Mapping roles of active site residues in the acceptor site of the PA3944 Gcn5-related N-acetyltransferase enzyme.

An increased understanding of how the acceptor site in Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) enzymes recognizes various substrates provides important clues for GNAT functional annotation and their use as chemical tools. In this study, we explored how the PA3944 enzyme from Pseudomonas aeruginosa recognizes three different acceptor substrates, including aspartame, NANMO, and polymyxin B, and identified acceptor residues that are critical for substrate specificity. To achieve this, we performed a series of molecular docking simulations and tested methods to identify acceptor substrate binding modes that are catalytically relevant. We found that traditional selection of best docking poses by lowest S scores did not reveal acceptor substrate binding modes that were generally close enough to the donor for productive acetylation. Instead, sorting poses based on distance between the acceptor amine nitrogen atom and donor carbonyl carbon atom placed these acceptor substrates near residues that contribute to substrate specificity and catalysis. To assess whether these residues are indeed contributors to substrate specificity, we mutated seven amino acid residues to alanine and determined their kinetic parameters. We identified several residues that improved the apparent affinity and catalytic efficiency of PA3944, especially for NANMO and/or polymyxin B. Additionally, one mutant (R106A) exhibited substrate inhibition toward NANMO, and we propose scenarios for the cause of this inhibition based on additional substrate docking studies with R106A. Ultimately, we propose that this residue is a key gatekeeper between the acceptor and donor sites by restricting and orienting the acceptor substrate within the acceptor site

Mapping Roles of Active Site Residues in the Acceptor Site of the PA3944 Gcn5-Related N-Acetyltransferase Enzyme

An increased understanding of how the acceptor site in Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) enzymes recognizes various substrates provides important clues for GNAT functional annotation and their use as chemical tools. In this study, we explored how the PA3944 enzyme from Pseudomonas aeruginosa recognizes three different acceptor substrates, including aspartame, NANMO, and polymyxin B, and identified acceptor residues that are critical for substrate specificity. To achieve this, we performed a series of molecular docking simulations and tested methods to identify acceptor substrate binding modes that are catalytically relevant. We found that traditional selection of best docking poses by lowest S scores did not reveal acceptor substrate binding modes that were generally close enough to the donor for productive acetylation. Instead, sorting poses based on distance between the acceptor amine nitrogen atom and donor carbonyl carbon atom placed these acceptor substrates near residues that contribute to substrate specificity and catalysis. To assess whether these residues are indeed contributors to substrate specificity, we mutated seven amino acid residues to alanine and determined their kinetic parameters. We identified several residues that improved the apparent affinity and catalytic efficiency of PA3944, especially for NANMO and/or polymyxin B. Additionally, one mutant (R106A) exhibited substrate inhibition toward NANMO, and we propose scenarios for the cause of this inhibition based on additional substrate docking studies with R106A. Ultimately, we propose that this residue is a key gatekeeper between the acceptor and donor sites by restricting and orienting the acceptor substrate within the acceptor site

Gcn5-Related N-Acetyltransferases (GNATs) With a Catalytic Serine Residue Can Play Ping-Pong Too

Enzymes in the Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) superfamily are widespread and critically involved in multiple cellular processes ranging from antibiotic resistance to histone modification. While acetyl transfer is the most widely catalyzed reaction, recent studies have revealed that these enzymes are also capable of performing succinylation, condensation, decarboxylation, and methylcarbamoylation reactions. The canonical chemical mechanism attributed to GNATs is a general acid/base mechanism; however, mounting evidence has cast doubt on the applicability of this mechanism to all GNATs. This study shows that the Pseudomonas aeruginosa PA3944 enzyme uses a nucleophilic serine residue and a hybrid ping-pong mechanism for catalysis instead of a general acid/base mechanism. To simplify this enzyme’s kinetic characterization, we synthesized a polymyxin B substrate analog and performed molecular docking experiments. We performed site-directed mutagenesis of key active site residues (S148 and E102) and determined the structure of the E102A mutant. We found that the serine residue is essential for catalysis toward the synthetic substrate analog and polymyxin B, but the glutamate residue is more likely important for substrate recognition or stabilization. Our results challenge the current paradigm of GNAT mechanisms and show that this common enzyme scaffold utilizes different active site residues to accomplish a diversity of catalytic reactions

« Langue et culture, deux notions différentes ou deux aspects d’une même problématique ? »

International audienceL’apparition de l’homme et de la femme sur terre ainsi que leur comportement différencié au regard des autres êtres vivants, au premier rang desquels se trouve le langage associé à la pensée, ont conduit au fur et à mesure de leur évolution, à envisager les liens qui existent entre ces notions et leurs créations/manifestations, tant elles sont influencées par les bouleversements des sociétés et des comportements. Ainsi, la langue et la culture représentent des domaines de recherche à part entière mais, dans la pratique, il convient de les mettre en parallèle voire de les confronter, dans le but de les enrichir et de mettre en valeur leurs atouts. Dans la dynamique de la recherche, la langue et la culture sont deux éléments fondateurs du patrimoine qui font l’essence d’un peuple. De plus, chaque postulat doit être confronté à la réalité et à l’usage, de façon à pouvoir avancer, disposer des moyens nécessaires à la transmission d’une vision spécifique du monde et relever les défis de chaque époque

Unele observaţii asupra limbii şi a locului provensalei, cu varietatea ei nisardă, printre limbile romanice

International audienceDans cet article, l’objectif est de montrer l’importance qui doit être accordée à la comparaison et à l’étude des langues romanes, de façon à être en mesure de mettre en évidence leurs points de convergences, en particulier dans le domaine roman. Ainsi, dans une certaine mesure, on peut contribuer aussi à une meilleure connaissance de la langue-mère du latin, l’indo-européen. La fragmentation progressive des langues et la différenciation dialectale, avec l’apparition des langues nouvelles, au cours du temps, soulignent la nécessité de confronter les théories à la pratique des natifs, dans le domaine de la norme comme dans celui de la variation langagière. En matière de recherche, la connaissance des niveaux de fragmentation dialectales contribue à une meilleure approche synchronique et de la linguistique en général

Câteva observaţii asupra revistei "Convorbiri literare" şi asupra limbii române din a doua jumătate a secolului al XIX-lea

International audienceDans cet article, l’objectif a été d’étudier les caractéristiques de la langue roumaine parlée en Moldavie dans la seconde moitié du XIXe siècle, à partir de la revue « Convorbiri literare » [paru en 1892 dans un volume double], dans le contexte d’une relatinisation de la langue et d’une influence française concurrencée par l’allemande. La revue « Convorbiri literare » témoigne d’une volonté de ses auteurs et de ses collaborateurs de participer activement au processus en cours de normalisation de la langue littéraire et de l’affirmation du principe esthétique, tout en laissant percevoir les difficultés qui ont jalonné cette immense tâche. En matière de recherche, la connaissance de la norme et des absences ou des lacunes dans celle-ci permettent de souligner le processus d’évolution du lexique et de la grammaire, en proie à l’hésitation entre les standards, l’usage et les particularismes locaux ou spécifiques à un auteur

La parabole, perspectives linguistiques et culturelles à travers quelques auteurs valaques et moldaves

International audienceMany authors have stood out, particularly during former times, by displaying specific situations with didactic or moral meanings, through different stylistic processes, such as the parable. The origins and motivations of the parable show the authors’ creativity in various fields and isolate the parable from other linguistics processes. A different context, from one part to another, of the Roman Empire, generated by its fragmentation and by the various influences that shaped the languages and the cultures of those peoples in contact, lead to the loss, in some way, of several sources that were rediscovered after the eastern Roman Empire and that spread through manuscripts and printing. The Romanian field, represented in the former period, by the historical Provinces of Valachia, Moldova and Transylvania, connected with the eastern part of the Romanic area and submitted, more often, to the ottoman authority and to the neighbouring european powers, take part in that movement of expression through the parable marked by this very eastern context. The parable displays once again the intermediation role played by the Romanians, thanks to their geographical situation at the crossroads of eastern and southern cultures. Our objective will consist in studying extracts from masterpieces belonging to some Romanians writers, in order to exemplify some of the characteristics of the parable applied to the Romanian world, together with both its similarities and differences when compared to other European countries, from the former times to present days. It will also allows us to throw into sharp relief the characteristics of the ancient Romanian language, on both sides of the Carpathian Mountains, influenced by slavonic languages, even in its « clothing items», by the Byzantium, and more recently by some other langugages, but still deeply Latin in its structure.De nombreux auteurs se sont illustrés, en particulier au cours des temps anciens, dans la mise en évidence de situations spécifiques à contenu didactique ou moral, en utilisant différents procédés stylistiques, dont la parabole. Les origines et les motivations de la parabole témoignent de la créativité des auteurs dans des domaines divers et isolent la parabole d’autres procédés langagiers. Un contexte différent, de part et d’autre, de l’Empire romain, issu de sa fragmentation et des diverses influences qui ont modelé les langues et les cultures des peuples en contact, a entraîné la perte, à un certain niveau, de sources qui ont ensuite été retrouvées après la chute de l’Empire romain d’orient et se sont diffusées par le biais des manuscrits et de l’imprimerie. Le domaine roumain, représenté, dans la période ancienne, par les provinces historiques de Valachie, de Moldavie et de Transylvanie, rattaché à la partie orientale de cette latinité et soumis, bien souvent, à l’autorité ottomane et aux puissances européennes limitrophes, participe à ce mouvement d’expression par la parabole empreinte du contexte spécifiquement oriental. La parabole illustre aussi à nouveau le rôle d’intermédiaires des Roumains, de par leur situation aux croisées des chemins entre l’Orient et l’Occident. Notre objet consistera à étudier différents fragments d’œuvres de ces auteurs roumains, afin d’exemplifier certaines des caractéristiques de la parabole appliquées au monde roumain, avec ses convergences et ses divergences vis-à-vis d’autres contrées européennes, depuis la période ancienne jusqu’à nos jours. Cela permettra aussi de mettre en évidence des caractéristiques de la langue ancienne roumaine, de part et d’autre des Carpates, influencée par le slave, y compris dans son « vêtement » et Byzance mais profondément latine dans sa structure, et par d’autres langues durant la période plus récente

LA LANGUE ROUMAINE À TRAVERS LE MANUSCRIT 109 DES ENSEIGNEMENTS DE NEAGOE BASARAB : MARQUES CONVENTIONNELLES DE COUPURE ET MOTS COMPOSÉS SOUDÉS OU SÉPARÉS DE TRAITS D’UNION

International audienceDans cette intervention, l'auteur a pour objectif de présenter certains aspects spécifiques du manuscrit 109 [p.2r-66r] des Enseignements de Neagoe Basarab, relatifs à la langue et, en particulier, à la coupure de mots conventionnelle et aux modalités de formation d'unités lexicales composées, au cours du temps. La présence aléatoire de signes typographiques divers (. , : =), dans le titre et dans le corps du manuscrit, témoigne du fait qu'il a été rédigé à une étape au cours de laquelle la normalisation n'est pas encore achevée et à un moment où leurs rôles dans la phrase pouvaient être potentiellement différents. Tout au long du fragment choisi, des mots sont scindés ou réunis, avec ou sans trait d'union, ou avec certains des signes typographiques mentionnés supra, ce qui correspond à des hésitations du copiste ou à une évolution dans l'usage de la langue. L'analyse des termes donnera l'occasion de mettre en évidence des tendances récurrentes mais aussi des variations, dans un contexte où de nombreuses formes ne sont pas non plus totalement normalisées et continuent à évoluer dans la période postérieure marquée par le remplacement de l'alphabet cyrillique par l'alphabet naturel, latin, jusqu'à l'époque contemporaine. Des points de vue diachronique et synchronique, cet article aura la volonté de montrer l'actualité et l'importance de l'étude des ouvrages manuscrits et des auteurs anciens, à un momentclef pour la langue roumaine où elle se réorientait vers la latinité

Nouvelles recherches faites en 1927 sur le mode de construction du rempart nord du camp de Chassey

Variot G. Nouvelles recherches faites en 1927 sur le mode de construction du rempart nord du camp de Chassey. In: Bulletins et Mémoires de la Société d'anthropologie de Paris, VII° Série. Tome 9 fascicule 1-3, 1928. pp. 9-13