Borrelia lusitaniae and Lyme borreliosis in Portugal : a contribution to the study of an emerging bacterial zoonosis with an impact on public health

A borreliose de Lyme, também conhecida como doença de Lyme, é uma doença emergente em algumas regiões do mundo, nomeadamente em Portugal. Caracteriza-se por ser ume patologia multifásica e multissistémica, com manifestações dermatológicas, reumatológicas e cardíacas. O agente etiológico responsável por esta patologia é a bactéria do complexo Borrelia burgdorferi sensu lato (s.l.) que, até ao momento, inclui 16 espécies diferentes. O principal vector é ixodídeo do complexo Ixodes ricinus. O principal objectivo desta dissertação é estudar os aspectos biológicos e moleculares de B. lusitaniae, focando-se essencialmente em dois aspectos, a infecção nos Humanos e o estudo da eco-epidemiologia de B. burgdorferi s.l. em Portugal. Para corresponder aos objectivos acima citados, inicialmente foi realizado um estudo para avaliar o impacto desta doença em Saúde Pública. Como resultado foi possível constatar que, apesar de ser uma doença de notificação obrigatória, a análise dos dados obtidos pelo laboratório de referência CEVDI/INSA entre 1990-2004, relativamente aos casos diagnosticados versus os casos notificados revela que, tal como outras doenças transmitidas por ixodídeos, se trata claramente de uma doença sub-notificada em Portugal. A incidência estimada anual é de 0.4 por 100 000 habitantes, relativamente baixa quando comparada com alguns países europeus. Outro objectivo deste trabalho foi avaliar a potencial acção patogénica de B. lusitaniae. Neste sentido, foi feito um grande esforço para a obtenção de amostras biológicas, posteriormente utilizadas nas tentativas de isolamento. Como resultado, neste trabalho é descrito o segundo caso de isolamento de B. lusitaniae a partir de uma amostra de sangue total de uma doente que apresentava uma vasculite-like, o que confirma que esta genoespécie é patogénica ao Homem. Este caso clínico suporta a hipótese de que as manifestações clínicas associadas à infecção por B. lusitaniae incluem alguns sinais clínicos considerados, até ao momento, inespecíficos no diagnóstico de borreliose de Lyme. De forma a contribuir para o esclarecimento do quadro clínico da borreliose de Lyme em Portugal, dada a elevada prevalência de B. lusitaniae nos ixodídeos, foi realizado um estudo retrospectivo,onde foram analisados 12 doentes com diagnóstico clínico confirmado. Este trabalho permitiu a detecção, pela primeira vez, de DNA de B. afzelii num doente com sintomas neurológicos. Na vertente eco-epidemiológica, foi dada particular importância à identificação das espécies de vectores e hospedeiros vertebrados responsáveis pela circulação destes agentes na natureza. No que se refere aos artrópodes vectores, o estudo realizado nos ixodídeos na Ilha da Madeira e na região sul de Portugal revelou que ambas são regiões importantes para a presença de B. lusitaniae. No entanto, outras genospécies de Borrelia foram detectadas na Ilha da Madeira. Além disso, a espécie I. ricinus foi confirmada como principal vector na transmissão desta zoonose em Portugal. No entanto, outras espécies de ixodídeos, como Dermacentor marginatus, mostraram poder estar também implicadas na transmissão de borreliose de Lyme, uma vez que foi detectado DNA de Borrelia em alguns exemplares. Contudo, a capacidade e competência para transmitir B. burgdorferi s.l. continua desconhecida. A análise das sequências nucleotidicas obtidas a partir dos isolados dos ixodídeos da região sul de Portugal sugerem a presença de algumas espécies recombinantes, o que confirma a presença de variabilidade genética intra-especifica de B. lusitaniae nestas populações Alguns estudos publicados anteriormente demonstraram que por vezes a presença de alguns agentes etiológicos condicionam o ciclo natural de outros agentes. Assim, foi também objecto de estudo investigar a existência de co-infecções nos artrópodes vectores. Nesta dissertação é também descrita pela primeira vez a presença de co-infecções nos ixodídeos de B. lusitaniae com Rickettsia helvetica, R. monacensis ou R. slovaca, sublinhando o possível aumento de infecção em humanos por múltiplos agentes infecciosos. Relativamente ao estudo dos hospedeiros reservatórios, inicialmente foi investigado o papel desempenhado pelas aves limícolas migratórias. Como principais resultados salienta-se que foi possível detectar a presença de DNA de B. garinii em três diferentes géneros (Limosa l. limosa, Limosa l. islandica e Calidris minuta) e de Francisella tularensis subsp. holarctica em um C. minuta, realçando a possibilidade de disseminação de novos agentes infecciosos por estas espécies de aves. Outros estudos direccionados nos animais, provaram o envolvimento dos pequenos mamíferos como potenciais reservatórios de B. lusitaniae, uma vez que foi possível isolar pela primeira vez esta genoespécie a partir de uma amostra de Apodemus sylvaticus. A análise filogenética agrupou este novo isolado perto de outras estirpes de B. lusitaniae isoladas durante o decurso desta dissertação e muito próximas do “cluster” de Norte de África. Foram também obtidas amostras sero-positivas das espécies M. spretus e R. rattus. Este resultado é extremamente importante em termos ecológicos, pois permite conhecer melhor os mecanismos que permitem a manutenção de B. lusitaniae na natureza. A importância das lagartixas, especialmente as pertencentes à espécie Teira dugessi na manutenção da infecção de B. burgdorferi s.l., foi confirmada. O isolamento de B. valaisiana a partir de tecidos de lagartixa e a detecção de DNA a partir de ixodideos colectados destes animais, foi descrito pela primeira vez. No entanto, a análise das sequências nucleotidicas dos isolados obtidos sugerem a co-existência de B. lusitaniae. Este trabalho permitiu ainda detectar DNA de B. lusitaniae nos tecidos e nos ixodídeos das lagartixas, confirmando a possibilidade destes animais servirem como reservatórios desta genoespécie. Os dados obtidos, relativamente a estes estudos, indicam que existe um ciclo silvático específico para B. lusitaniae que é mantido por uma variedade de hospedeiros e reservatórios vertebrados. Muitos aspectos focados neste trabalho necessitam de uma investigação mais detalhada. No entanto, esta dissertação contribuiu para clarificar importantes aspectos epidemiológicos de borreliose de Lyme, essenciais para se estabelecerem medidas de controlo e prevenção, para além de contribuir para o estabelecimento de um diagnóstico clínico e laboratorial mais preciso da doença com impacto na Saúde Pública em Portugal.Lyme borreliosis, is a tick-borne disease caused by Borrelia burgdorferi sensu lato, that is considered an emerging disease in some regions of the world, namely in Portugal. The B. burgdorferi s. l. complex includes 16 different species that are transmitted to the vertebrate host by the tick vector. The principal vector in Europe is Ixodes ricinus. LB is a multisystem disease involving many organs such as the skin, the nervous system, the joints, and the heart. The main goal of this project is to examine specific biological and molecular aspects of B. lusitaniae. The aims of this dissertation are divided into two main topics: Human infection and the eco-epidemiological study of B. burgdorferi s.l. in Portugal. Although LB is a mandatorily notifiable disease in Portugal, the evaluation of CEVDI/INSA data concerning human cases and the number of notified cases shows that this disease is clearly underreported in Portugal. In the period of 1999-2004, the estimated incidence was 0.4 per 100 000 inhabitants, which is relatively low when compared with some endemic countries. In this work it was reported an isolation of B. lusitaniae from a human patient presenting with a vasculitis-like syndrome that confirm the patogenicity of this genospecies. This clinical report supports also the hypothesis that the clinical manifestations associated with infection by B. lusitaniae include some clinical symptoms until this moment considered unspecific for LB. In a prospective study, twelve patients with clinical diagnostic of LB were analysed and enabled the first detection of B. afzelii DNA in a patient with neurological symptoms. A survey of ixodid ticks collected in Madeira Island and southern region revealed that both are hotspot regions for the presence of B. lusitaniae, however other Borrelia genospecies were detected in Madeira Island. Moreover, Ixodes ricinus species was confirmed as the principal vector of this zoonosis in Portugal. Other species such as Dermacentor marginatus were found to contain Borrelia DNA, but the ability of this tick to transmit B. burgdorferi is unknown. The sequences analysis of the isolates obtained from ticks from the southern region reveal that some recombinants strains are present which could indicate that an intersection in the allelic profiles of the B. lusitaniae populations exists. In this dissertation is also described the first report of dual infections of Rickettsia helvetica, R. monacensis and R. slovaca, each of which infected with B. lusitaniae, highlighting the increased likelihood of infection by multiple agents to humans. Concerning the study on migratory shorebirds the detection of B. garinii DNA was observed in three different genera (black-tailed godwits Limosa l. limosa, Icelandic black-tailed godwit Limosa l. islandica and little stints Calidris minuta) and also Francisella tularensis subsp. holarctica DNA in a little stint. The studies conducted in animal species prove the involvement of the small mammals, Apodemus sylvaticus, as a potential reservoir of B. lusitaniae with the first isolate from this animal species. Seropositive samples were obtained from M. spretus and R. rattus species. Phylogenetic analyses grouped this new isolate near other B. lusitaniae strains isolated within this dissertation and most closely aligned to the North African clade. Furthermore the importance of lizards (Teira dugessi) in the maintenance of B. burgdorferi s.l. was confirmed. Potential B. valaisiana isolation from lizard tissues and detection on parasitizing ticks was reported for the first time, but this observation needs conformation. B. lusitaniae DNA was also detected in lizard tissues and in ticks that are collected from them. However, the sequence data from lizards’ isolation suggest the co-existence of B. lusitaniae. This data indicates that there may exist a sylvatic cycle specific to the B. lusitaniae, maintained by a variety of hosts and reservoirs. Many aspects introduced and explored in this work will require more detailed investigations. However, this dissertation contributes to clarify some important epidemiological aspects of the clinical and laboratorial diagnosis of LB, a disease with impact in public health in Portugal.Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge; Fundação para a Ciência e Tecnologia, (FCT),(SFRH / BD / 38369 / 2007); Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa; Centers for Diseases and Control, Fort Collins; Fundação Luso American

Tularémia: uma zoonose emergente?

Descrever a frequência de F. tularensis em Portugal, em amostras humanas, artrópodes vetores e potenciais reservatórios como os lagomorfos silvestres entre 1 de janeiro de 2011 e 15 de junho de 2015.FCT – Fundação para a Ciência e a Tecnologia (projeto PTDC/SAU-ESA/104947/2008; C. Carvalho, bolseira de doutoramento SFRH/BD/79225/2011

Minimization of open orders using interval graphs

In this paper we address an order processing optimization problem known as the Minimization of Open Stacks Problem (MOSP). This problem consists in finding the best sequence for manufacturing the different products required by costumers, in a setting where only one product can be made at a time. The objective is to minimize the maximum number of incomplete orders from costumers that are being processed simultaneously. We present an integer programming model, based on the existence of a perfect elimination order in interval graphs, which finds an optimal sequence for the costumers orders. Among other economic advantages, manufacturing the products in this optimal sequence reduces the amount of space needed to store incomplete orders.Supported by FCT grant SFRH/BD/32151/2006 and IPP grant SFRH/BD/49914/200

Using interval graphs in an order processing optimization problem

In this paper we address an order processing optimization problem known as minimization of open stacks (MOSP). We present an integer pro gramming model, based on the existence of a perfect elimination scheme in interval graphs, which finds an optimal sequence for the costumers orders

A máscara como construção de um sujeito anónimo e rosto de um colectivo

Dissertação apresentada para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Ciências da ComunicaçãoA presente dissertação de mestrado propõe explorar algumas questões relativas ao uso da máscara em protestos sociais na Internet e nas ruas, procurando compreender se pode este objecto “transformar” e garantir o anonimato de quem o enverga e, ao mesmo tempo, ser “rosto” de um corpo de resistência, de um sujeito colectivo. O acto de mascarar constitui, neste estudo, um fenómeno que se aliou ao próprio protesto político, um elemento que esconde e disfarça, preservando o anonimato e que serve, muitas vezes, de símbolo para diversos grupos de intervenção, particularmente, o movimento em estudo, Anonymous. Caracterizado pelo seu carácter activista, aberto e sem qualquer hierarquia, os seus participantes centram-se, pois, no anonimato e na igualdade, quer na Internet, quer nos protestos nas ruas. Ao recorrer ao uso da icónica máscara baseada no rosto de Guy Fawkes, personagem real, a partir de qual Alan Moore e David Loyd criaram o anti-herói da banda-desenhada “V de Vingança” os participantes deram um rosto ao movimento, marcado nomeadamente pela defesa da livre expressão. Assim, tornou-se importante analisar de que forma a Internet, isto é, o espaço virtual, a rede, a comunicação entre indivíduos que é, portanto, mediada pelo computador, possibilita a criação de ambientes onde os indivíduos se sintam parte de uma comunidade onde se partilha uma memória, interesses e objectivos. Para um melhor entendimento da problemática em torno da máscara e do anonimato, pretende-se ainda analisar como é que a Internet se torna um meio propício à adopção de movimentos transgressivos, através, neste caso, do “hacktivismo” e participação na política, tendo como suporte a rede e diversas ferramentas que permitam o anonimato. Pretende-se assim apurar o que é que uniu e em que se fundamentam as ambições dos participantes do grupo, levando a cargo acções de activismo, de resistência, de transgressão e de protesto fora da rede, tendo em conta o uso público do objecto que é a máscara. Perante isto, objectiva-se explorar os processos que levaram à formação de uma identidade colectiva fora da rede, suportada pelo uso da máscara e descobrir de que maneira o encobrimento do rosto e o consequente anonimato pode conferir ao movimento uma identidade, um sentir-comum, uma voz própria, constituindo um “eu” colectivo

Ebolavirus outbreak in West Africa: Portuguese laboratory response overview

The Ebola outbreak in West Africa was the largest and most complex outbreak since the virus was discovered in 1976. First cases were notified in March of 2014 and currently cases are still being reported in the affected countries. To respond to the epidemic of Ebola virus, Portugal created an coordination committee where the National Institute of Health, through the Emergency Response and Biopreparedness Unit (UREB), participated integrating the “Platform Response to Ebola Virus Disease”. This unit is the national reference laboratory for biological events or catastrophes and has skilled professionals, know-how, BSL-3 facilities, capacity to work 24h/7d and trained human resources to increase lab capacity in emergency situations. The laboratory diagnosis capacity includes the detection of bacteria, virus and toxins, which are considered bioterrorism agents, using Microbiology, Immunology and Molecular Biology techniques. elopment of national guidelines and establish an agreement with European reference BSL-4 laboratories for additional tests.N/

Doença inflamatória intestinal: como funciona o tratamento nutricional?

Introduction: Inflammatory bowel disease (IBD) is a chronic inflammatory pathology of the gastrointestinal tract caused by a dysregulated immune response against the commensal intestinal microbiome. The goals of therapy are to achieve and maintain disease remission, preventing its progression. Nutritional therapy is associated with changed intestinal microflora, improved mucosal barrier function and direct anti-inflammatory effect. Aim: To understand the functioning and effectiveness of nutritional treatment in the evolution of inflammatory bowel disease. Review of data on nutritional treatment in pediatric age. Materials and Methods: A bibliographic revision of scientific online reviews was conducted, gathering and comparing different sets of data found in the referred sources. Results: Exclusive enteral nutrition is as effective as corticosteroid therapy in inducing remission of active Crohn's disease. In maintaining remission, data are scarce, but nutritional therapy appears to decrease the risk of relapse. Conclusion: Exclusive enteral nutrition is currently the first line to induce remission of active Crohn's disease and shows a reduced risk of relapse in maintaining remission in children with IBD.Introdução: A doença inflamatória intestinal (DII) é uma patologia inflamatória crónica do trato gastrointestinal, causada por uma resposta imune desregulada contra o microbioma intestinal comensal. Os objetivos da terapêutica são alcançar e manter a remissão da doença, prevenindo a sua progressão. A terapia nutricional está associada a alteração da microflora intestinal, aperfeiçoamento da função de barreira mucosa e efeito anti-inflamatório direto. Objetivo: Compreender o funcionamento e eficácia do tratamento nutricional na evolução da doença inflamatória intestinal. Revisão dos dados relativos a tratamento nutricional em idade pediátrica. Materiais e Métodos: Foi realizada uma revisão bibliográfica sobre o tema nas revistas científicas disponíveis online, reunindo e comparando os diferentes dados encontrados nas fontes de consulta. Resultados: Na indução da remissão da doença de Crohn ativa, a nutrição entérica exclusiva é tão efetiva como a corticoterapia. Na manutenção da remissão, os dados são escassos, mas a terapia nutricional parece diminuir o risco de recaídas. Conclusão: A nutrição entérica exclusiva é atualmente primeira linha para indução da remissão da doença de Crohn ativa e evidencia redução do risco de recaídas na manutenção da remissão em crianças com DII

Demographic and Clinical Characteristics of Mpox Patients Attending an STD Clinic in Lisbon

(This article belongs to the Special Issue Human Monkeypox—an Emerging Zoonotic Disease and a Global Threat)Mpox is a viral disease caused by the monkeypox virus, which marked the year of 2022 with a global outbreak. While previously considered to be a zoonosis of almost exclusive animal-to-human transmission, the current outbreak has been attributed to human-to-human transmission, particularly sexual transmission. As a new sexually transmissible disease, we studied the epidemiological and clinical features, as well as the concomitant occurrence of other sexually transmissible diseases, treatment approach, and outcome of our 291 patients, in the current outbreak. We found a total of 169 concomitant sexually transmissible infections of bacterial and viral origins, corresponding to 107 patients. Neisseria gonorrhoeae was the most common agent, particularly in the anal location. With this work, we emphasize the need for a thorough epidemiological and medical history, as well as a concomitant complete laboratorial screening for other STIs in patients with confirmed or suspected mpox.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

THE MINIMIZATION OF OPEN STACKS PROBLEM

ABSTRACT The Minimization of Open Stacks Problem is a pattern sequencing problem that is based on the premise that the different items obtained from cutting patterns are piled in stacks in the work area until all items of the same size have been cut. Due to space limitations, it is gainful to find a sequence for the patterns that minimizes the number of open stacks. We have developed an integer programming model based on interval graphs that searches for an appropriate edge completion of the given graph of the problem, while defining a suitable coloring of its vertices

Francisella-like endosymbiont in Dermacentor reticulatus collected in Portugal

In Portugal, recent studies have confirmed the presence of Francisella tularensis in Dermacentor reticulatus. Bacterial endosymbionts with significant homology to F. tularensis have been described in several species of ticks. In this work we identified Francisella-like endosymbionts in D. reticulatus ticks (39%), confirming the presence of these bacteria in Portugal. This finding should be considered in future studies using molecular approaches to detect Francisella prevalence in ticks and environmental samples