Bacterial tube-orotracheal biofilms and their antimicrobial sensitivity in two ucis in Bogotá, Colombia

El uso de antibióticos y de dispositivos médicos invasivos contribuye a la aparición de microorganismos resistentes a medicamentos, lo cual dificultan el tratamiento. La neumonía nosocomial, especialmente aquella asociada a ventilación mecánica, es una de las infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS) más frecuente en la unidad de cuidado intensivo (UCI). Las IAAS están ligadas a la hospitalización principalmente en UCIs, y son causa importante de morbilidad y mortalidad. La microbiota de las vías aéreas en pacientes que requieren ventilación mecánica es un grave problema debido a que colonizan y forman biopelículas rápidamente sobre los tubos orotraqueales, donde persisten y pueden contribuir al deterioro del paciente. Dichas comunidades están compuestas por microorganismos de la flora normal del paciente así como de contaminación cruzada con la microbiota del ambiente hospitalario. Las bacterias más prevalentes se encuentran Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumanii entre otros. Previo estudio de los mecanismos de resistencia en estado planctónico y en biopelícula de K. pneumoniae a partir de aislados nativos de pacientes colombianos, conscientes de la importancia y la necesidad de generar estrategias de prevención y tratamientos alternativos o nuevos específicamente en las infecciones generadas alrededor de los dispositivos médicos de uso común a nivel hospitalario, en este proyecto se pretende generar conocimiento nuevo y brindar información útil para el desenlace y pronóstico de los pacientes de las comunidades microbianas en biopelícula sobre el tubo orotraqueal en dos UCIs Médico-Quirúrgicas, un tema que si bien ha sido estudiado a nivel mundial, en Colombia sería uno de los pioneros específicamente en el área de biopelículas sobre dispositivos médicos invasivos usados de rutina a nivel hospitalario. En este estudio de corte prospectiva se realizó la caracterización de las comunidades microbianas de las biopeliculas formadas sobre el tubo endotraqueal obtenidos por cultivo y por secuenciación de la región V3-V4 del gen 16S rRNA, en los pacientes de 2 unidades de cuidado intensivo en Bogotá- Colombia en el periodo comprendido entre diciembre de 2016 y diciembre de 2017, recolectándose 116 muestras de tuos orotraqueales, Aproximadamente la mitad de las muestras correspondieron a microorganismos pertencientes al grupo ESKAPE, K.pneumonia fue el microorganismo mas prevalente en las dos unidades de cuidado intensivo en la evaluación de formación de biopelicula y asi mismo es el de mayor capacidad de formación de la misma seguido por P. aeruginosa. Se realizó la evaluación de la concentración minima de erradicación en biopelicula (MBEC) en 4 cepas ( 2 de cada UCI) y en estado plantónico fueron sensibles a carbapenemico sin embargo en estado de biopelícula aumentan su resistencia hasta 8 veces . Los hallazgos aquí presentados generan un base de información sobe la microbiota en pacientes en UCI que aporta a la comunidad científica y a estudios futuros orientados a generar mejoras en la terapia antibiótica que pueda beneficiar la calidad de vida del paciente y reducir la carga de la enfermedad para el sistema de salud.The use of antibiotics and invasive medical devices contributes to the emergence of drug-resistant microorganisms, making treatment difficult. Nosocomial pneumonia, especially that associated with mechanical ventilation, is one of the most frequent health care associated infections (HAI) in the intensive care unit (ICU). HAIs are linked to hospitalization mainly in ICUs, and are an important cause of morbidity and mortality. The microbiota of the airways in patients requiring mechanical ventilation is a serious problem because they rapidly colonize and form biofilms on the orotracheal tubes, where they persist and can contribute to the deterioration of the patient. These communities are composed of microorganisms from the normal flora of the patient as well as cross-contamination with the microbiota of the hospital environment. The most prevalent bacteria are Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumanii among others. Previous study of resistance mechanisms in planktonic state and in biofilm of K. pneumoniae from native isolates of Colombian patients, aware of the importance and the need to generate prevention strategies and alternative or new treatments specifically in infections generated around medical devices commonly used at the hospital level, this project aims to generate new knowledge and provide useful information for the outcome and prognosis of patients from microbial communities in biofilm on the orotracheal tube in two Medical-Surgical ICUs, a topic that Although it has been studied worldwide, in Colombia it would be one of the pioneers specifically in the area of ​​biofilms on invasive medical devices used routinely at the hospital level. In this prospective study, the characterization of the microbial communities of the biofilms formed on the endotracheal tube obtained by culture and by sequencing the V3-V4 region of the 16S rRNA gene was carried out in patients from 2 intensive care units in Bogotá. - Colombia in the period between December 2016 and December 2017, collecting 116 samples of orotracheal tuos, Approximately half of the samples corresponded to microorganisms belonging to the ESKAPE group, K. pneumonia was the most prevalent microorganism in the two care units intensive in the evaluation of biofilm formation and is also the one with the highest capacity for biofilm formation, followed by P. aeruginosa. The evaluation of the minimum biofilm eradication concentration (MBEC) was carried out in 4 strains (2 from each ICU) and in the plantonic state they were sensitive to carbapenemic, however in the biofilm state they increase their resistance up to 8 times. The findings presented here generate an information base on the microbiota in ICU patients that contributes to the scientific community and to future studies aimed at generating improvements in antibiotic therapy that can benefit the patient`s quality of life and reduce the burden of the disease for the health system.Corpogen - Colciencia

S-allylCysteine Ester/Caffeic Acid Amide Hybrids as Promising Antiprotozoal Candidates: Synthesis, Biological Evaluation and Molecular Modeling Studies

In order to overcome the challenges of discovering new antiprotozoal drugs, we synthesized a new class of hybrids based on S-allylCysteine Ester/Caffeic Acid Amide and evaluated four of them against Trypanosoma cruzi and Plasmodium falciparum. Hybrid 6 exhibited good activity on T. cruzi with an EC50 value of 5.45 µM, whereas hybrid 3 was active over P. falciparum with an EC50 of 18.08 µM. All hybrids displayed a good selectivity index on P. falciparum. Molecular docking computations indicated that several hybrids have good binding affinities towards the protozoa related enzymes (Cruzipain or Falcipain-2) when compared against current inhibitors. In silico studies showed that conjugates 1-3 and 6 fulfilled optimal ADME characteristics, suggesting them as safe alternatives for oral treatment of protozoal infections

Descripción de la micobiota en tubos endotraqueales de pacientes ingresados a unidad de cuidado intensivo en Bogotá – Colombia

Introduction: Colonization by pathogenic microorganisms in medical devices used in the intensive care unit is a risk factor for the increase in infections associated with health care that escalates the morbidity and mortality of intubated patients. In Colombia, fungal colonization of endotracheal tubes has not been described, which could allow inferring new therapeutic options for the benefit of patients.Objective: To describe the fungi that colonize the endotracheal tubes of patients in the intensive care unit, along with their profile of sensitivity to antifungals. Materials and methods: A descriptive observational study was carried out in 2 clinics for 12 months. Endotracheal tubes were collected from patients in intensive care units. These were processed for culture and identification of fungi, and their sensitivity profile to antifungals.Results: 121 endotracheal tubes obtained from 113 patients were analyzed, of which 41.32% were colonized by the fungi Candida albicans (64.62%), Candida non-albicans (30.77%), Cryptococcus (3.08%) and molds (1.54%). All the fungi evaluated presented a high sensitivity to antifungals, on average 91%.Conclusion: Fungal colonization was found in the endotracheal tubes of patients under invasive mechanical ventilation; the sensitivity profile in these patients is favorable. A clinical study is required to find possible correlations between the colonizing microorganisms and their probability of generating infection.Introducción. La colonización por microorganismos patógenos en los dispositivos médicos de uso en la unidad de cuidado intensivo, es un factor de riesgo para el aumento de infecciones asociadas a la atención en salud que aumenta la morbilidad y mortalidad de los pacientes intubados. En Colombia no se ha descrito la colonización por hongos de tubos endotraqueales, lo que podría permitir inferir nuevas opciones terapéuticas en beneficio de los pacientes.Objetivo. Describir los hongos que colonizan los tubos endotraqueales de pacientes en unidad de cuidado intensivo, junto con su perfil de sensibilidad a los antifúngicos.Materiales y métodos. Se realizó un estudio observacional descriptivo, en 2 clínicas, durante 12 meses. Se recolectaron tubos endotraqueales de pacientes de las unidades de cuidado intensivo. Estos fueron procesados para cultivo e identificación de hongos, y su perfil de sensibilidad a antifúngicos.Resultados. Se analizaron 121 tubos endotraqueales obtenidos de 113 pacientes, de los cuales el 41,32% fueron colonizados por los hongos Cándida albicans (64,61%), Cándida no albicans (30,77%), Cryptococcus (3,08%) y mohos (1,54%). Todos los hongos evaluados presentaronuna alta sensibilidad a los antifúngicos, en promedio del 91,00%.Conclusión. Se encontró colonización fúngica en los tubos endotraqueales de pacientes bajo ventilación mecánica invasiva. El perfil de sensibilidad en estos pacientes es favorable. Se requiere un estudio clínico donde se realice la correlación entre los microorganismos colonizadores y su probabilidad de generar infección

Libro Digital Proyectos Posgrados 2015-30

MaestríaDoctoradoDoctor en Ingeniería Eléctrica y ElectrónicaDoctor en Ingeniería CivilDoctor en Ingeniería de Sistemas y ComputaciónDoctor en Ingeniería IndustrialDoctor en Ingeniería MecánicaMagister en Gobierno de Tecnología InformáticaMagister en Ingeniería AdministrativaMagister en Ingeniería AmbientalMagister en Ingeniería CivilMagister en Ingeniería de Sistemas y ComputaciónMagister en Ingeniería EléctricaMagister en Ingeniería ElectrónicaMagister en Ingeniería IndustrialMagister en Ingeniería Mecánic

The risk of COVID-19 death is much greater and age dependent with type I IFN autoantibodies

International audienceSignificance There is growing evidence that preexisting autoantibodies neutralizing type I interferons (IFNs) are strong determinants of life-threatening COVID-19 pneumonia. It is important to estimate their quantitative impact on COVID-19 mortality upon SARS-CoV-2 infection, by age and sex, as both the prevalence of these autoantibodies and the risk of COVID-19 death increase with age and are higher in men. Using an unvaccinated sample of 1,261 deceased patients and 34,159 individuals from the general population, we found that autoantibodies against type I IFNs strongly increased the SARS-CoV-2 infection fatality rate at all ages, in both men and women. Autoantibodies against type I IFNs are strong and common predictors of life-threatening COVID-19. Testing for these autoantibodies should be considered in the general population

The risk of COVID-19 death is much greater and age dependent with type I IFN autoantibodies

International audienceSignificance There is growing evidence that preexisting autoantibodies neutralizing type I interferons (IFNs) are strong determinants of life-threatening COVID-19 pneumonia. It is important to estimate their quantitative impact on COVID-19 mortality upon SARS-CoV-2 infection, by age and sex, as both the prevalence of these autoantibodies and the risk of COVID-19 death increase with age and are higher in men. Using an unvaccinated sample of 1,261 deceased patients and 34,159 individuals from the general population, we found that autoantibodies against type I IFNs strongly increased the SARS-CoV-2 infection fatality rate at all ages, in both men and women. Autoantibodies against type I IFNs are strong and common predictors of life-threatening COVID-19. Testing for these autoantibodies should be considered in the general population