Stack or trash? Quality assessment of virtual slides

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Best Practice Recommendations for the Implementation of a Digital Pathology Workflow in the Anatomic Pathology Laboratory by the European Society of Digital and Integrative Pathology (ESDIP)

The interest in implementing digital pathology (DP) workflows to obtain whole slide image (WSI) files for diagnostic purposes has increased in the last few years. The increasing performance of technical components and the Food and Drug Administration (FDA) approval of systems for primary diagnosis led to increased interest in applying DP workflows. However, despite this revolutionary transition, real world data suggest that a fully digital approach to the histological workflow has been implemented in only a minority of pathology laboratories. The objective of this study is to facilitate the implementation of DP workflows in pathology laboratories, helping those involved in this process of transformation to identify: (a) the scope and the boundaries of the DP transformation; (b) how to introduce automation to reduce errors; (c) how to introduce appropriate quality control to guarantee the safety of the process and (d) the hardware and software needed to implement DP systems inside the pathology laboratory. The European Society of Digital and Integrative Pathology (ESDIP) provided consensus-based recommendations developed through discussion among members of the Scientific Committee. The recommendations are thus based on the expertise of the panel members and on the agreement obtained after virtual meetings. Prior to publication, the recommendations were reviewed by members of the ESDIP Board. The recommendations comprehensively cover every step of the implementation of the digital workflow in the anatomic pathology department, emphasizing the importance of interoperability, automation and tracking of the entire process before the introduction of a scanning facility. Compared to the available national and international guidelines, the present document represents a practical, handy reference for the correct implementation of the digital workflow in Europe.publishedVersio

A comprehensive characterization of the caspase gene family in insects from the order Lepidoptera

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The cell suicide pathway of apoptosis is a necessary event in the life of multicellular organisms. It is involved in many biological processes ranging from development to the immune response. Evolutionarily conserved proteases, called caspases, play a central role in regulating apoptosis. Reception of death stimuli triggers the activation of initiator caspases, which in turn activate the effector caspases. In Lepidoptera, apoptosis is crucial in processes such as metamorphosis or defending against baculovirus infection. The discovery of p35, a baculovirus protein inhibiting caspase activity, has led to the characterization of the first lepidopteran caspase, Sf-Caspase-1. Studies on Sf-Caspase-1 mode of activation suggested that apoptosis in Lepidoptera requires a cascade of caspase activation, as demonstrated in many other species.</p> <p>Results</p> <p>In order to get insights into this gene family in Lepidoptera, we performed an extensive survey of lepidopteran-derived EST datasets. We identified 66 sequences distributed among 27 species encoding putative caspases. Phylogenetic analyses showed that Lepidoptera possess at least 5 caspases, for which we propose a unified nomenclature. According to homology to their <it>Drosophila </it>counterparts and their primary structure, we determined that Lep-Caspase-1, -2 and -3 are putative effector caspases, whereas Lep-Caspase-5 and -6 are putative initiators. The likely function of Lep-Caspase-4 remains unclear. Lep-Caspase-2 is absent from the silkworm genome and appears to be noctuid-specific, and to have arisen from a tandem duplication of the Caspase-1 gene. In the tobacco hawkmoth, 3 distinct transcripts encoding putative Caspase-4 were identified, suggesting at least 2 duplication events in this species.</p> <p>Conclusions</p> <p>The basic repertoire of five major types of caspases shared among Lepidoptera seems to be smaller than for most other groups studied to date, but gene duplication still plays a role in lineage-specific increases in diversity, just as in Diptera and mammals.</p

Technologie des lames virtuelles

À l’heure où l’e-santé est une part essentielle de la médecine moderne, les lames virtuelles sont devenues un élément clé en anatomie pathologique. La microscopie virtuelle consiste en la numérisation de lames de verre à fort grossissement. Le pathologiste peut ainsi observer ces lames numérisées à très haute résolution sur un ordinateur distant comme s’il utilisait un microscope. Cet article décrit les principes technologiques et les outils informatiques pour numériser et visualiser les lames virtuelles localement ou en réseau. Il fait également le point sur les questions d’assurance qualité, de standardisation et d’intégration des lames virtuelles à grande échelle aux systèmes de soins, d’enseignement et de recherche

Towards Efficient Collaborative Digital Pathology: A Pioneer Initiative Of The FlexMIm Project

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Abeilles : une histoire intime avec l'humanité

Issu du Colloque interdisciplinaire "Sociétés d'abeilles - sociétés humaines. Une interdépendance de la Préhistoire au futur"International audienceL'abeille nous fascine. Et ce n'est pas sans raisons ! L'abeille, or vif bruissant de merveilles, " si fine et si mortelle ", est le seul insecte à entretenir des liens si féconds et intimes avec l'humanité. Les hommes exploitent les produits de la ruche de façon récurrente dès le début du Néolithique. Produisant le nectar des dieux, l'abeille est dotée d'une énergie symbolique positive dans tout l'Occident. Et elle occupe une place essentielle dans les écosystèmes. Par son butinage irremplaçable, elle pollinise et permet la reproduction d'un grand nombre de plantes à fleurs, assurant l'essentiel de la production alimentaire de la planète. Or, aujourd'hui, une énorme menace plane sur la ruche. Victimes de maladies, de parasites, de prédateurs, du changement global... les populations sont décimées. Les causes sont multiples, mais les bouleversements de l'environnement, avec le développement de l'agriculture intensive et l'utilisation massive de pesticides, sont les principaux responsables de ce désastre. Nous redoutons plus que jamais la possible disparition des abeilles. Cet ouvrage collectif, rédigé par des chercheurs du CNRS, de l'Inra et des universitaires, nous dévoile le monde fascinant des abeilles – ce qu'elles ont, ce qu'elles sont et ce qu'elles font –, décrypte les liens qu'elles entretiennent avec la nature et l'humanité, et les dangers qui les guettent et qui nous menacent