, podendo ao mesmo tempo receber contagens de dados normalizados pelo EDASeq. O método RankProd pode receber dados normalizados pelos métodos EDASeq e DESeq, e o método edgeR também pode receber dados normalizados obtidos pelo método DESeq. A forma como estes dados são normalizados vai depender das premissas que cada método utiliza para normalizar os dados: o edgeR e o DESeq consideram abordagens diferentes na normalização between lane, enquanto o método EDASeq realiza uma normalização na própria lane relativamente ao conteúdo em GC, antes de proceder à normalização textitbetween lanes. Observámos ainda que todas estas abordagens disponibilizam bons níveis de normalização, bem correlacionados entre si (obtendo valores de 0.98/1.00 no coeficiente de correlação de Pearson) e no que respeita aos dados em bruto. As combinações estudadas entre os vários métodos tiveram o objectivo de permitir uma comparação detalhada das metodologias, no que respeita aos seus próprios protocolos (normalização DESeq combinada com a análise de expressão diferencial com DESeq e normalização edgeR combinada com a análise da expressão diferencial com edgeR) e à juncão de protocolos: nomeadamente as diferentes abordagens no passo da normalização pelos métodos – EDASeq ou DESeq { e ainda as diferentes abordagens no passo da expressão diferencial dos métodos { edgeR, DESeq ou RankProd. No que respeita a protocolos próprios, observámos que o protocolo completo do método edgeR identificou muito mais genes que o método DESeq, independentemente dos níveis de significância considerados (1%, 5% e 10%). No que respeita à juncão de protocolos, quando se juntou a normalização do EDASeq à expressão diferencial do edgeR, obteve-se um número significativamente maior de genes identificados quando comparado com quaisquer outros métodos. O método RankProd acabou por apresentar uma nova perspectiva sobre os dados, tendo sido concebido para trabalhar os dados numa lógica de microarrays; contudo, ao assumir que cada lane dos nossos dados funciona como um array, propusemo-nos investigar se este package se podia ajustar aos nossos dados de NGS. Observámos que o RankProd se ajustava adequadamente ao receber dados normalizados oriundos do método DESeq, mas falhava quando recebia dados normalizados pelo método EDASeq. Observámos que, globalmente, o método DESeq, quando utilizado como processo de normalização, conduz à identificação de um número menor de genes diferencialmente expressos que o EDASeq, para todos os níveis de significância considerados (1%, 5% e 10%). Por outro lado, quando considerados todos os métodos para a expressão diferencial, detectamos que o método edgeR identificou mais genes que o RankProd ou o DESeq, para os mesmos níveis de significância. Observámos ainda que a maioria dos genes identificados com estes métodos (com excepção dos procedimentos de normalização do EDASeq) conduziram a um maior número de contagens para genes up regulated que para genes down regulated, o que significa que estes genes demonstram possuir maior expressão diferencial quando mutados do que nas amostras wt. O passo seguinte na análise foi perceber se os genes que estes métodos identificam como diferencialmente expressos são os mesmos. Considerando todos os métodos do R, identificamos 6 genes diferencialmente expressos comuns a todos eles (para uma FDR=5%): "SLC2A10", "COL14A1", "GPR173", "LOC100506178", "EREG" e "ADAMTSL1". Uma vez excluído o RankProd desta comparação, foram identificados 27 genes como diferencialmente expressos, considerando o mesmo valor para a FDR. Considerando investigações futuras, e no que respeita aos resultados obtidos pelo Bioconductor, a combinação entre técnicas que revelou um maior número de genes com expressão diferencial é entre o método EDASeq para a normalização com o método edgeR para a análise da expressão diferencial. Adicionalmente, todas as combinações de técnicas onde o método EDASeq executa a normalização, claramente resultaram em amostras com um maior número de contagens. No princípio deste projecto, propusemo-nos estudar 6 amostras de transcriptoma, obtidas com o RNA-Seq, duas correspondendo a amostras controlo, as outras quatro apresentando mutações no gene SETD2, o que leva à ocorrência do ccRCC. O desafio foi analisar os dados, procurando identificar genes que reagissem às mutações do SETD2, respondendo à questão de como este gene afecta os restantes genes no transcriptoma. Outro desafio a que nos propusemos, conforme indicado neste texto, foi a comparação de metodologias por forma a melhor aferir sobre o objectivo primário deste trabalho. Este trabalho permitiu identificar 6 novos genes que respondem às mutações do SETD2

Could Cryptocurrencies be an Extension of our Self? A Study on Post-Purchase Behavior

Dissertation presented as the partial requirement for obtaining a Master's degree in Information Management, specialization in Marketing IntelligenceCryptocurrencies have been a trending topic for a couple of years, and we either fear it or want to know more about it. A post on Bitcoin surfaces on social media every three seconds, 28,866 posted online daily (Finder, 2021). Bitcoin alone accounts for $6 billion of daily online transactions, which is surpassed only by two of America’s top payment networks – Visa Card and MasterCard (News Logical, 2021). This study analyzes the post-purchase behavior focusing on Cryptocurrencies, the consumer perceptions and motivations that contribute to a purchase decision, analyzing to what extend does that impact the extension of the Self. The Extended Self, by Belk, is the main theory to support the study’s literature review, as it defines the sum of our possessions, memories, experiences, people we know as an Extension of our Self. This study compares the differences between Investors and Non-Investors and analyzes the point of view and consumer perceptions during all the purchase phases, focusing on the post-purchase behavior. One of the main findings of this study is that Cryptocurrencies can become an extension of the self, and the feelings that derive from a purchase can contribute to future purchases and self-extension.As Criptomoedas têm sido um tema de tendência nos últimos anos, o qual tememos ou queremos saber mais sobre ele. Um post sobre Bitcoin aparece nas redes sociais a cada três segundos, 28.866 postados online diariamente (Finder, 2021). Só a Bitcoin representa 6 mil milhões de dólares de transações em linha diárias, sendo apenas ultrapassada por duas das principais redes de pagamento dos EUA - Visa Card e MasterCard (News Logical, 2021). Este estudo analisa o comportamento pós-compra com foco nas Criptomoedas, as perceções e motivações do consumidor que contribuem para uma decisão de compra, analisando até que ponto isso tem impacto no nosso Extended Self. O Extended Self, por Belk, é a principal teoria para apoiar a revisão bibliográfica do estudo, uma vez que define a soma dos nossos bens, memórias, experiências, pessoas que conhecemos como uma Extensão do nosso Eu. Este estudo compara as diferenças entre Investidores e Não Investidores e analisa o ponto de vista e as perceções dos consumidores em todas as fases de compra, concentrando-se no comportamento pós-compra. Uma das principais conclusões deste estudo é que as Criptomoedas podem tornar-se uma Extensão no nosso Eu, e os sentimentos que derivam de uma compra podem contribuir para futuras compras e para essa mesma extensão

Portugal e Brasil: partilha e despatrialização da música

Este artigo descreve os processos através se consolidaram circuitos de diálogo entre Portugal e Brasil através da música, desde o passado colonial até ao presente, neste caso centrado no diálogo entre músicos do universo da música popular. Inclui uma componente escrita pelo cantautor português Sérgio Godinho

Plano de Marketing Digital : aplicação a uma empresa de prestação de serviços técnicos de contabilidade

Project Work presented as the partial requirement for obtaining a Master's degree in Information Management, specialization in Marketing IntelligenceA presença das marcas na Internet é por si só um desafio: como fazer com que uma marca tenha uma presença relevante e útil para os consumidores. Existe uma grande disputa pela preferência do consumidor por parte das marcas, que lutam pela atenção do consumidor e por provar a sua exclusividade. As marcas têm de captar a atenção dos potenciais clientes, consumidores ativos de informação digital, que estão permanentemente online. É fundamental conhecer o consumidor, perceber o seu comportamento (antes, durante e depois do momento da compra), antever possíveis perguntas e interesses e dar respostas quando o cliente quer e onde quer que esteja: quem não ponderar tudo isto perde, pois um concorrente irá certamente fazê‐lo. Acompanhar as diferentes tendências e necessidades do consumidor é um processo cada vez mais complexo, pois exige às marcas uma forte aposta no mundo digital e um conhecimento que lhes permita identificar qual a melhor forma de comunicar e chegar aos seus clientes. Os meios de comunicação “tradicionais” estão lentamente a perder o ritmo, sendo ultrapassados por uma nova era digital. A necessidade de ter um espaço online é incontornável, mas rentabilizá‐lo é uma decisão estratégica para uma empresa. É necessário saber onde comunicar e como o fazer da melhor forma. Um website, ainda que seja um bom veículo de conquista do consumidor, não é a única peça de comunicação. A Granconta é uma empresa que opera na área de prestação de serviços de contabilidade há 35 anos. O desafio de modernidade proposto pela gerência induziu a apresentação deste trabalho. É neste contexto que aparece a necessidade de elaborar um plano de marketing digital. Porque não aproveitar as potencialidades do mundo digital

Relatório de estágio curricular : arroz irrigado (pré-germinado e rizipiscicultura

Trabalho de Conclusão de Curso - Universidade Federal de Santa Catarina. Curso de Agronomia

Improving communication skill training in patient centered medical practice for enhancing rational use of laboratory tests: The core of bioinformation for leveraging stakeholder engagement in regulatory science.

Requests for laboratory tests are among the most relevant additional tools used by physicians as part of patient's health problemsolving. However, the overestimation of complementary investigation may be linked to less reflective medical practice as a consequence of a poor physician-patient communication, and may impair patient-centered care. This scenario is likely to result from reduced consultation time, and a clinical model focused on the disease. We propose a new medical intervention program that specifically targets improving the patient-centered communication of laboratory tests results, the core of bioinformation in health care. Expectations are that medical students training in communication skills significantly improve physicians-patient relationship, reduce inappropriate use of laboratorial tests, and raise stakeholder engagement

Re-conceituando estratégia de marketing sob uma perspectiva luso-brasileira

Estratégias de marketing têm sido importantes para empresas, consumidores e mercados por serem capazes de contornar a histórica dificuldade enfrentada pelo âmbito da estratégia corporativa e pela alta hierarquia em reconhecer diferenças e especificidades dos mercados e consumidores. Apesar disso a literatura dominante argumenta que o advento da era da globalização tornou obsoleto o âmbito da estratégia de marketing por causa do processo de convergência das economias nacionais em torno do modelo de economia liberal de mercado. O principal objetivo deste ensaio é argumentar que acadêmicos do contexto luso-brasileiro – com especial ênfase para pesquisadores do Brasil e de Portugal – devem desafiar a literatura dominante e promover a construção de uma perspectiva lusobrasileira para reconceituar a estratégia de marketing tanto em termos domésticos quanto em termos internacionais. O ensaio mostra que dimensões institucionais e históricas do contexto luso-brasileiro e o boom recente de investimentos estrangeiros feitos por organizações portuguesas no Brasil e por organizações brasileiras em Portugal contrariando o argumento de que o âmbito da estratégia de marketing está obsoleto e que este é importante demais para ser desprezado na era da globalização.Marketing strategies have been important to business firms, consumers and markets due to their capacity of avoiding the historical difficulty faced by the domain of corporative strategy and the high hierarchy in recognizing differences and specificities of markets and consumers. In spite of this, the recent literature argues that the advent of the globalization era turned the marketing strategy domain obsolete due to the process of growing convergence of the national economies around the liberal market economic model. The major aim of this essay is to argue that researchers of the Luso- Brazilian context – with especial emphasis on researchers of Brazil and Portugal – should challenge this argument and promote the construction of a Luso-Brazilian perspective in strategy domain both in domestic and international terms. The essay shows that international, historical and institutional dimensions of the Luso-Brazilian context and the recent boom of foreign investments done by Portuguese business firms in Brazil and by Brazilian business firms in Portugal challenge the dominant argument that the marketing strategy is obsolete.Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (CNPq

The pathways for Brazilian companies towards the fourth industrial revolution, the so-called "Industry 4.0"

In Industry 4.0 the interconnection of digital and real worlds is the main feature, there will be a massive growth in the use of digital technologies and an exponential growth in data generation. Production will be vertically connected with the processes that make up the business and horizontally connected to the value chains. It is not only competition that is demanding changes in manufacturing, the product life cycle is shrinking, and the demands for tailor-made production are increasing, migrating from mass production to mass customization of physical objects with the ability to communicate with the internet. Human beings assume a new role, as a creative element and resource manager, so human capital is key to the transformation that is intended, the lack of digital skills is certainly a more significant barrier that can prevent Brazil from implementing Industry 4.0. Flexibility, Quality and Time for Marketing are the demands of Industry 4.0. The aim of the research is to help companies position themselves in the "Industry 4.0" journey, understanding the lack of technological knowledge and how the internal and external environment of companies can promote the conditions for the new wave of creative development that will come. Brazilian industries have prioritized improving the production process, increasing productivity, but the focus should be expanded on the digitization effort advocated in the manufacturing of Industry 4.0. Companies seeking to adapt their processes and equipment to the "Intelligent Factory" needed to make the most of the opportunities presented by Industry 4.0 should be thought of as a five-step process as a way to help provide the guidelines that need to be followed and processes that they need to adopt to thrive in a connected world: to establish technological quality partnerships, ability of equipment to connect with each other, engage in team qualification, the ability to analyse data, and develop learning for decision-making with a view to business strategy. Being prepared for the 4th Industrial Revolution is imperative for our competitiveness

Efeito da amputação unilateral do incisivo inferior sobre o metabolismo da glicose em glândulas submandibulares de ratos submetidas a desnervação simpática e parassimpática

O sistema nervoso autônomo é de grande importância na regulação da fisiologia das glândulas salivares, incluindo o processo sialadenotrófico. Já é bem conhecido o fato de que a função secretora, bem como, outras funções desempenhadas pelas glândulas salivares dependem de energia produzida nas glândulas. A histometria dos ácinos, algumas enzimas do metabolismo de carboidratos como, hexoquinase, fosfofrutoquinase-1, piruvato quinase, glicose-6-fosfato desidrogenase e lactato desidrogenase foram avaliados na glândula submandibular de ratos com desnervação simpática e parassimpática, submetidos a amputação unilateral dos dentes incisivos, cinco dias após a desnervação. Nas glândulas simpatectomizadas submetidas a amputação dos incisivos observou-se uma redução nas atividades da hexoquinase (27,5 - 36,7 %) e da fosofofrutoquinase-1 (22,8 - 38,4 %). Embora, nehuma variação foi observado nas atividades enzimáticas, houve uma redução significante do volume acinar.The autonomic nervous system is of major importance in the regulation of physiological functions of the salivary glands, including the sialadenotrophic process. It is well known that the secretory function as well as other functions in the salivary glands depend upon the energy produced in the gland. The acini volume density, some enzymes of the glucose metabolism, such as hexokinase, phosphofructokinase, pyruvate kinase, glucose-6-phosphate dehydrogenase and lactate dehydrogenase were evaluated following sympathetic and parasympathetic denervation of submandibular glands of rats, submitted to unilateral incisor amputation, five days after denervation. Sympathectomized glands submitted to amputation showed a reduction in the activity of hexokinase and phosphofructokinase-1, varying from 27.5 to 36.7 % for hexokinase and from 22.8 to 38.4 % for phosphofructokinase-1. Although no variation was observed in the enzymatic activity of parasympathectomized animals, the acini volume density showed a significant decrease