Genetic relationship between Kangal, Akbash and other dog populations

Kangal and Akbash dogs are the two well-known shepherd dog breeds in Turkey. In order to contribute to the understanding of the genetic relationship between Kangal dogs, Akbash dogs and the dogs from different regions of Eurasia, 585 base pair (bp) segment of mitochondrial DNA (mtDNA) control region was sequenced from Kangals and Akbashes. Sequences of the Kangal and Akbash dogs examined in the present study were comparatively examined with those of previous studies on dogs. Consensus neighbour-joining tree with bootstrapping, which is constructed based on pairwise Fst values between populations, indicated that Kangal dogs and Akbash dogs are on different branches of the tree. Furthermore, the nodes of these branches were supported with high bootstrap values. In conclusion, the present study indicated that Kangal and Akbash dogs might have descended maternally from different origins along the evolutionary history of domestic dogs

Growth hormone (GH), prolactin (PRL), and diacylglycerol acyltransferase (DGAT1) gene polymorphisms in Turkish native cattle breeds

The aim of this study was to determine the genetic diversity of 4 native Turkish cattle breeds, based on the growth hormone (GH), prolactin (PRL), and diacylglycerol acyltransferase (DGAT1) genes. In order to study the polymorphisms in these genes, the polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method was performed. A 329-bp fragment and a 223-bp fragment of GH, a 156-bp fragment of PRL, and a 411-bp fragment of DGAT1, thus 4 loci of 3 genes, were amplified via PCR. These fragments were then restricted with the enzymes MspI, Alu1, RsaI, and CfrI, respectively. In this study, 2 types of alleles, (+) and (-) for the GH-MspI, L and V for the GH-Alu1, A and B for the PRL, and K and A for the DGAT1 loci, were observed. The results of the present study will contribute to the polymorphism data on the world's cattle breeds. Furthermore, the above-mentioned allele frequencies of Turkish native breeds are evaluated in relation to their genetic relatedness, and to infer their milk production properties on the basis of the available literature. In turn, these results can be utilized for future breeding programs of dairy cattle in Turkey

Türkiye'nin Akdeniz ve Ege Denizi'ndeki kılıçbalığı populasyonlarının mitokondriyal Dna (Mtdna) kullanılarak incelenmesi

TÜBİTAK KBAG15.07.2014Kılıç balığı (Xiphias gladius) hem dünya hem de Türkiye için önemli besin kaynaklarından biridir. Çeşitli moleküler belirteçler kullanılarak yapılan genetik çalışmalar, kılıç balıklarının Kuzey Atlantik, Güney Atlantik, Akdeniz ve Hint-Pasifik olmak üzere 4 ana stoktan oluştuğunu göstermektedir. Şu ana kadar tek bir stok olarak kabul edilen Akdeniz için tek bir koruma ve yönetim senaryosu önerilmiştir. Türkiye’deki kılıç balığı popülasyonları Akdeniz stoğunun bir parçası olarak kabul edilir. Fakat Türkiye’nin Ege ve Akdeniz kıyılarını içeren herhangi bir genetik çalışma yapılmamıştır. Bu projede, Türkiye’nin Akdeniz (Antalya Körfezi civarından) ve Kıbrıs’ın Karşıyaka kıyısından, Kuzey Levant Denizi’ni temsilen, (n= 42) ve Türkiye’nin Ege Denizi kıyısından Gökçeada ve Çanakkale civarından (n=26) kılıç balığı örnekleri toplanmıştır. Bu örneklerden DNA izole edilerek, mtDNA kontrol bölgesinin 450 baz çiftlik (bç) dizi analizi yapılmıştır. Ayrıca Yenikapı kazılarından çıkartılan örneklerden antik DNA (aDNA) izole edilmiş ve 450 bç’lik bölgesi 5 parça halinde analiz edilmiştir. Sonuçlar birbirleri ve literatürdeki dizi örnekleri ile karşılaştırılarak incelendiğinde Akdeniz’de batıdan doğuya gidildikçe genel olarak genetik çeşitliliğin ve etkin popülasyon sayısının düştüğü ve soy I diye tanımlanan soya ait alt soyların frekansları açısından Ege Denizi kılıç balıklarının Kuzey Levant havzasından değil ama diğer Akdeniz örneklerinden düşük anlamlılık (p0.05). Again, based on clade I, there is no implicit differentiation between east and west populations that overlap with two spawning areas (around South Italy- Sardinia Island and Crete Island-Fethiye) in the Mediterranean, but it is very likely that these two groups are mixed around the middle of the Mediterranean. The frequencies of the clades observed in ancient samples are similar to modern swordfish populations. Production of swordfish in Turkey has been increasing every year since 1980s. İt is observed that, this increase and disappearance of swordfish from Marmara and Black Sea has not been expressed as a decline in the population size, yet. Data obtained from this study can contribute to conservation and management of swordfish populations inhabiting Turkish coasts

Yerli koyun ırklarında bulunan genetik çeşitlilik

TÜBİTAK TBAG01.12.2004Bu çalışmada, Türk koyun ırklarında mevcut genetik çeşitlilik 5 mikrosatelit lokusu kullanılarak incelenmiştir. Devlet üretim çiftlikleri, üniversite üretim çiftlikleri ve yerel yetiştiricilerin elinde bulunan sürülerden yerli ve melez onbir Türk ırkı (Akkaraman, Morkaraman, Kıvırcık, İvesi, Dağlıç, Karayaka, Hemşin, Norduz, Kangal, Konya Merinosu, Türkgeldi) ile bireyleri Irak'tan getirilmiş yabancı bir ırkı (Hamdani) temsil eden toplam 423 birey bu çalışmada kullanılmıştır. Bazı ırklar icin birden fazla örnekleme yapılmıştır. Genetik varyasyonun ölçütlerinden beklenen heterozigotluk (HE) 0.686 ile 0.793 arasında, ortalama gözlenen allel sayıları (OAS) ise 5.8 ile 11.8 arasında değişmiştir. Türkiye üzerinde allel frekans dağılımları, evcilleşme merkezlerinden olmuş olabilecek göçlerle beklenen, dogudan batıya geçişli bir değişim göstermemiştir. FST indeksi Akkaraman, Karayaka ve Dağlıç'ta aynı ırkın farklı örneklemelerindeki farklılaşmayı ölçmek için kullanılmıştır ve yetiştirme çiftliğinden alınan Akkarman1'in diğer iki Akkaraman populasyonundan istatistiki önemle (P<0.001) farklı olduğu bulunmuştur. FIS indeksi ile ırklar Hardy-Weinberg (H-W) dengesi açısından test edilmiş, Akkaraman1, İvesi, Morkaraman ve Hemşin'de H-W'den sapma tespit edilmiştir. AMOVA analizi toplam genetik varyasyonun büyük bir kısmının (~% 95) ırk içi bireyleri arasında olduğunu göstermiştir. Parallel sonuçlar ırk ve bireyleri arası genetik ilişkinin incelendiği faktöriyel benzerlik analizi ve allel paylaşım uzaklığı ile de elde edilmiş ve genellikle, ırklar arası belirgin bir fark görülmemiştir. DA genetik uzaklığı ile çizilen komşu birleştirme ağacı ve temel öğeler analizi ise ırklar ve çeşitli örnekleri arası farklılaşmayı incelemek için kullanılmıştır. Özellikle ilk analiz çiftlik örneklerinin farklı olduğunu göstermiştir. Delaunay ağı ırklar arasında 4 adet (ikisi coğrafi bariyer ile paralel) genetik sınır belirlemiştir. Sonuçların hepsi Kıvırcık ırkının diğerlerinden çok farklı olduğu yönündedir. Mantel testi ve Darboğaz testi istatistiksel olarak anlamlı bir sonuç ortaya koymamıştır. Avrupa ırklarının çoğuna genetik olarak en yakın bulunan Kıvırcık örneği olmuştur. Türk ırklarında Avrupa ırklarından yüksek fakat çok da farklı olmayan bir genetik çeşitlilik belirlenmiştir. Bunda son yıllarda koyun sayısında, Türkiye’de, yaşanan hızlı düşüş etkili olmuş olabileceği düşünülmüştür.In this study the genetic diversity in Turkish native sheep breeds was investigated based on fıve microsatellite loci. In total, 423 individuals from 11 native and crossbred Turkish sheep breeds (Akkaraman, Morkaraman, Kıvırcık, İvesi, Dağlıç, Karayaka, Hemşin, Norduz, Kangal, Konya Merinosu, Türkgeldi) and one Iraqi breed (Hamdani) were analyzed by sampling from breeding farms and local breeders. For some of the breeds sampling was done more than once. Genetic variation within breeds was estimated by expected heterozygosity (HE), which ranged between 0.686 and 0.793 and by the mean number of observed alleles (MNA), it ranged between 5.8 and 11.8. The allele frequency distribution across Turkey showed no gradient from east to west, gradient was expected in accordance with the migrations from the domestication centers. The differentiation between different samples of Akkaraman, Dağlıç and Karayaka breeds was tested by FST index. Akkaraman1 sample from the breeding farm was significantly (P<0.001) different from the other two Akkaraman samples. Deviation from Hardy-Weinberg expectations observed for Akkaraman1, İvesi, Morkaraman and Hemşin breeds. AMOVA analysis revealed that most of the total genetic variation (~95%) was within the individuals of the breeds. In parallel to this observation, when factorial correspondence analysis and shared alleles distances were used to analyze the relationship between the breeds and their individuals, generally, there were no clear discriminations between the breeds. Moreover, neighbour joining tree constructed based on DA genetic distance, and principle component analysis were used to analyze among breed differentiation. The former one emphasized the genetic distinctness of the farm samples. Delaunay network drew 4 genetic boundaries (two of them being parallel to geographic boundaries) between the breeds. All the results indicated that Kıvırcık was the most differentiated breed. Finally, Mantel Test and Bottleneck analysis did not reveal a significant result. Kıvırcık breed, among all native Turkish breeds, was found to be the genetically closest to the European breeds based on the loci analyzed. The genetic variation in Turkish breeds was not much higher than that of European breeds, which might be a consequence of the recent sharp decrease in sheep number, in Turkey

Archaeogenetic analysis of Neolithic sheep from Anatolia suggests a complex demographic history since domestication

Yurtman, ozer, Yuncu et al. provide an ancient DNA data set to demonstrate the impact of human activity on the demographic history of domestic sheep. The authors demonstrate that there may have been multiple domestication events with notable changes to the gene pool of European and Anatolian sheep since the Neolithic. Sheep were among the first domesticated animals, but their demographic history is little understood. Here we analyzed nuclear polymorphism and mitochondrial data (mtDNA) from ancient central and west Anatolian sheep dating from Epipaleolithic to late Neolithic, comparatively with modern-day breeds and central Asian Neolithic/Bronze Age sheep (OBI). Analyzing ancient nuclear data, we found that Anatolian Neolithic sheep (ANS) are genetically closest to present-day European breeds relative to Asian breeds, a conclusion supported by mtDNA haplogroup frequencies. In contrast, OBI showed higher genetic affinity to present-day Asian breeds. These results suggest that the east-west genetic structure observed in present-day breeds had already emerged by 6000 BCE, hinting at multiple sheep domestication episodes or early wild introgression in southwest Asia. Furthermore, we found that ANS are genetically distinct from all modern breeds. Our results suggest that European and Anatolian domestic sheep gene pools have been strongly remolded since the Neolithic

The effects of hybridization on developmental stability in the housefly(Musca domestica L.).

Ph.D. - Doctoral Progra

Anadolu Koyunlarında Gözlenecek Y Kromozomuna Dayalı Polimorfizm Aracılığıyla Koyunlarda Göçlerin Anlaşılmasına Katkıda Bulunmak.

Bu çalışmada Y kromozomuna ait genetik belirteçler kullanılarak Türk koyun ırklarının babasal tarihi araştırılacaktır. Çalışmamızda 13 ırka ait evcil koyun ve yaban koyunu (Ovis gmelini anatolica) kullanılacaktır. Evcil koyun örneklemesi, TURKHAYGEN-I isimli TÜBİTAK-KAMAG projesi çerçevesinde toplanan 628 bireyden erkekler olanları arasından 250 birey seçilerek yapılacaktır. Ek olarak Avrupa’da sık görülen ama Merinos’un çok yaygın olarak katıldığı ırklarda gözlenmemiş H5 için melez ırklardan Hasak ve Hasmer de çalışılacaktır. Şimdiye kadar dünyada yapılan çalışmalarda Anadolu yaban koyunu (Ovis gmelini anatolica) örnekleri hiç kullanılmamıştır. İlk defa bu çalışmada kullanılacak ve diğer yaban koyunu türleri ve evcil ırklarla karşılaştırmalar yapılacaktır. Toplanan kan örneklerinden fenol-kloroform tekniği uygulanarak kandan DNA izolasyonu yapılacaktır. Önerilen sayıdaki örnekler polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile yükseltgenecek, elde edilen PCR ürünlerinin ABI3100 (Applied Biosystem) otomatik dizi analizi cihazında iki polimorfik bölgenin DNA dizilimi gerçekleştirilecektir Elde edilen DNA dizilimi sonuçları ChromasPro ve BioEdit programları ile düzenlenerek analiz edilecektir.Aynı işlemler gene laboratuvarımızda bulunan Hasmer ve Hasak isimli Merinos melezi koyunlardan 20 koyun için yinelecektir.Daha sonra SRYM18 ve SNP bölgesinin allellerinin kombinasyonları ile haplotip varlığı saptanacaktır. Bireylerin haplotipleri belirlendikten sonra, haplotiplerin sıklığı ile yayılma alanları belirlenecektir. Bireylerin Y kromozomuna dayalı haplotipleri belirlendikten sonra, tiplerin ırklara (ve coğrafik alanlara) dağılımı ve varyasyon dağılımları AMOVA yardımıyla çalışılacaktır. Tipler arasındaki ilişkiler “Median Network” yardımı ile ortaya konulacaktır.Bu çalışmanın sonucunda elde edilen veriler, Anadolu’nun ortasından geçen ve koyunların iki büyük gruba ayrılmasına neden olan mikrosatellit tabanlı genetik farklılaşmanın nedeninin erkek tabanlı olup olmadığını ortaya koyacaktır. Ayrıca, haplotip araştırmasında sekanslama kullanıldığı için ve koyunların evcilleşme merkezine yakınlıkları nedeniyle yerli koyunlarda yeni bir haplotip de gözlenebilir. Haplotiplerin dağılım örgüsü, homejen ırk gruplarının varlığını ve korunmada bu gruplardan bir ırkın seçilmesi ile önceliklendirme yapma imkanını sağlayacaktır. Son olarak sonuçlar, Anadolu’daki evcil koyun ırklarının evrimsel tarih sürecindeki evcilleşmesinin ilk aşamalarının daha iyi anlaşılmasına katkıda bulanacağı gibi bu ırkların arasında koruma önceliği belirlenmesine yardımcı olacaktır. Gerçekten erkek koyunlara bağlı iki grup varsa her iki gruptan, az sayıda ırkın korunması ile tüm genetik varyasyon korunabilir

Çevredeki Alkifenoller ve Canlı Organizmalara Olan Zararlı Etkileri

The compounds of alkylphenolpolyethoxylates (APEs), one of the ubiquitous estrogenic environmental endocrine disrupters, are widely used as non-ionic surfactants or antioxidants in detergents, pesticides, herbicides, emulsifiers, paints, cosmetics, plasticwares and even in jet fuel. It has been reported that APEs and their derivatives called alkylphenols (APs) exert adverse effects on both aquatic and terrestrial organism. Moreover, they have been shown to have toxic, estrogenic and carcinogenic effects. Therefore, the occurrence of APEs and their derivatives in the environment as well as their structures, biodegradation, bioaccumulation, metabolic fate and their adverse effects on living organisms including human were reviewed from a complex literature to understand their potential danger to human being. From this review of literature, it is concluded that the pollution level of APEs or their derivatives in the environment are not lethal to the most organisms. However, the sub-lethal levels of these substances exert estrogenic and carcinogenic effects in almost all organisms including human being.Alkilfenol bileşikleri (AFEO) iyonic olmayan yüzey aktif maddesi olarak deterjanlarda, ot ve böcek ilaçlarında, kozmeiklerde, plastik eşyalarda emülsifikatörlerde, boyalarda ve hatta uçak yakıtlarında çok yaygın kullanılan östrojenik endokrin sistem bozuculardır. Alkilfenol adı verilen AFEO bilişiklerinin türevlerinin hem suda hem de karada yaşayan canlılara zararlı etkileri olduğu rapor edilmiştir. Ayrıca, bunların hem östrojenik, hem toksik hem de karinojenik etkileri olduğu ortaya konmuştur. Bu nedenle, AFEO bileşikleriri ve türevlerinin doğadaki varoluşları, yapıları, biyolojik bozunumları, biyolojik birikimleri, metbolize edilme yolları ve insan dahil bütün canlı organizmalara olan zararlı etkileri karmaşık literatür taranarak potnsiyel zararlı etkileri anlaşılmaya çalışılmıştır. Bu literatür taraması ile doğada bulunan AFEO bileşikleri ve türevlerinin miktarlarının öldürücü dozlarda olmadığı anlaşılmıştır. Fakat, bu bileşiklerin ve türevlerinin öldürücü olmayan dozlarının da insan dahil bütün canlı organizmalarda hem östrojenik hem de karsinojenik etkilerinin olduğu ortaya konmuştur