Detection Of Molecular Characterization And Antimicrobial Susceptibility Of Photobacterium Damselae Strains in Sea Bass And Sea Bream

Amaç: Bu çalışmada çipura ve levrek yetiştiriciliği için önemli bir tehdit olan Photobacterium damselae ve alt türlerinin moleküler yöntemlerle teşhisi ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ortaya koyulması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma materyalini Photobacterium damselae şüpheli 100’er adet ölü çipura (Sparus aurata) ve levrek (Dicentrarchus labrax) oluşturmuştur. Balık örneklerinin iç organlarından konvansiyonel, hızlı teşhis ve moleküler yöntemlerle P. damselae izolasyonu yapılmış ve izolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Çipura örneklerinin iç organlarından 26 (%26) Photobacterium damselae izolatı izole edilirken, levrek örneklerinden izolasyon yapılamamıştır. Çipura örneklerinden izole edilen 26 (%26) P. damselae izolatı BD-Phoenix tanı cihazı ile identifiye edilmiştir. İdentife edilen 26 (%26) P. damselae izolatı 16S rRNA PCR ile doğrulanmış ve CPS ile URE C genleri kullanılarak yapılan PCR ile alt tür ayrımına gidilmiştir. Sonuçta P. damselae suşlarından 18 adedi (%69,23) P. damselae subsp. piscicida ve geri kalan 8 adedi (%30,77) de P. damselae subsp. damselae olarak tiplendirilmiştir. P. damselae subsp. piscicida izolatlarının tamamı gentamisine (10 µg) karşı %100 oranında, diğer yandan hem P. damselae subsp. piscicida hem de P. damselae subsp. damselae izolatları siprofloksasine (5 µg) karşı %100 duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Bu araştırma ile deniz akuakültüründe çipura ve levrek için önemli hastalık etkeni olan P. damselae subsp. piscicida ve P. damselae subsp. damselae’nın tür spesifik genler ile moleküler teşhisi ve bazı antibiyotiklere karşı duyarlılığı ortaya koyulmuştur.Objective: In this study, it was aimed that declaring of diagnosing of Photobacterium damselae and its subspecies, which are significant threat for gilthead sea bream and European sea bass aquaculture, with molecular technique and sensitivity to antibiotics. Material and Methods: The study materials were 100 dead gilthead sea bream (Sparus aurata) and European sea bass (Dicentrarchus labrax) which were suspected as Photobacterium damselae. P. damselae isolation was performed by using conventional, rapid diagnostic and molecular methods from internal organs of fish specimens, and antibiotic susceptibility was investigated by disk diffusion method. Results: While 26 (26%) Photobacterium damselae were isolated from the internal organs of gilthead sea bream specimens, any isolation from European sea bass specimens not performed. Total 26 (26%) P. damselae isolates were isolated by gilthead sea bream were identified by BD Phoenix diagnosis device. Isolated 26 (26%) P. damselae was confirmed by 16S rRNA PCR and subspecies seperation was performed by PCR using CPS and URE C genes. As result, 18 (69.23%) of the P. damselae strains were typified as P. damselae subsp. piscicida and the remaining 8 (30.77%) were as P. damselae subsp. damselae. All P. damselae subsp. piscicida isolates were 100% sensitive to gentamicin (10 µg), while both P. damselae subsp. piscicida and P. damselae subsp. damselae isolates were found to be 100% sensitive to ciprofloxacin (5 µg). Conclusion: With this research, Photobacterium damselae subsp. piscicida and Photobacterium damselae subsp. damselae which are important disease agents for both gilthead sea bream and European sea bass were diagnosed by molecular with species specific genes and their susceptibilities to some antibiotics were declared.KABUL VE ONAY i TEŞEKKÜR ii İÇİNDEKİLER iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ vi ŞEKİLLER DİZİNİ vii RESİMLER DİZİNİ viii TABLOLAR DİZİNİ ix ÖZET x ABSTRACT xi 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. Kültür Balıkçılığında Çipura ve Levrek 3 2.2. Etiyoloji 5 2.3. Patogenez 10 2.3.1. Photobacterium damselae’nın Virülansı ve Virülans Faktörleri 13 2.5. Histopatolojik Bulgular 17 2.6. Teşhis 18 2.6.1. Klinik Muayene ve Bakteriyoskopi 18 2.6.2. Biyokimyasal Testler 20 2.6.3. Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Tanısı 22 2.7. Tedavi 24 2.7.1. Antibiyotikler 24 2.8. Kontrol 25 2.8.1. Aşılar 25 3. GEREÇ ve YÖNTEM 27 3.1. Gereç 27 3.1.1. Örnekleme 27 3.1.2. Kullanılan Besiyerleri, Solüsyon ve Araçlar 27 3.1.2.1. Besiyerleri 27 3.1.2.2. Gram Boyama 27 3.1.2.3. Biyokimyasal Testler 28 3.1.2.4. BD-PhoenixTM ID/AST Broth 28 3.1.2.5. Solüsyonlar 28 3.1.2.5.1. 50x TAE (Tris, Asetik asit, EDTA) Elektroforez Solüsyonu (Thermo Fisher Scientific ®) 28 3.1.2.5.2. 6x DNA Loading Dye (Thermo Fisher Scientific ®) 28 3.1.2.5.3. Tris/EDTA (TE) buffer (Thermo Fisher Scientic®) 29 3.1.3. BD PhoenixTM M50 Otomatize İdentifikasyon Sistemi 29 3.1.4. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) 29 3.1.4.1. DNA Ekstraksiyonu 29 3.1.4.2. ExPrime Taq Premix (2X) 29 3.1.4.3. Primerler 30 3.1.4.4. Agaroz Jel 30 3.1.4.5. Marker 31 3.1.4.6. Etidium Bromür (AppliChem®) 31 3.1.5. Kullanılan Cihazlar 31 3.1.5.1. Block Heater Cihazı 31 3.1.5.2. Santrifüj Cihazı 31 3.1.5.3. Termal Döngüleme Cihazı 31 3.1.5.4. Elektroforez Cihazı 32 3.1.5.5. Görüntüleme Cihazı 32 3.1.5.6. Saflaştırılmış PCR Ürünü Ölçüm Cihazı 32 3.1.6. Antibiyotik Duyarlılık Testleri 32 3.2. Yöntem 32 3.2.1. Örnekleme 32 3.2.2. Photobacterium damselae İzolasyonu 33 3.2.3. Gram Boyama 34 3.2.4. Biyokimyasal Testler 34 3.2.5. Bakteriyel İzolatların BD Phoenix ile İdentifikasyonu 35 3.2.6. Gliserinli Besi Yeri 35 3.3. DNA Ekstraksiyonu 35 3.4. Photobacterium damselae ve Alt Türlerinin PCR ile İdentifikasyonu 36 3.4.1. 16S rRNA Geninin PCR Yöntemi ile Tespiti 36 3.4.2. Kapsüler Polisakkarit (CPS) Geninin PCR Yöntemi ile Teşhisi 37 3.4.3. Üreaz (URE C) Geninin PCR Yöntemi ile Teşhisi 38 3.4.4. PCR ürünlerinin elektroforez tankına yüklenmesi 39 3.4.5. Jelde yürütme 39 3.4.6. Görüntüleme ve değerlendirme 39 3.5. Antibiyotik Duyarlılık Testleri 40 4. BULGULAR 41 4.1. Klinik Bulgular 41 4.2. İzolatların Besi Yerinde Üremesi ve Gram Boyama Sonuçları 43 4.4. BD Phoneix™ 50 Otomatize İdentifikasyon Cihazı ile İdentifikasyon 46 4.5. PCR Bulguları 46 4.5.1. Photobacterium damselae 16S rRNA PCR Bulguları 46 4.5.2. Photobacterium damselae CPS Geni PCR Bulguları 47 4.5.3. Photobacterium damselae subsp. damselae URE C Geni PCR Bulguları 48 4.6. Antibiyogram Sonuçları 51 5. TARTIŞMA 56 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 65 KAYNAKLAR 67 BİLİMSEL ETİK BEYANI 81 ÖZ GEÇMİŞ 8

Marine Aquaculture in Turkey: Advancements and Management

Fish diseases are divided into two categories as infectious and non-infectious.Infectious diseases affecting marine fish culture in Turkey will be explained inthe following sections in this chapter. Academics and representatives of fishhealth consulting companies compiled this section with a joint effort to combinescientific approaches and field experiences together

A study on oocyte development of the Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus, Linnaeus 1758) under farming conditions

WOS: 000479121700012Body length and weight measurements and histological samples were collected from slaughtered Atlantic bluefin tuna (Thunnus thynnus) that were fattening under farming conditions for the determination of oocyte development in February 2015 (n = 10), May 2015 (n = 1), June 2015 (n = 1), July 2015 (n = 9), and July 2016 (n = 3) during harvest and soon after newly dead. The developmental phases of oocytes were evaluated based on their diameters, fork body length and weight of fish, surface water temperature, and species' reproduction season. According to the histological results, the oocytes were at the beginning of the regeneration and maturation phases in February; in the preovulation phase in May, advanced vitellogenic oocyte with yolk globules and atretic vitellogenic oocytes in June, and previtellogenic oocytes in July 2015. In July 2016, the oocytes were previtellogenic, vitellogenic, and advanced vitellogenic. Individuals were between 119 and 280 cm in fork length, weighed between 30 and 455 kg, and showed natural oocyte development at 16.7-22 degrees C surface water temperature under cage farming facility conditions during the species' natural spawning season of May, June, and July

Enzymatic, skeletal, and histological ontogeny of shi drum (Umbrina cirrosa) larvae under intensive culture conditions (vol 49, 351, 2023)

[No abstract available