K-meeridel põhinevad meetodid bakterite ja plasmiidide tuvastamiseks

Väitekirja elektrooniline versioon ei sisalda publikatsiooneMikroorganismid on Maad asustanud juba miljardeid aastaid ning neid leidub peaaegu kõikjal. Isegi meie oleme nendega lahutamatult seotud – baktereid elab nii meie nahal kui ka soolestikus. Osad bakteritest võivad aga olla patogeensed ja põhjustada haigusi. Näiteks oli keskajal suure hulga elanikkonnast tapnud Musta Surma põhjustajaks katkubakter Yersinia pestis. Tänapäeval aitavad meid bakterite vastu antibiootikumid, kuid järjest suurem probleem on antibiootikumiresistentsuse laialdane levik. Sellele aitavad kaasa plasmiidid – bakterites olevad DNA järjestused, mis on bakteri enda kromosoomist eraldiseisvad ning mida bakterid võivad kiirelt üksteisele edasi anda. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks oli luua bakterite ja plasmiidide tuvastamiseks meetodid, mis võimaldaksid töötada sekveneerimiskeskuste poolt toodetud toorandmetega. Ülesande lahendamiseks otsustasime kasutada k-meeridel põhinevat analüüsi. K-meer tähistab lühikest DNA juppi pikkusega k nukleotiidi. Pikema DNA järjestuse, näiteks bakterigenoomi, saab jagada lühemateks k-meerideks ning vaadelda seda kui k-meeride kogumit. Sellise lähenemise eeliseks on sõltumatus lugemi pikkusest – kõik lugemid sisaldavad k-meere ning analüüsides k-meeride hulki, on võimalik määrata algse proovi koostis. StrainSeeker on meie töögrupis loodud programm bakteritüvede määramiseks. Me arendasime välja uudse algoritmi, mis näitab proovis esineva bakteri eeldatavat asukohta kasutaja poolt ette antaval fülogeneetilisel puul. Lõime ka visuaalse kasutajaliidesega veebiserveri. Plasmiidide tuvastamiseks eeldasime, et plasmiidide arv bakteri rakus on tavaliselt suurem bakteri kromosoomi omast, seega võiks ka plasmiidi k-meeride keskmine esinemissagedus olla suurem kui bakteri kromosoomi k-meeride puhul. Me testisime oma programmi, mis sai nimeks PlasmidSeeker, nii simuleeritud kui ka reaalsete bakteri täisgenoomi sekveneerimisandmestikega, millede puhul oli teada proovide tegelik koostis. PlasmidSeeker leidis üles kõik proovides olnud plasmiidid ning määras täpselt ka nende koopiaarvu. Kokkuvõttes oleme oma tööga andnud panuse arvutuslikku mikrobioloogiasse, luues uued võimalused bakteriaalsete proovide analüüsiks.Microbes have roamed Earth for billions of years and can be found almost anywhere. They are present even on our skin and in our gut. However, some bacteria can be pathogenic and cause diseases. For instance, the Black Death, which killed millions during the Middle Ages, was caused by the bacterium Yersinia pestis. Nowadays, antibiotics protect us against the bacterial threat, but a new problem is looming – widespread antibiotic resistance. This is partly facilitated by plasmids – DNA sequences which are separate from the bacterial chromosome and can be readily passed from one bacterium to the other. The general goal of this work was to develop methods for the identification of bacteria and plasmids from raw data produced by sequencing centers. We decided to use k-mer based analysis for this task. K-mer itself is simply a short stretch of DNA with a length of k nucleotides. A long DNA sequence, such as a bacterial genome, can be divided into shorter k-mers and analyzed as a whole. This has the advantage of not being limited by read length – any read contains k-mers and by analyzing these, we can identify the contents of the sample. StrainSeeker is a bacterial identification program developed by our group. We developed a novel algorithm that predicts the location of an isolated bacterium on the user-provided phylogenetic tree. Also, we created a web server with a visual interface for users with limited bioinformatics experience. For plasmid detection, we assumed that the plasmid copy number is usually higher compared to the bacterial chromosome. This means that the average frequency of plasmid k-mers should also be higher than the frequency of chromosomal k-mers. We named the program PlasmidSeeker and tested it with real and simulated bacterial whole genome sequencing samples, in which the real plasmid content was known. PlasmidSeeker detected all plasmids and accurately estimated their copy numbers. With our work, we have made a contribution to the field of computational microbiology and provided novel means for the analysis of bacterial samples

Basic Principles in Microvascular Anastomosis and Free Tissue Transfer

Free tissue transfer pursues the best functional and aesthetic results in reconstructive surgery. As these techniques completely maximise the donor tissues’ disposability, these treatments have become a first-line option in many situations. When the donor site is taken form the same patient, these surgeries are often referred to as autotransplants. Free tissue transfer sustains in microvascular anastomosis, which are defined by a vessel lumen diameter inferior to 3 mm. Particular attention to some details is important in these techniques, as, for example, to preclude any damage to the vessel walls or any leakage in the microvascular anastomosis. But the success of these techniques does not only depend on an adequate vascular suture, but also on a constellation of details that must be taken into account. These go from the availability of a trained team, to the ergonomics of the surgeon, through the scrupulous cleanliness of the surgical field

La evaluación de los aprendizajes: una experiencia concreta, la evaluación del aprendizaje en la asignatura de Derecho Constitucional

Vicerrectorado de Investigación UFVpre-prin

Atención farmacéutica domiciliaria

Introducción: El envejecimiento de la población española ha conducido al aumento de un colectivo especialmente vulnerable desde el punto de vista sanitario, el de las personas ancianas. Las diversas patologías que sufren llevan al empleo de múltiples fármacos y al impedimento de acudir a la Oficina de Farmacia, lo cual aumenta la probabilidad de sufrir reacciones adversas, interacciones y confusiones en la medicación. Por tanto se requiere el desarrollo de programas de Atención Farmacéutica Domiciliaria, que faciliten el correcto uso de los medicamentos a las personas ancianas. Material y métodos: Búsqueda bibliográfica de documentos relacionados con el tema tratado en varias fuentes de internet, de las cuales las más empleadas han sido: PubMed, Google Schoolar, revistas farmacéuticas especializadas (Correo Farmacéutico, El farmacéutico, El Global, PortalFarma). Se llevaron a cabo entrevistas con personas implicadas en proyectos similares: Baltasar Pons (Farmacéutico titular de Oficina de Farmacia en Palma de Mallorca) y Carlos Albajar Viñas (Director de Desarrollo de Negocio Y Comercial de Logista Pharma). Resultados y discusión: se han estudiado los diferentes aspectos a tener en cuenta en el desarrollo de un programa de Atención Farmacéutica Domiciliaria: fases del servicio, cartera de servicios ofertados, medios materiales necesarios y financiación. El presente documento obtendrá su importancia, en la medida que sea tomado como guía por aquellos profesionales que deseen desarrollar el programa con el fin de garantizar una atención de la mayor calidad posible a los pacientes ancianos

Análisis jurídico-constitucional sobre la familia en el ámbito nacional e internacional. Propuestas para una futura regulación sobre la institución familiar

Con el objetivo de inspirar una futura regulación sobre la familia que subsane la infrafinanciación histórica que las políticas familiares han tenido en España, y lograr que esta institución esencial de nuestra sociedad obtenga un nivel de protección homologable al resto de países de la Unión Europea, hemos analizado desde una perspectiva constitucional la evolución tanto a nivel nacional como internacional de la legislación relativa a la familia y a sus miembros. Recibido: 11.03.2024 Aceptado: 10.05.202

El hombre y el Estado. El cristianismo y la libertad religiosa.

El artículo analiza la posición del hombre en las distintas etapas de la historia en el desarrollo jurídico- político de la organización del poder político, deteniéndonos en el impacto que ocasiona el Cristianismo no sólo en la historia, también en la relación del hombre con el Estado y su actuación como ciudadano. La autora realiza una lectura centrada en el concepto del hombre, de su religión y de las relaciones con la comunidad y el Estado del que forma parte, teniendo presente que en pura teoría política, cualquier opción del Estado en relación con las religiones de los ciudadanos es posible, pero también que la opción del Estado no es neutra, lo que implica la necesidad de afirmar el principio de libertad religiosa.The paper analyzes the development of men in various stages of history in the legal and political organization system, stopping on impact caused by Christianity, not only in history, but also in man´s relationships with the state and it´s actions as a citizen. The author conducted a reading centered on the concept of man, his religion and relationships with the community and the state to wide it belong, considering that in pure political theory, every option of the State related to the religion it´s possible, but the choice is not neutral, which implies to recognize the principle of religious freedom.post-print420 K

Vozes violentas, vidas caladas

Trabalho de Conclusão de Curso, apresentado para obtenção do grau de Bacharela no curso de Teatro da Universidade do Extremo Sul Catarinense, UNESC.Este memorial é sobre uma performance apresentada e, excepcionalmente, gravada, que aborda uma problemática dos membros da comunidade LGBTQIA+, indivíduos que compõem uma das minorias sociais afetadas pelo preconceito e a pela violência, devido ao seu gênero, orientação sexual ou ambos. Aqui, conceituo relatos da minha experiência com a apresentação do “O papel de cada um”, teorias do conceito de gênero na percepção de diferentes autores e uma pesquisa quantitativa sobre a violência contra membros da comunidade LGBTQIA+, juntamente com relatos de agressões e óbitos dessas pessoas. Para a criação desta ação foram utilizados áudios que contêm imposições sociais, preconceito e violência que são reproduzidos durante toda a apresentação. Por fim, trata-se de um trabalho que será direcionado às pessoas que apoiam direitos LGBTQIA+ e buscam cada vez mais por respeito, igualitariedade e justiça

Weakneses and strengths of pharmacological therapy of attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) in childhood

[ES]El TDAH es un trastorno neurobiológico que se inicia en la infancia y puede continuar en la edad adulta. Actualmente, se diagnostica de forma clínica, a través de los criterios que aparecen recogidos en la quinta edición del Manual diagnóstico y estadístico de los trastornos mentales (DSM-V) o, a través de los criterios del Sistema de Clasificación Internacional de los Trastornos Mentales (CIE-10). Se considera que las causas genéticas juegan un importante papel en este trastorno. El TDAH se relaciona con una falta de dopamina y noradrenalina en unas determinadas zonas del cerebro, por lo tanto, los fármacos que se usan en el tratamiento aumentan, a través de diversos mecanismos, los niveles de estos neurotransmisores. En España, hay cuatro fármacos indicados en el tratamiento del TDAH infantil: el metilfenidato, la lisdexanfetamina dimesilato, la atomoxetina y la guanfacina. Los dos primeros se pueden englobar dentro del grupo de fármacos estimulantes y presentan una mayor eficacia que los dos últimos, que pertenecen al grupo de fármacos no estimulantes. Los efectos adversos que presentan estos cuatro fármacos suelen ser leves y tienden a minimizarse o desaparecer en la primera o segunda semana de tratamiento[EN]ADHD is a neurobiological disorder that begins in childhood and can continue into adulthood. Currently, it is diagnosed clinically, through the criteria that appear in the fifth edition of the Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders (DSM-V) or, through the criteria of the International Classification System of Mental Disorders (ICD-10). Genetic causes are considered to play an important role in this disorder. ADHD is associated with a lack of dopamine and noradrenaline in certain areas of the brain, therefore, the drugs used in the treatment increase, through various mechanisms, the levels of these neurotransmitters. In Spain, there are four drugs indicated in the treatment of childhood ADHD: methylphenidate, lisdexanfetamine dimesilate, atomoxetine and guanfacine. The first two can be included within the group of stimulant drugs and are more effective than the last two drugs belonging to the group of non-stimulant drugs. The adverse effects of these four drugs are usually mild and tend to be minimized or disappear in the first or second week of treatmen

Protective Liberalization : the state and the Mexican petrochemical industry 1958-2000

This thesis follows and analyses the involvement of both social actors and the state in the industrial transformation of Mexico. While these actors have been key associates in the development of the Mexican economy for decades, with the 1982 debt crisis, and especially after the promotion of a structural reform in 1986, the patterns of their involvement changed. However, this change was more limited than expected, and the state did not abandon its participation in some key industrial sectors. This thesis will demonstrate that the role of the state remained important during the process of change towards an Export-Oriented developmental paradigm, although the state continued to participate in fashioning social relations, it did so in new ways that can be termed “protective liberalization.”Cette thèse évalue et analyse la participation des acteurs sociaux et de l'État dans la transformation industrielle du Mexique. Alors que durant plusieurs décennies ces acteurs on été des partenaires stratégiques dans le développement de l’économie mexicaine, avec la crise de la dette de 1982 et spécialement suite à la réforme structurelle de 1986, le modèle de leur participation a changé. Néanmoins, ce changement a été plus limité que prévu et l‘État n‘a pas abandonné sa participation dans certains secteurs industrielles clés. Cette thèse démontre que le rôle de l’État n’a pas perdu de son importance pendant le transfert vers un paradigme du développement orienté vers l’exportation et que même si l ́État a continué à participer dans la structuration des relations sociales, cela c’est fait d’une nouvelle manière que l'on pourrait dénommer “libéralisation protective”