Avian Influenza virus in sympatric wintering aquatic birds: rubbish dumps as hotspots for surveillance?

Trabajo Fin de Máster: Master en investigación Básica y Aplicada en Recursos Cinegéticos.The circulation of Avian Influenza viruses (AIV) in wild birds has been intensively studied, due to their implication in the maintenance and spread of these viruses. Most of these studies have focused on natural aquatic environments, where birds aggregate and in which viral survival is enhanced. Nevertheless, other places such as rubbish dumps also lead to massive aggregation of wild birds, including some known AIV reservoirs. Particularly, during the winter months, Spanish rubbish dumps harbor a great number of wintering wild birds. This is the case in rubbish dumps in the province of Ciudad Real (community of Castilla-La Mancha, Spain), where these animals also visit the surrounding wetlands where AIV circulation had been detected in previous years. In this study we analyzed the prevalence of AIV genome excretion in sympatric species that use two rubbish dumps in Ciudad Real, during the wintering season 2014-2015 and determined temporal, spatial and species variation. We tested 1190 fresh fecal samples, cloacal and oral swabs for AIV genome excretion by real time-RT PCR for the AIV matrix gene. We found an overall prevalence of 0.6%, peaking in October, which coincides with the arrival of migratory wild birds to Spanish territories. A higher prevalence was detected in gulls, which are known AIV reservoirs in natural environments, followed by cattle egrets and white storks. The detection of AIV genome excretion in all studied species indicates that all might play a role in the epidemiology of these viruses. Our results indicate that AIV circulates in wild birds that visit the studied rubbish dumps, and, at least in gulls, probably continuously during the wintering season. This underlines the potential importance of developing surveillance tasks in these places, namely through collection of fresh feces, a cost-effective sampling method appropriate for large scale LPAIV surveillance in wild birds.Peer Reviewe

Doenças parasitárias do cão transmitidas por insectos culicídeos e psicodídeos no Funchal e em Barcelona

Dissertação de Mestrado Integrado em Medicina VeterináriaAs doenças mais importantes, transmitidas por insectos culicídeos e psicodídeos, que afectam a espécie canina, são a dirofilariose e leishmaniose. A dirofilariose é uma doença crónica causada pelo nemátode da espécie Dirofilaria immitis, que existe predominantemente em zonas de climas tropicais e subtropicais. Os insectos do género Culex, Anopheles e Aedes, são responsáveis pela transmissão da forma infectante L3. A leishmaniose é uma doença zoonótica, causada pelo protozoário da espécie Leishmania infantum, que existe predominantemente na Bacia do Mediterrâneo. Em Portugal e Espanha, os vectores responsáveis pela transmissão das formas infectantes, os promastigotas metacíclicas, ao hospedeiro canídeo, são as espécies Phebotomus perniciosus e o P. ariasi. No presente trabalho, foram realizados dois estudos retrospectivos, um sobre a dirofilariose na Ilha da Madeira e que englobou 29 cães e outro sobre leishmaniose em Barcelona, que incluiu 20 animais. Relativamente ao estudo da dirofilariose, verificou-se que a maioria dos animais eram assintomáticos. O diagnóstico etiológico foi realizado com base no exame físico, pela detecção de microfilárias e filárias adultas, através da técnica de Knott modificada e de ELISA. A terapêutica etiológica englobou uma terapêutica adulticida com melarsomina, seguida de uma terapêutica microfilaricida com lactonas macrocíclicas. No estudo retrospectivo da leishmaniose, observou-se animais com sinais clínicos muito variáveis, no entanto, a maioria dos cães apresentam letargia, linfadenomegália, lesões dermatológicas. As alterações laboratoriais mais observadas foram uma anemia não regenerativa e uma hiperproteinémia com hiperglobulinémia e hipoalbuminémia. O diagnóstico etiológico foi realizado com base no exame físico, histórica clínica, por cELISA e RT-PCR. Diferentes fármacos foram utilizados no tratamento, contudo o antimoniato de meglumina e o alopurinol, são os mais utilizados.BASTRACT - CANINE PARASITOLOGIC DISEASES TRANSMITED BY CULICIDAE AND PSYCHODIDAE INSECTS - Dirofilariosis and leishmaniosis are the main diseases transmitted by Culicidae and Psicodidae insect that affect canines. Dirofilariosis is a chronic disease, caused by Dirofilaria immitis that is prevalent in areas with a tropical or subtropical environment. Insects from de genus Culex, Anopheles and Aedes are responsible for transmitting the L3 infective form. Leishmaniosis is a zoonotic disease prevalent in the Mediterranean basin, caused by Leishmania infatum. In Portugal and Spain, the main vectors, responsible for transmitting the infected form, the metacyclic promastigotes, are Phebotomus perniciosus and P. ariasi. In the purpose of the chosen theme, two retrospective studies were conducted: one on dirofilariosis including 29 dogs at Madeira Island and another on leishmaniosis in 20 dogs at Barcelona. In the dirofilariosis study, most animals were asymptomatic. The diagnosis was made by physical examination, detection of the microfilaria and adult heartworm, with the modified Knott technique and by ELISA. The treatment was completed with an adulticide therapy with melarsomine and a microfilaricide therapy with macrocyclic lactones. In the leishmaniosis retrospective study, many clinic signs were observed, but most dogs presented lethargy, limphadenomegaly and dermatologic lesions. The major laboratory changes observed were a non regenerative anemia and a hyperproteinemia with hyperglobulinemia and hypoalbuminemia. Diagnosis was made through clinical history, physical examination and parasitological exams, by cELISA and RT-PCR. There are many different drugs which can be used for treatment, but the most used in this study were meglumine antimoniate and allopurinol

Desenvolvimento de microagulhas intumescíveis biopoliméricas para extração de fluido intersticial

O desenvolvimento de ferramentas de amostragem minimamente invasivas para diagnóstico e outros cuidados de saúde, que sejam mais aceites pelo paciente e permitam a monitorização fisiológica rápida e frequente, têm recebido muita atenção nos últimos anos. A extração e análise minimamente invasiva do fluido intersticial da pele surge como uma alternativa à recolha de sangue, pois este reflete com precisão as concentrações de fármacos e substâncias endógenas encontradas no plasma. As microagulhas (MAs) são sistemas que permitem a extração de fluido intersticial de forma minimamente invasiva, com a vantagem adicional da autoaplicação. Por outro lado, o uso de biopolímeros tem sido amplamente descrito para aplicações biomédicas, pois são biocompatíveis, não tóxicos e possuem propriedades únicas. Neste contexto, este estudo tem como objetivo o desenvolvimento de MAs biopoliméricas intumescíveis para extração de fluido intersticial da pele, compostas por carboximetilcelulose, ácido cítrico (como agente reticulante) e celulose microcristalina (como reforço mecânico), e preparadas por micromoldagem. Os sistemas de microagulhas preparados foram caracterizados relativamente à sua morfologia e propriedades mecânicas. Os resultados mostram que as MAs que exibem melhores características morfológicas e mecânicas são aquelas com 7,5% (% m/v) de carboximetilcelulose e 10% (% m/v) de ácido cítrico. A adição de celulose microcristalina aumentou a resistência mecânica das MAs, mas os resultados obtidos não apresentam evidências que justifiquem a adição de mais de 5% de celulose microcristalina às MAs. Desta forma, 7,5% (% m/v) de carboximetilcelulose ,10% (% m/v) de ácido cítrico e 5% (% m/v) de celulose microcristalina, produzem as melhores MAs em termos morfológicos e mecânicos. Posteriormente, avaliaram-se as MAs compostas por 7,5% (% m/v) de carboximetilcelulose e 10% (% m/v) de ácido cítrico, com e sem adição de 5% (% m/v) de celulose microcristalina no que respeita ao seu intumescimento e citotoxicidade. As MAs com 5% (% m/v) de celulose microcristalina apresentaram maior grau de intumescimento e menor perda de massa. Ambas as amostras mostraram ser não citotóxicas para uma linha celular de queratinócitos humanos (células HaCaT). Globalmente, todos os parâmetros indicam que as MAs com 7,5% (% m/v) de carboximetilcelulose, 10% (% m/v) de ácido cítrico e 5% (% m/v) de celulose microcristalina são aquelas que apresentam as melhores características morfológicas, mecânicas e de intumescimento. E uma vez que são não citotóxicas, apresentam enormes potencialidades para aplicações biomédicas, nomeadamente na extração não invasiva de fluido intersticial.The need to develop minimally invasive sampling tools for healthcare and diagnostic that might be more accepted by the patient and allow a quick and frequent physiological monitoring has received a lot of attention. The minimally invasive extraction and analysis of interstitial fluid is presented as an alternative to blood sampling, given that it reflects with precision the concentrations of free drugs and endogenous substances found in plasma. Microneedles (MNs) arise as a vehicle that enables the extraction of skin interstitial fluid in a minimally invasive way with the added advantage of self-application. Additionally, the use of biopolymers has been well described for biomedical applications, given they are biocompatible, nontoxic and have unique properties. Within this framework, this study aims the development of biopolymeric hydrogel-forming MN arrays for skin interstitial fluid extraction, composed of carboxymethylcellulose, citric acid (as cross-linker) and microcrystalline cellulose (as mechanical reinforcement), and prepared by micromolding. The obtained microneedle systems have been characterized morphologically and mechanically. The results show that MNs with 7.5% (% w/v) of carboxymethylcellulose and 10% (% w/v) of citric acid exhibit the best morphological and mechanical characteristics. The addition of microcrystalline cellulose increased the MNs mechanical strength, but the results obtained do not present enough evidence to justify the addition of more than 5% (% w/v) of microcrystalline cellulose. In this way, 7.5% (% w/v) of carboxymethylcellulose and 10% (% w/v) of citric acid and 5% (%w/v) of microcrystalline cellulose, produce the best MNs in terms of morphology and mechanical performance. Subsequently, MNs with 7.5% (% w/v) of carboxymethylcellulose, 10% (% w/v) of citric acid, with and without 5% (% w/v) of microcrystalline cellulose, were evaluated in terms of swelling behavior and cytotoxicity. Those with 5% (% w/v) of microcrystalline cellulose showed a higher swelling degree and a lower weight loss. Both MN samples showed no cytotoxicity to human keratinocytes cell line (HaCaT cells). Overall, all parameters indicate that MNs with 7.5% (% w/v) of carboxymethylcellulose, 10% (% w/v) of citric acid and 5% (% w/v) of microcrystalline cellulose are those with the best morphological, mechanical and swelling characteristics. Since they are non-cytotoxic, these MNs can be used in biomedical applications, namely on the non-invasive extraction of interstitial fluid.Mestrado em Bioquímic

Canine oesophageal diseases

Oesophageal diseases in the dog can be challenging to diagnose. Multiple diagnostic imaging modalities are necessary for the assessment of the canine oesophagus. This study was divided into prospective and retrospective parts. The purpose of the prospective study was to determine whether conventional transcutaneous ultrasonography can be used to evaluate the canine cervical oesophagus and describe the sonographic appearance and measurements in normal dogs and those with clinical signs associated with the oesophagus. Seven canine cadavers, ten healthy staff owned dogs and eleven client owned dogs with vomiting and regurgitation were examined using a 14MHz transducer. Transcutaneous ultrasonography of the cervical oesophagus was performed using a left lateral approach. Ultrasonography allowed visualization of the entire cervical oesophagus. Four or six sonographic layers were identified which corresponded with histology. An additional thin hyperechoic layer was present within the muscular layer in some dogs which corresponded to fibrous tissue located between the inner circular and outer longitudinal muscle layers. Mean ultrasonographic wall thickness for normal dogs 2.7 ± 1 mm and was significantly correlated with weight in the live dogs (P<0.05). No sonographic abnormalities were identified in the clinical cases. The purpose of the retrospective study was to document the occurrence of oesophageal abnormalities in brachycephalic dogs using multiple diagnostic imaging modalities (radiography, fluoroscopy, computed tomography and magnetic resonance imaging). Record the incidence of oesophageal redundancy in brachycephalic breeds with or without oesophageal disease. Hospital records between November 2009 to December 2016 identified fifty-one brachycephalic dogs with oesophageal abnormalities. Megaoesophagus was the most prevalent oesophageal abnormality in the brachycephalic breeds. Hiatal hernia, oesophageal dysmotility and GOR were the most prevalent oesophageal diseases in dogs with BOAS and megaoesophagus, dysmotility and hiatal herniation in dogs without BOAS. The occurrence of BOAS was highest for English bulldogs, followed by French bulldogs and Pugs, however there was no significant correlation between the presence or absence of BOAS in dogs with oesophageal abnormalities. There was no significant correlation between breed, weight, sex and clinical signs or oesophageal abnormalities present. Oesophageal redundancy incidence was low in the brachycephalic dogs in this study with and without concomitant oesophageal disease. These studies suggest that multiple diagnostic imaging modalities can be used to evaluate the oesophagus. However, further studies are warranted with a larger study sample to expand the clinical use of transcutaneous ultrasonography in dogs with oesophagitis and to determine the prevalence of oesophageal abnormalities in brachycephalic breeds with statistical significance

Social capital and internet usage: a study in Lisbon

Tese de Doutoramento em Ciências Sociais na especialidade de SociologiaEsta tese explora a relação entre capital social e utilização da Internet. Apesar da sua natureza polissémica, o capital social pode ser um conceito central no debate sobre os efeitos da Internet na sociedade: A Internet reforça e complementa o capital social? Ou isola e diminui o capital social? Este estudo investiga esta relação através de três dimensões do capital social, nomeadamente bonding, bridging e recursos. Estas três dimensões são analisadas separadamente e depois combinadas para a constituição da variável capital social. A principal hipótese deste estudo é que o capital social está associado positivamente com a utilização da Internet. Esta investigação baseia-se numa abordagem metodológica mista, que combina métodos quantitativos e qualitativos. Numa primeira fase, um inquérito é aplicado a uma amostra aleatória estratificada de 417 indivíduos, com mais de 17 anos de idade, residentes em Lisboa. Numa segunda fase, são conduzidas entrevistas semi-estruturadas a 14 dos indivíduos da amostra inicial. Os resultados mostram que o capital social e a utilização da Internet estão positivamente relacionados: os utilizadores mais frequentes de Internet têm maior probabilidade de ter um nível mais elevado de bonding, bridging e de capital social, comparando com os não utilizadores, os utilizadores casuais e os utilizadores moderados. A idade é também um forte preditor, embora de forma negativa: por cada ano de idade há menos probabilidade de se ter um nível elevado de bonding, bridging, recursos, e de capital social.This thesis explores the relationship between social capital and Internet usage. Despite its polysemic nature, social capital can be a central concept in the debate around the Internet’s effects on society: Is the Internet reinforcing and complementing social capital? Or is it isolating people, and diminishing their social capital? This study examines this relationship through three dimensions of social capital, namely bonding, bridging, and resources. I analyze these dimensions separately and then combine them to create the variable social capital. My main hypothesis is that the individuals’ perceived social capital is positively associated with Internet usage. This research is based on a mixed methods approach, combining quantitative and qualitative research. In a first phase, I surveyed a stratified random sample of 417 participants who lived in Lisbon, Portugal. In a second phase, I conducted follow-up semi-structured interviews with 14 participants. Results show that social capital and Internet usage are positively related: heavy Internet users are more likely to have a high level of bonding, bridging, and of social capital than non-users, light users, and moderate users. Age is also a significant predictor, although negatively: per each year of age, there is a lower probability of having a high level of bonding, bridging, resources, and of social capital

Utilização de recursos tecnológicos na consolidação do código ortográfico

Relatório Final de Prática de Ensino Supervisionada do Mestrado em Educação Pré-escolar e Ensino do 1.º Ciclo do Ensino Básico apresentado na Escola Superior de Educação do Instituto Politécnico de Viana do CasteloO presente relatório integra-se no Mestrado em Educação Pré-Escolar e Ensino do 1.ºCiclo do Ensino Básico. O trabalho apresentado engloba a descrição do que foi desenvolvido durante a Prática de Ensino Supervisionada, assim como a investigação que decorreu no mesmo período. A investigação focou-se na área do Português devido às dificuldades detetadas no grupo do 3.º e 4.º anos de escolaridade. Teve como objetivo principal perceber de que forma os recursos tecnológicos podem ser utilizados para a consolidação ortográfica. Como forma de orientar o estudo, foram delineadas duas questões de investigação: 1) Quais as dificuldades que os alunos apresentam ao nível da competência ortográfica?; 2) Que recursos tecnológicos se mostram adequados para a realização de tarefas ortográficas? Para o desenvolvimento desta investigação, tomou-se como referência o quadro teórico Technological Pedagogical Content Knowledge (TPACK) e face ao problema e questões do estudo, privilegiou-se uma metodologia de cariz qualitativo e recolheram-se os dados através de observação participante, de registos audiovisuais, de produções textuais dos alunos e de questionários. Para a análise de dados foram definidas categorias de incorreções ortográficas e indicadores que permitiram determinar o envolvimento dos alunos nas tarefas. A análise de dados permitiu verificar que as maiores dificuldades estão relacionadas com as irregularidades do código ortográfico e que a adequação dos recursos tecnológicos para a realização de tarefas ortográficas implica um exercício prévio de reflexão e planificação do professor, articulando conhecimento tecnológico, didático e pedagógico. Este trabalho sugere propostas de intervenção sustentadas nos recursos educativos digitais, que contribuem para a aprendizagem através do pensamento, compreensão, memorização e reflexão.This study integrates the Master’s degree in Preschool Education and Teaching of the 1st Cycle of Basic Education. The presented work includes the description of what was developed during the Supervised Teaching Practice, as well as the research that took place in the same period. The research focused on the curricular area of the Portuguese language due to the difficulties detected in a 3rd and 4th grade class. Its main objective was to understand how technological resources can be used for orthography consolidation. In order to guide the study, two research questions were defined: 1) What difficulties do students have at the level of orthographic competence?; 2) What technological resources are suitable for performing orthographic tasks? For the development of this research, it was taken as a reference the theoretical framework Technological Pedagogical Content Knowledge (TPACK) and in the accordance with the problem and the questions of the study, was privileged a qualitative methodology and the data were collected through participant observation, audiovisual records, textual productions of students and questionnaires. For the analysis of data, we defined categories of orthographic errors and indicators that allowed us to determine the student’s involvement in the tasks. The data analysis allowed to verify that the greatest difficulties are related to the irregularities of the orthographic code and that the adequacy of technological resources for the performance of orthographic tasks implies a previous exercise of reflection and planning by the teacher, articulating technological, didactic and pedagogical knowledge. This work suggests intervention proposals sustained in the digital educational resources, that contribute to the learning through the thought, understanding, memorization and reflection

Riscos Ambientais e Ordenamento do Território: caso de estudo no concelho da Moita

As populações estão sujeitas a diversos riscos ambientais, muitos dos quais estão associados à forma como ordenamos o território. A incorporação da gestão de risco nos planos municipais é uma componente muito importante na prevenção e mitigação de riscos. O objetivo geral deste trabalho é estudar estratégias para a prevenção de riscos ambientais ligados ao território, analisando como caso de estudo o concelho da Moita. Faz-se uma revisão integrada da legislação e dos principais manuais técnicos relativos à prevenção de riscos no ordenamento do território: precipitação intensa, cheias e inundações, secas, ondas de calor e frio, sismos, tsunamis, acidentes no transporte de mercadorias perigosas, acidentes em parques industriais, incêndios florestais, contaminação de cursos de água, contaminação de aquíferos, contaminação na rede de abastecimento de água, emergência de vetores de doenças infeciosas. Analisou-se o tratamento destes riscos no planeamento territorial no concelho da Moita, concluindo-se que este município é bastante vulnerável à tipologia de riscos estudados. O Plano Diretor Municipal em vigor não contém nenhum tratamento de riscos ambientais (à exceção da delimitação de áreas de risco de cheia no âmbito da Reserva Ecológica Nacional). Existe alguma informação em outros planos e instrumentos, como o Plano Municipal de Emergência e Proteção Civil, que se foca na capacidade de resposta e não influencia o planeamento territorial. Explora-se um conjunto de medidas para cada domínio de risco ambiental, preconizandose a quantificação e a identificação sistemática de medidas de prevenção e mitigação desses riscos no concelho da Moita, em quatro pilares: governança, planeamento, educação e autossuficiência. Algumas destas medidas são complexas e têm de estar assentes no compromisso coletivo e na participação de todas as partes interessadas para a definição de estratégias municipais

Conversão para Why3 de formalizações em Coq

Dissertação de mestrado integrado em Informatics EngineeringO presente documento consiste no relatório da dissertação que descreve todo o trabalho desenvolvido no âmbito do projeto “Conversão para Why3 de Formalizações em Coq”. Este trabalho tem como objetivo principal a conversão das definições de alguns algoritmos funcionais, bem como as suas provas, desenvolvidas em Coq, para Why3. Ou seja, utilizar as duas linguagens do Why3 para perceber até que ponto é possível formalizar algoritmos definidos em Coq. Estas formalizações pertencem ao livro da “Software Foundations” sobre algoritmos funcionais. Este demonstra como uma variedade de algoritmos fundamentais podem ser especificados e verificados mecanicamente. Através da conversão de três algoritmos diferentes foi possível perceber que o Why3 apresenta uma linguagem bastante versátil. Este revela ser possível sem grandes dificuldades a conversão das formalizações Coq para a sua linguagem, principalmente utilizando a sua linguagem de programas, WhyML. A intenção, para além da definição, é também explorar o tipo de provas que as duas linguagens (lógica e de programas) do Why3 permitem realizar. Na linguagem de programas, as provas são extremamente simples, conseguidas, na sua grande maioria, através apenas dos solvers automáticos. Na linguagem lógica do Why3 é possível realizar algumas provas indutivas recorrendo às transformações de prova. No entanto, estas ficam restritas apenas às provas que utilizem a indução estrutural. O mais natural é utilizar a linguagem de programas, pois nesta a prova indutiva é automática e segue a estrutura da definição da função, não sendo necessário a definição de princípios de indução. Comparando as duas linguagens do Why3, a linguagem de programas é efetivamente mais interessante que a linguagem lógica.The present document is the dissertation report that describes all the work developed in the scope of the project "Conversion of Coq Formalizations to Why3". This work has as main objective the conversion of the definitions of some functional algorithms, as well as their proofs, developed in Coq, to Why3. That is, to use the two languages of Why3 to realize to what extent it is possible to formalize algorithms defined in Coq. These formalizations belong to the "Software Foundations"book on functional algorithms. This demonstrates how a variety of fundamental algorithms can be specified and verified mechanically. Through the conversion of three different algorithms it was possible to see that Why3 is a very versatile language. It shows that it is possible to convert Coq formalizations to its language without too much difficulty, especially using its program language, WhyML. The intention, beyond the definition, is also to explore the kind of proofs that the two languages (logical and program) of Why3 allow one to perform. In the program language, proofs are extremely simple, achieved, for the most part, through just the automatic solvers. In the Why3 logic language it is possible to perform some inductive proofs using proof transformations. However, these are restricted only to proofs that use structural induction. It is more natural to use the program language, because in this language the inductive proof is automatic and follows the structure of the function definition, without the need to define induction principles. Comparing the two Why3 languages, the program language is actually more interesting than the logical language