Die Phyllosphäre als Lebensraum für Bakterien: Mechanismen der Interaktion epiphyller Bakterien mit der pflanzlichen Kutikula

Die Phyllosphäre stellt einen lebensfeindlichen Lebensraum dar. Jedoch gibt es epiphytisch lebende Bakterien, die diesen Lebensumständen entgegenwirken und Mechanismen entwickelt haben, in diesem kargen Lebensraum Nährstoffe zu bekommen. Im ersten Teil dieser Arbeit wurde eine Methode entwickelt hydrophile Substanzen, besonders Kohlenhydrate, die auf der pflanzlichen Kutikula zu finden sind, mittels Gaschromatographie zu analysieren. Ziel dieser Methode war es die Anzahl der entstehenden Peaks, die Kohlenhydrate aufgrund ihrer unterschiedlichen Isomere hervorrufen, zu minimieren. Dadurch, dass die Oxogruppe der Kohlenhydrate mit Hilfe von O-Ethylhydroxylamin zu einem Oxim reagierte, wurde der Ringschluss verhindert und die Anzahl der Isomere auf ein (Fructose und Saccharose) bis zwei Formen (Glucose) reduziert. BSTFA diente dazu, die Hydroxygruppen zu Trimethylsilylethern zu verethern und somit die Hydrophobizität zu erhöhen. Diese ist nötig, damit die Substanzen flüchtiger werden. Hydrophile Substanzen, die auf Blättern von Bohne (Phaseolus vulgaris) vorkommen, wurden analysiert. Es konnten die Substanzen Glucose, Fructose, Saccharose und Myoinositol eindeutig mit Hilfe von Standards und der Massenspektroskopie identifiziert werden. Zwei Substanzen, eines aus der Klasse der Kohlenhydrate und eines aus der Klasse der Flavonoide, konnten nicht eindeutig bestimmt werden.Im zweiten Teil dieser Arbeit wurde untersucht, wie die Biotensidproduktion von Pseudomonas syringae die Diffusion von den 14C-markierten organischen Soluten Fructose, Arginin und Glycerin durch die pflanzliche Kutikula erhöhen kann. Hierfür wurde der Wildtyp und ein zugehöriger knock-out, der keine Biotenside produzierte, verwendet. Die Diffusion wurde indirekt ermittelt, indem die 14CO2-Produktion der Bakterien gemessen wurde. Der Wildtyp zeigte meistens eine höhere 14CO2-Produktion als der knock-out. Hedera helix diente als Vertreter sehr undurchlässiger Kutikulamembranen und Populus canescens als Vertreter relativ durchlässiger Kutikulamembranen mit mehr polaren Poren (Schreiber und Schönherr, 2009). Im Weiteren konnte das Fehlen der Biotensidproduktion bei P. syringae db KO kompensiert werden, indem industriell hergestellte Tenside, Glucopon 215 CSUP beziehungsweise Plurafac LF 300, hinzugegeben wurden. So produzierte P. syringae db KO mit beigefügtem Tensid mehr 14CO2 als ohne bei Populus canescens Kutikulamembranen und Fructose als diffundierendes Solut. Im letzten Teil wurden Wachskomponenten als potenzielle C-Quellen für P. syringae und Rhodococcus fascians untersucht. Auf Grund seines großen metabolischen Spektrums konnte R. fascians die 14C-markierten Wachsmonomere in Flüssigmedium und auf pflanzlichen Kutikulamembranen zu 14CO2 abbauen. Nur Octacosan konnte auf der pflanzlichen Kutikula nicht abgebaut werden. P. syringae weißt nicht ein solch breites metabolisches Spektrum auf und zeigte bei den sehr langkettigen Wachsmonomeren zumindest auf der pflanzlichen Kutikula keine 14CO2-Produktion. In Flüssigmedium zeigte sich eine 14CO2-Produktion, und man konnte die höhere 14CO2-Produktion bei P. syringae WT auf Grund der Biotensidproduktion im Vergleich zum db KO erkennen. Octadecansäure konnte von allen Bakterien abgebaut werden, da sie im normalen Fettsäurestoffwechsel vorkommt. Hier erwies sich bei P. syringae WT die Biotensidproduktion in Flüssigmedium als Vorteil gegenüber seinem db KO. R. fascians hatte dennoch keinen Nachteil im Abbau von Octadecansäure. R. fascians ist bekannt dafür, zellgebundene Biotenside zu besitzen, die seine Zelloberfläche hydrophob machen und dadurch der Kontakt und die Aufnahme von hydrophoben Substanzen erleichtert wird. In den Wachstumsversuchen konnte man erneut R. fascians Fähigkeit erkennen, Alkane abbauen zu können. Nur R. fascians wuchs auf den vier Paraffinwachsen und dem Paraffinöl. P. syringae WT und db KO zeigten nur auf Sonnenblumenöl Wachstum, welches R. fascians auch abbauen konnte. Es zeigte sich, dass es verschiedene Mechanismen in der Phyllosphäre gibt, das karge Nahrungsangebot optimal zu nutzen. Zum einen kann die Biotensidproduktion von P. syringae die Verfügbarkeit von Nährstoffen auf der pflanzlichen Kutikula erhöhen. Zum anderen können das breite metabolische Spektrum von R. fascians und die hydrophobe Zelloberfläche hilfreich sein, einzelne Wachsmonomere abzubauen

Geographic and species association of hepatitis B virus genotypes in non-human primates

AbstractInfection with hepatitis B virus (HBV) has been detected in human populations thoughout the world, as well as in a number of ape species (Pan troglodytes, Gorilla gorilla, gibbons [Nomascus and Hylobates species] and Pongo pygmaeus). To investigate the distribution of naturally occurring HBV infection in these species and other African Old World monkey species (Cercopithecidae), we screened 137 plasma samples from mainly wild caught animals by polymerase chain reaction (PCR) using several of highly conserved primers from the HB surface (HBs) gene, and for HBs antigen (HBsAg) by ELISA. None of the 93 Cercopithecidae screened (6 species) showed PCR or serology evidence for HBV infection; in contrast 2 from 8 chimpanzees and 5 from 22 gibbons were PCR-positive with each set of primers.Complete genome sequences from each of the positive apes were obtained and compared with all previously published complete and surface gene sequences. This extended phylogenetic analysis indicated that HBV variants from orangutans were interspersed by with HBV variants from southerly distributed gibbon species (H. agilis and H. moloch) occupying overlapping or adjacent habitat ranges with orangutans; in contrast, HBV variants from gibbon species in mainland Asia were phylogenetically distinct. A geographical rather than (sub)species association of HBV would account for the distribution of HBV variants in different subspecies of chimpanzees in Africa, and explain the inlier position of the previously described lowland gorilla sequence in the chimpanzee clade. These new findings have a number of implication for understanding the origins and epidemiology of HBV infection in non-human primates

Tumour-infiltrating lymphocyte scores effectively stratify outcomes over and above p16 post chemo-radiotherapy in anal cancer

Background: The majority (90%) of anal cancers are human papillomavirus (HPV)-driven, identified using immunochemistry for p16. Compared with HPV? patients, those with HPV+ disease generally show improved survival, although relapse rates around 25% indicate a need for further stratification of this group.Methods: Using two cohorts of anal cancer, previously characterised for p16, we assessed the prognostic value of tumour-infiltrating lymphocytes (TILs).Results: Tumour-infiltrating lymphocyte scores were used to stratify p16+ cases, where tumours with absent/low levels of TIL had a relapse-free rate of 63%, as opposed to 92% with high levels of TIL (log rank P=0.006).Conclusions: Assessment of TIL adds to p16 status in the prognosis of anal cancer following chemo-radiotherapy and provides evidence of the clinical importance of the immune response

Lifetime determination of excited states in Cd-106

Two separate experiments using the Differential Decay Curve Method have been performed to extract mean lifetimes of excited states in 106 Cd. The inedium-spin states of interest were populated by the Mo-98(C-12, 4n) Cd-106 reaction performed at the Wright Nuclear Structure Lab., Yale University. From this experiment, two isomeric state mean lifetimes have been deduced. The low-lying states were populated by the Mo-96(C-13, 3n)Cd-106 reaction performed at the Institut fur Kernphysik, Universitat zu Koln. The mean lifetime of the I-pi = 2(1)(+) state was deduced, tentatively, as 16.4(9) ps. This value differs from the previously accepted literature value from Coulomb excitation of 10.43(9) ps