Construction and functional validation of combinatorial designed ankyrin repeat protein (DARPin) libraries for phage display

Designed ankyrin repeat protein (DARPin) is one of the most advanced alternative scaffold proteins. In this study, a combinatorial DARPin library for phage display was constructed. Firstly, a binary DARPin phage display library (termed BiLiBST) was constructed containing variating tyrosine and serine residues. Five PelB signal sequence mutants were then analyzed to find the one with the best display levels for BiLiBST. These variants were found in earlier study on anti-GFP DARPin display using modified signal sequence, but it was not known if the increased display levels were a generic behavior irrespective of displaying either fixed DARPin protein or library DARPin. The capability of each PelB variant to display BiLiBST was determined by anti-DARPin immunoassay, and the phage stocks titers were normalized by total phage immunoassay. All tested PelB variants exhibited statistically significant improvement in display of the BiLiBST compared to the parental PelB and few variants had even twofold higher display efficiency than DsbA, which has previously been the standard for filamentous phage display of DARPins. The BiLiBST library was displayed with DN5 signal sequence and preselected for open reading frames by panning two rounds against anti-DARPin Fabs. The DARPin libraries were effectively purified from frameshifts as the frequency of frameshift decreased from 50 % to 13 %. The main DARPin library construction was performed by assembly PCR using purified BiLiBST as template and its validity was confirmed by selecting against the GST-tagged protein N from SARS-COV-2 for three rounds. Successful enrichment of binders was confirmed by phage immunoreactivity assay with signal to background ratios up to 11-fold. This is a solid foundation for further molecular diversification and library construction

Synonymous Codons and Hydrophobicity Optimization of Post-translational Signal Peptide PelB Increase Phage Display Efficiency of DARPins

DsbA leader peptide targets proteins for cotransla-tional translocation by signal recognition particle (SRP) pathway and has been the standard signal sequence for filamentous phage display of fast-folding Designed Ankyrin Repeat Proteins (DARPins). In contrast, translocation of DARPins via the post-translational pathway, for example, with the commonly used PelB leader, has been reported to be highly inefficient. In this study, two PelB signal sequence libraries were screened covering different regions of the leader peptide for identifying mutants with improved display of DARPins on phage. A PelB variant with the most favorable combination of synonymous mutations in the n-region and hydrophobic substitutions in the h-region increased the display efficiency of a DARPin library 44-and 12-fold compared to PelBWT and DsbA, respectively. Based on thioredoxin-1 (TrxA) export studies the triple valine mutant PelB DN5 V3 leader was capable of more efficient cotranslational translocation than PelBWT, but the overall display efficiency improvement over DsbA suggests that besides increased cotranslational translocation other factors contribute to the observed enhancement in DARPin display efficiency

Pikatahtipinnoitettujen vanerituotteiden laadun parantaminen : UPM Plywood Oy

Opinnäytetyön tarkoitus oli parantaa pikatahtipuristimella pinnoitettujen vanerituotteiden laatua, ja työ toteutettiin UPM Plywood Oy:n toimesta Jyväskylän vaneritehtaalla. Pinnoitettu vaneri on jo hyvin korkean jalostusasteen tuote, johon on sitoutunut paljon materiaaleja ja resursseja, joten epäonnistunut pinnoitus ja levyn hylkääminen tässä vaiheessa prosessia on taloudellisesti kallista ja epätehokasta tuotantoa. Työ on jaettu karkeasti kahteen osaan, teoriaosaan ja käytännölliseen tutkimusosaan. Työn teoriaosuudessa käsitellään vanerin valmistuksen tärkeimpiä vaiheita sekä perehdytään erityisesti pinnoitusprosessiin ja sen tuotteisiin teorian tasolla jo olemassa olevia lähteitä hyödyntäen. Tutkimusosassa etsitään juurisyitä, tekniikoita ja yleisiä toimintatapoja niin pikatahtipuristinlinjalta itsestään kuin koko tuotantoprosessin eri vaiheista, jotka joko suoraan, tai välillisesti vaikuttavat pinnoituksen lopulliseen laatuun. Käytännön tutkimus aloitettiin tilannekartoituksella, jonka tuloksista syntyi joukko ideoita ja toimenpiteitä, joilla pikatahtipinnoituksen laatua ja tehokkuutta pyritään lopulta parantamaan. Pikatahtipinnoitettujen tuotteiden laatu parani lähtötilanteesta selkeästi useiden eri muuttujien ansiosta. Työ myös nosti esiin uusia huomioita ja kysymyksiä, mutta myös kehityskohteita, joihin pureutumalla pinnoituksen laatua pikatahtipuristimella on mahdollista kehittää myös tulevaisuudessa entisestään.The purpose of the thesis was to improve the quality of plywood products coated in a short-cycle overlaying press. The work was carried out for UPM Plywood Oy at the Jyväskylä plywood mill. Coated plywood is already a very high value product with a lot of materials and resources committed, so unsuccessful coating and discarding the product at this stage of the process is costly and inefficient production. The work is roughly divided into two parts, a theoretical part and a practical research part. The theoretical part deals with the most important phases of plywood production, and with special focus on the coating process and coated products at the theoretical level using existing sources. The research part seeks for root causes, techniques and general practice from the short-cycle press line itself and from the various phases of the entire production process, which either directly or indirectly affect the final quality of the coating. Practical research was started with situation mapping, which resulted in a series of ideas and measures that aim to improve the quality and efficiency of the short-cycle press. The quality of short-cycle press products improved clearly from the baseline due to several variables. The work also highlighted new considerations and questions, but also development areas, which can be further developed to improve the overall quality of the short-cycle pressed plywood products in the future

Osaamisen määrittäminen ohjelmistotuotannossa

Tutkimuksessa tarkastellaan osaamisen määrittämistä ohjelmistotuotannossa. Osaaminen on tärkeä, ellei tärkein resurssi ohjelmistotuotannossa. Jotta tätä resurssia voidaan johtaa, täytyy sitä pystyä mittaamaan ja määrittämään. Kandidaatintyössä lähdetään tarkastelemaan osaamista, sen osatekijöitä ja määrittämiskeinoja ohjelmistotuotannossa. Osaamista ohjelmistotuotannossa tarkastellaan pehmeiden ja teknisten taitojen näkökulmasta. Ohjelmistotuotannon osaamisen määrittämisessä pohditaan, millaisia erityispiirteitä ja mitä yhteistä osaamisen määrittämisessä ohjelmistotuotannossa ja osaamisen määrittämisessä yleisesti on. Kandidaatintyön tavoite on luoda selkeä kokonaisuus osaamisen määrittämisestä ohjelmistotuotannossa ja erityisesti pohtia sen erityispiirteitä. Kandidaatintyö on kirjallisuuskatsaus. Aineisto koostuu kirjoista, artikkeleista ja diplomitöistä. Materiaalia haettiin Andorin ja Google Scholarin avulla. Yleisellä tasolla osaamisesta ja osaamisen määrittämisestä on kirjoitettu paljon. Osaamisen määrittämisestä kirjoitetaan usein osaamisen johtamista käsittelevissä kirjoissa. Tärkeistä ohjelmistotuotannon teknisistä ja pehmeistä taidoista on tehty muutamia kyselytutkimuksia. Osaamisen määrittämisestä ohjelmistotuotannossa on kirjoitettu vähän. Materiaalin vähäisyyden takia aihetta käsitellään teoreettisella tasolla ja hyödyntäen paljon pohdintaa. Osaamiselle ohjelmistotuotannossa löytyy paljon erityispiirteitä. Tietyt pehmeät taidot ilmenevät useissa kyselytutkimuksissa, kuten ryhmätyöskentelytaidot, ongelmanratkaisutaidot ja viestintätaidot. Tärkeistä teknisistä taidoista ohjelmistotuotannossa löydetään, joitakin yhteisiä piirteitä, kuten tekniset taidot usein käsittelevät tietokoneita, ohjelmointia ja ohjelmointitekniikoita. Tätä tietoa voidaan hyödyntää, kun lähdetään määrittämään osaamista ohjelmistotuotannossa. Osaamisen määrittämisessä ohjelmistotuotannossa havaitaan muutamia erityispiirteitä. Havaitaan, että toimintaympäristönä ohjelmistotuotanto on nopeasti muuttuva, joka voi aiheuttaa erityisesti teknisten taitojen nopeaa muuttumista, joka taas voi aiheuttaa puutteita osaamisessa. Havaitaan myöskin, että tietyt pehmeät taidot ja teknisten taitojen kokonaisuudet oli koettu kyselytutkimuksissa tärkeiksi. Tätä tietoa voidaan hyödyntää osaamisen määrittämisen suuntaamisessa ohjelmistotuotannossa. Osaamisen määrittämisessä yleisesti ja ohjelmistotuotannossa havaitaan yhteisiä piirteitä. Pohdinnan lopputuloksena päädytään siihen, että yleisesti käytetyt osaamisen määrittämisen keinot toimivat myöskin ohjelmistotuotannossa. Tarvetta jatkotutkimukselle on

Osaamisen määrittäminen ohjelmistotuotannossa

Tutkimuksessa tarkastellaan osaamisen määrittämistä ohjelmistotuotannossa. Osaaminen on tärkeä, ellei tärkein resurssi ohjelmistotuotannossa. Jotta tätä resurssia voidaan johtaa, täytyy sitä pystyä mittaamaan ja määrittämään. Kandidaatintyössä lähdetään tarkastelemaan osaamista, sen osatekijöitä ja määrittämiskeinoja ohjelmistotuotannossa. Osaamista ohjelmistotuotannossa tarkastellaan pehmeiden ja teknisten taitojen näkökulmasta. Ohjelmistotuotannon osaamisen määrittämisessä pohditaan, millaisia erityispiirteitä ja mitä yhteistä osaamisen määrittämisessä ohjelmistotuotannossa ja osaamisen määrittämisessä yleisesti on. Kandidaatintyön tavoite on luoda selkeä kokonaisuus osaamisen määrittämisestä ohjelmistotuotannossa ja erityisesti pohtia sen erityispiirteitä. Kandidaatintyö on kirjallisuuskatsaus. Aineisto koostuu kirjoista, artikkeleista ja diplomitöistä. Materiaalia haettiin Andorin ja Google Scholarin avulla. Yleisellä tasolla osaamisesta ja osaamisen määrittämisestä on kirjoitettu paljon. Osaamisen määrittämisestä kirjoitetaan usein osaamisen johtamista käsittelevissä kirjoissa. Tärkeistä ohjelmistotuotannon teknisistä ja pehmeistä taidoista on tehty muutamia kyselytutkimuksia. Osaamisen määrittämisestä ohjelmistotuotannossa on kirjoitettu vähän. Materiaalin vähäisyyden takia aihetta käsitellään teoreettisella tasolla ja hyödyntäen paljon pohdintaa. Osaamiselle ohjelmistotuotannossa löytyy paljon erityispiirteitä. Tietyt pehmeät taidot ilmenevät useissa kyselytutkimuksissa, kuten ryhmätyöskentelytaidot, ongelmanratkaisutaidot ja viestintätaidot. Tärkeistä teknisistä taidoista ohjelmistotuotannossa löydetään, joitakin yhteisiä piirteitä, kuten tekniset taidot usein käsittelevät tietokoneita, ohjelmointia ja ohjelmointitekniikoita. Tätä tietoa voidaan hyödyntää, kun lähdetään määrittämään osaamista ohjelmistotuotannossa. Osaamisen määrittämisessä ohjelmistotuotannossa havaitaan muutamia erityispiirteitä. Havaitaan, että toimintaympäristönä ohjelmistotuotanto on nopeasti muuttuva, joka voi aiheuttaa erityisesti teknisten taitojen nopeaa muuttumista, joka taas voi aiheuttaa puutteita osaamisessa. Havaitaan myöskin, että tietyt pehmeät taidot ja teknisten taitojen kokonaisuudet oli koettu kyselytutkimuksissa tärkeiksi. Tätä tietoa voidaan hyödyntää osaamisen määrittämisen suuntaamisessa ohjelmistotuotannossa. Osaamisen määrittämisessä yleisesti ja ohjelmistotuotannossa havaitaan yhteisiä piirteitä. Pohdinnan lopputuloksena päädytään siihen, että yleisesti käytetyt osaamisen määrittämisen keinot toimivat myöskin ohjelmistotuotannossa. Tarvetta jatkotutkimukselle on

Dimensioning of S1 class shelter's reinforced concrete structures

Kandidaatintyössä esitetään lainsäädännössä sekä muissa ohjeissa esitetyt vaatimukset ja määräykset, jotka tulee huomioida S1-luokan väestönsuojan teräsbetonirakenteiden suunnittelussa. Tarkoituksena on koota lähes kaikki vaatimukset ja ohjeet eri lähteistä. Lisäksi työssä käydään läpi eri menetelmiä, joiden mukaan väestönsuojan kattolaatan ja seinien voimasuureet voidaan laskea. Työssä esitetään myös kyseisten rakenteiden raudoitusten suunnittelun periaatteet. Työssä esitellään myös esimerkkilaskenta kuvitteelliselle S1-luokan väestönsuojalle kahdella käsinlaskentamenetelmällä sekä 3D FEM-ohjelmalla. Tarkoituksena on havainnollistaa työssä esiteltyjen menetelmien käyttöä sekä vertailla eri menetelmillä saatuja raudoitusmääriä keskenään. Lisäksi työssä tutkitaan väestönsuojan mitoituksessa rakenteille kohdistuvan painekuorman suunnan vaikutusta mitoittavien voimasuureiden arvoihin FEM-ohjelmalla

Reuse of library thesaurus data as ontologies for the public sector

In the spring of 2013 the National Library of Finland took on a mission to build a national level ontology infrastructure across the public sector. Central to this endeavor is the open source ontology service Finto and the General Finnish Ontology YSO. The ontology is based on the General Finnish Thesaurus, originally developed in the 1980s in the National Library mainly for book indexing. Moving from index terms used in the thesaurus to ontological concepts of YSO has made it feasible to map the ontology to other resources. Similar transformations have been employed to thesauri from other domains. By linking the various ontologized thesauri together, metadata harmonization has been achievable across databases. YSO and Finto are currently in pilot use in several organizations. Today the National Library of Finland is adopting a new role in steering the development and future practices of indexing in the world of linked data.publishedVersio

ONKI-projektin ontologiaeditorien vertailuraportti

Kansalliskirjastossa maaliskuussa 2013 käynnistynyt ONKI-projekti vastaa yleisen suomalaisen ontologian (YSO) sekä kansallisen ONKI-ontologiapalvelun kehityksestä ja ylläpidosta. ONKI-projektia rahoittavat valtiovarainministeriö sekä opetus- ja kulttuuriministeriö. Projektin alkuvaiheen ensimmäisiä tavoitteita on ollut vertailla tällä hetkellä tarjolla olevia ontologioiden muokkaukseen käytettäviä ohjelmistoja, joista tästedes käytämme nimeä ontologiaeditori. Vertailun perusteella annetaan yhteenveto ja suositus vertailussa olleista vaihtoehdoista. Ontologia- editori on keskeisin työväline projektin jatkovaiheessa ja vastaavia työkaluja käyttävät myös Kansalliskirjaston ulkopuoliset, ONKI-projektiin liittyvät yhteistyötahot. Raportissa esitellään projektin taustaa ja ontologiaeditorien käyttöä ja merkitystä ontologiatyössä sekä niihin liittyvät perusvaatimukset. Vertailussa olleet editorit, Top Braid Composer eri versioineen, Protégé 4.3, TopBraid EVN, PoolParty Thesaurus Server, VocBench, IQvoc sekä TemaTres esitellään kukin erikseen. Lopuksi esitetään yhteenveto ja suositus