Cloud-Coffee: implementation of a parallel consistency-based multiple alignment algorithm in the T-Coffee package and its benchmarking on the Amazon Elastic-Cloud

Summary: We present the first parallel implementation of the T-Coffee consistency-based multiple aligner. We benchmark it on the Amazon Elastic Cloud (EC2) and show that the parallelization procedure is reasonably effective. We also conclude that for a web server with moderate usage (10K hits/month) the cloud provides a cost-effective alternative to in-house deployment.Centro de Regulación Genómica (CRG to C.N., P.T., C.K.); Plan Nacional (BFU2008-00419); Lleida University, the Spanish ministry of education (TIN2008-05913 to M.O., F.G., F.C.); the Consolider Project (CSD 2007-00050); Super-computacion y e-Cienia (SYEC)

Principal Eigenvalue of Mixed Problem for the Fractional Laplacian: Moving the Boundary Conditions

We analyze the behavior of the eigenvalues of the following non local mixed problem \left\{ \begin{array}{rcll} (-\Delta)^{s} u &=& \lambda_1(D) \ u &\inn\Omega,\\ u&=&0&\inn D,\\ \mathcal{N}_{s}u&=&0&\inn N. \end{array}\right Our goal is to construct different sequences of problems by modifying the configuration of the sets $D$ and $N$, and to provide sufficient and necessary conditions on the size and the location of these sets in order to obtain sequences of eigenvalues that in the limit recover the eigenvalues of the Dirichlet or Neumann problem. We will see that the non locality plays a crucial role here, since the sets $D$ and $N$ can have infinite measure, a phenomenon that does not appear in the local case (see for example \cite{D,D2,CP})

Estudio del tránsito vehicular de la ciudad de Lincoln: propuestas para su reordenamiento

Debido a las características que presenta esta ciudad, y su problemática aparente, es que se realiza este estudio particularizado del tránsito, partiendo de la caracterización de los problemas detectados en el sistema de movimientos de la ciudad, hasta llegar al desarrollo de un plan integral verdaderamente implementable de propuestas para su reordenamiento. Considerando la interdependencia existente entre todos los elementos componentes de la ciudad, un estudio de tránsito necesariamente debe abarcar al sistema de movimientos de manera global. A partir de estos conceptos nos fijamos como tarea el análisis de los factores intervinientes en el sistema de movimientos, y de las modalidades que afectan particularmente a la ciudad de Lincoln.Dirección de Asuntos Municipales (DAM

Estudio del tránsito vehicular de la ciudad de Lincoln: propuestas para su reordenamiento

Debido a las características que presenta esta ciudad, y su problemática aparente, es que se realiza este estudio particularizado del tránsito, partiendo de la caracterización de los problemas detectados en el sistema de movimientos de la ciudad, hasta llegar al desarrollo de un plan integral verdaderamente implementable de propuestas para su reordenamiento. Considerando la interdependencia existente entre todos los elementos componentes de la ciudad, un estudio de tránsito necesariamente debe abarcar al sistema de movimientos de manera global. A partir de estos conceptos nos fijamos como tarea el análisis de los factores intervinientes en el sistema de movimientos, y de las modalidades que afectan particularmente a la ciudad de Lincoln.Dirección de Asuntos Municipales (DAM

A user-friendly web portal for T-Coffee on supercomputers

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Parallel T-Coffee (PTC) was the first parallel implementation of the T-Coffee multiple sequence alignment tool. It is based on MPI and RMA mechanisms. Its purpose is to reduce the execution time of the large-scale sequence alignments. It can be run on distributed memory clusters allowing users to align data sets consisting of hundreds of proteins within a reasonable time. However, most of the potential users of this tool are not familiar with the use of grids or supercomputers.</p> <p>Results</p> <p>In this paper we show how PTC can be easily deployed and controlled on a super computer architecture using a web portal developed using Rapid. Rapid is a tool for efficiently generating standardized portlets for a wide range of applications and the approach described here is generic enough to be applied to other applications, or to deploy PTC on different HPC environments.</p> <p>Conclusions</p> <p>The PTC portal allows users to upload a large number of sequences to be aligned by the parallel version of TC that cannot be aligned by a single machine due to memory and execution time constraints. The web portal provides a user-friendly solution.</p

Fístula broncopleural decorrente de ferimento por arma de fogo – relato de caso: Broncopleural fistula resulting from a fire gun injury - case report

Objetivo: apresentar o caso de paciente jovem, vítima de lesão brônquica por ferimento de arma de fogo, tratada por segmentectomia pulmonar por meio de toracotomia. Descrição do caso: Paciente do sexo masculino, 25 anos, foi admitido no serviço de emergência, vítima de ferimento por arma de fogo com dispneia e dor torácica. Paciente foi conduzido a toracostomia a esquerda, apresentando drenagem de líquido sanguinolento. Manteve escape aéreo de alto débito e, após 20 dias, foi indicada abordagem cirúrgica, sendo realizado toracotomia e, após identificação de lesão em segmento seis, foi indicada segmentectomia. Apresentou melhora clínica no pós-operatório, recebendo alta em quatro dias. Considerações finais: A presença de escape aéreo persistente no pós-operatório deve alertar para o diagnóstico de lesão de vias aéreas principais. As lesões traqueobrônquicas são incomuns e graves, demandando atenção da equipe cirúrgica para desfecho satisfatório

Capitán Sarmiento: Reflexiones y datos para una estrategia de desarrollo

El rol del Estado Municipal estuvo relegado, hasta ahora, a un segundo orden y no existió una participación clave del mismo en la formulación de políticas indicativas locales y regionales, y menos aún en la planificación de estrategias de desarrollo. Sin embargo, los profundos cambios en el contexto nacional y mundial, le exigen que asuma, por la necesidad de su gente, el rol de protagonista principal en la construcción de su futuro. Pero para esto, es necesario tener objetivos claros compartidos por una Comunidad comprometida, y ser capaces de diseñar e imple- mentar estrategias eficaces para poder alcanzarlos. Para poder desenvolverse con posibilidades de progreso en este nuevo y complejo escenario, es necesario optimizar dos herramientas imprescindibles: Es necesario tener un conocimiento preciso de cada uno de los aspectos y lugares que conforman la realidad local y de su evolución, basado en un sistema de información propio (en donde la estadística es sólo un aspecto), confiable y permanentemente actualizado, que permita seguir la evolución sectorial y localizada de la Comunidad en la disponibilidad y calidad de los servicios públicos de infraestructura, en la calidad ambiental y de los servicios sociales como la educación, la seguridad o la salud, en el crecimiento armónico de la ciudad y en la localización de la población, el déficit de la vivienda y la disponibilidad y valor de la tierra vacante, en la economía local y regional contemplando todos sus aspectos, el dinamismo en la evolución del PBI local, la calidad de la ocupación, la desocupación, los procesos de inversión y el comportamiento de las variables económicas y sociales con incidencia en el desarrollo local. Y es necesario contar con Instituciones y Representantes sectoriales organizados, con objetivos claros y Consejos Vecinales u organizaciones representativas y participativas por barrios específicos o agrupación de barrios, que fortalezcan los vínculos con el municipio, fijen sus prioridades y controlen la eficacia de los servicios públicos y su propia calidad de vida. Sin ellos se dificulta el necesario proceso de concertación, que ordena la participación y articula los intereses genuinos que conviven en una Comunidad. A partir de aquí se desarrolla un análisis del estado de situación ambiental, social y económica del Partido de Capitán Sarmiento, acompañado por una serie de propuestas específicas para consolidar los aspectos positivos y revertir aquellos que demoran o atentan contra el progreso colectivo.Dirección de Asuntos Municipale

Capitán Sarmiento: Reflexiones y datos para una estrategia de desarrollo

El rol del Estado Municipal estuvo relegado, hasta ahora, a un segundo orden y no existió una participación clave del mismo en la formulación de políticas indicativas locales y regionales, y menos aún en la planificación de estrategias de desarrollo. Sin embargo, los profundos cambios en el contexto nacional y mundial, le exigen que asuma, por la necesidad de su gente, el rol de protagonista principal en la construcción de su futuro. Pero para esto, es necesario tener objetivos claros compartidos por una Comunidad comprometida, y ser capaces de diseñar e imple- mentar estrategias eficaces para poder alcanzarlos. Para poder desenvolverse con posibilidades de progreso en este nuevo y complejo escenario, es necesario optimizar dos herramientas imprescindibles: Es necesario tener un conocimiento preciso de cada uno de los aspectos y lugares que conforman la realidad local y de su evolución, basado en un sistema de información propio (en donde la estadística es sólo un aspecto), confiable y permanentemente actualizado, que permita seguir la evolución sectorial y localizada de la Comunidad en la disponibilidad y calidad de los servicios públicos de infraestructura, en la calidad ambiental y de los servicios sociales como la educación, la seguridad o la salud, en el crecimiento armónico de la ciudad y en la localización de la población, el déficit de la vivienda y la disponibilidad y valor de la tierra vacante, en la economía local y regional contemplando todos sus aspectos, el dinamismo en la evolución del PBI local, la calidad de la ocupación, la desocupación, los procesos de inversión y el comportamiento de las variables económicas y sociales con incidencia en el desarrollo local. Y es necesario contar con Instituciones y Representantes sectoriales organizados, con objetivos claros y Consejos Vecinales u organizaciones representativas y participativas por barrios específicos o agrupación de barrios, que fortalezcan los vínculos con el municipio, fijen sus prioridades y controlen la eficacia de los servicios públicos y su propia calidad de vida. Sin ellos se dificulta el necesario proceso de concertación, que ordena la participación y articula los intereses genuinos que conviven en una Comunidad. A partir de aquí se desarrolla un análisis del estado de situación ambiental, social y económica del Partido de Capitán Sarmiento, acompañado por una serie de propuestas específicas para consolidar los aspectos positivos y revertir aquellos que demoran o atentan contra el progreso colectivo.Dirección de Asuntos Municipale

Capitán Sarmiento: Reflexiones y datos para una estrategia de desarrollo

El rol del Estado Municipal estuvo relegado, hasta ahora, a un segundo orden y no existió una participación clave del mismo en la formulación de políticas indicativas locales y regionales, y menos aún en la planificación de estrategias de desarrollo. Sin embargo, los profundos cambios en el contexto nacional y mundial, le exigen que asuma, por la necesidad de su gente, el rol de protagonista principal en la construcción de su futuro. Pero para esto, es necesario tener objetivos claros compartidos por una Comunidad comprometida, y ser capaces de diseñar e imple- mentar estrategias eficaces para poder alcanzarlos. Para poder desenvolverse con posibilidades de progreso en este nuevo y complejo escenario, es necesario optimizar dos herramientas imprescindibles: Es necesario tener un conocimiento preciso de cada uno de los aspectos y lugares que conforman la realidad local y de su evolución, basado en un sistema de información propio (en donde la estadística es sólo un aspecto), confiable y permanentemente actualizado, que permita seguir la evolución sectorial y localizada de la Comunidad en la disponibilidad y calidad de los servicios públicos de infraestructura, en la calidad ambiental y de los servicios sociales como la educación, la seguridad o la salud, en el crecimiento armónico de la ciudad y en la localización de la población, el déficit de la vivienda y la disponibilidad y valor de la tierra vacante, en la economía local y regional contemplando todos sus aspectos, el dinamismo en la evolución del PBI local, la calidad de la ocupación, la desocupación, los procesos de inversión y el comportamiento de las variables económicas y sociales con incidencia en el desarrollo local. Y es necesario contar con Instituciones y Representantes sectoriales organizados, con objetivos claros y Consejos Vecinales u organizaciones representativas y participativas por barrios específicos o agrupación de barrios, que fortalezcan los vínculos con el municipio, fijen sus prioridades y controlen la eficacia de los servicios públicos y su propia calidad de vida. Sin ellos se dificulta el necesario proceso de concertación, que ordena la participación y articula los intereses genuinos que conviven en una Comunidad. A partir de aquí se desarrolla un análisis del estado de situación ambiental, social y económica del Partido de Capitán Sarmiento, acompañado por una serie de propuestas específicas para consolidar los aspectos positivos y revertir aquellos que demoran o atentan contra el progreso colectivo.Dirección de Asuntos Municipale

Ensemble modelling, uncertainty and robust predictions of organic carbon in long-term bare-fallow soils

ACKNOWLEDGEMENTS This study was supported by the project “C and N models inter-comparison and improvement to assess management options for GHG mitigation in agro-systems worldwide” (CN-MIP, 2014- 2017), which received funding by a multi-partner call on agricultural greenhouse gas research of the Joint Programming Initiative ‘FACCE’ through national financing bodies. S. Recous, R. Farina, L. Brilli, G. Bellocchi and L. Bechini received mobility funding by way of the French Italian GALILEO programme (CLIMSOC project). The authors acknowledge particularly the data holders for the Long Term Bare-Fallows, who made their data available and provided additional information on the sites: V. Romanenkov, B.T. Christensen, T. Kätterer, S. Houot, F. van Oort, A. Mc Donald, as well as P. Barré. The input of B. Guenet and C. Chenu contributes to the ANR “Investissements d’avenir” programme with the reference CLAND ANR-16-CONV-0003. The input of P. Smith and C. Chenu contributes to the CIRCASA project, which received funding from the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under grant agreement no 774378 and the projects: DEVIL (NE/M021327/1) and Soils‐R‐GRREAT (NE/P019455/1). The input of B. Grant and W. Smith was funded by Science and Technology Branch, Agriculture and Agri-Food Canada, under the scope of project J-001793. The input of A. Taghizadeh-Toosi was funded by Ministry of Environment and Food of Denmark as part of the SINKS2 project. The input of M. Abdalla contributes to the SUPER-G project, which received funding from the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation Programme under grant agreement no 774124.Peer reviewedPostprin