Parámetros genéticos para producción de leche de ganado Holstein en dos modalidades de control de producción

Variance components and genetic parameters were estimated for total milk production at first lactation (MP1), milkyield adjusted to 305 d and adult equivalent at the first lactation (MP1std), total milk production of the first fivelactations (MP5) and milk yield adjusted to 305 d and mature equivalent of the first five lactations (MP5std). Thedatabases of the Mexican Holstein Association (MHA, n= 43,668) and of the National Bank of Dairy Information(NBDI, n= 120,217) were used. Variances were estimated by REML, using a simple animal model for MP1 and MP1stdand a repeatability animal model for MP5 and MP5std. Heritability estimates ranged from low to moderate for thefirst lactation (0.17 ± 0.009 to 0.49 ± 0.019) and for the first five lactations (0.16 ± 0.006 to 0.41 ± 0.004). Therepeatabilities for MP5 and MP5std ranged from 0.32 ± 0.002 to 0.41 ± 0.004. The inclusion of information of theNBDI on the national evaluations made possible the incorporation of production data that had not been taken intoconsideration before. This inclusion not only improved the accuracy of sire breeding values   for milk production, butalso allowed the prediction of breeding values of more foreign and domestic animals with progeny in Mexico.Se estimaron componentes de varianza y parámetros genéticos para producción de leche total a la primera lactancia (PL1), producción de leche ajustada a 305 días y a equivalente adulto de la primera lactancia (PL1std), producción de leche total de las cinco primeras lactancias (PL5) y producción de leche ajustada a 305 días y a equivalente adulto de las primeras 5 lactancias (PL5std). Se utilizaron las bases de datos de la Asociación Holstein de México (AHM; n= 43,668) y del Banco Nacional de Información Lechera (BNIL; n= 120,217). Las varianzas fueron estimadas mediante REML, utilizando un modelo animal simple para PL1 y PL1std y un modelo animal de repetibilidad para PL5 y PL5std. Las heredabilidades estimadas fueron desde bajas a moderadas para la primera lactancia (0.17 ± 0.009 a 0.49 ± 0.019) y para las primeras cinco lactancias (0.16 ± 0.006 a 0.41 ± 0.004). Las repetibilidades para PL5 y PL5std tuvieron un rango de 0.32 ± 0.002 a 0.41 ± 0.004. La inclusión de la información del BNIL en las evaluaciones genéticas permitió incorporar datos de producción que no se estaban tomando en cuenta. Esto no solamente mejoró la precisión de los valores genéticos de los sementales para producción de leche, sino que también permitió la predicción de los valores genéticos de animales nacionales y extranjeros con progenies en México

Parámetros genéticos para producción de leche de ganado Holstein en dos modalidades de control de producción

Variance components and genetic parameters were estimated for total milk production at first lactation (MP1), milkyield adjusted to 305 d and adult equivalent at the first lactation (MP1std), total milk production of the first fivelactations (MP5) and milk yield adjusted to 305 d and mature equivalent of the first five lactations (MP5std). Thedatabases of the Mexican Holstein Association (MHA, n= 43,668) and of the National Bank of Dairy Information(NBDI, n= 120,217) were used. Variances were estimated by REML, using a simple animal model for MP1 and MP1stdand a repeatability animal model for MP5 and MP5std. Heritability estimates ranged from low to moderate for thefirst lactation (0.17 ± 0.009 to 0.49 ± 0.019) and for the first five lactations (0.16 ± 0.006 to 0.41 ± 0.004). Therepeatabilities for MP5 and MP5std ranged from 0.32 ± 0.002 to 0.41 ± 0.004. The inclusion of information of theNBDI on the national evaluations made possible the incorporation of production data that had not been taken intoconsideration before. This inclusion not only improved the accuracy of sire breeding values   for milk production, butalso allowed the prediction of breeding values of more foreign and domestic animals with progeny in Mexico.Se estimaron componentes de varianza y parámetros genéticos para producción de leche total a la primera lactancia (PL1), producción de leche ajustada a 305 días y a equivalente adulto de la primera lactancia (PL1std), producción de leche total de las cinco primeras lactancias (PL5) y producción de leche ajustada a 305 días y a equivalente adulto de las primeras 5 lactancias (PL5std). Se utilizaron las bases de datos de la Asociación Holstein de México (AHM; n= 43,668) y del Banco Nacional de Información Lechera (BNIL; n= 120,217). Las varianzas fueron estimadas mediante REML, utilizando un modelo animal simple para PL1 y PL1std y un modelo animal de repetibilidad para PL5 y PL5std. Las heredabilidades estimadas fueron desde bajas a moderadas para la primera lactancia (0.17 ± 0.009 a 0.49 ± 0.019) y para las primeras cinco lactancias (0.16 ± 0.006 a 0.41 ± 0.004). Las repetibilidades para PL5 y PL5std tuvieron un rango de 0.32 ± 0.002 a 0.41 ± 0.004. La inclusión de la información del BNIL en las evaluaciones genéticas permitió incorporar datos de producción que no se estaban tomando en cuenta. Esto no solamente mejoró la precisión de los valores genéticos de los sementales para producción de leche, sino que también permitió la predicción de los valores genéticos de animales nacionales y extranjeros con progenies en México

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear un derstanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5–7 vast areas of the tropics remain understudied.8–11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world’s most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepre sented in biodiversity databases.13–15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may elim inate pieces of the Amazon’s biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological com munities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple or ganism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region’s vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most ne glected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lostinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio

Pervasive gaps in Amazonian ecological research

Biodiversity loss is one of the main challenges of our time,1,2 and attempts to address it require a clear understanding of how ecological communities respond to environmental change across time and space.3,4 While the increasing availability of global databases on ecological communities has advanced our knowledge of biodiversity sensitivity to environmental changes,5,6,7 vast areas of the tropics remain understudied.8,9,10,11 In the American tropics, Amazonia stands out as the world's most diverse rainforest and the primary source of Neotropical biodiversity,12 but it remains among the least known forests in America and is often underrepresented in biodiversity databases.13,14,15 To worsen this situation, human-induced modifications16,17 may eliminate pieces of the Amazon's biodiversity puzzle before we can use them to understand how ecological communities are responding. To increase generalization and applicability of biodiversity knowledge,18,19 it is thus crucial to reduce biases in ecological research, particularly in regions projected to face the most pronounced environmental changes. We integrate ecological community metadata of 7,694 sampling sites for multiple organism groups in a machine learning model framework to map the research probability across the Brazilian Amazonia, while identifying the region's vulnerability to environmental change. 15%–18% of the most neglected areas in ecological research are expected to experience severe climate or land use changes by 2050. This means that unless we take immediate action, we will not be able to establish their current status, much less monitor how it is changing and what is being lost

Efecto de la proporción de genes Bos indicus x Bos taurus sobre peso al destete y edad a primer parto en una población multirracial

Records  of  1,289  cows  at  first  calving  with  different  proportions  of Bos  Indicus  and Bos  Taurus  genes  (Charolais,Brown  Swiss,  Simmental,  Holstein  Friesian,  Salers)  were  analyzed.  The  cows  were  both  purebreds  and  crossbredsfrom a commercial herd born between 1966 and 2006. They were used to estimate the Zebu genes optimum combinationon weaning weight adjusted to 270 d (WW) and age at first calving (AFC) in the tropics of México. Likewise, heterosisretention  (RVH)  and  their  contribution  to  WW  and  AFC,  was  estimated.  Multiple  regressions  analysis  was  used  toselect the best two, three or more crossbreed’s model for each trait, according to the square of the multiple correlationcoefficients (R2)  and  the  Mallow  statistic  (CP).  The  results  showed higher  heterosis  for  WW  between  42  to  70  %  ofBos  indicus  genes.  On  the  other  hand,  the  best  response  to  heterosis  for  a  lower  AFC  was  found  in  a  proportionof  Zebu  genes  ranging  from  27  to  40  %.  The  retention  of  heterosis  showed  that  the  greatest  potential  for  WW  was76  to  78  %  and  79  to  92  %  for  AFC.  These  results  demonstrate  the  importance  of  non-additive  effects in  bothtraits,  and  the  need  for  controlled  crosses.Se analizaron 1,289 registros de hembras de primer parto con diversas proporciones de genes Bos indicus y Bos taurus (Charolais, Suizo, Simmental, Holstein Friesian y Salers). Tanto animales puros y cruzados de un hato comercial, ubicado en el municipio de Hueytamalco, Puebla, nacidas entre 1966 a 2006, con el objetivo de estimar la combinación óptima de genes Cebú y la retención de heterosis (RVH) sobre las características de peso al destete ajustado a 270 días (PD) y edad a primer parto (EPP). A partir de modelos de regresión múltiple se identificó la proporción de Cebú con el mejor comportamiento para las dos  características de acuerdo al coeficiente de determinación (R2) y al estadístico de Mallow (CP). La mejor respuesta para PD se encontró en el rango de 42 a 70 % de genes Bos indicus; mientras que las menores EPP se establecieron entre 27 al 40 % de proporción Cebú. La retención de heterosis que mostró mayor potencial para PD fue de 76 a 78 % y para EPP de 79 a 92 %. Estos resultados manifiestan la importancia de los efectos no aditivos en ambas características, así como la necesidad de realizar cruzamientos dirigidos

Diversidad genética y estructura poblacional del cerdo negro lampiño de Yucatán usando chip SNP50

In the present study, the Population structure and genetic diversity of 104 Yucatan black hairless pigs (YBH) and eight Duroc breeds were characterized BY using an SNP50K chip. The population structure was obtained, as well as the calculation of Principal Component Analysis (PCA), Minor Allele Frequency (MAF), heterozygosity observed (oH), Relationship (F), Fixation index of individuals within subpopulations (Fis), the t (outcrossing rate or alogamia index) was made, also the association analysis to identify SNP with population differences. The genetic component of Duroc in YBH subpopulations is low, from 0.00363 to 0.03532, THUS, IT WAS OBSERVED (appreciating) a subpopulation with greater genetic diversity and lower values of F and Fis, as well as higher oH and t. SNPs were identified (p<1.213E-50 to p< 6.4E-20), associated with genes and biological processes. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL are related to epithelial cell differentiation, morphogenesis, and development of epithelium. 30 SNPs are related to nutrient metabolism, 23 SNPs to nutrient transport, 11 SNPs to Immunity, 10 SNPs to muscle, skeletal and embryonic, and 7 SNPs to synapses and receptors. YBH is distant from Duroc with different population structure and genetic diversity, also with different genes that involve important biological processesLa estructura poblacional y diversidad genética de 104 cerdos negros lampiños de Yucatán (NLY) y ocho de raza Duroc fueron caracterizados usando un chip SNP50K. Se obtuvo la estructura poblacional, se calculó un análisis de componentes principales (ACP), menor alelo frecuencia (MAF), Heterocigosidad observada (Ho), Consanguinidad (F), Índice de Fijación de individuos en subpoblaciones (Fis), índice de alogamia (t) y análisis de asociación para identificar SNP diferentes entre poblaciones. Según el análisis Admixture la población NLY se estructura en tres subpoblaciones. El componente genético de Duroc en subpoblaciones NLY es bajo de 0.0036 a 0.0353, apreciándose una subpoblación con mayor diversidad genética, con valores más bajos de F, Fis y mayor Ho y t. Se identificaron SNP (p<1.21E-50 a p< 6.4E-20), asociados con genes y procesos biológicos. Genes EHF, DST, PDE8A, FOXA1 y VCL relacionados con la diferenciación de células epiteliales, la morfogénesis y desarrollo del epitelio. Otros 30 SNPs relacionados con el metabolismo de nutrientes, 23 SNPs en transporte de nutrientes, 11 SNPs a inmunidad, 10 SNPs a músculo, esqueleto y embrionario, y siete SNPs a sinapsis y receptores. NLY está distante de Duroc con diferente estructura poblacional y diversidad genética, con diferentes genes que implican procesos biológicos importante

Tendencias genéticas y fenotípicas para producción de leche de ganado Holstein en dos modalidades de control de producción

Records of milk production adjusted to 305 d, adult equivalent of the first lactation and two milking were used. Thosecome  from  the  National  Breeding  in  Mexico  PNMG  (n=  163.885),  which  includes  records  of  the  Holstein Associationof  Mexico  (AHM)  (n=  43.668)  and  National  Bank  of  Dairy  Information  (BNIL)  (n=  120.217).  Best  Linear UnbiasedPredictor  method  was  used  to  predict  breeding  values  (VG)  of  animals.  ASREML  software  was  used  with an  animalmodel  that  included  herd-year  group-season  as  fixed  effect  and  animal  and  residue  as  random  effects.  Averages  ofVG  per  sire  were  estimated  weighted  by  the  number  of  daughters  and  unweighted  for  PNMG,  AHM  and  BNIL.  Also,we  estimated  the  weighted  average  of  the  sires  VG  of  the  PNMG  according  to  their  country  of  origin  (USA,  Canada,Other,  Mexico).  We  also  estimated  the  average  of  VG  and  phenotypic  values  (VF)  for  dairy  cows.  The  average  of  VFand  VG  for  cows  PNMG,  AHM  and  BNIL  increased  between  2007  and  2011.  Breeders  of  the  AHM  chose  sires withgreater  VG  than  the  BNIL.  However,  breeders  of  BNIL  used  sires  with  high  VG  used  more  frequently.  The  VG  forforeign  sires  were  higher  than  national  sires  and  were  more  commonly  used  by  farmers.Se utilizaron registros de producción de leche ajustada a 305 días, equivalente edad adulta y dos ordeñas de la primera lactancia, del Programa Nacional de Mejoramiento Genético en México PNMG (n=  163,885), que incluye a la Asociación Holstein de México (AHM) (n=  43,668) y al Banco Nacional de Información Lechera (BNIL) (n= 120,217). El objetivo del estudio fue el análisis de las tendencias genéticas de poblaciones Holstein en México. Se utilizó el método del Mejor Predictor Lineal Insesgado para predecir los valores genéticos (VG) de los animalescon un modelo animal usando el programa ASREML, el modelo incluyó el grupo hato-año-estación de parto como efecto fijo, y animal y residuo como aleatorios. Se estimaron los promedios de los VG de los sementales ponderados por el número de hijas y no ponderados del PNMG, AHM y  BNIL. Así como los promedios ponderados de los VG de los sementales del PNMG de acuerdo a su país de origen (EUA, Canadá, México y Otros). También se estimaron los promedios de VG y valores fenotípicos (VF) para las vacas en producción. Los VG y VF promedios de las vacas del PNMG, AHM y BNIL aumentaron entre el 2007 y el 2011. Ganaderos de la AHM escogieron sementales con mayores VG que los del BNIL. Sin embargo, ganaderos del BNIL utilizaron sementales con altos VG más frecuentemente. Los sementales extranjeros tuvieron VG superiores a los nacionales y fueron más utilizados por los ganaderos

Direct observation of the dead-cone effect in quantum chromodynamics

The direct measurement of the QCD dead cone in charm quark fragmentation is reported, using iterative declustering of jets tagged with a fully reconstructed charmed hadron