Lab scale centrifugation

Centrifugation is introduced as a separation technique commonly used in laboratory practice, with preparative or analytical purposes. Then, centrifugation equipment and required components commonly used at lab scale will be presented. Finally, centrifugation techniques and their main applications will be distinguished.Seguí Gil, L. (2022). Lab scale centrifugation. Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/184987DE

Estructura y dinámica de los cromosomas: papel en la plasticidad genómica y patogénica de Fusarium oxysporum

Fungal pathogens have developed a wide range of mechanisms allowing rapid adaptation to different environments. The vascular wilt pathogen Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol4287) infects the roots of tomato plants by activating a series of mechanisms that are induced in the presence of nitrate, the most abundant form of inorganic nitrogen in soils. Here we characterized knockout mutants in nitrate assimilation genes and found that Nit1 as accounts for the major nitrate reductase activity, while Nit2 and Nit3 only have minor contributions. During growth on different nitrogen sources, we observed the formation of colony sectors which appeared to be the result of genomic instability. Following these findings, a study was initiated to understand the physical structure and dynamics of chromosomes in Fol4287 . Previous studies had revealed that the genome of this isolate is compartmentalized into core regions and accessory regions, which are highly dynamic and have been associated with host adaptation. We found that the subtelomeric regions of Fol4287 are highly conserved and contain two genes of unknown function, FOXG_15616 and FOXG_15617 genes as well as a copia - type retrotransposon, similar to those reported previously in the rice blast fungus Magnaporthe oryzae . Since previous whole-genome sequencing of serially passaged strains had detected recurrent copy number variations (CNVs) in certain accessory chromosomal regions, we performed k aryotype analysis by CHEF and Southern blot to monitor chromosomal dynamics and molecularly characterize CNVs. This revealed the presence of previously unrecognized duplicated regions that are shared between accessory chromosomes in Fol4287 . Different methodologies were set up for measuring the frequency of chromosome loss in Fol4287 , both in the wild type strain and in mutants affected in DNA repair or chromatin structure. Our results indicate that the spontaneous mitotic loss frequency of an accessory mini chromosome in Fol4287 can be as high as 1%, and that the stability of such accessory regions may be promoted by H3k9me3 histone methylation.Los patógenos fúngicos han desarrollado una amplia gama de mecanismos que les permiten una rápida adaptación a diferentes ambientes. El patógeno Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol4287) causante del marchitamiento vascular infecta las raíces de las plantas de tomate activando una serie de mecanismos que se inducen en presencia de nitrato, la forma de nitrógeno inorgánico más abundante en los suelos. Aquí caracterizamos los mutantes knockout en los genes de asimilación de nitrato y descubrimos que Nit 1 representa la principal actividad de la nitrato reductasa, mientras que Nit2 y Nit3 solo tienen contribuciones menores. Durante el crecimiento en diferentes fuentes de nitrógeno, observamos la formación de sectores de colonias que parecían ser el resultado de inestabilidad genómica. Tras estos hallazgos, se inició un estudio para comprender la estructura física y la dinámica de los cromosomas en Fol4287. Estudios previos habían revelado que el genoma de este aislado está compartimentado en regiones centra les y regiones accesorias, que son altamente dinámicas y se han asociado con la adaptación al huésped. Encontramos que las regiones subteloméricas de Fol4287 están altamente conservadas y contienen dos genes de función desconocida, los genes FOXG_15616 y F OXG_15617 , así como un retrotransposón de tipo -copia , similar a los informados previamente en el hongo del añublo del arroz Magnaporthe oryzae . Dado que la secuenciación anterior del genoma completo de cepas sometidas a pasajes en serie había detectado variaciones recurrentes en el número de copias (CNVs) en ciertas regiones cromosómicas accesorias, realizamos análisis de cariotipo por CHEF y Southern blot para monitorear la dinámica cromosómica y caracterizar molecularmente las CNVs. Esto reveló la presencia de regiones duplicadas previamente no reconocidas que se comparten entre los cromosomas accesorios en Fol4287 . Se establecieron diferentes metodologías para medir la frecuencia de pérdida cromosómica en Fol4287, tanto en la cepa de tipo silvestre como en mutantes afectados en la reparación del ADN o en la estructura de la cromatina. Nuestros resultados indican que la frecuencia de pérdida mitótica espontánea de un mini-cromosoma accesorio en Fol4287 puede llegar al 1%, y que la estabilidad de tales regiones accesorias puede ser promovida por la metilación de la histona H3k9me3

Benefits of connecting rfid and lean principles in health care

The performance management process in health care is far behind compared to the manufacturing and service industries. Although nowadays the health care organizations are able to deal with a greater rank diseases, their cost, quality and delivery has essentially not improved significantly, and the difference with the other industries even seems to have increased. As opposed to this situation health care has a tremendous opportunity to deploy lean principles to reduce internal/external costs, improve patient safety, increase profits, reduce litigation and decrease the dependence on Government and Insurance. The application of these principles is being facilitated by the use of the new technologies. A new technology allowing personnel to constantly "see" what's happening with regards to patients schedule, backlog, workflow, inventory levels, resource utilization, quality, etc., is Radio Frequency Identification (RFID). The aim of this paper is to analyse the benefits that can be derived from the joint use of lean principles and RFID technology in health care

Fostering Scientific Research In Students Of Technical Degrees: An Assessment And Continuation

[EN] At present, the industry demands highly qualified professionals, a fact which is of special relevance in technical careers. However, several studies have reported that pursuing doctoral studies is not among the main objectives of first years STEM students. On the other hand, Challenge Based Learning (CBL) has arisen as a useful methodology to provide close to real environments or projects along which specific and generic competences are put into practice and therefore developed. Considering the previous, the present contribution deals with the implementation of a CBL approach in first-year STEM courses with two main objectives: to foster scientific vocation in 1st-year students of technical degrees and to develop and improve transversal and professional competences. This CBL was performed during both semesters of the academic year 2021/2022. A total of 79 students of 1st year of different technical degrees (Data Science, Physics, and Industrial Engineering) were involved in the project. Students worked in groups of 3 to develop two challenges in which they had to prepare a scientific paper and scientific poster. Both contributions were presented in different formats: the paper was screencasted and the poster was presented onsite in the classroom. Rubrics were used for the evaluation and co-evaluation of these activities. Students¿ opinion on the activity undergone was gathered through a survey to generate indicators about their perception and satisfaction with the CBL approach. The most relevant findings were that more than 90% of the participants were interested in research issues; more than 70% enjoyed doing the CBL proposed, and more than 70% claimed to be proud of their work. Besides, more than 90% of the students would like to study research-related issues more in-depth in future courses, and more than 50% showed an intention to pursue a PhD after finishing their degrees. The results of the present work evidenced that CBL approaches bring magnificent learning opportunities to students. CBL is revealed as a very valuable strategy towards the development of professional and generic competences, which might be crucial in facing subsequent courses and future professional life. In addition, the impact of the CBL approach in fostering the scientific vocation of students has been evidenced. These good indicators have encouraged the authors to continue this line in future courses by coordinating with other lecturers to define a common project involving students of subsequent years. It is expected that the outcomes of these challenges will be analyzed to evaluate the acquisition of competences as well as to track scientific vocation.Galiana Martínez, M.; Seguí Gil, L. (2023). Fostering Scientific Research In Students Of Technical Degrees: An Assessment And Continuation. IATED. 6929-6935. https://doi.org/10.21125/inted.2023.18796929693

An integrated approach for pineapple waste valorisation. Bioethanol production and bromelain extraction from pineapple residues

[EN] Waste management is critical for the food industry for which there is increasing interest in food waste valorisation processes. Pineapple waste, an abundant agro-industrial residue, is studied as a low-cost material for the generation of different value-added products. The work succeeds in obtaining bioethanol and proteolytic enzymes from these residues and, accordingly, integrated approaches for pineapple waste valorisation combining the production of bioethanol and bromelain in a unique process are suggested. There are several potential uses for the products obtained, while bioethanol is a well-known alternative to petroleum-based transport fuels, bromelain is mainly used in the food and pharmaceutical industries, and it has also applications in the cosmetics, textile, leather and detergents ones. Proposals are based on the optimization of bioethanol production through different fermentation and saccharification processes: direct fermentation of the liquor, consecutive saccharification and fermentation of the solid waste and simultaneous saccharification and fermentation of the solid waste. Simultaneous saccharification and fermentation increased ethanol production (5.4 +/- 0.1% v/v) as compared to direct fermentation (4.7 +/- 0.3%) and saccharification and fermentation of the solid waste (4.9 +/- 0.4% v/v) processes. On the other hand, bromelain separation was accomplished using membrane separation techniques (microfiltration and ultrafiltration), and further stabilization of the concentrated stream by freeze-drying. An increased protein concentration after downstream processes was confirmed by the Lowry analytical method (11.5 +/- 1.2 to 21.0 +/- 1.3 mg/mL in the retentate), and the proteolytic activity of the lyophilized powder was estimated in 340-805 Gelatine Digestion Units. The resulting permeate successfully underwent fermentation for bioethanol production. (C) 2017 Elsevier Ltd. All rights reserved.Seguí Gil, L.; Fito Maupoey, P. (2018). An integrated approach for pineapple waste valorisation. Bioethanol production and bromelain extraction from pineapple residues. Journal of Cleaner Production. 172:1224-1231. doi:https://doi.org/10.1016/j.jclepro.2017.10.284S1224123117

Formación inicial del profesorado en la UPF. Principios pedagógicos y formas organizativas

La formació del professorat és una variable que assegura la qualitat institucional i el propi procés de desenvolupament professional. A més, el nou context pel qual passa la universitat arreu d'Europa força un nou model de socialització i perfeccionament permanent que ha d'iniciar-se des del primer any de vida laboral. La formació, i molt especialment la inicial de caire didàctic, s'ha convertit en una necessitat ineludible. En la present aportació, l'equip encarregat del curs pilot de formació inicial del professorat a la UPF explica els marcs de referència on delimita llur intervenció, així com l'estructura general del curs i apunta breument algunes de les dinàmiques que s'han esdevingut durant aquest.Teacher training is a factor that guarantees the quality of the institution and the own professional development. Moreover, the new European context forces the university to start a process of socialisation and continuous improvement which should begin from the very first year of the profession. Training, in particular for beginning teachers, has inevitably become necessary. In this article, the team in charge of the pilot course of initial teacher training at University Pompeu Fabra, explains the theoretical framework for their intervention and the general structure of the course. It also briefly points out some of the dynamics that has been generated in the course of the process.La formación del profesorado es una variable que asegura la calidad institucional y el propio desarrollo profesional. Además, el nuevo contexto por el que pasa la universidad en Europa obliga a realizar un proceso de socialización y perfeccionamiento continuo que debe iniciarse desde el primer año de vida laboral. La formación, y especialmente la inicial de carácter didáctico, se ha convertido en una necesidad inesquivable. En la presente aportación, el equipo encargado del curso piloto de formación inicial del profesorado de la UPF explica los marcos de referencia en los que ha enmarcado su intervención, así como la estructura general del curso, y apunta, brevemente, algunas de las dinámicas que se han ido generando a lo largo del desarrollo del mismo

Centrifugación a escala de laboratorio

En este artículo se presenta la centrifugación como técnica de separación en laboratorio con fines preparativos o analíticos. Además, se presentarán las principales características de los equipos centrífugos empleados a escala de laboratorio y los componentes necesarios para llevar a cabo la separación. Por último, se distinguirá entre tipos de centrifugación y las principales aplicaciones de cada una de las técnicas descritas.Seguí Gil, L. (2022). Centrifugación a escala de laboratorio. Universitat Politècnica de València. http://hdl.handle.net/10251/18388

Modelos lineais de regresión cuantil

Traballo Fin de Grao en Matemáticas. Curso 2018-2019[GL] O obxectivo desta memoria é presentar os modelos de regresión cuantil. Para isto def ínese previamente o concepto de variable aleatoria así como as súas principais caracter ísticas. Préstase especial atención á estimación de cuantís mostrais, que pode ser vista como un problema de optimización, e resultará de gran utilidade para a estimación do modelo cuantil. A continuación preséntase o modelo de regresión en media, que ten como propósito estudar posibles relacións entre distintas variables aleatorias a través do método de mínimos cadrados. Paralelamente, defínese o modelo lineal de regresión cuantil así como métodos inferenciais asociados á estimación dos parámetros da regresión. Preséntanse tamén as propiedades máis salientables de dito modelo como a robustez (que se verá a través da función de influencia) que presenta fronte a datos atípicos e tamén unha das súas debilidades como o cruce entre cuantís. Por outra banda, realízanse dous estudos de simulación a través do programa R. O primeiro ten como obxectivo mostrar, mediante os erros cadráticos medios, que canto maior sexa a densidade da variable resposta avaliada no cuantil de interese, menor será a variabilidade dos estimadores da regresión. O segundo estudo mostra a través de representacións gráficas a robustez que presenta a regresión en mediana fronte a datos atípicos mentres que a regresión en media vese moi afectada por ditas observacións. Despois realízase unha aplicación a datos reais coa base de datos Engel que proporciona o paquete quantreg de R. Para finalizar preséntase as principais conclusi óns derivadas deste traballo, así como un anexo no que se recollen todos os códigos de R necesarios para levar a cabo os estudos feitos ao longo do traballo.[EN] The objective of this research is to introduce the quantile regression model. For this purpose, we will first define a random variable and its main characteristics. Then, we will focus on the sample quantile estimation, which can be seen as an optimization problem, and it would be useful for the quantile regression model estimation. Subsequently, we will introduce the regression toward the mean model of which purpose is to study the possible relationships among different random variables through the least-square method. Concurrently, we will define the linear quantile regression model as well as inference methods associated with the estimation of the regression parameters. We will show the most important properties of the aforementioned model such as robustness (which will be seen through the influence function) that the model shows in the presence of outliers and we will also show one of its weaknesses like the quantile crossing. Furthermore, we will conduct two simulation studies through the well-known software R. The first one has the purpose of showing, by the mean squared error, that a higher density of the target variable evaluate in a particular quantile implicates a minor variability of the regression estimators. The second one presents (through graphic representations) the robustness that median regression has in front of outliers while the regression to the mean is really sensitive to this observations. Lastly, we will show a real data application with the data basis Engel provided by the R package quantreg. Finally, we will summarize the main ideas derived from this work, and we will add an annex which contains the programming code that we use during this project.[ES] El objetivo de esta memoria es presentar los modelos de regresión cuantil. Para esto se define previamente el concepto de variable aleatoria así como sus principales caracter ísticas. Se presta especial atención a la estimación de cuantiles mostrales, que puede ser vista como un problema de optimización, y será de gran utilidad para la estimación del modelo cuantil. A continuación se presenta el modelo de regresión en media, cuyo propó- sito es estudiar posibles relaciones entre distintas variables aleatorias a través del método de mínimos cuadrados. Paralelamente, se define el modelo lineal de regresión cuantil así como métodos inferenciales asociados a la estimación de los parámetros de la regresión. Se presentan también las propiedades más importantes de dicho modelo como la robustez (que se verá a través de la función de influencia) que presenta frente a datos atípicos y tambi én una de sus debilidades como el cruce entre cuantiles. Por otra banda, se realizan dos estudios de simulación a través del programa R. El primero tiene como objetivo mostrar, mediante los errores cuadráticos medios, que cuanto mayor sea la densidad de la variable respuesta evaluada en el cuantil de interés, menor será la variabilidad de los estimadores de la regresión. El segundo estudio muestra a través de representaciones gráficas la robustez que presenta la regresión en mediana frente a datos atípicos mientras que la regresión en media se ve muy perjudicada por dichas observaciones. Después se realiza una aplicación a datos reales con la base de datos Engel que proporciona el paquete quantreg de R. Para finalizar se presentan las principales conclusiones derivadas de este trabajo, así como un anexo en el que se recogen todos los códigos de R necesarios para llevar a cabo los estudios hechos a lo largo de este proyecto

Cristalización a partir de la disolución

En este artículo se presenta la cristalización como operación unitaria de separación o purificación de compuestos que se encuentran formando parte de una disolución. Inicialmente, se definirá la operación y sus fundamentos, para pasar a describir las formas de cristalización a partir de la disolución y las etapas y mecanismos involucrados en el proceso de cristalización.Seguí Gil, L. (2023). Cristalización a partir de la disolución. http://hdl.handle.net/10251/19427