Visita Exploratória ao Wye College

No seguimento de um conjunto de informações que diariamente chega aos nossos gabinetes tivemos conhecimento da existência de um convénio de cooperação entre o ICCTI (Instituto de Cooperação Científica e Tecnológica Internacional) do Ministério da Ciência e Tecnologia e a British Council, para a realização de visitas exploratórias por docentes e investigadores de Portugal e do Reino Unido. Decidimos, então, aproveitar esta iniciativa, pelo que, iniciámos contactos com o Wye College da Universidade de Londres, onde já tínhamos alguns conhecimentos, para organizarmos uma visita exploratória e conhecermos "in loco" a realidade desta Instituição no domínio científico e pedagógico nas áreas da Economia e das Tecnologias Agro-Alimentares, Rurais e Regionais. Estes contactos foram realizados junto do professor Derek Ray que desde a primeira hora se disponibilizou para nos receber com muito agrado. Feitos os contactos concorremos às bolsas do referido convénio e acertámos a visita com êxito na semana de 20 a 27 de Novembro de 1999

Continuous Application Delivery in Hybrid Environments

The use of hybrid deployment models is becoming a standard since it provides many benefits regarding on-demand scalability, high availability, and reliability. However, the management of resources (application specifications and infrastructure details) in a hybrid environment is a complex task since interfaces vary depending on the ven dor. Therefore, continuous practices already established must be adjusted whenever new interfaces are to be supported. This work aims to explore how a deployment process can be improved regarding the adoption of hybrid environments at the host organization DevScope, producing a proof of concept capable of explaining how this improvement can be achieved. A Components-of-the-Shelf (COTS) approach is followed for developing the solution that relies on different technologies to achieve the expected results. The proof of concept consists of deploying the infrastructure that supports the new deployment process and the orchestration of the components to enable the delivery of applica tions to the environments. Terraform is used to define and deploy the infrastructure, and KubeVela is the technology used for managing applications. The implementation of the solution made it clear that managing applications in heterogeneous platforms is not easy. After some experimentation and answers to a prepared questionnaire regarding the new deployment process, it was possible to conclude that the solution still has a margin for improvement and that some technologies are projects still being actively improved. Although KubeVela is not polished enough, it was possible to verify that it is easily extendable and that more scenarios for specific applications can be added when needed. The obtained results are relevant for future studies and will contribute to a better understanding of how the delivery of multiple applications can be homogenized. It also helps to address other problems, such as oversimplification of deployments, losing important infrastructure-based details, and the associated learning curve to deploy a complex application.A utilização de estratégias híbridas de implantação está a crescer gradualmente, uma vez que proporciona muitos benefícios em termos de escalabilidade, alta disponibilidade e fiabilidade. No entanto, a gestão de recursos (especificações da aplicação e detalhes da infraestrutura) num ambiente híbrido é uma tarefa complexa, uma vez que as interfaces variam consoante o fornecedor, pelo que as práticas contínuas já estabelecidas devem ser ajustadas sempre que novas interfaces necessitam de ser suportadas. Este trabalho visa explorar a forma como o processo de implementação pode ser melhorado relativamente à adoção de ambientes híbridos na DevScope. Foi adoptada uma abordagem “Components-of-the-Shelf” (COTS) para desenvolver a solução, que se baseia em diferentes tecnologias para alcançar os resultados esperados. A prova de conceito consistiu na implementação da infraestrutura que suporta o novo processo de implementação e na preparação dos componentes para permitir a entrega de aplicações aos ambientes. O Terraform foi utilizado para definir e implementar a infraestrutura e a principal tecnologia utilizada para gerir as aplicações foi o KubeVela. A implementação da solução tornou mais claro que a gestão de aplicações em plataformas heterogéneas não é fácil. Após alguma experimentação e respostas a um questionário preparado sobre o novo processo de implementação, foi possível concluir que a solução ainda tem margem para melhorias e que algumas tecnologias são projectos que estão a ser ainda ativamente melhorados. Embora o KubeVela não esteja suficientemente polido, foi possível verificar que é facilmente extensível e que podem ser adicionados mais cenários para aplicações específicas quando necessário. Os resultados obtidos são relevantes para estudos futuros e contribuirão para uma melhor compreensão de como a entrega de várias aplicações pode ser homogeneizada. Também ajudarão a resolver outros problemas, como a simplificação excessiva das implementações, a perda de alguns pormenores importantes baseados na infraestrutura e a curva de aprendizagem associada à implementação de uma aplicação complexa

Bipartição de redes de pequeno mundo

We studied the bipartitioning of small-world networks. We generated small-world networks from a square lattice via a modified Watts- Strogatz algorithm. We compared several partitioning algorithms, such as Monte Carlo with Kawasaki dynamics and Simulated Annealing, Extremal Optimization and Multilevel K-way partitioning. We obtained the critical percolation values of the mean degree and the threshold partition values for several networks in the continuum between a square lattice and a random network. We obtained the exponents of the minimum partition cost as a function of the mean degree in the vicinity of the bipartition threshold, as well as the exponent of finite size scaling. To the best of our knowledge, this is the first work to tackle this issue. We observed that all small-world networks have the same exponents, different from those of the square lattice, regardless of the number of modified edges. The values for the exponents of the random network are in accordance with previous results.Neste estudo, investigámos a bipartição de redes de pequeno mundo. Utilizámos um modelo de Watts-Strogatz modificado para a geração de redes de pequeno mundo a partir de redes quadradas. Comparámos vários algoritmos de partição, tais como Monte Carlo com dinâmica Kawasaki e Simulated Annealing, Extremal Optimization e Multilevel K-way Based Partitioning. Obtivemos os valores críticos do grau médio das redes na transição de percolação e os valores limite na transição de partição para redes ao longo do espetro entre uma rede quadrada e uma rede aleatória. Obtivemos os expoentes de variação do custo de partição mínimo em função da grau médio da rede na proximidade do valor limite de partição, assim como o expoente de escalonamente em função do tamanho da rede. Este é o primeiro trabalho a estudar este problema, tanto quanto sabemos. Observou-se que as redes modificadas apresentam os mesmos expoente, independemente do número de arestas modificadas, enquanto que a rede quadrada tem um comportamento distinto de todas as redes de pequeno mundo. Os valores dos expoentes para a rede aleatória estão em concordância com resultados prévios.Mestrado em Físic

Combining evolutionary algorithms with reaction rules towards focused molecular design

Designing novel small molecules with desirable properties and feasible synthesis continues to pose a significant challenge in drug discovery, particularly in the realm of natural products. Reaction-based gradient-free methods are promising approaches for designing new molecules as they ensure synthetic feasibility and provide potential synthesis paths. However, it is important to note that the novelty and diversity of the generated molecules highly depend on the availability of comprehensive reaction templates. To address this challenge, we introduce ReactEA, a new open-source evolutionary framework for computer-aided drug discovery that solely utilizes biochemical reaction rules. ReactEA optimizes molecular properties using a comprehensive set of 22,949 reaction rules, ensuring chemical validity and synthetic feasibility. ReactEA is versatile, as it can virtually optimize any objective function and track potential synthetic routes during the optimization process. To demonstrate its effectiveness, we apply ReactEA to various case studies, including the design of novel drug-like molecules and the optimization of pre-existing ligands. The results show that ReactEA consistently generates novel molecules with improved properties and reasonable synthetic routes, even for complex tasks such as improving binding affinity against the PARP1 enzyme when compared to existing inhibitors.Centre of Biological Engineering (CEB, University of Minho) for financial and equipment support. Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) under the scope of the strategic funding of UIDB/04469/2020 unit and through a Ph.D. scholarship awarded to João Correia (SFRH/BD/144314/2019). European Commission through the project SHIKIFACTORY100 - Modular cell factories for the production of 100 compounds from the shikimate pathway (Reference 814408).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

O mediador de seguros e a fidelização

A temática do presente trabalho centra-se na fidelização do cliente ao mediador de seguros e análise da respetiva satisfação. Recorreu-se à revisão de literatura com intuito de ajudar a compreender melhor os conceitos com relevo para o estudo, como a satisfação e a fidelização. Realizou-se um estudo junto de clientes, de uma companhia de seguros do distrito de Bragança, objetivando avaliar o grau de satisfação e de fidelização bem como a exposição dos mediadores de seguros a ameaça de novos players no mercado como canais de distribuição alternativos e emergentes. Saber até que ponto o aumento exponencial de utilizadores da internet, com acesso cada vez mais universal e facilitado em todo o tipo de ambiente, potenciado com o surgimento de novas tecnologias (smartphones, tablets), ferramentas informáticas, o crescimento das empresas que operam via telefone, com publicidade ‘agressiva’ e baixos custos, e os canais bancário, telefónico e internet são uma ameaça real à atividade em análise. Desta forma, o estudo assentou na aplicação de um inquérito por questionário a uma amostra residente no distrito de Bragança com mais de 20 anos de idade. Foram aplicados 500 questionários, número entendido como necessário para que a amostra possa inferir resultados fiáveis à população, tendo-se assumido um erro amostral de 4,37% e um nível de significância de 5%. Os questionários foram distribuídos pelos diferentes concelhos do distrito de Bragança levando em linha de conta o peso proporcional populacional de cada um deles face ao total do distrito. Os principais resultados inferem que o canal de mediação agentes é o preferencial dos inquiridos valorizando estes sobretudo a prestação de serviço adequada às suas necessidades, a autonomia e eficiência do agente e a disponibilidade para serem atendidos a qualquer hora do dia pelo agente. É atribuída aos agentes, pelos inquiridos, elevada capacidade para informar sobre produtos e serviços e resposta às solicitações dos clientes, revelando uma satisfação global positiva com o agente e seguradoras. Os canais emergentes (bancário, telefónico e internet) não se apresentam como uma ameaça imediata ao canal de mediação tradicional de agentes chegando a considerar-se o agente como imprescindível para a atividade seguradora. Os inquiridos estão globalmente satisfeitos com as seguradoras e mediadores. No que diz respeito a Fidelização conclui-se que o cliente encontra-se mais fidelizado ao mediador do que às seguradoras.The topic of this work focuses on the loyalty of the customer to the intermediary insurance and analysis of respective satisfaction. Resorted to the literature review with a view to help better understand the concepts with emphasis on the study, such as satisfaction and loyalty. A study was conducted with customers of an insurance company the district of Bragança, to evaluate the level of satisfaction and loyalty. As well as exposure of insurance intermediaries to the threat of new players in the market as alternative distribution channels and emerging. Know to what extent the exponential growth of Internet users, with more and more universal and easy in any environment type access, enhanced with the emergence of new technologies (smartphones, tablets), computer tools, the growth of companies that operate via telephone, aggressive’ advertising ‘and low costs, and banking, telephone and internet channels are a real threat to the activity under review. Therefore, the study was based on the application of a questionnaire to a sample resident in Bragança district with more than 20 years of age. 500 questionnaires were applied, number understood as necessary for the sample to can infer reliable results to the population. It was assumed a sampling error of 4.37% and a 5% significance level. The questionnaires were distributed through the municipalities of Bragança district taking into account the population proportional weight of each one. The main results infer that the channel of mediation agents is the preferred by respondents valuing these particular providing adequate service to your needs, autonomy and agent efficiency and availability to be served at any time of day by agent. It is attributed to the agents by respondents, high capacity to report on products and services and response to customer requests, revealing a positive overall satisfaction with the agent and insurance. Emerging channels (banking, telephone and internet) are not presented as an immediate threat to the traditional mediation channel agents coming to be regarded as the agent as essential for the insurance industry. Respondents are globally satisfied with insurers and intermediaries. As regards the loyalty is concluded that the customer is more loyal to the mediator than that the insurers.El tema de este trabajo se centra en la lealtad del cliente para el seguro intermediario y el análisis de la satisfacción del respectivo. Se hizo una revisión de la literatura con el fin de ayudarle a comprender mejor los conceptos con énfasis en el estudio, tales como la satisfacción y la lealtad. Se ha llevado a cabo una encuesta entre los clientes de una compañía de seguros del distrito de Bragança, para evaluar el grado de satisfacción y fidelidad. Así como la exposición de los intermediarios de seguros de la amenaza de nuevos actores en el mercado como canales de distribución alternativos y emergentes. La medida en que el crecimiento exponencial de usuarios de Internet, con más y más universal y fácil en cualquier tipo de acceso medio ambiente, realzado con la aparición de nuevas tecnologías (teléfonos inteligentes, tabletas), herramientas informáticas, el crecimiento de las empresas que operan a través de canales telefónicos, los gastos de publicidad ‘agresivos’ y bajas, y la banca, telefonía e internet son una amenaza real para la actividad bajo revisión. Así, el estudio se basó en la aplicación de un cuestionario a una muestra de residentes en el distrito de Bragança con más de 20 años de edad. Se aplicaron 500 cuestionarios, número que se entendió como necesario para inferir resultados fiables a la población, habiendo asumido un error de muestreo de 4,37% y un nivel de significación del 5%. Los cuestionarios fueron distribuidos a través de los distintos municipios del distrito de Bragança, teniendo en cuenta el peso proporcional de la población de cada uno. Los principales resultados infieren que el canal de la mediación agente es lo más preferido por los encuestados, valorando estos, en particular, los servicios más adecuados a sus necesidades, la autonomía y eficiencia del agente y la disponibilidad para ser servido a cualquier hora del día por el agente. Se atribuye a los agentes, alta capacidad de informar sobre los productos y servicios y la respuesta a las peticiones de los clientes, revelando una satisfacción general positiva con el agente y con las seguradoras. Canales emergentes (banca, telefonía e Internet) no se presentan como una amenaza inmediata a los agentes de canal de mediación tradicionales que vienen a ser considerado como el agente esencial para la industria de seguros. Los encuestados están satisfechos con las aseguradoras e intermediarios. En cuanto a la retención se llegó a la conclusión de que el cliente se encuentra más leal a los agentes/mediadores do que a las aseguradoras

Predicting the number of biochemical transformations needed to synthesize a compound

Exploiting the natural metabolic abilities of microorganisms for the production of bioactive compounds has been a research problem of great interest. The economical and environmental costs associated with petrochemical-derived industries have promoted the emergence of biochemical processes from renewable carbon sources. However, optimally rewiring microbial metabolism in a competitive and sustainable manner is still a challenge. Recently, some retrobiosynthesis tools for the design of de novo biosynthetic pathways have been proposed. These tools generate a large number of intermediate compounds that are beyond experimental feasibility. Thus, effective methods to reduce the number of compounds by selecting the most promising ones are still needed. Here, we propose the use of classification and regression deep learning models, such as fully-connected neural networks and 1D convolutional neural networks, to predict the number of biochemical transformations needed to produce a compound. The data to train and evaluate the models was generated using a set of 13055 reaction rules and 673 compounds from Escherichia coli metabolism as starting compounds. The data was generated up to 5 steps resulting in a dataset of over 2.6 million compounds. This approach can be effectively used in biochemical applications, including retrobiosyntesis, to prioritize compounds that can be produced using fewer biochemical transformations.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Small bowel obstruction due to intraluminal metastasis from malignant melanoma

The most common form of presentation of malignant melanoma is cutaneous. However, it is important to notice that it can occur in any part of the body, mostly from metastatic route. Gastrointestinal forms of symptomatic metastasis are rare, making it sometimes difficult to diagnose. We present a rare case of an 84-year-old female with a small bowel obstruction due to melanoma metastasis. She was treated with an enterectomy, with no surgical or post-operative complications. Although surgery should be reserved from symptomatic patients, some authors refer to it as a palliative treatment with improvement in long-term survival.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Development of deep learning approaches to predict relationships between chemical structures and sweetness

The non-caloric sweeteners market is catching up with the market of conventionally used sugars due to the benefits of preventing obesity, tooth decay and other health problems. Developing strategies for designing easier-to-produce novel molecules with a sweet taste and less toxicity are up-to-date motivations for the food industry. In this sense, Machine Learning (ML) approaches have been reported as cutting-edge technologies to guide the design of new molecules towards specific objectives, including sweet taste. The largest known dataset of sweet molecules is here provided. The dataset contains fully integrated 9541 sweeteners and 1141 bitterants from FooDB, FlavorDB and literature. This robust dataset allowed the development of standard Machine and Deep Learning pipelines towards conceiving Structure-Activity Relationships (SAR) between molecules and sweetness. In this work, we showcase that Textual Convolutional Neural Networks (TextCNN), Graph Convolutional Networks (GCN), and Deep Neural Networks (DNNs) outperformed most of traditional shallow learning approaches. These Deep Learning (DL) models produced platforms to guide the design of new sweeteners and repurposing existing compounds. Sixty million compounds from PubChem were evaluated using these models. Herein, we deliver a dataset of 67724 compounds that present high probabilities of being sweet. Quick searches in literature allowed us to find 13 molecules reported as potent sweetening agents, revealing that our approach is suitable for finding new sweeteners, valuable to expand food chemistry databases, repurposing existing chemicals and designing novel molecules with a sweet taste.info:eu-repo/semantics/publishedVersio